{"id":183140,"date":"2013-06-13T17:41:02","date_gmt":"2013-06-13T13:41:02","guid":{"rendered":"http:\/\/savepearlharbor.com\/?p=183140"},"modified":"-0001-11-30T00:00:00","modified_gmt":"-0001-11-29T21:00:00","slug":"","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/savepearlharbor.com\/?p=183140","title":{"rendered":"<span class=\"post_title\">\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 \u043e\u043f\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445 \u0432\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u043d\u0430\u0445\u043e\u0436\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432 \u0432 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0435<\/span>"},"content":{"rendered":"<div class=\"content html_format\">   \t<img decoding=\"async\" src=\"http:\/\/habrastorage.org\/storage2\/bb0\/4f5\/c4a\/bb04f5c4a716848bfb821507f8ec2e3a.jpg\" align=\"right\"\/> \u0421\u0442\u0430\u0442\u044c\u044f 2013-\u043e\u0433\u043e \u0433\u043e\u0434\u0430 <a href=\"http:\/\/bioinformatics.oxfordjournals.org\/content\/29\/11\/1361\">\u00abA support vector machine for identification of single-nucleotide polymorphisms from next-generation sequencing data\u00bb<\/a> (O&#8217;Fallon, Wooderchak-Donahue, Crockett) \u043f\u0440\u0435\u0434\u043b\u0430\u0433\u0430\u0435\u0442 \u043d\u043e\u0432\u044b\u0439 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u043e\u043b\u0438\u0444\u043e\u0440\u043c\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432 \u0432 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0435 \u043d\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f <a href=\"http:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434_\u043e\u043f\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445_\u0432\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432\">\u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u043e\u043f\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445 \u0432\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432<\/a> (SVM). \u0425\u043e\u0442\u044f \u0440\u0430\u043d\u0435\u0435 \u0432 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 2011-\u043e\u0433\u043e \u0433\u043e\u0434\u0430 <a href=\"http:\/\/www.nature.com\/ng\/journal\/v43\/n5\/full\/ng.806.html\">\u00abA framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data\u00bb<\/a> \u0443\u0436\u0435 \u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u043b\u043e\u0441\u044c \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432 \u043c\u0430\u0448\u0438\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0434\u043b\u044f \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f <a href=\"http:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/\u041e\u0434\u043d\u043e\u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u043d\u044b\u0439_\u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\">\u043e\u0434\u043d\u043e\u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u043d\u044b\u0445 \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432<\/a> (<a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Single-nucleotide_polymorphism\">SNP<\/a>-\u043e\u0432, \u0441\u043d\u0438\u043f\u043e\u0432), \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434, \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043d\u0430 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 SVM, \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d \u0432\u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0435 \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435.<\/p>\n<p>  \u041e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432 \u0432 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0435 \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u0430\u0436\u043d\u043e\u0439 (\u043d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0434\u043b\u044f <a href=\"http:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/\u041f\u043e\u043b\u043d\u043e\u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u044b\u0439_\u043f\u043e\u0438\u0441\u043a_\u0430\u0441\u0441\u043e\u0446\u0438\u0430\u0446\u0438\u0439\">\u043f\u043e\u043b\u043d\u043e\u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u043f\u043e\u0438\u0441\u043a\u0430 \u0430\u0441\u0441\u043e\u0446\u0438\u0430\u0446\u0438\u0439<\/a> aka <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Genome-wide_association_study\">GWAS<\/a>), \u043d\u043e \u043d\u0435\u0442\u0440\u0438\u0432\u0438\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0435\u0439. \u041f\u0440\u0438\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u0443\u0447\u0438\u0442\u044b\u0432\u0430\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u043c\u043d\u043e\u0433\u0438\u0435 \u043e\u0440\u0433\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u044b \u0433\u0435\u0442\u0435\u0440\u043e\u0437\u0438\u0433\u043e\u0442\u043d\u044b, \u0430 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435, \u0447\u0442\u043e \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0430\u0442\u044c \u043e\u0448\u0438\u0431\u043e\u0447\u043d\u0443\u044e \u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0446\u0438\u044e.