{"id":253915,"date":"2015-03-27T12:04:02","date_gmt":"2015-03-27T08:04:02","guid":{"rendered":"http:\/\/savepearlharbor.com\/?p=253915"},"modified":"-0001-11-30T00:00:00","modified_gmt":"-0001-11-29T21:00:00","slug":"","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/savepearlharbor.com\/?p=253915","title":{"rendered":"\u041c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u043c \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438 \u0432 \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0435 Gromacs"},"content":{"rendered":"<p> \t\t\t<img decoding=\"async\" src=\"\/\/habrastorage.org\/files\/fa9\/6e4\/fc6\/fa96e4fc6e424ee7a6b7de96480682bf.png\" height=\"160\" align=\"left\"\/>\u0418\u043d\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0445\u043e\u0447\u0435\u0442\u0441\u044f \u0437\u0430\u043d\u044f\u0442\u044c \u0441\u0432\u043e\u0439 \u043d\u043e\u0443\u0442\u0431\u0443\u043a \u0447\u0435\u043c-\u043d\u0438\u0431\u0443\u0434\u044c \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u044b\u043c, \u0434\u0430 \u0438 \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0441 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043e\u0439 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0433\u0430\u043b\u043e. \u041d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043b\u0435\u0442 \u043d\u0430\u0437\u0430\u0434, \u0432 \u0443\u043d\u0438\u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u0442\u0435\u0442\u0435 \u0441\u0442\u0430\u043b\u043a\u0438\u0432\u0430\u043b\u0441\u044f \u0431\u0435\u0433\u043b\u043e \u0441 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u043c \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438 \u0432 gromacs, \u044d\u0442\u043e \u0445\u043e\u0442\u044c \u0438 \u043d\u0435 \u0441\u043e\u0432\u0441\u0435\u043c \u0442\u043e, \u043d\u043e \u0443\u0436\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0431\u044b\u043b\u043e \u043f\u0440\u0438\u0442\u044f\u043d\u0443\u0442\u044c \u0437\u0430 \u0443\u0448\u0438 \u043a \u043c\u043e\u0435\u0439 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0435. \u0420\u0443\u0441\u0441\u043a\u043e\u044f\u0437\u044b\u0447\u043d\u043e\u0439 \u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043f\u043e \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a\u0443 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432 gromacs \u0443\u0434\u0430\u043b\u043e\u0441\u044c \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u043a\u0440\u0430\u0439\u043d\u0435 \u043c\u0430\u043b\u043e, \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u043d\u043e \u0441\u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0436\u0435 \u0438 \u0432 \u0433\u043b\u043e\u0431\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u043c \u043c\u0430\u0441\u0448\u0442\u0430\u0431\u0435, \u0432\u0441\u0435 \u0432 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u043e\u043c \u043e\u0431\u0441\u0443\u0436\u0434\u0430\u044e\u0442 \u0443\u0436 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u0433\u043b\u0443\u0431\u043e\u043a\u0438\u0435\/\u0442\u043e\u043d\u043a\u0438\u0435 \u043c\u043e\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b. \u0412 \u0438\u0442\u043e\u0433\u0435 \u0440\u0435\u0448\u0438\u043b \u0440\u0430\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0432 \u043d\u0435\u043c, \u0430 \u0437\u0430\u043e\u0434\u043d\u043e \u0438 \u043d\u0430\u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c \u043a\u0440\u0430\u0442\u043a\u043e\u0435 \u0440\u0443\u043a\u043e\u0432\u043e\u0434\u0441\u0442\u0432\u043e, \u043f\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044e gromacs. <\/p>\n<p>  \u041f\u0440\u0435\u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u0435\u043c\u0430\u044f \u0446\u0435\u043b\u044c \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 \u2014 \u043f\u043e\u043f\u0443\u043b\u044f\u0440\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c <a href=\"http:\/\/gromacs.org\">Gromacs<\/a> \u0432 \u0448\u0438\u0440\u043e\u043a\u0438\u0445 \u043a\u0440\u0443\u0433\u0430\u0445. \u0426\u0435\u043b\u0438 \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c \u043f\u043e\u043b\u043d\u044b\u0439 \u043e\u0445\u0432\u0430\u0442 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u0438 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0430 \u043d\u0435\u0442\u0443, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u044d\u0442\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043a\u0440\u0430\u0442\u043a\u0438\u0439 \u044d\u043a\u0441\u043a\u0443\u0440\u0441 <s>\u043f\u043b\u043e\u0445\u0430\u044f \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0438\u0447\u043a\u0430<\/s>, \u0441 \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430\u043c\u0438 \u0438 \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a\u043e\u043c.<br \/>  <a name=\"habracut\"><\/a>  <\/p>\n<h4>\u041d\u0435\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441\u043b\u043e\u0432\u2026 \u0438\u043b\u0438 \u0437\u0430\u0447\u0435\u043c \u043d\u0430\u043c \u0432\u0441\u0435 \u044d\u0442\u043e \u043d\u0430\u0434\u043e<\/h4>\n<p>  \u0415\u0441\u043b\u0438 \u0433\u043e\u0432\u043e\u0440\u0438\u0442\u044c \u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043b\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u044b\u0445 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440, \u0442\u043e \u043f\u0440\u0430\u043a\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438 \u0432\u0441\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0440\u0430\u0437\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0434\u0432\u0435 \u0433\u0440\u0443\u043f\u043f\u044b: \u041a\u0432\u0430\u043d\u0442\u043e\u0432\u043e-\u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u0438 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438. \u041e\u0442\u043b\u0438\u0447\u0438\u0435 \u044d\u0442\u0438\u0445 \u0433\u0440\u0443\u043f\u043f \u043f\u0440\u0438\u043d\u0446\u0438\u043f\u0438\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0435. <\/p>\n<p>  \u041a\u0432\u0430\u043d\u0442\u043e\u0432\u043e-\u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u044b\u0432\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u043a\u0432\u0430\u043d\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u043a\u0438. \u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u044b\u0435 \u0432 \u043d\u0438\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u044b \u0432\u0435\u0434\u0443\u0442\u0441\u044f \u043b\u0438\u0431\u043e \u0438\u0437 \u201c\u0447\u0435\u0441\u0442\u043d\u044b\u0445\/\u0442\u043e\u0447\u043d\u044b\u0445\u201d \u043a\u0432\u0430\u043d\u0442\u043e\u0432\u044b\u0445 \u0443\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435\u043d\u0438\u0439, \u043b\u0438\u0431\u043e \u0438\u0437 \u0438\u0445 \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0445 \u043f\u0440\u0438\u0431\u043b\u0438\u0436\u0435\u043d\u0438\u0439, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0434\u0435\u043b\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0434\u043b\u044f \u0443\u0441\u043a\u043e\u0440\u0435\u043d\u0438\u044f \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u043e\u0432. \u0421\u0442\u043e\u0438\u0442 \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0442\u044c \u0445\u0438\u043c\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u0440\u0435\u0430\u043a\u0446\u0438\u0438 \u0442.\u0435. \u043f\u0440\u0435\u0432\u0440\u0430\u0449\u0435\u043d\u0438\u044f \u043e\u0434\u043d\u0438\u0445 \u0432\u0435\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432 \u0432 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435 \u0441 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0432\u044b\u0441\u043e\u043a\u043e\u0439 \u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e. \u041f\u043e\u0434 \u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u0435\u0442 \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u0442\u044c \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u044d\u043d\u0435\u0440\u0433\u0438\u0439 \u0441\u0432\u044f\u0437\u0435\u0439 \u0432 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u0435, \u0440\u0430\u0437\u043d\u0438\u0446\u044b \u0434\u043e \u0438 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435 \u0440\u0435\u0430\u043a\u0446\u0438\u0438. \u0414\u043b\u044f \u043b\u0443\u0447\u0448\u0435\u0433\u043e \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u0437\u043d\u0430\u044e, \u0447\u0442\u043e \u0431\u044b\u0432\u0430\u043b\u0438 \u0441\u0438\u0442\u0443\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043f\u043e\u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u043d\u043d\u043e\u0435 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043e\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u043b\u043e\u0441\u044c \u0442\u043e\u0447\u043d\u0435\u0435 \u0438\u0437\u043c\u0435\u0440\u0435\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u044d\u043a\u0441\u043f\u0435\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e. \u0422.\u0435. \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0442\u043e\u0447\u043d\u044b\u0435 \u044d\u043a\u0441\u043f\u0435\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b \u0432 \u0431\u0443\u0434\u0443\u0449\u0435\u043c \u043f\u043e\u0434\u0442\u0432\u0435\u0440\u0436\u0434\u0430\u043b\u0438 \u043a\u0432\u0430\u043d\u0442\u043e\u0432\u043e-\u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u044b. \u041d\u043e \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u0438\u043c\u0435\u044e\u0442 \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043d\u0435\u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u043a \u044d\u0442\u043e \u0442\u0440\u0435\u0431\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043a \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u043e\u0439 \u0432\u044b\u0447\u0438\u0441\u043b\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043c\u043e\u0449\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438(\u043d\u0430 \u201c\u043d\u0435 \u0441\u0443\u043f\u0435\u0440 \u043a\u043e\u043c\u043f\u044c\u044e\u0442\u0435\u0440\u0430\u0445\u201d \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u044b \u0432 \u0442\u044b\u0441\u044f\u0447\u0443 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0438\u043c\u0435\u044e\u0442 \u043d\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0435 \u0432\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u0430 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u043e\u0432). \u041a\u0430\u043a\u0438\u0435-\u0442\u043e \u0446\u0438\u0444\u0440\u044b \u043f\u043e \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u0430\u043c \u044f \u043f\u0440\u0438\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u043d\u0435 \u043c\u043e\u0433\u0443, \u043f\u043e\u0434\u0437\u0430\u0431\u044b\u043b.<\/p>\n<p>  \u041c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u0430\u044f-\u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430 \u043a\u043b\u0430\u0441\u0441\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0439 \u043d\u044c\u044e\u0442\u043e\u043d\u043e\u0432\u0441\u043a\u043e\u0439 \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u043a\u0435. \u0422.\u0435. \u0432\u0441\u0435 \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u044f \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u043a\u043b\u0430\u0441\u0441\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u043c \u043e\u0431\u0440\u0430\u0437\u043e\u043c \u0438\u0437 \u201c\u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u044b\u0445\u201d \u0443\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435\u043d\u0438\u0439. \u0412 \u044d\u0442\u043e\u043c \u0438 \u0441\u043b\u0430\u0431\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438 \u0441\u0438\u043b\u0430 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430. \u0421 \u043e\u0434\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u043e\u0440\u043e\u043d\u044b \u044d\u0442\u043e \u0434\u0430\u0435\u0442 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u044b \u0441 \u043c\u0438\u043b\u043b\u0438\u043e\u043d\u0430\u043c\u0438 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432. \u0421 \u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0439 \u0441\u0442\u043e\u0440\u043e\u043d\u044b \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u044b \u0438\u0434\u0443\u0442 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043d\u0430 \u0443\u0440\u043e\u0432\u043d\u0435 \u043c\u0435\u0436\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u044f \u0438 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u0445\u0438\u043c \u0440\u0435\u0430\u043a\u0446\u0438\u0439 \u00ab\u043d\u0435 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u044b\u00bb, \u0432 \u043e\u0442\u043b\u0438\u0447\u0438\u0438 \u043e\u0442 \u043a\u0432\u0430\u043d\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0445\u0438\u043c\u0438\u0438, \u0433\u0434\u0435 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u00ab\u0432\u0441\u0451\u00bb.