<br \/>  <a name=\"habracut\"><\/a><br \/>  \u0421\u0442\u0430\u043d\u0434\u0430\u0440\u0442\u043d\u044b\u0439 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434 \u043a \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044e SNP \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d \u043d\u0430 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441\u0435\u043a\u0432\u0435\u043d\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f (\u0440\u0438\u0434\u043e\u0432, \u0444\u0440\u0430\u0433\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0430) \u043e\u0442\u043d\u043e\u0441\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e \u0440\u0435\u0444\u0435\u0440\u0435\u043d\u0441\u043d\u043e\u0433\u043e (\u044d\u0442\u0430\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e) \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0430. \u041e\u0434\u043d\u0430\u043a\u043e \u0440\u0438\u0434\u044b \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0430\u0442\u044c \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0431\u044b\u0442\u044c \u043d\u0435\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u043e \u0432\u044b\u0440\u043e\u0432\u043d\u0435\u043d\u044b \u043d\u0430 \u0440\u0435\u0444\u0435\u0440\u0435\u043d\u0441. \u041f\u043e\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u0443 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f, \u0447\u0442\u043e \u0432\u043e\u0437\u043d\u0438\u043a\u043d\u043e\u0432\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043f\u043e\u0437\u0438\u0446\u0438\u0438 \u2013 \u0441\u043e\u0431\u044b\u0442\u0438\u0435 \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0440\u0435\u0434\u043a\u043e\u0435, \u0447\u0435\u043c \u043f\u043e\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u0430, \u043d\u0430\u0438\u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u044b\u043c \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u043e\u043c \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u0431\u044b\u043b\u043e \u0431\u044b \u043e\u0442\u0444\u0438\u043b\u044c\u0442\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0432\u0430\u0440\u0438\u0430\u043d\u0442\u044b \u0441 \u043c\u0430\u043b\u0435\u043d\u044c\u043a\u043e\u0439 \u0447\u0430\u0441\u0442\u043e\u0442\u043e\u0439. \u041e\u0434\u043d\u0430\u043a\u043e \u0432 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 2010-\u043e\u0433\u043e \u0433\u043e\u0434\u0430 <a href=\"http:\/\/www.nature.com\/nrg\/journal\/v11\/n6\/full\/nrg2779.html\">\u00abUncovering the roles of rare variants in common disease through whole-genome sequencing\u00bb<\/a> \u0431\u044b\u043b\u043e \u043f\u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u043e, \u0447\u0442\u043e \u043d\u0430\u0438\u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0438\u0439 \u044d\u0444\u0444\u0435\u043a\u0442 \u043d\u0430 \u043c\u043d\u043e\u0433\u0438\u0435 \u0437\u0430\u0431\u043e\u043b\u0435\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0438\u043c\u0435\u044e\u0442 \u0440\u0435\u0434\u043a\u0438\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u044b, \u0432\u043e\u0437\u043d\u0438\u043a\u0430\u044e\u0449\u0438\u0435 \u0441 \u0447\u0430\u0441\u0442\u043e\u0442\u043e\u0439 &lt; 1%. \u0424\u0438\u043b\u044c\u0442\u0440\u0430\u0446\u0438\u044f \u043d\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0447\u0430\u0441\u0442\u043e\u0442\u044b \u043f\u043e\u0432\u043b\u0435\u0447\u0451\u0442 \u0437\u0430 \u0441\u043e\u0431\u043e\u0439 \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u043e\u0435 \u043a\u043e\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e false negatives \u0434\u043b\u044f \u0440\u0435\u0434\u043a\u0438\u0445 SNP, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0432\u043e\u0437\u043d\u0438\u043a\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e\u0441\u0442\u044c \u0432 \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0447\u0443\u0432\u0441\u0442\u0432\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u044b\u0445 \u0432\u0430\u0440\u0438\u0430\u0446\u0438\u0439. <\/p>\n<p>  \u041a\u0430\u043a \u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u043e \u0432 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435, \u043f\u0440\u0435\u0438\u043c\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432, \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043d\u0430 \u043c\u0430\u0448\u0438\u043d\u043d\u043e\u043c \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0438, \u0441\u043e\u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u0432 \u0442\u043e\u043c, \u0447\u0442\u043e \u043e\u043d\u0438 \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u044e\u0442 \u043a\u043e\u043c\u0431\u0438\u043d\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0440\u0430\u0437\u043d\u044b\u0435 \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u044b, \u0432\u043b\u0438\u044f\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043d\u0430 \u043f\u0440\u0430\u0432\u0434\u043e\u043f\u043e\u0434\u043e\u0431\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0432\u043e\u0437\u043d\u0438\u043a\u043d\u043e\u0432\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u0430 \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043f\u043e\u0437\u0438\u0446\u0438\u0438 \u0432 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0435, \u0447\u0442\u043e \u0432 \u0442\u043e\u043c \u0447\u0438\u0441\u043b\u0435 \u043f\u043e\u0432\u044b\u0448\u0430\u0435\u0442 \u0447\u0443\u0432\u0441\u0442\u0432\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u043a \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0440\u0435\u0434\u043a\u0438\u043c \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u0430\u043c.<\/p>\n<p>  \u0412 \u043e\u0442\u043b\u0438\u0447\u0438\u0435 \u043e\u0442 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0445 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432 \u043c\u0430\u0448\u0438\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f (\u043d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u043e\u0442 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u0430, \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u043d\u0430 \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0438 \u0441 \u043f\u043e\u0434\u043a\u0440\u0435\u043f\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435\u043c, \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432 <a href=\"http:\/\/www.nature.com\/nrg\/journal\/v11\/n6\/full\/nrg2779.html\">\u0432\u044b\u0448\u0435\u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435<\/a>), SVM \u0442\u0440\u0435\u0431\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u0437\u043d\u0430\u0447\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e \u043c\u0435\u043d\u044c\u0448\u0435\u0435 \u043a\u043e\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0434\u043b\u044f \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f.<\/p>\n<p>  \u0412 \u0440\u0430\u0441\u0441\u043c\u0430\u0442\u0440\u0438\u0432\u0430\u0435\u043c\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u043d\u0435 \u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u044b\u0439 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434 \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u0430, \u043d\u043e \u0434\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0438 \u043d\u0430 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438, \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0430\u0449\u0438\u0435 \u0442\u0435\u0445\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u0434\u0435\u0442\u0430\u043b\u0438. \u0412 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u043f\u043b\u0430\u0442\u0444\u043e\u0440\u043c\u044b, \u043f\u0440\u0435\u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u044e\u0449\u0438\u0435\u0439 \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044e \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u0430 SVM, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f <a href=\"http:\/\/www.csie.ntu.edu.tw\/~cjlin\/libsvm\/\">LIBSVM<\/a>. \u041f\u0435\u0440\u0432\u0430\u044f \u043f\u0443\u0431\u043b\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u044f \u043e LIBSVM \u043e\u0442\u043d\u043e\u0441\u0438\u0442\u0441\u044f \u043a 2011 \u0433\u043e\u0434\u0443, \u0430 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u0438\u0439 \u0440\u0435\u043b\u0438\u0437 \u043d\u0430 \u0441\u0430\u0439\u0442\u0435 \u2014 \u043a 2013. \u041d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0432 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u0432\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0445 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043f\u0440\u0438\u043d\u0438\u043c\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0444\u0430\u0439\u043b\u044b \u0432 \u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0435 <a href=\"http:\/\/samtools.sourceforge.net\/\">SAM \u0438\u043b\u0438 BAM<\/a>, \u0447\u0442\u043e \u043a\u0430\u0436\u0435\u0442\u0441\u044f \u0443\u0434\u043e\u0431\u043d\u044b\u043c \u0438 \u0435\u0441\u0442\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u044b\u043c \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u043e\u043c \u0432 \u0431\u0438\u043e\u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0435. \u0412 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u0435 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u0430 \u0433\u0435\u043d\u0435\u0440\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u0444\u0430\u0439\u043b \u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0430 <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Variant_Call_Format\">VCF<\/a>.