<\/p>\n<h5>\u041f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u044b \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f gromacs:<\/h5>\n<p>  \u0421\u043b\u0438\u043f\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0438\u044d\u0442\u0438\u043b\u0435\u043d\u0430:<\/p>\n<p>  <iframe loading=\"lazy\" width=\"560\" height=\"349\" src=\"\/\/www.youtube.com\/embed\/ZSoArVvs5z0?wmode=opaque\" frameborder=\"0\" allowfullscreen><\/iframe><\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">\u0417\u0430\u043c\u0435\u0440\u0437\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0432\u043e\u0434\u044b<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\"><iframe loading=\"lazy\" width=\"560\" height=\"349\" src=\"\/\/www.youtube.com\/embed\/gIUqcBXHkf8?wmode=opaque\" frameborder=\"0\" allowfullscreen><\/iframe>  <\/div>\n<\/div>\n<p>  <\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">\u0414\u041d\u041a \u0432 \u0432\u043e\u0434\u0435<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\"><iframe loading=\"lazy\" width=\"560\" height=\"349\" src=\"\/\/www.youtube.com\/embed\/GlLHYIFeHvQ?wmode=opaque\" frameborder=\"0\" allowfullscreen><\/iframe>  <\/div>\n<\/div>\n<p>  \u041d\u0430\u0447\u043d\u0435\u043c \u0441 \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0438, \u0442.\u043a. \u043e\u043d\u0430 \u0432 \u043f\u0440\u0438\u043d\u0446\u0438\u043f\u0435 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0432\u044b\u0437\u0432\u0430\u0442\u044c \u0442\u0440\u0443\u0434\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438<\/p>\n<h3>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430<\/h3>\n<p>  <b>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430 gromacs<\/b><br \/>  \u041c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u0442\u044c \u043a\u0430\u043a\u0443\u044e-\u0442\u043e \u0441\u0431\u043e\u0440\u043a\u0443 \u0438\u0437 \u0440\u0435\u043f\u043e\u0437\u0438\u0442\u043e\u0440\u0438\u044f:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">sudo apt-get install gromacs <\/code><\/pre>\n<p>  \u043d\u043e \u0434\u043b\u044f \u0445\u043e\u0440\u043e\u0448\u0435\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0440\u0435\u043a\u043e\u043c\u0435\u043d\u0434\u0443\u044e \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u0441\u0431\u043e\u0440\u043a\u0443 \u0441\u0430\u043c\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e, \u043f\u043e\u0434 \u0441\u0432\u043e\u0435 \u0436\u0435\u043b\u0435\u0437\u043e(\u0443 \u043c\u0435\u043d\u044f \u044d\u0442\u043e i5-3210M, geforce 620m):<\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">\u043f\u043e\u0447\u0435\u043c\u0443:<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\u043f\u0440\u0438 \u0441\u0431\u043e\u0440\u043a\u0435 \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u0441\u0441\u043e\u0440\u043d\u044b\u0435 \u043a\u043e\u043c\u0430\u043d\u0434\u044b \u0440\u0430\u0437\u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u044b, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0438\u043b\u0438 \u043d\u0435\u0442 \u0432\u0438\u0434\u0435\u043e\u043a\u0430\u0440\u0442\u0443 \u0438\u0442\u043f. \u0423 \u043c\u0435\u043d\u044f \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0441\u043e\u0431\u0440\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u0438 \u0432 2 \u0440\u0430\u0437\u0430 \u0432\u044b\u0448\u0435 \u043f\u043e \u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435\u043d\u0438\u044e \u0441 \u0440\u0435\u043f\u043e\u0437\u0438\u0442\u043e\u0440\u043d\u043e\u0439, \u0432 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u043e\u043c \u043a\u043e\u043d\u0435\u0447\u043d\u043e \u0438\u0437-\u0437\u0430 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432\u0438\u0434\u0435\u043e\u043a\u0430\u0440\u0442\u044b<\/div>\n<\/div>\n<p>  <a href=\"http:\/\/www.gromacs.org\/Downloads\">\u0421\u043a\u0430\u0447\u0438\u0432\u0430\u0435\u043c<\/a> \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u044e\u044e, \u0441\u0442\u0430\u0431\u0438\u043b\u044c\u043d\u0443\u044e \u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u044e \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b, \u0432 \u043c\u043e\u0435\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u044d\u0442\u043e gromacs 5.0.4. \u0420\u0430\u0441\u043f\u0430\u043a\u043e\u0432\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c \u0438 \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u0435\u043c \u043f\u0430\u043f\u043a\u0443 \u0434\u043b\u044f \u0441\u0431\u043e\u0440\u043a\u0438:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">tar xfz gromacs-5.0.4.tar.gz cd gromacs-5.0.4 mkdir build cd build <\/code><\/pre>\n<p>  \u0434\u0430\u043b\u0435\u0435 \u0441\u0430\u043c\u044b\u0439 \u0432\u0430\u0436\u043d\u044b\u0439 \u043c\u043e\u043c\u0435\u043d\u0442, \u0438\u0437-\u0437\u0430 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u0432\u0435\u0441\u044c \u044d\u0442\u043e\u0442 \u043d\u0435\u043f\u0440\u0438\u0433\u043b\u044f\u0434\u043d\u044b\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u0441\u0441 \u0438 \u0437\u0430\u0442\u0435\u044f\u043d \u2014 \u0432\u044b\u0431\u043e\u0440 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u044b\u0445 \u043a\u043e\u043c\u043c\u0430\u043d\u0434 \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u0441\u0441\u043e\u0440\u0430, \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u0430, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432\u0438\u0434\u0435\u043e\u043a\u0430\u0440\u0442\u044b \u0438\u0442\u043f. \u041f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u0435\u0435 \u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430\u0445 \u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u043e \u0432 <a href=\"http:\/\/www.gromacs.org\/Documentation\/Installation_Instructions\">\u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438<\/a> \u043a \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0435. \u041f\u043e \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043a\u0443, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c \u0434\u043b\u044f \u043d\u0430\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u043a\u0438 cmake:<\/p>\n<ul>\n<li> \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 FFTW: -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_FFT_LIBRARY=FFTW <\/li>\n<li> \u0432\u044b\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u043c \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440 \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u0441\u0441\u043e\u0440\u043d\u044b\u0445 \u043a\u043e\u043c\u0430\u043d\u0434, \u0434\u043b\u044f \u043c\u043e\u0435\u0433\u043e \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u0441\u0441\u043e\u0440\u0430 \u044d\u0442\u043e avx \u0438 \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0449\u0430\u044f \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c -GMX_SIMD=AVX_256 (<a href=\"http:\/\/www.gromacs.org\/Documentation\/Installation_Instructions#simd-support\">\u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435<\/a>)<\/li>\n<li>\u043f\u043e\u0434\u0434\u0435\u0440\u0436\u043a\u0430 \u0432\u0438\u0434\u0435\u043e\u043a\u0430\u0440\u0442\u044b -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=\/usr\/lib\/nvidia-cuda-toolkit\/ \u043f\u0443\u0442\u044c \u0434\u043e cuda toolkit<\/li>\n<li>-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=\/usr\/local\/ \u0432\u044b\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u043c \u043f\u0430\u043f\u043a\u0443 \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0438. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u043e-\u0443\u043c\u043e\u043b\u0447\u0430\u043d\u0438\u044e, \u0442\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0443\u0432\u0438\u0434\u0435\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430 \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u0435\u0434\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432 \/usr\/local\/gromacs\/, \u0447\u0442\u043e \u043f\u043e\u0442\u0440\u0435\u0431\u0443\u0435\u0442 \u0434\u043e\u043f\u043e\u043b\u043d\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u043f\u0440\u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u043f\u0443\u0442\u0435\u0439, \u0434\u043b\u044f \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a\u0430, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u043e\u0442\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u043c \u0435\u0433\u043e \u0432 \/usr\/local.<\/li>\n<\/ul>\n<p>  \u041d\u0430\u0441\u0442\u0440\u0430\u0438\u0432\u0430\u0435\u043c, \u0441\u043e\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u043c \u0438 \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u0430\u0432\u043b\u0438\u0432\u0430\u0435\u043c:<\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">checkinstall<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\u043f\u0440\u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 chekinstall \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e, \u043a\u0430\u043a \u043c\u0438\u043d\u0438\u043c\u0443\u043c \u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b \u0438 \u0435\u0451 \u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u044e, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u043d\u0435 \u0431\u044b\u043b\u043e \u043a\u043e\u043d\u0444\u043b\u0438\u043a\u0442\u043e\u0432 (gromacs 5.0.4 \u2014 \u0443 \u043c\u0435\u043d\u044f \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e)<\/div>\n<\/div>\n<p>  <\/p>\n<pre><code class=\"bash\">cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=\/usr\/lib\/nvidia-cuda-toolkit\/ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=\/usr\/local\/ make -j2 sudo checkinstall <\/code><\/pre>\n<p>  \u0415\u0441\u043b\u0438 \u043d\u0430 \u043a\u0430\u043a\u043e\u043c-\u0442\u043e \u0448\u0430\u0433\u0435 \u043d\u0430\u0447\u0438\u043d\u0430\u0435\u0442 \u0440\u0443\u0433\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u043e\u0431 \u043e\u0442\u0441\u0443\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0449\u0438\u0445 \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0430\u0445 \u2014 \u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u043c \u0438\u0445. \u0423 \u043c\u0435\u043d\u044f \u043d\u0438 \u043d\u0430 \u0447\u0442\u043e \u043d\u0435 \u0441\u0440\u044b\u0433\u043d\u0443\u043b\u0430\u0441\u044c, \u0445\u043e\u0442\u044f \u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u043b \u043d\u0430 \u0441\u0432\u0435\u0436\u0443\u044e ubuntu 14.04, \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e \u0432\u0441\u0435 \u0434\u043e\u043b\u0436\u043d\u043e \u043f\u0440\u043e\u0439\u0442\u0438 \u00ab\u0433\u043b\u0430\u0434\u043a\u043e\u00bb.<\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">\u041f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u044f\u0435\u043c<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\n<pre><code class=\"bash\">user@user-300E5C:~\/source\/gromacs-5.0.4\/build$ grompp GROMACS:    gmx grompp, VERSION 5.0.4 GROMACS is written by: ..... GROMACS:      gmx grompp, VERSION 5.0.4 Executable:   \/usr\/local\/bin\/gmx Library dir:  \/usr\/local\/share\/gromacs\/top Command line:   grompp ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 5.0.4 Source code file: \/home\/user\/MODELING\/source\/gromacs-5.0.4\/src\/gromacs\/fileio\/futil.cpp, line: 545 File input\/output error: grompp.mdp For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS <\/code><\/pre>\n<p>  \u041f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430 \u0440\u0443\u0433\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430 \u043e\u0442\u0441\u0443\u0442\u0441\u0442\u0432\u0438\u0435 \u0432\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0445 \u0444\u0430\u0439\u043b\u043e\u0432, \u0447\u0442\u043e \u0438 \u043e\u0436\u0438\u0434\u0430\u043b\u043e\u0441\u044c.  <\/div>\n<\/div>\n<p>  \u041f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u0435\u0435 \u043e \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 <s>\u0438\u043b\u0438 \u043d\u0435 \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438<\/s> \u0432 <a href=\"http:\/\/www.gromacs.org\/Documentation\/Installation_Instructions\">\u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438<\/a>.<\/p>\n<p>  <b>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430 VMD<\/b><br \/>  VMD \u044d\u0442\u043e \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b, \u0442.\u0435. \u043f\u0440\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0430 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f. \u0418\u0442\u0430\u043a \u0440\u0435\u0433\u0438\u0441\u0442\u0440\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c\u0441\u044f \u043d\u0430 \u0441\u0430\u0439\u0442\u0435 \u0438 \u0441\u043a\u0430\u0447\u0438\u0432\u0430\u0435\u043c \u043d\u0443\u0436\u043d\u0443\u044e \u043d\u0430\u043c \u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u044e <a href=\"http:\/\/www.ks.uiuc.edu\/Development\/Download\/download.cgi?PackageName=VMD\">VMD<\/a>, \u0440\u0435\u043a\u043e\u043c\u0435\u043d\u0434\u0443\u044e \u0441 \u043f\u043e\u0434\u0434\u0435\u0440\u0436\u043a\u043e\u0439 GPU.<\/p>\n<p>  \u0420\u0430\u0441\u043f\u0430\u043a\u043e\u0432\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c, \u043c\u0435\u043d\u044f\u0435\u043c \u0435\u0441\u043b\u0438 \u043d\u0443\u0436\u043d\u043e \u043f\u0443\u0442\u0438 \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0438 \u0438 \u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u043c, \u043d\u0435 \u0437\u0430\u0431\u044b\u0432\u0430\u044f \u043f\u043e\u043c\u0435\u043d\u044f\u0442\u044c \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0430 \u043d\u0430 vmd \u0438 \u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c \u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u044e, \u043f\u0440\u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 checkinstall<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">cd vmd 1.9.1 .\/configure cd src sudo checkinstall <\/code><\/pre>\n<p>  \u0411\u0443\u0434\u0435\u043c \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0442\u044c \u0447\u0442\u043e \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u043d\u0430\u043c \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0438 \u043f\u0440\u0438\u0441\u0442\u0443\u043f\u0438\u043c \u043a \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044e.<\/p>\n<h3>\u041c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435<\/h3>\n<p>  \u041c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0440\u0430\u0437\u0431\u0438\u0442\u044c \u043d\u0430 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u044d\u0442\u0430\u043f\u043e\u0432.<\/p>\n<ul>\n<li>\u0420\u0435\u0448\u0438\u0442\u044c \u0447\u0442\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0438 \u0441 \u043a\u0430\u043a\u043e\u0439 \u0446\u0435\u043b\u044c\u044e, \u043e\u0442\u0441\u044e\u0434\u0430 \u0431\u0443\u0434\u0443\u0442 \u043e\u0442\u0442\u0430\u043b\u043a\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f.<\/li>\n<li>\u041d\u0430\u0439\u0442\u0438\/\u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c \u0444\u0430\u0439\u043b \u0441 \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u0430\u043c\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\/\u044b (gro pdb)<\/li>\n<li>\u0421\u043e\u0437\u0434\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044b \u2014 \u0442.\u0435. \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0441\u0432\u044f\u0437\u0435\u0439 \u0438\u0442\u043f. \u0424\u0430\u043a\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438 \u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0443 gromacs \u0441 \u0447\u0435\u043c \u043e\u043d \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0442\u044c<\/li>\n<li>\u0417\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f<br \/> \n<ul>\n<li>\u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0430\u0446\u0438\u044f<\/li>\n<li>\u0441\u0430\u043c\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li>\u0410\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437<\/li>\n<\/ul>\n<p>  \u0422\u043e\u0447\u043d\u043e \u043f\u043e \u043f\u0443\u043d\u043a\u0442\u0430\u043c \u043f\u043e\u0440\u0431\u0435\u0433\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0432 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u043d\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0443, \u0442.\u043a \u0434\u043e\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u043c \u043e\u0442\u043b\u0438\u0447\u0438\u044f \u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0438 \u0441\u0430\u043c\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0432 \u043a\u043e\u043d\u0444\u0438\u0433\u0443\u0440\u0430\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b\u0435, \u0430 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437 \u0434\u0435\u043b\u043e \u0441\u043f\u0435\u0446\u0438\u0444\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0435 \u0438 \u0434\u043b\u0438\u043d\u043d\u043e\u0435\u2026<\/p>\n<h4>\u0412\u043e\u0434\u0430<\/h4>\n<p>  \u0414\u043b\u044f \u043d\u0430\u0433\u043b\u044f\u0434\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043f\u043e\u043f\u0440\u043e\u0431\u0443\u0435\u043c \u0441\u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u0443\u044e \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u0443 \u2014 \u0432\u043e\u0434\u0443. \u041a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u043d\u044b\u0439 \u0444\u0430\u0439\u043b \u0438 \u0444\u0430\u0439\u043b \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044b \u0432\u043e\u0434\u044b \u0435\u0441\u0442\u044c \u0432 \u0441\u0438\u043b\u043e\u0432\u044b\u0445 \u043f\u043e\u043b\u044f\u0445, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0432\u0448\u0438\u0442\u044b \u0432 \u0441\u0430\u043c \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442. \u0422.\u043a. \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0447\u0435\u0433\u043e-\u043b\u0438\u0431\u043e \u0432 \u0432\u043e\u0434\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0447\u0430\u0441\u0442\u043e, \u0442\u043e \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0442\u0438\u043f\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0435\u0439 \u0432\u043e\u0434\u044b \u0438 \u043e\u0434\u043d\u0430 \u0438\u0437 \u043b\u0443\u0447\u0448\u0438\u0445 \u044d\u0442\u043e tip4p-ew. \u042d\u0442\u0443 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u044c \u0432\u043e\u0434\u044b \u043c\u044b \u0438 \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c.<br \/>  \u0412 \u043f\u0430\u043f\u043a\u0435 \u0433\u0440\u043e\u043c\u0430\u043a\u0441\u0430, \u0443\u0436\u0435 \u0435\u0441\u0442\u044c \u043e\u0442\u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u0430\u044f \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u044c \u0432 216 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b \u0432\u043e\u0434\u044b, \u0435\u0451 \u0438 \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c. <\/p>\n<pre><code class=\"bash\">:~\/computate\/$ mkdir water_sug water_sug\/water water_sug\/sug :~\/computate\/$ cd water_sug\/water :~\/computate\/water_sug\/water\/$ cp \/usr\/local\/share\/gromacs\/top\/tip4p.gro h2o_216.gro :~\/computate\/water_sug\/water\/$ genconf -f h2o_216.gro -nbox 2 2 2 -o h2o_1728.gro <\/code><\/pre>\n<p>  \u0411\u044b\u043b\u0430 \u0441\u043a\u043e\u043f\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0430 \u043e\u0442\u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u0430\u044f \u0432\u043e\u0434\u0430, \u0432 216 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b, \u0434\u0430\u043b\u0435\u0435 \u043e\u043d\u0430 \u0431\u044b\u043b\u0430 \u0440\u0430\u0437\u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u043d\u0430 \u0432 \u0442\u0440\u0435\u0445 \u043d\u0430\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f\u0445 \u00ab\u043d\u0430 \u0435\u0449\u0435 \u043e\u0434\u043d\u0443\u00bb, \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u043b\u0441\u044f \u0438\u0442\u043e\u0433\u043e\u0432\u044b\u0439 \u0444\u0430\u0439\u043b \u0432 1728 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b \u0432\u043e\u0434\u044b. \u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 genconf \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u043c \u0433\u0440\u043e\u043c\u0430\u043a\u0441\u0430, \u0435\u0433\u043e \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0432 \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438.<\/p>\n<p>  \u041d\u0430\u0433\u043b\u044f\u0434\u043d\u043e \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c \u0437\u0430 \u0442\u0435\u043c, \u0447\u0442\u043e \u0431\u044b\u043b\u043e \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u043d\u043e:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">vmd h2o_216.gro <\/code><\/pre>\n<p>  \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0432\u0448\u0430\u044f\u0441\u044f \u043a\u0430\u0440\u0442\u0438\u043d\u043a\u0430, \u043d\u0435 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043d\u0435 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043a\u0440\u0430\u0441\u0438\u0432\u0430, \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0435\u043c \u043f\u043e \u043b\u0443\u0447\u0448\u0435, \u0434\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u043e\u0442\u043a\u0440\u043e\u0435\u043c graphics-&gt;representation \u0438 \u0432\u044b\u0431\u0435\u0440\u0435\u043c \u0432 \u00abdrawing method\u00bb: VDW<\/p>\n<p>  <img decoding=\"async\" src=\"\/\/habrastorage.org\/files\/462\/5cd\/69d\/4625cd69db734480aed69c7dc83f4e41.png\" width=\"400\"\/><\/p>\n<p>  \u0442\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c, \u043d\u0430 \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0443\u044e \u043a\u0430\u0440\u0442\u0438\u043d\u0443 \u00ab\u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u043e\u0439\u00bb \u0444\u0430\u0439\u043b \u0432\u043e\u0434\u044b, \u043e\u0442\u0436\u0430\u0432 D \u0432 \u043e\u0442\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u0438 \u043f\u0440\u043e\u0448\u043b\u043e\u0433\u043e \u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f file-&gt;new molecule, \u0438 \u0442\u0430\u043a \u0436\u0435 \u043c\u0435\u043d\u044f\u0435\u043c \u0442\u0438\u043f \u043e\u0442\u0440\u0438\u0441\u043e\u0432\u043a\u0438 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432:<\/p>\n<p>  <img decoding=\"async\" src=\"\/\/habrastorage.org\/files\/cf7\/03c\/21a\/cf703c21abc941fcaab3b6ccf3f04c87.png\" width=\"400\"\/><\/p>\n<p>  \u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0435\u0451 \u043e\u0442\u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c(\u0442.\u043a. 8 \u0431\u043b\u043e\u043a\u043e\u0432 \u043d\u0430 \u0441\u0442\u044b\u043a\u0430\u0445 \u0441\u043a\u043e\u0440\u0435\u0435 \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e \u043d\u0435 \u043e\u0442\u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b): \u0434\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u043f\u043e\u0442\u0440\u0435\u0431\u0443\u044e\u0442\u0441\u044f \u0444\u0430\u0439\u043b\u044b \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0438 \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044f \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044b, \u0442.