<\/p>\n<p>  \u0414\u043b\u044f \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044e\u0442\u0441\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0432\u0443\u0445 \u0442\u0438\u043f\u043e\u0432:  <\/p>\n<ol>\n<li>\u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0449\u0438\u0435 \u0438\u0441\u0442\u0438\u043d\u043d\u044b\u043c \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u0430\u043c;<\/li>\n<li>\u043d\u0435\u0441\u043e\u0432\u043f\u0430\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u043e\u0432 \u0432 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043f\u043e\u0437\u0438\u0446\u0438\u044f\u0445, \u043d\u0435 \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441 \u043d\u0430\u043b\u0438\u0447\u0438\u0435\u043c \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432.<\/li>\n<\/ol>\n<p>  \u0418\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u043e, \u043a\u0430\u043a \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0441\u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435, \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0449\u0438\u0435 \u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c\u0443 \u0442\u0438\u043f\u0443. \u0410\u0432\u0442\u043e\u0440\u044b \u043f\u0440\u0438\u0432\u043e\u0434\u044f\u0442 \u0432 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u0434\u0432\u0435 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u044b\u0435 \u0441\u0442\u0440\u0430\u0442\u0435\u0433\u0438\u0438:<\/p>\n<ol>\n<li>\u041e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u044b \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <a href=\"http:\/\/www.broadinstitute.org\/gatk\/guide\/topic?name=best-practices\">GATK\u2019s best practices guidelines<\/a>, \u0432\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u044f <a href=\"http:\/\/www.broadinstitute.org\/gatk\/gatkdocs\/org_broadinstitute_sting_gatk_walkers_genotyper_UnifiedGenotyper.html\">UnifiedGenotyper<\/a>. \u0410\u0432\u0442\u043e\u0440\u044b \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043b\u0438 \u0441\u043d\u0438\u043f\u044b, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0438\u043b\u0438\u0441\u044c \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0432 \u043e\u0434\u043d\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 (\u043f\u0440\u0438 \u044d\u0442\u043e\u043c \u0438\u0441\u043a\u043b\u044e\u0447\u0438\u0432 \u0441\u043d\u0438\u043f\u044b, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u044b \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442\u0430 <a href=\"http:\/\/www.1000genomes.org\/\">1000 Genomes<\/a>), \u0438\u0437 \u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u0448\u0438\u0445\u0441\u044f \u0432\u044b\u0431\u0440\u0430\u043b\u0438 \u0441\u043d\u0438\u043f\u044b \u0441 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043d\u0438\u0437\u043a\u0438\u043c \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435\u043c \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f. <\/li>\n<li>\u0410\u0432\u0442\u043e\u0440\u044b \u0432\u044b\u0431\u0440\u0430\u043b\u0438 \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u044b, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0432\u0441\u0442\u0440\u0435\u0447\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0445\u043e\u0442\u044f \u0431\u044b 8 \u0440\u0430\u0437 \u0432 \u043b\u043e\u043a\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0431\u0430\u0437\u0435 57 <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Exome\">\u044d\u043a\u0437\u043e\u043c\u043e\u0432<\/a> (\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043d\u0435 \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0442 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c \u0438\u0437 1000 Genomes).<\/li>\n<\/ol>\n<p>  \u0421\u043b\u0435\u0434\u0443\u0435\u0442 \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u044b \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0432\u0441\u0442\u0440\u0435\u0447\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u0432 \u043d\u0435\u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043a\u0440\u0438\u0431\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c\u044b\u0445 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0430\u0445 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0430, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443, \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0446\u0438\u0438, \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0438\u0441\u043a\u043b\u044e\u0447\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e \u0438\u0437 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u044d\u043a\u0437\u043e\u043c\u043e\u0432, \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u043f\u043e\u0432\u043b\u0435\u0447\u044c \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043d\u0435\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438.