\u0435. \u0444\u0430\u0439\u043b\u044b \u043e\u0442\u0440\u0430\u0436\u0430\u044e\u0449\u0438\u0435 \u0442\u043e, \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u0441\u0432\u044f\u0437\u0438 \u0432 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0435 \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0442, \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u0441\u0438\u043b\u044b \u0438 \u043d\u0430 \u0447\u0442\u043e \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0438\u0442\u043f. \u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u043f\u043e\u043b\u0435 \u0441\u0438\u043b OPLS\/AA. <\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">\u041a\u0440\u0430\u0442\u043a\u0430\u044f \u0442\u0435\u043e\u0440\u0438\u044f<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\u0414\u043b\u044f \u0438\u0437\u0431\u0435\u0433\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432\u043e\u0437\u043d\u0438\u043a\u043d\u043e\u0432\u0435\u043d\u0438\u044f \u0433\u0440\u0430\u043d\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u044d\u0444\u0444\u0435\u043a\u0442\u043e\u0432 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u0435\u0440\u0438\u043e\u0434\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u0431\u043e\u043a\u0441\u044b, \u0442.\u0435. \u043d\u0430 \u0433\u0440\u0430\u043d\u0438\u0430\u0445 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u0430 \u0441\u0442\u0430\u043b\u043a\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u0430\u043c\u0430 \u0441 \u0441\u043e\u0431\u043e\u0439. \u0422.\u043a. \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u0432 \u043a\u0430\u043a\u043e\u0439-\u0442\u043e \u0441\u0440\u0435\u0434\u0435, \u0443 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0439 \u0435\u0441\u0442\u044c \u0442\u0435\u043c\u043f\u0435\u0440\u0430\u0442\u0443\u0440\u0430, \u0434\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435, \u0442\u043e \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0442 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u043f\u0440\u0438\u0432\u043e\u0434\u0430 \u043a \u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430\u043c. \u042d\u0442\u043e \u0442\u0430\u043a \u043d\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c\u044b\u0435 \u0431\u0430\u0440\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u044b \u0438 \u0442\u0435\u0440\u043c\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u044b, \u043e\u043d\u0438 \u0431\u044b\u0432\u0430\u044e\u0442 \u0440\u0430\u0437\u043d\u044b\u0445 \u0432\u0438\u0434\u043e\u0432 \u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044e\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430 \u0440\u0430\u0437\u043d\u044b\u0445 \u044d\u0442\u0430\u043f\u0430\u0445 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f. <\/p>\n<p>  \u041a\u0443\u043b\u043e\u043d\u043e\u0432\u0441\u043a\u0438\u0435 \u0441\u0438\u043b \u0440\u0430\u0441\u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u0440\u0430\u043d\u044f\u044e\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430 \u0431\u0435\u0441\u043a\u043e\u043d\u0435\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c, \u043d\u043e \u043f\u0440\u0438 \u044d\u0442\u043e\u043c \u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u043e \u0441\u043f\u0430\u0434\u0430\u044e\u0442, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u0442\u0430\u043a \u043d\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c\u044b\u0439 \u0440\u0430\u0434\u0438\u0443\u0441 \u043e\u0431\u0440\u0435\u0437\u0430\u043d\u0438\u044f \u0438\u043b\u0438 \u0432\u0435\u0440\u043b\u0435\u0442(\u043f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u0435\u0435 \u0432 \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438).<\/p>\n<p>  \u0414\u043b\u044f \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u043e\u0432 \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0440\u0430\u0437\u043d\u044b\u0445 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043e\u0442\u043b\u0438\u0447\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0441\u043a\u043e\u0440\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e, \u0438 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430\u043c\u0438 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b. \u0414\u043e\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u043c \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u044b \u043d\u0435 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0442\u044c \u043d\u0435 \u0441\u0438\u043b\u044c\u043d\u043e \u00ab\u0434\u0435\u0441\u0442\u0430\u0431\u0438\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445\u00bb \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u0430\u0445, \u043d\u043e \u043f\u0440\u0438 \u044d\u0442\u043e\u043c \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u044b\u0435, \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u0430 \u0432 \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c \u0441\u043c\u044b\u0441\u043b\u0435 \u0441\u0442\u0430\u0431\u0438\u043b\u044c\u043d\u0430. \u0414\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435 \u0436\u0435 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u044b \u043d\u0435\u0432\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e \u043c\u0435\u0434\u043b\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b, \u043d\u043e \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0432\u044b\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u0443 \u0438\u0437 \u0441\u0438\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0442\u043a\u043b\u043e\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f \u0432 \u0441\u043b\u0430\u0431\u043e\u0435 \u0438\u0442\u043f.<\/p>\n<p>  \u041f\u043e\u043b\u044f \u0441\u0438\u043b \u2014 \u044d\u0442\u043e \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440 \u044d\u043c\u043f\u0438\u0440\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0445 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432 \u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u0445 \u0432\u043d\u0443\u0442\u0440\u0438 \u0438 \u043c\u0435\u0436\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u044b\u0435 \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u044f, \u043f\u043e \u0441\u0443\u0442\u0438 \u044d\u0442\u043e \u0447\u0438\u0441\u043b\u0430 \u0432 <a href=\"https:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/%D0%9F%D0%BE%D1%82%D0%B5%D0%BD%D1%86%D0%B8%D0%B0%D0%BB_%D0%9B%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%80%D0%B4-%D0%94%D0%B6%D0%BE%D0%BD%D1%81%D0%B0\">\u043b\u0435\u0440\u043d\u0430\u0440\u0434-\u0434\u0436\u043e\u043d\u0441\u043e\u0432\u0441\u043a\u043e\u0435<\/a> \u0432\u0437\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u0435(\u0438\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0440\u0437\u0435 \u0438\u043b\u0438&#8230;), \u0430 \u0442\u0430\u043a \u0436\u0435 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b \u0441\u0432\u044f\u0437\u0438 \u0432 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0435. \u0422.\u0435. \u0441\u0438\u043b\u0430 \u0441\u0442\u044f\u0433\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0441\u0432\u044f\u0437\u0438, \u0435\u0451 \u0434\u043b\u0438\u043d\u0430, \u0441\u0438\u043b\u0430 \u0443\u0434\u0435\u0440\u0436\u0430\u043d\u0438\u044f \u043f\u043b\u043e\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0438 \u0434\u0432\u0443\u0433\u0440\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0443\u0433\u043b\u043e\u0432 \u0438\u0442\u043f. \u0412\u0441\u0435 \u044d\u0442\u0438 \u0432\u0435\u0449\u0438 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u043f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u043e \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u044b \u0432 \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438, \u0430 \u0442\u0430\u043a \u0436\u0435 \u043b\u0435\u0433\u043a\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0438\u0445 \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u0438\u044f \u043d\u0430 \u0440\u0443\u0441\u0441\u043a\u043e\u043c. <\/p>\n<p>  \u0420\u0430\u0437\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0447\u0438\u043a\u0438 \u0440\u0435\u043a\u043e\u043c\u0435\u043d\u0434\u0443\u044e\u0442, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u043d\u0435 \u0438\u0437\u0432\u0435\u0441\u0442\u043d\u043e \u0447\u0442\u043e \u043d\u0443\u0436\u043d\u043e \u2014 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u043f\u043e\u043b\u0435 opls\/aa. <\/p><\/div>\n<\/div>\n<p>  C\u043e\u0437\u0434\u0430\u0435\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b \u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u0439 \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u043e\u0439 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u044b:<\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">topol.top<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\n<pre> ; Include forcefield parameters #include &quot;oplsaa.ff\/forcefield.itp&quot; ;\u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c \u043a\u0430\u043a\u043e\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0435 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c  #include &quot;oplsaa.ff\/tip4p.itp&quot;  ; \u0433\u043e\u0432\u043e\u0440\u0438\u043c \u0433\u0434\u0435 \u043d\u0430\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044f \u0432\u043e\u0434\u044b  [ system ] water1728                     ;\u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u044b  [ molecules ] SOL\t1728               ;\u0433\u043e\u0432\u043e\u0440\u0438\u043c \u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0442\u0438\u043f\u043e\u0432 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b \u0432 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u0435, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u044b \u0432 \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u0432\u043e\u0434\u044b+\u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 <\/pre>\n<p>  <\/div>\n<\/div>\n<p>  \u0421\u043e\u0437\u0434\u0430\u0435\u043c \u043f\u0430\u043f\u043a\u0443 \u0434\u043b\u044f \u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0430\u0446\u0438\u0438 equi, \u0432 \u043d\u0435\u0439 \u0444\u0430\u0439\u043b \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0435\u0433\u043e \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0430\u043d\u0438\u044f:  <\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">grompp.mdp<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\n<pre> ; title        = water        ; a string ; Run parameters integrator  = md        ; leap-frog integrator nsteps      = 5000        ; 10 ps dt          = 0.002        ; 2 fs ; Output control nstxout     = 0           ; save coordinates every 0 ps nstvout     = 0           ; save velocities every 0 ps nstxtcout   = 100        ; save coordinates in compressed format every 0.2 ps nstenergy   = 100        ; save energies every 0.2 ps nstlog      = 100        ; update log file every 0.2 ps ; Neighborsearching ns_type     = grid        ; search neighboring grid cels nstlist     = 5        ; 10 fs rlist       = 1.2        ; short-range neighborlist cutoff (in nm) rcoulomb    = 1.2        ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw        = 1.2        ; short-range van der Waals cutoff (in nm) DispCorr    = EnerPres    ; long range dispersion corrections for Energy and Pressure ; Electrostatics coulombtype  = PME        ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order    = 4        ; cubic interpolation fourierspacing  = 0.12        ; grid spacing for FFT optimize_fft  = yes ewald_rtol    = 1.0e-5 ; Temperature coupling is on tcoupl     = V-rescale    ; modified Berendsen thermostat tc-grps    = System    ; two coupling groups - more accurate tau_t      = 0.5        ; time constant, in ps ref_t      = 300        ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling is on pcoupl     = Berendsen    ; Pressure coupling on in NPT pcoupltype = isotropic    ; uniform scaling of box vectors tau_p      = 2.0        ; time constant, in ps ref_p      = 1.0        ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5    ; isothermal compressibility of water, bar^-1 ; Periodic boundary conditions pbc        = xyz        ; 3-D PBC ; Velocity generation gen_vel    = yes        ; Velocity generation is off  gen_temp   = 300        ; initial temperature gen_seed   = 2011       ; random seed <\/pre>\n<p>  \u041f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u0435\u0435 \u043e \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430\u0445 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u0447\u0438\u0442\u0430\u0442\u044c \u0432 \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438. \u041a\u043e\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u044b\u0445 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0431\u044b\u0442\u044c \u043d\u0430\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0435 \u0438\u043b\u0438 \u043c\u0435\u043d\u044c\u0448\u0435, \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u0442 \u043e\u0442 \u0442\u0440\u0435\u0431\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0443\u0441\u043b\u043e\u0432\u0438\u0439. \u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u044b\u0435 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b, \u044f <s>\u043d\u0435<\/s>\u0447\u0435\u0441\u0442\u043d\u043e \u0441\u043a\u043e\u043f\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043b \u0438\u0437 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u043e\u0432 \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430-\u0442\u043e \u0438\u0437\u0443\u0447\u0430\u0435\u043c\u044b\u0445 \u043c\u043d\u043e\u0439 \u043a\u0443\u0440\u0441\u043e\u0432 \u0438 \u0434\u043b\u044f \u043e\u0431\u0440\u0430\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0446\u0435\u043b\u0435\u0439 \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0432\u043f\u043e\u043b\u043d\u0435 \u0445\u0432\u0430\u0442\u0438\u0442.<\/p>\n<p>  \u0414\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u044f \u043a gromacs \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u043f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u0430\u044f \u0438 \u0435\u0441\u043b\u0438 \u043a\u0442\u043e-\u0442\u043e \u0440\u0435\u0448\u0438\u0442 \u044d\u0442\u0438\u043c \u043f\u043b\u043e\u0442\u043d\u043e \u0437\u0430\u043d\u0438\u043c\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f, \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u044e \u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u0434\u043e\u0441\u043a\u043e\u043d\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e \u043f\u0440\u043e\u0447\u0438\u0442\u0430\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u0442\u044c \u0432 \u043a\u0430\u043a\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c, \u0434\u043e\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u043c \u0442\u043e\u0433\u043e \u0436\u0435 \u0443\u0447\u0435\u0442\u0430 \u043a\u0443\u043b\u043e\u043d\u043e\u0432\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u044f.<\/p><\/div>\n<\/div>\n<p>  \u0417\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a\u0430\u0435\u043c \u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0430\u0446\u0438\u044e, \u0438\u0437 \u043f\u0430\u043f\u043a\u0438 equi:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">grompp -p ..\/topol.top -c ..\/h2o_1728.gro -f grompp.mdp mdrun -v <\/code><\/pre>\n<p>  \u0427\u0442\u043e\u0431\u044b \u043f\u0440\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u043b\u043e\u0441\u044c \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u00ab\u043f\u0435\u0440\u0435\u043d\u043e\u0441\u00bb \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0443\u0448\u043b\u0438 \u043f\u043e \u0433\u0440\u0430\u043d\u0438\u0447\u043d\u044b\u043c \u0443\u0441\u043b\u043e\u0432\u0438\u044f\u043c \u0432 \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u043d\u043e\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b\u0435 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f \u0432\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u043d\u0443\u044e \u0443\u0442\u0438\u043b\u0438\u0442\u0443 \u0433\u0440\u043e\u043c\u0430\u043a\u0441\u0430 trjconv. \u041f\u043e\u0441\u043b\u0435 \u0447\u0435\u0433\u043e \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c \u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439 \u0444\u0430\u0439\u043b \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442 vmd \u0438 \u043f\u043e\u0434\u0433\u0440\u0443\u0436\u0430\u0435\u043c \u0432 \u043d\u0435\u0433\u043e \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u044b:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">trjconv -f traj_comp.xtc -o trajout.xtc -pbc mol #\u043d\u0430 \u0432\u043e\u043f\u0440\u043e\u0441 \u043e\u0442\u0432\u0435\u0447\u0430\u0435\u043c 0 vmd ..\/h2o_1728.gro <\/code><\/pre>\n<p>  \u0412 vmd \u043d\u0430\u0436\u0438\u043c\u0430\u0435\u043c \u043f\u0440\u0430\u0432\u043e\u0439 \u043a\u043d\u043e\u043f\u043a\u043e\u0439 \u043d\u0430 h2o_1728.gro, \u0432\u044b\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u043c load data into molecule \u0438 \u0442\u0430\u043c \u0443\u0436\u0435 \u0432\u044b\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b trajout.xtc \u0438 \u0436\u043c\u0435\u043c load. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u043a\u043e\u043c\u0443-\u0442\u043e \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u043e \u0447\u0442\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u0431\u0435\u0437 trjconv, \u0442\u043e \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u043f\u043e\u0434\u0433\u0440\u0443\u0437\u0438\u0442\u044c \u0438\u0441\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0439 traj_comp.xtc. <\/p>\n<p>  \u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f \u043f\u0440\u043e\u043a\u0440\u0443\u0442\u043a\u0443 \u0432 vmd \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0431\u043b\u044e\u0434\u0430\u0442\u044c \u0437\u0430 \u0434\u0432\u0438\u0436\u0435\u043d\u0438\u0435\u043c \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b \u0432 \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u0441\u0441\u0435 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f.<\/p>\n<p>  <iframe loading=\"lazy\" width=\"560\" height=\"349\" src=\"\/\/www.youtube.com\/embed\/5so26hv6wdo?wmode=opaque\" frameborder=\"0\" allowfullscreen><\/iframe><\/p>\n<p>  \u041f\u043e \u0438\u0434\u0435\u0438 \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435-\u043c\u0435\u043d\u0435\u0435 \u0440\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438 \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u0434\u0430\u043b\u044c\u043d\u0435\u0439\u0448\u0435\u0435 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435, \u043f\u043e\u043c\u0435\u043d\u044f\u0432 \u0442\u0435\u0440\u043c\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442 \u0438 \u0431\u0430\u0440\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442 \u0438 \u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0438\u0432 \u0432\u0440\u0435\u043c\u044f \u0441\u0430\u043c\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u043d\u043e \u0432 5-10 \u0440\u0430\u0437. \u041d\u043e \u043d\u0430 \u0432\u043e\u0434\u0443 \u0441\u0430\u043c\u0443 \u043f\u043e \u0441\u0435\u0431\u0435 \u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0435 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u043e, \u043a\u0443\u0434\u0430 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u0435\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043f\u043e\u043c\u0435\u0441\u0442\u0438\u0442 \u0442\u0443\u0434\u0430 \u043a\u0430\u043a\u043e\u0435-\u0442\u043e \u0432\u0435\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e, \u0434\u043e\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u043c \u0441\u0430\u0445\u0430\u0440. \u042d\u0442\u0430 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0430 \u043e\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0435 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u0435\u0435 \u0432 \u043f\u043b\u0430\u043d\u0435 \u043d\u0430\u0431\u043b\u044e\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f, \u043d\u043e \u0438 \u0432 \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u043a\u0430\u043a \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044e \u0441\u0430\u0445\u0430\u0440\u0430 \u043f\u0440\u0438\u0434\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u0432\u0430\u0442\u044c \u0441\u0430\u043c\u0438\u043c, \u0430 \u043d\u0435 \u0431\u0440\u0430\u0442\u044c \u0433\u043e\u0442\u043e\u0432\u0443\u044e. <\/p>\n<h4>\u0421\u0430\u0445\u0430\u0440<\/h4>\n<p>  \u0421\u0430\u0445\u0430\u0440\u043e\u0432 \u043d\u0430 \u0441\u0430\u043c\u043e\u043c \u0434\u0435\u043b\u0435 \u0432\u0441\u044f\u043a\u0438\u0445 \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e, \u0442.\u043a. \u0432\u0437\u044f\u0442\u044c \u043a\u043e\u043d\u043a\u0440\u0435\u0442\u043d\u044b\u0439 \u0441\u0430\u0445\u0430\u0440 \u0446\u0435\u043b\u0438 \u043d\u0435\u0442\u0443, \u0442\u043e \u0431\u0435\u0440\u0435\u043c \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u043f\u043e\u043d\u0440\u0430\u0432\u0438\u0432\u0448\u0438\u0439\u0441\u044f. \u0414\u0430 \u0438 \u044f \u043e\u0441\u043e\u0431\u043e \u0443\u0436\u0435 \u043d\u0435 \u043f\u043e\u043c\u043d\u044e, \u0447\u0435\u043c \u043e\u043d\u0438 \u0442\u0430\u043c \u043f\u043e \u0444\u043e\u0440\u043c\u0443\u043b\u0430\u043c \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f, \u0444\u0440\u0443\u043a\u0442\u043e\u0437\u044b, \u0441\u0430\u0445\u0430\u0440\u043e\u0437\u044b\u2026 \u042f \u043d\u0430\u0433\u0443\u0433\u043b\u0438\u043b \u0432\u043e\u0442 <a href=\"http:\/\/www.biochemcs.com\/match_structures_of_sugars_with_pdb_files.htm\"> \u0442\u0430\u043a\u043e\u0439<\/a>. \u0411\u0435\u0440\u0443 \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439, \u043a\u0430\u043a \u044f \u043f\u043e\u043d\u044f\u043b \u044d\u0442\u043e \u0441\u0430\u0445\u0430\u0440\u043e\u0437\u0430, \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c \u043d\u0430 \u043d\u0435\u0433\u043e, \u0443\u0436\u0435 \u0441\u0442\u0430\u043d\u0434\u0430\u0440\u0442\u043d\u043e \u0432 vmd, \u0432\u043e\u0442 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043e\u0442\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u043c CPK:<\/p>\n<p>  <img decoding=\"async\" src=\"\/\/habrastorage.org\/files\/26c\/b31\/32a\/26cb3132a0bb49bdb80e27f60e709b21.png\"\/><\/p>\n<p>  \u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u043d\u0430\u0434\u043e \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044e \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044b, \u0442.\u0435. \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c \u043a\u0442\u043e \u0441 \u043a\u0435\u043c \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d \u0438 \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u0430\u0442\u043e\u043c\u044b \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0442 \u0430\u0442\u043e\u043c\u0430\u043c \u0432 \u043f\u043e\u043b\u0435 \u0441\u0438\u043b. \u042d\u0442\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c \u043f\u043e-\u0440\u0430\u0437\u043d\u043e\u043c\u0443, \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u044b\u0439 \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431 \u043c\u043d\u0435 \u043d\u0435 \u0438\u0437\u0432\u0435\u0441\u0442\u0435\u043d. \u041f\u043e\u043f\u0440\u043e\u0431\u0443\u0435\u043c \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044e \u0438\u0437 \u0438\u043c\u0435\u044e\u0449\u0438\u0445\u0441\u044f \u0443\u0436\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u2014 \u0441\u0432\u044f\u0437\u0438 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0432 \u0444\u0430\u0439\u043b\u0435 pdb \u0438 \u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0432 \u043f\u043e\u043b\u0435 \u0441\u0438\u043b\u044b \u0434\u043b\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432.