<\/p>\n<p>  \u041d\u0430 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435. \u0412 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u043e, \u0447\u0442\u043e \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0432\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u0435\u0442 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0447\u0438\u0441\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432 \u0433\u0438\u043f\u0435\u0440\u043f\u043b\u043e\u0441\u043a\u043e\u0441\u0442\u0438, \u043d\u0430\u0438\u043b\u0443\u0447\u0448\u0438\u043c \u043e\u0431\u0440\u0430\u0437\u043e\u043c \u0440\u0430\u0437\u0434\u0435\u043b\u044f\u044e\u0449\u0435\u0439 \u0434\u0432\u0430 \u043a\u043b\u0430\u0441\u0441\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445, \u043d\u0430 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0445 \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435.<\/p>\n<p>  \u0418\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u043e \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435, \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u043a\u0438 \u0431\u044b\u043b\u0438 \u0432\u044b\u0431\u0440\u0430\u043d\u044b \u0430\u0432\u0442\u043e\u0440\u0430\u043c\u0438 \u0434\u043b\u044f \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438. \u0410\u0432\u0442\u043e\u0440\u044b \u043e\u0431\u0443\u0447\u0430\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u044c, \u043d\u0430\u0447\u0438\u043d\u0430\u044f \u0441 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430, \u0441\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u0449\u0438\u0433\u043e \u0438\u0437 \u0442\u0440\u0435\u0445 \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u043a\u043e\u0432. \u042d\u0442\u043e \u0434\u0430\u0432\u0430\u043b\u043e \u043f\u043b\u043e\u0445\u043e\u0439 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u043a\u043e\u0432 \u0440\u0430\u0441\u0448\u0438\u0440\u044f\u043b\u0438. \u042d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u0441\u0441 \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d \u0432 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u043d\u0435 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u043e, \u0438 \u043d\u0435 \u0441\u043e\u0432\u0441\u0435\u043c \u043f\u043e\u043d\u044f\u0442\u043d\u043e, \u0432 \u043a\u0430\u043a\u043e\u043c \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043a\u0435 \u0430\u0432\u0442\u043e\u0440\u044b \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u043b\u044f\u043b\u0438 \u043d\u043e\u0432\u044b\u0435 \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u043a\u0438, \u0432\u0435\u0434\u044c, \u043e\u0447\u0435\u0432\u0438\u0434\u043d\u043e, \u0447\u0442\u043e \u043e\u043d\u0438 \u043d\u0435 \u043f\u0435\u0440\u0435\u0431\u0438\u0440\u0430\u043b\u0438 \u0432\u0441\u0435 \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043f\u043e\u0434\u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430 \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u043a\u043e\u0432. \u0418\u0442\u043e\u0433\u043e, \u0430\u0432\u0442\u043e\u0440\u0430\u043c\u0438 \u0431\u044b\u043b\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u043d\u044b 16 \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u043a\u043e\u0432, \u0441\u0440\u0435\u0434\u0438 \u043d\u0438\u0445 \u0432\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u0432 \u0440\u0438\u0434\u0430\u0445, \u0441\u0440\u0435\u0434\u043d\u0435\u0435 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u0430 \u0432 \u0440\u0438\u0434\u0430\u0445, \u0441\u0443\u043c\u043c\u0430 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432 \u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u043e\u0432 \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043f\u043e\u0437\u0438\u0446\u0438\u0438 (\u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u0438\u0435 \u0434\u0432\u0430 \u043d\u0435 \u0434\u0430\u043b\u0438 \u043d\u0438\u043a\u0430\u043a\u043e\u0433\u043e \u0443\u043b\u0443\u0447\u0448\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0440\u0438 \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0438 \u0432 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u043a\u043e\u0432), \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0440\u0438\u0434\u043e\u0432, \u0433\u043b\u0443\u0431\u0438\u043d\u0430 \u0441\u0435\u043a\u0432\u0435\u043d\u0438\u0440\u043e\u043d\u0438\u044f (\u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u0435\u0435 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043d\u0435 \u0434\u0430\u043b\u043e \u0443\u043b\u0443\u0447\u0448\u0435\u043d\u0438\u044f \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438), \u0431\u0430\u043b\u0430\u043d\u0441 \u0430\u043b\u043b\u0435\u043b\u0435\u0439, \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0440\u044f\u0434\u043e\u043c \u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u043e\u0432.