<\/p>\n<p>  \u0412 \u00ab\u0445\u043e\u0440\u043e\u0448\u0435\u043c\u00bb pdb \u0444\u0430\u0439\u043b\u0435 \u0443\u0436\u0435 \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u044b \u0441\u0432\u044f\u0437\u0438 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0435\u0441\u0442\u044c \u043d\u0430\u0434\u0435\u0436\u0434\u0430 \u0447\u0442\u043e \u0438\u0437 \u043d\u0435\u0433\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0441\u043a\u043e\u043d\u0432\u0435\u0440\u0442\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0442\u043e\u043f\u043b\u043e\u0433\u0438\u044e. \u0418 \u044d\u0442\u0430 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0430 \u0443\u0436\u0435 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0430 \u0440\u0430\u043d\u0435\u0435, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u043f\u043e\u0440\u044b\u0442\u044c\u0441\u044f \u043d\u0430 \u0441\u0430\u0439\u0442\u0435 gromacs, \u0442\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0441\u043a\u0440\u0438\u043f\u0442\u044b \u043e\u0442 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043d\u0438\u043a\u043e\u0432, \u0442\u0430\u043c \u0438 \u043d\u0430\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u0430\u044f \u043f\u0435\u0440\u043b\u043e\u0432\u0430\u044f \u0443\u0442\u0438\u043b\u0438\u0442\u0430 \u2014 <a href=\"http:\/\/www.gromacs.org\/Downloads\/User_contributions\/Other_software\">topolgen-1.1<\/a>.<br \/>  \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f \u0435\u0451 \u0433\u0435\u043d\u0435\u0440\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">perl topolgen_1.1.pl -f 1.pdb -o sugar.top <\/code><\/pre>\n<p>  \u0435\u0441\u043b\u0438 \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0444\u0430\u0439\u043b \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u0442\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0443\u0432\u0438\u0434\u0435\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u043d\u0430 \u043f\u043e\u0437\u0438\u0446\u0438\u0438 type \u0441\u0442\u043e\u044f\u0442 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0447\u0438\u0441\u043b\u0430, \u0430 \u0434\u043e\u043b\u0436\u043d\u044b \u0431\u044b\u0442\u044c \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0442\u0438\u043f\u043e\u0432 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0438\u0437 \u0442\u043e\u0433\u043e \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440\u0430 \u0441\u0438\u043b, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f. \u0414\u043b\u044f \u0442\u043e\u0433\u043e \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0441\u043e\u043e\u0442\u043d\u0435\u0441\u0442\u0438 \u0434\u0430\u043d\u043d\u0443\u044e \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0443 \u0441 \u043f\u043e\u043b\u0435\u043c \u0441\u0438\u043b, \u043d\u0430\u0434\u043e \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u0442\u0438\u043f\u044b \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044e\u0442\u0441\u044f, \u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0443 \u043d\u0438\u0445 \u0441\u0432\u044f\u0437\u0435\u0439 \u0438 \u0447\u0442\u043e \u0438\u043c \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0432 \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440\u0435 OPLS\/AA.<\/p>\n<p>  \u0414\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u043e\u0442\u043a\u0440\u043e\u0435\u043c \u0432 vmd \u0441\u043d\u043e\u0432\u0430 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0443, \u043f\u0435\u0440\u0435\u0439\u0434\u0435\u043c \u0432 representation, \u0441\u0432\u0435\u0440\u0445\u0443 \u043d\u0430\u0436\u043c\u0435\u043c \u00abCreate Rep\u00bb \u0438 \u0441\u043c\u0435\u043d\u0438\u043c \u043e\u0442\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043d\u0430 CPK, \u0437\u0430\u0442\u0435\u043c \u0432\u044b\u0431\u0435\u0440\u0435\u043c \u0432\u043a\u043b\u0430\u0434\u043a\u0443 selections. \u0412 Selected atoms \u0443\u0434\u0430\u043b\u0438\u043c \u0432\u0441\u0435 \u0438\u043c\u0435\u044e\u0449\u0435\u0435\u0441\u044f \u0438 \u0432\u0432\u0435\u0434\u0435\u043c serial 1, \u043d\u0430\u0436\u043c\u0435\u043c apply. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u043e\u0442\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u0435, \u0442\u043e \u0442\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u043e\u0434\u0438\u043d \u0430\u0442\u043e\u043c \u0441\u0442\u0430\u043b \u043a\u0440\u0443\u0433\u043b\u044b\u043c, \u044d\u0442\u043e \u0438 \u0435\u0441\u0442\u044c \u0430\u0442\u043e\u043c 1. \u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0441\u043e\u043e\u0442\u043d\u0435\u0441\u0442\u0438 \u0430\u0442\u043e\u043c \u0441 \u0442\u0435\u043c\u0438 \u0447\u0442\u043e \u0438\u043c\u0435\u044e\u0442\u0441\u044f \u0432 \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440\u0435 \u043f\u043e\u043b\u044f \u0441\u0438\u043b. \u0427\u0442\u043e\u0431\u044b \u044d\u0442\u043e \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b \u043f\u043e\u043b\u044f \u0441\u0438\u043b atomtypes.atp, \u043d\u0430\u0445\u043e\u0434\u044f\u0449\u0438\u0439\u0441\u044f \u0432 \/usr\/local\/share\/gromacs\/top\/oplsaa.ff. \u0418 \u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c \u0447\u0442\u043e \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u0434\u043b\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u0430 \u0443\u0433\u043b\u0435\u0440\u043e\u0434\u0430 \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441 \u0443\u0433\u043b\u0435\u0440\u043e\u0434\u043e\u043c, \u043a\u0438\u0441\u043b\u043e\u0440\u043e\u0434\u043e\u043c \u0438 \u0432\u043e\u0434\u043e\u0440\u043e\u0434\u043e\u043c, \u0442.\u0435. \u0443\u0433\u043b\u0435\u0440\u043e\u0434 \u0432 \u043e\u043a\u0441\u0430\u043d\u0435. \u0422\u0430\u043a\u043e\u0433\u043e \u0442\u0430\u043c \u043d\u0435\u0442\u0443, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0438\u0441\u043a\u0430\u0442\u044c \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u044f\u0449\u0438\u0439 \u043f\u043e \u0441\u0432\u044f\u0437\u044f\u043c \u0442.\u0435. opls_193, \u0434\u0430\u043b\u0435\u0435 \u043c\u0435\u043d\u044f\u0435\u043c \u0432 vmd \u0432 selected atoms \u043d\u0430 2 \u0438 \u0438\u0449\u0435\u043c \u0434\u043b\u044f \u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u0430\u0442\u043e\u043c\u0430, \u044f \u0432\u044b\u0431\u0440\u0430\u043b opls_182 \u0438 \u0442\u0430\u043a \u0434\u0430\u043b\u0435\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u043c \u0432 \u0438\u0442\u043e\u0433\u0435 \u0444\u0430\u0439\u043b \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438.<\/p>\n<p>  \u0422\u0430\u043a \u0436\u0435 \u0432\u043a\u043b\u044e\u0447\u0438\u043b \u043f\u043e\u043b\u0435 \u0441\u0438\u043b, \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u0438\u043b \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044b \u0438 \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u043b \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f.<br \/>  \u043f\u0440\u0438\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0430 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0438\u0437\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u043d\u0430\u044f \u0447\u0430\u0441\u0442\u044c:<\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">sugar.top<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\n<pre> #include &quot;oplsaa.ff\/forcefield.itp&quot;  [ moleculetype ] ; Name            nrexcl sugar               3  [ atoms ] ;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB      1   opls_193      1   sugar    C1      1      0.000                                     2   opls_182      1   sugar    C2      1      0.000                                      3   opls_182      1   sugar    C2      1      0.000                                      4   opls_182      1   sugar    C2      0      0.000                                      5   opls_182      1   sugar    C2      0      0.000                                      6   opls_182      1   sugar    C3      0      0.000                                      7   opls_180      1   sugar    O1      0      0.000                                      8   opls_078      1   sugar    O2      0      0.000                                      9   opls_078      1   sugar    O2      0      0.000                                     10   opls_078      1   sugar    O2      0      0.000                                     11   opls_078      1   sugar    O2      0      0.000                                     12   opls_180      1   sugar    O1      0      0.000                                     13   opls_193      1   sugar    C2      0      0.000                                     14   opls_182      1   sugar    C2      0      0.000                                     15   opls_182      1   sugar    C2      0      0.000                                     16   opls_182      1   sugar    C1      0      0.000                                     17   opls_182      1   sugar    C2      0      0.000                                     18   opls_182      1   sugar    C2      0      0.000                                     19   opls_078      1   sugar    O2      0      0.000                                     20   opls_180      1   sugar    O1      0      0.000                                     21   opls_078      1   sugar    O2      0      0.000                                     22   opls_078      1   sugar    O2      0      0.000                                     23   opls_078      1   sugar    O2      0      0.000                                     24   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     25   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     26   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     27   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     28   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     29   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     30   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     31   opls_079      1   sugar    H2      0      0.000                                     32   opls_079      1   sugar    H2      0      0.000                                     33   opls_079      1   sugar    H2      0      0.000                                     34   opls_079      1   sugar    H2      0      0.000                                     35   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     36   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     37   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     38   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     39   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     40   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     41   opls_185      1   sugar    H1      0      0.000                                     42   opls_079      1   sugar    H2      0      0.000                                     43   opls_079      1   sugar    H2      0      0.000                                     44   opls_079      1   sugar    H2      0      0.000                                     45   opls_079      1   sugar    H2      0      0.000   ; \u0432 \u0441\u0430\u043c\u043e\u043c \u043a\u043e\u043d\u0446\u0435 \u0444\u0430\u0439\u043b\u0430 \u0434\u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c, \u043a\u043e\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u044b\u0445 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b: [ molecules ] ; Compound        #mols sugar               1 <\/pre>\n<p>  <\/div>\n<\/div>\n<p>  \u041a\u043e\u043d\u0432\u0435\u0440\u0442\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u043d\u044b\u0439 \u0444\u0430\u0439\u043b \u0438\u0437 pdb \u0432 gro, \u0437\u0430\u043e\u0434\u043d\u043e \u043f\u043e\u043c\u0435\u0449\u0430\u044f \u0435\u0433\u043e \u0432 \u043a\u043e\u0440\u043e\u0431\u043a\u0443 4 \u043d\u0430 4 \u043d\u0430 4:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">editconf -f 1.pdb -box 4 4 4 -o sugar.gro <\/code><\/pre>\n<p>  \u041f\u0440\u0438\u0432\u043e\u0434\u0438\u043c \u0435\u0433\u043e \u0432 \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0438\u0435 \u0441 \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0435\u0439, \u043f\u043e\u0434\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u044b \u0438 \u0441\u0442\u0430\u0432\u044f \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f:<\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">sugar.gro<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\n<pre> nat0011    45     1         C    1   2.056   1.948   1.876     1         C    2   2.210   1.948   1.876     1         C    3   2.263   2.092   1.876     1         C    4   2.198   2.168   1.759     1         C    5   2.045   2.158   1.775     1         C    6   1.972   2.236   1.663     1         O    7   2.007   2.022   1.767     1         O    8   1.831   2.222   1.680     1         O    9   2.259   1.880   1.992     1         O   10   2.405   2.093   1.861     1         O   11   2.241   2.305   1.763     1         O   12   2.007   2.003   1.996     1         C   13   1.964   1.922   2.103     1         C   14   1.997   1.993   2.236     1         C   15   1.941   1.908   2.352     1         C   16   1.791   1.883   2.329     1         C   17   1.811   1.900   2.096     1         C   18   1.772   1.828   1.966     1         O   19   1.632   1.798   1.969     1         O   20   1.770   1.820   2.205     1         O   21   1.741   1.799   2.434     1         O   22   1.963   1.974   2.477     1         O   23   2.138   2.007   2.251     1         H   24   2.022   1.845   1.866     1         H   25   2.246   1.897   1.786     1         H   26   2.236   2.141   1.970     1         H   27   2.228   2.122   1.665     1         H   28   2.015   2.199   1.871     1         H   29   2.002   2.196   1.566     1         H   30   1.998   2.341   1.669     1         H   31   1.806   2.129   1.674     1         H   32   2.232   1.787   1.990     1         H   33   2.446   2.046   1.934     1         H   34   2.224   2.348   1.679     1         H   35   2.015   1.826   2.100     1         H   36   1.950   2.091   2.237     1         H   37   1.993   1.812   2.353     1         H   38   1.737   1.979   2.332     1         H   39   1.760   1.996   2.100     1         H   40   1.828   1.734   1.958     1         H   41   1.794   1.891   1.881     1         H   42   1.607   1.753   1.889     1         H   43   1.752   1.842   2.519     1         H   44   1.917   2.059   2.477     1         H   45   2.174   2.061   2.180    4.00000   4.00000   4.00000 <\/pre>\n<p>  <\/div>\n<\/div>\n<p>  \u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u043f\u0440\u043e\u0431\u0443\u0435\u043c \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435, \u0434\u043b\u044f \u0443\u043f\u0440\u043e\u0449\u0435\u043d\u0438\u044f \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u043a\u0438 \u0432\u043e\u0437\u044c\u043c\u0435\u043c \u0442\u043e\u0442 \u0436\u0435 \u0444\u0430\u0439\u043b grompp.mdp, \u0447\u0442\u043e \u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043b\u0438 \u0434\u043b\u044f \u0432\u043e\u0434\u044b.<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">grompp -p sugar.top -c sugar.gro -f grompp.mdp <\/code><\/pre>\n<p>  \u0412 \u043e\u0442\u0432\u0435\u0442 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u043c \u0441\u043e\u043e\u0431\u0449\u0435\u043d\u0438\u044f \u043e\u0431 \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0430\u0445. \u041e\u043d\u0438 \u043d\u0430\u043c \u0433\u043e\u0432\u043e\u0440\u044f\u0442 \u043e \u0442\u043e\u043c, \u0447\u0442\u043e \u0432 \u043f\u043e\u043b\u0435 \u0441\u0438\u043b \u043d\u0435\u0442\u0443 \u0432\u043d\u0443\u0442\u0440\u0438\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u044f \u0434\u043b\u044f \u0443\u0433\u043b\u043e\u0432, \u043f\u0440\u0438 \u0437\u0430\u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0442\u0438\u043f\u0430\u0445 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432(\u0444\u0430\u0439\u043b ffbonded.itp). \u042d\u0442\u043e \u0432\u043f\u043e\u043b\u043d\u0435 \u0440\u0430\u0437\u0443\u043c\u043d\u043e, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u043a\u0430\u043a \u0441\u0431\u043e\u0440 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044b \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u043b\u0441\u044f \u0432\u0440\u0443\u0447\u043d\u0443\u044e, \u0438\u0437 \u043d\u0435 \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0449\u0438\u0445 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432(\u043d\u0430\u0434\u043e \u0431\u044b\u043b\u043e \u043e\u043a\u0441\u0430\u043d, \u0430 \u0435\u0433\u043e \u043d\u0435\u0442\u0443), \u0430 \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0435 \u043f\u043e\u0434\u043e\u0448\u043b\u0438. \u0412\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043d\u0435\u043a\u0438\u043c\u0438 \u0445\u0438\u0442\u0440\u044b\u043c\u0438 \u043a\u043e\u043c\u0431\u0438\u043d\u0430\u0446\u0438\u044f\u043c\u0438 \u0438 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435, \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0430\u0442\u043e\u043c\u044b \u0431\u044b\u043b\u0438 \u00ab\u043d\u0443\u0436\u043d\u044b\u0435\u00bb, \u043d\u043e \u044d\u0442\u043e \u0443\u0436\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u0441\u043a\u043e\u0440\u0435\u0435 \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e \u043d\u0435\u0432\u0435\u0440\u043d\u043e. \u0422\u0430\u043a \u0436\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043d\u0435\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0432 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u043f\u043e \u043f\u0440\u0438\u0447\u0438\u043d\u0435 \u043e\u0442\u0441\u0443\u0442\u0441\u0442\u0432\u0438\u044f \u044d\u0444\u0444\u0435\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0433\u043e \u0437\u0430\u0440\u044f\u0434\u0430 \u043d\u0430 \u0430\u0442\u043e\u043c\u0430\u0445, \u2014 \u044d\u0442\u043e \u0441\u0442\u043e\u043b\u0431\u0435\u0446 charge \u0432 \u0444\u0430\u0439\u043b\u0435 \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438. \u0415\u0441\u0442\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u044b\u0439 \u0432\u043e\u043f\u0440\u043e\u0441 \u0432\u043e\u0437\u043d\u0438\u043a\u0430\u0435\u0442, \u043e\u0442\u043a\u0443\u0434\u0430 \u0431\u0440\u0430\u0442\u044c \u0432\u0441\u0435 \u044d\u0442\u0438 \u0447\u0438\u0441\u043b\u0430? \u041c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043a\u0430\u043a-\u0442\u043e \u0438\u0437 \u044d\u043a\u0441\u043f\u0435\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432, \u0430 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438 \u043f\u043e\u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0442\u044c. \u0417\u0430\u0440\u044f\u0434\u044b \u0431\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u044e\u0442 \u0442\u0435\u043e\u0440\u0435\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438, \u043d\u0430 \u0431\u0443\u043c\u0430\u0433\u0435 (\u043c\u0430\u043b\u043b\u0438\u043a\u0435\u043d), \u043d\u043e \u044d\u0442\u043e \u043d\u0435 \u0441\u0438\u043b\u044c\u043d\u043e \u0442\u043e\u0447\u043d\u043e, \u043a\u0443\u0434\u0430 \u043b\u0443\u0447\u0448\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u043c \u043a\u0432\u0430\u043d\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0445\u0438\u043c\u0438\u0438, \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0442\u044c \u043e\u0434\u043d\u0443 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0443 \u0430 \u043d\u0435 \u0433\u0440\u0443\u043f\u043f\u0443. \u041a\u0432\u0430\u043d\u0442\u043e\u0432\u0430\u044f \u0445\u0438\u043c\u0438\u044f \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0438 \u0432\u043d\u0443\u0442\u0440\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0435 \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u0435. <\/p>\n<p>  \u041a\u0432\u0430\u043d\u0442\u043e\u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u044b \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u044f\u0442\u0441\u044f \u0432 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430\u0445<s>\u0433\u0430\u0443\u0441\u0441\u0438\u0430\u043d<\/s>, \u0438 \u0438\u0445 \u043e\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0437\u0430\u0441\u043b\u0443\u0436\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043e\u0442\u0434\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0441\u0442\u0430\u0442\u0435\u0439 \u0438 \u0432\u043e\u043e\u0431\u0449\u0435 \u0438\u0445 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0442\u0440\u0443\u0434\u043e\u0437\u0430\u0442\u0440\u0430\u0442\u043d\u043e. \u041d\u043e \u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u043e\u043c \u0438\u0437 \u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0441\u0435\u0440\u0432\u0438\u0441 \u2014 <a href=\"http:\/\/compbio.biosci.uq.edu.au\/atb\/\">ATB<\/a>. \u041e\u043d \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0443\u0434\u0430\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e \u043d\u0430 \u043e\u0431\u043b\u0430\u043a\u0435 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0447\u0438\u0442\u044b\u0432\u0430\u0442\u044c \u043d\u0435 \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0438\u0435 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044b, \u0430 \u0442\u0430\u043a \u0436\u0435 \u0438\u043d\u0434\u0435\u043a\u0441\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442 \u0443\u0436\u0435 \u043f\u043e\u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435, \u0447\u0442\u043e \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u0443\u044e \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044e, \u0441\u0440\u0430\u0437\u0443 \u0431\u0435\u0437 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u043e\u0432. \u041e\u0434\u043d\u0430\u043a\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u043e\u0435 \u0432 \u043d\u0435\u043c \u043f\u043e\u043b\u0435 \u0441\u0438\u043b gromos54a7, \u0430 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0438\u0442 \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0438\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0441 \u043f\u043e\u043b\u0435\u043c \u0441\u0438\u043b opls\/aa \u043d\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442(\u043a\u043e\u043b\u043e\u043d\u043a\u0430 type \u0432 top \u0444\u0430\u0439\u043b\u0430\u0445). \u0412\u044b\u0445\u043e\u0434\u043e\u043c \u0438\u0437 \u0441\u0438\u0442\u0443\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0431\u044b\u0442\u044c, \u043a\u0430\u043a \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0442\u043e\u0433\u043e \u0436\u0435 \u043f\u043e\u043b\u044f \u0447\u0442\u043e \u0438 \u0432 ATB, \u0442\u0430\u043a \u0438 \u043c\u043e\u0434\u0438\u0444\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u044f \u0443\u0436\u0435 \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043d\u0430\u043c\u0438 \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u0434\u043b\u044f \u0437\u0430\u0434\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432\u043d\u0443\u0442\u0440\u0438\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u044f, \u043d\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u043e\u0432 \u0432 ATB, \u043e\u0434\u043d\u0430\u043a\u043e \u044d\u0442\u043e \u0442\u0440\u0435\u0431\u0443\u0435\u0442 \u044d\u043a\u0441\u043f\u0435\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u043a\u0438, \u0442.\u043a. \u00ab\u043a\u043e\u043c\u0431\u0438\u043d\u0430\u0446\u0438\u044f\u00bb \u0438\u0437 \u0434\u0432\u0443\u0445 \u043f\u043e\u043b\u0435\u0439 \u043d\u0435 \u043b\u0443\u0447\u0448\u0438\u0439 \u0432\u0430\u0440\u0438\u0430\u043d\u0442. <\/p>\n<p>  \u041f\u043e\u0441\u043b\u0435 \u043d\u0435 \u0434\u043e\u043b\u0433\u0438\u0445 \u043f\u043e\u0438\u0441\u043a\u043e\u0432 \u0432 \u0440\u0435\u043f\u043e\u0437\u0438\u0442\u043e\u0440\u0438\u0438 ATB \u043d\u0430\u0448\u0435\u043b <a href=\"http:\/\/compbio.biosci.uq.edu.au\/atb\/molecule.py?molid=23661\">\u0441\u0430\u0445\u0430\u0440\u043e\u0437\u0443<\/a>. \u0421\u043e\u0437\u0434\u0430\u0434\u0438\u043c \u043f\u0430\u043f\u043a\u0443 ATB, \u043a\u0443\u0434\u0430 \u0438 \u0441\u043a\u0430\u0447\u0430\u0435\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b\u044b \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u0438 \u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432(\u0431\u0435\u0440\u0435\u043c all-atoms). \u041f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0440\u0430\u043d\u0435\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0434\u0435\u043b\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u044f \u0441 \u0441\u0430\u0445\u0430\u0440\u043e\u043c \u0431\u044b\u043b\u0438 \u0431\u0435\u0441\u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u044b, \u043d\u043e \u0446\u0435\u043b\u044c\u044e \u0438\u0445 \u0431\u044b\u043b\u043e \u043f\u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438.