<\/p>\n<p>  \u0421\u043e\u0433\u043b\u0430\u0441\u043d\u043e \u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u043a\u0443, \u043f\u0440\u0438\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u043d\u043e\u043c\u0443 \u0432 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435, \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434 \u043f\u0440\u0435\u0432\u043e\u0441\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432 \u043f\u043e \u0447\u0443\u0432\u0441\u0442\u0432\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0438 \u0441\u043f\u0435\u0446\u0438\u0444\u0438\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043d\u0430 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u043c \u0434\u0430\u0442\u0430\u0441\u0435\u0442\u0435 <a href=\"ftp:\/\/ftp.1000genomes.ebi.ac.uk\/vol1\/ftp\/data\/NA12878\/\">NA12878<\/a>. \u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0438\u043b 95.6% \u0432\u0441\u0435\u0445 true positives, \u0432 \u0442\u043e \u0432\u0440\u0435\u043c\u044f \u043a\u0430\u043a \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b: UnifiedGenotyper, UnifiedGenotyper+<a href=\"http:\/\/gatkforums.broadinstitute.org\/discussion\/39\/variant-quality-score-recalibration-vqsr\">VQSR<\/a>, <a href=\"http:\/\/samtools.sourceforge.net\/\">SAMtools<\/a> \u0438 <a href=\"https:\/\/github.com\/ekg\/freebayes\">FreeBayes<\/a> \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0438\u043b\u0438 \u043b\u0438\u0448\u044c 90.6%, 94.1%, 89.5% \u0438 88.7% \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e.<\/p>\n<p>  <img decoding=\"async\" src=\"http:\/\/habrastorage.org\/storage2\/01c\/a8d\/262\/01ca8d2624d178c8616ee6108b88fe52.png\"\/><\/p>\n<p>  \u0421\u0440\u0435\u0434\u0438 \u043d\u0435\u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043a\u043e\u0432 \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u0430 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0437\u0430\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u044c SVM \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0434\u0430\u0432\u0430\u0442\u044c \u043f\u043b\u043e\u0445\u0438\u0435 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u044b \u043d\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445, \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0430\u0449\u0438\u0445 \u0440\u0430\u0437\u043d\u044b\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0444\u0438\u043b\u0438 \u043e\u0448\u0438\u0431\u043e\u043a (error profile). \u041a\u0440\u043e\u043c\u0435 \u0442\u043e\u0433\u043e, \u043d\u0435\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u044f \u043d\u0430 \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e\u043f\u043e\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c, \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f \u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u043b\u0430\u0441\u044c \u043d\u0430 10-20% \u043c\u0435\u0434\u043b\u0435\u043d\u043d\u0435\u0435, \u0447\u0435\u043c \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434 GATK UnifiedGenotyper.<\/p>\n<p>  \u0412 \u0446\u0435\u043b\u043e\u043c \u0432\u044b\u0431\u0440\u0430\u043d\u043d\u0430\u044f \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u044c \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0445\u043e\u0440\u043e\u0448\u043e \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0441\u043f\u0435\u0446\u0438\u0444\u0438\u043a\u0435 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0438 \u0438 \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u043e\u0431\u0449\u0435\u0439 \u0442\u0435\u043d\u0434\u0435\u043d\u0446\u0438\u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432 \u043c\u0430\u0448\u0438\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0434\u043b\u044f \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u044b\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439.<\/p>\n<p>  \u0421\u0442\u0430\u0442\u044c\u044f \u043d\u0430\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u0430 <a href=\"http:\/\/habrahabr.ru\/users\/ksenia37\/\" class=\"user_link\">ksenia37<\/a> \u0432 \u0440\u0430\u043c\u043a\u0430\u0445 <a href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/courses\/bioinf\/2013\/spring\">\u0441\u0435\u043c\u0438\u043d\u0430\u0440\u0430 \u043f\u043e \u0431\u0438\u043e\u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0435<\/a>, \u0432\u0441\u0435 \u043f\u043b\u044e\u0441\u044b \u0432 \u043a\u0430\u0440\u043c\u0443 \u0435\u0439.    \t<\/p>\n<div class=\"clear\"><\/div>\n<\/p><\/div>\n<p> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 <a href=\"http:\/\/habrahabr.ru\/post\/183140\/\"> http:\/\/habrahabr.ru\/post\/183140\/<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<div class=\"content html_format\">   \t<img decoding=\"async\" src=\"http:\/\/habrastorage.org\/storage2\/bb0\/4f5\/c4a\/bb04f5c4a716848bfb821507f8ec2e3a.jpg\" align=\"right\"\/> \u0421\u0442\u0430\u0442\u044c\u044f 2013-\u043e\u0433\u043e \u0433\u043e\u0434\u0430 <a href=\"http:\/\/bioinformatics.oxfordjournals.org\/content\/29\/11\/1361\">\u00abA support vector machine for identification of single-nucleotide polymorphisms from next-generation sequencing data\u00bb<\/a> (O&#8217;Fallon, Wooderchak-Donahue, Crockett) \u043f\u0440\u0435\u0434\u043b\u0430\u0433\u0430\u0435\u0442 \u043d\u043e\u0432\u044b\u0439 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u043e\u043b\u0438\u0444\u043e\u0440\u043c\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432 \u0432 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0435 \u043d\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f <a href=\"http:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434_\u043e\u043f\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445_\u0432\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432\">\u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u043e\u043f\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445 \u0432\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432<\/a> (SVM). \u0425\u043e\u0442\u044f \u0440\u0430\u043d\u0435\u0435 \u0432 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 2011-\u043e\u0433\u043e \u0433\u043e\u0434\u0430 <a href=\"http:\/\/www.nature.com\/ng\/journal\/v43\/n5\/full\/ng.806.html\">\u00abA framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data\u00bb<\/a> \u0443\u0436\u0435 \u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u043b\u043e\u0441\u044c \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432 \u043c\u0430\u0448\u0438\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0434\u043b\u044f \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f <a href=\"http:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/\u041e\u0434\u043d\u043e\u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u043d\u044b\u0439_\u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\">\u043e\u0434\u043d\u043e\u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u043d\u044b\u0445 \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432<\/a> (<a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Single-nucleotide_polymorphism\">SNP<\/a>-\u043e\u0432, \u0441\u043d\u0438\u043f\u043e\u0432), \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434, \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043d\u0430 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 SVM, \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d \u0432\u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0435 \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435.<\/p>\n<p>  \u041e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0438\u043c\u043e\u0440\u0444\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432 \u0432 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u0435 \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u0430\u0436\u043d\u043e\u0439 (\u043d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0434\u043b\u044f <a href=\"http:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/\u041f\u043e\u043b\u043d\u043e\u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u044b\u0439_\u043f\u043e\u0438\u0441\u043a_\u0430\u0441\u0441\u043e\u0446\u0438\u0430\u0446\u0438\u0439\">\u043f\u043e\u043b\u043d\u043e\u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u043f\u043e\u0438\u0441\u043a\u0430 \u0430\u0441\u0441\u043e\u0446\u0438\u0430\u0446\u0438\u0439<\/a> aka <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Genome-wide_association_study\">GWAS<\/a>), \u043d\u043e \u043d\u0435\u0442\u0440\u0438\u0432\u0438\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0435\u0439. \u041f\u0440\u0438\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u0443\u0447\u0438\u0442\u044b\u0432\u0430\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u043c\u043d\u043e\u0433\u0438\u0435 \u043e\u0440\u0433\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u044b \u0433\u0435\u0442\u0435\u0440\u043e\u0437\u0438\u0433\u043e\u0442\u043d\u044b, \u0430 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435, \u0447\u0442\u043e \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0430\u0442\u044c \u043e\u0448\u0438\u0431\u043e\u0447\u043d\u0443\u044e \u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0446\u0438\u044e.  <\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-183140","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/183140","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=183140"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/183140\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=183140"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=183140"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=183140"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}