<br \/>  \u0412 \u0438\u0442\u043e\u0433\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u043b\u0438 2 \u0444\u0430\u0439\u043b\u0430 sug.top \u0438 sug.pdb. \u0417\u0430\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u043c \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043d\u0430 \u0438\u0445 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0438 \u0444\u0430\u0439\u043b\u0430 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043b\u0438 \u0434\u043b\u044f \u0432\u043e\u0434\u044b \u2013 \u0432 \u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u043e \u0444\u0430\u0439\u043b\u0430 \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u0434\u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c:<\/p>\n<pre><code>#include &quot;gromos54a7.ff\/forcefield.itp&quot;  [ moleculetype ] ; Name   nrexcl VH26     3 &lt;\/pre&gt;  \u0418 \u0432 \u043a\u043e\u043d\u0435\u0446:  &lt;pre&gt; [ system ] ; Name Sugar  [ molecules ] ; Compound        #mols VH26               4<\/code><\/pre>\n<p>  \u041f\u043e\u043c\u0435\u0441\u0442\u0438\u043c 4 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044b \u0432 \u043e\u0434\u043d\u0443 \u00ab\u043a\u043e\u0440\u043e\u0431\u043a\u0443\u00bb:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">echo -e  &quot;sugar \\n0\\n4 4 4&quot;&gt;&quot;sug_4.gro&quot; gmx insert-molecules -f sug_4.gro -nmol 4 -ci sug.gro -o sug_4.gro <\/code><\/pre>\n<p>  \u0412\u043e\u0437\u044c\u043c\u0435\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432\u043e\u0434\u044b, \u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0438\u043c \u0432\u0440\u0435\u043c\u044f \u0432 10 \u0440\u0430\u0437 \u0438 \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u043c:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">cp ~\/computate\/water_sug\/water\/equi\/grompp.mdp . ; \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440 nsteps \u0434\u0435\u043b\u0430\u0435\u043c 50000 grompp -p sug.top -c sug_4.gro -f grompp.mdp mdrun -v trjconv -f traj_comp.xtc -o trajout.xtc -pbc mol ; \u0443\u0431\u0435\u0440\u0435\u043c \u0434\u0435\u0444\u0435\u043a\u0442\u044b \u043f\u0435\u0440\u0435\u043d\u043e\u0441\u0430 \u043d\u0430 \u0433\u0440\u0430\u043d\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u0443\u0441\u043b\u043e\u0432\u0438\u044f\u0445 <\/code><\/pre>\n<p>  \u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u044b \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u0432 vmd.<\/p>\n<h4>\u0412\u043e\u0434\u0430 + \u0441\u0430\u0445\u0430\u0440<\/h4>\n<p>  \u0412\u043e\u0434\u0430 \u0434\u043b\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441\u0438\u043b\u043e\u0432\u043e\u0433\u043e \u043f\u043e\u043b\u044f \u0440\u0435\u043a\u043e\u043c\u0435\u043d\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u0430\u044f spc, \u043e\u043d\u0430 \u0445\u0443\u0436\u0435 \u0447\u0435\u043c tip4p, \u043d\u043e \u043d\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u0443\u0441\u043b\u043e\u0436\u043d\u044f\u0442\u044c \u0438 \u0442\u0430\u043a \u043f\u0435\u0440\u0435\u0433\u0440\u0443\u0436\u0435\u043d\u043d\u0443\u044e \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u044e, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c spc.<\/p>\n<p>  \u0421\u043e\u0432\u043c\u0435\u0441\u0442\u0438\u043c \u0432\u043e\u0434\u0443 \u0438 \u0441\u0430\u0445\u0430\u0440:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">cd ..\/.. mkdir mix cd mix head -n5 \/usr\/local\/share\/gromacs\/top\/spc216.gro &gt;spc.gro ; \u043d\u0430 2\u0439 \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0435 \u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u043c \u043a\u043e\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 3, \u0438 \u0434\u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u0435\u043c \u0440\u0430\u0437\u043c\u0435\u0440 \u0431\u043e\u043a\u0441\u0430 1 1 1. cp ..\/sug\/ATB\/sug.gro . cp ..\/sug\/ATB\/sug.top sug.itp ;\u0443\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u043c \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0443 \u0441 #include, \u0431\u043b\u043e\u043a\u0438 [system] \u0438 [molecules] cp ~\/computate\/water_sug\/water\/equi\/grompp.mdp . gmx insert-molecules -f sug_4.gro -nmol 512 -box 4 4 4 -ci spc.gro -o mix.gro <\/code><\/pre>\n<p>  \u0421\u043e\u0437\u0434\u0430\u0435\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u0434\u043b\u044f \u0441\u043c\u0435\u0448\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u044b:<\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">topol.top<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\n<pre> ; Include forcefield parameters #include &quot;gromos54a7.ff\/forcefield.itp&quot;  #include &quot;gromos54a7.ff\/spc.itp&quot; #include &quot;sug.itp&quot;  [ system ] Sug+SOL  [ molecules ] VH26\t4 sol     512 <\/pre>\n<p>  <\/div>\n<\/div>\n<p>  <\/p>\n<div class=\"spoiler\"><b class=\"spoiler_title\">spc.gro<\/b><\/p>\n<div class=\"spoiler_text\">\n<pre> 216H2O,WATJP01,SPC216,SPC-MODEL,300K,BOX(M)=1.86206NM,WFVG,MAR. 1984   3     1SOL     OW    1    .230    .628    .113     1SOL    HW1    2    .137    .626    .150     1SOL    HW2    3    .231    .589    .021 1 1 1 <\/pre>\n<p>  <\/div>\n<\/div>\n<p>  \u0414\u0430\u043b\u0435\u0435 \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a\u0430\u0435\u043c \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435:<\/p>\n<pre><code class=\"bash\">grompp -p topol.top -c mix.gro -f grompp.mdp mdrun -v <\/code><\/pre>\n<p>  \u0421\u043a\u043e\u0440\u0435\u0435 \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u043c \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0443, \u0432\u044b\u0437\u0432\u0430\u043d\u043d\u0443\u044e \u0442\u0435\u043c, \u0447\u0442\u043e \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u0430 \u0441\u0438\u043b\u044c\u043d\u043e \u0434\u0430\u043b\u0435\u043a\u043e \u043e\u0442 \u0440\u0430\u0432\u043d\u043e\u0432\u0435\u0441\u0438\u044f. \u0414\u043b\u044f \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0431\u043b\u0435\u043c\u044b \u2014 \u0443\u043c\u0435\u043d\u044c\u0448\u0438\u043c \u0448\u0430\u0433 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432 2 \u0440\u0430\u0437\u0430, \u0434\u043e 0,001ps (\u0432 \u0444\u0430\u0439\u043b\u0435 grompp.mdp \u0441\u0442\u0440\u043e\u0447\u043a\u0430 dt = 0.002; 2 fs). \u0414\u043b\u044f \u043d\u0430\u0433\u043b\u044f\u0434\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u044f \u043f\u0440\u043e\u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043b \u0434\u043e \u0432\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u0438 \u0432 300ps. \u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442 \u043f\u0440\u0438\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d \u043d\u0438\u0436\u0435.<\/p>\n<p>  <iframe loading=\"lazy\" width=\"560\" height=\"349\" src=\"\/\/www.youtube.com\/embed\/T9DEW5BszMI?wmode=opaque\" frameborder=\"0\" allowfullscreen><\/iframe><\/p>\n<p>  \u0414\u043b\u044f \u0434\u0430\u043b\u044c\u043d\u0435\u0439\u0448\u0435\u0433\u043e \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b \u0432\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0432 gromacs \u0442\u0430\u043a\u0438\u0435 \u043a\u0430\u043a \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0438 \u0440\u0430\u0434\u0438\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0440\u0430\u0441\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f, \u044d\u043d\u0435\u0440\u0433\u0438\u0438, \u0442\u0435\u043c\u043f\u0435\u0440\u0430\u0442\u0443\u0440\u044b \u0438\u0442\u043f, \u043f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u0435\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0432 \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438. \u041d\u0430 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0435 \u044f \u043e\u0441\u0442\u0430\u043d\u0430\u0432\u043b\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u043d\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0443 \u0438\u0431\u043e \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u044f \u0438 \u0442\u0430\u043a \u0443\u0436\u0435 \u043f\u043e \u043c\u043e\u0438\u043c \u043c\u0435\u0440\u043a\u0430\u043c \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0430\u044f.<\/p>\n<h4>\u0418\u0442\u043e\u0433<\/h4>\n<p>  \u0412 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u043f\u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u0430 \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430 gromacs \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f VMD, \u043d\u0430 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0435 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u0438\u0445 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c \u043f\u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0431\u043b\u0435\u043c\u0443 \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u044f \u0442\u043e\u043f\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438\u2026 \u041f\u0440\u043e\u0448\u0443 \u0447\u0438\u0442\u0430\u0442\u0435\u043b\u0435\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u043c\u043d\u0435 \u043d\u0435 \u043e\u043f\u0442\u0438\u043c\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0445 \u0432\u0435\u0449\u0435\u0439 \u0438 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043d\u0435 \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0443\u044e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0443\u0442\u0432\u0435\u0440\u0436\u0434\u0435\u043d\u0438\u0439. \u0412 \u043c\u043e\u0435\u043c \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0434\u043b\u044f \u00ab\u0441\u0442\u0430\u0440\u0442\u0430\u00bb \u0432 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u043f\u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0434\u043e\u043b\u0436\u043d\u043e \u0431\u044b\u0442\u044c \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e. \u0411\u043e\u043b\u044c\u0448\u0435 \u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0432 \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0438 \u0432 \u0440\u0430\u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0435 \u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0435\u0439 gromacs, \u0433\u0434\u0435 \u043a\u0440\u0430\u0439\u043d\u0435 \u0434\u0440\u0443\u0436\u0435\u043b\u044e\u0431\u043d\u043e \u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u0438 \u0430\u0432\u0442\u043e\u0440\u044b \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b \u043e\u0442\u0432\u0435\u0447\u0430\u044e\u0442 \u0434\u0430\u0436\u0435 \u043d\u0430 \u0441\u0430\u043c\u044b\u0435 \u0438\u0434\u0438\u043e\u0442\u0441\u043a\u0438\u0435 \u0432\u043e\u043f\u0440\u043e\u0441\u044b. \u0421\u043f\u0430\u0441\u0438\u0431\u043e \u043f\u0440\u043e\u0447\u0438\u0442\u0430\u0432\u0448\u0438\u043c, \u043d\u0430\u0434\u0435\u044e\u0441\u044c \u043a\u043e\u043c\u0443-\u0442\u043e \u044d\u0442\u043e \u043e\u043a\u0430\u0436\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u044b\u043c. \t\t\t<\/p>\n<div class=\"clear\"><\/div>\n<p> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 <a href=\"http:\/\/geektimes.ru\/post\/247934\/\"> http:\/\/geektimes.ru\/post\/247934\/<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p> \t\t\t<img decoding=\"async\" src=\"\/\/habrastorage.org\/files\/fa9\/6e4\/fc6\/fa96e4fc6e424ee7a6b7de96480682bf.png\" height=\"160\" align=\"left\"\/>\u0418\u043d\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0445\u043e\u0447\u0435\u0442\u0441\u044f \u0437\u0430\u043d\u044f\u0442\u044c \u0441\u0432\u043e\u0439 \u043d\u043e\u0443\u0442\u0431\u0443\u043a \u0447\u0435\u043c-\u043d\u0438\u0431\u0443\u0434\u044c \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u044b\u043c, \u0434\u0430 \u0438 \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0441 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043e\u0439 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0433\u0430\u043b\u043e. \u041d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043b\u0435\u0442 \u043d\u0430\u0437\u0430\u0434, \u0432 \u0443\u043d\u0438\u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u0442\u0435\u0442\u0435 \u0441\u0442\u0430\u043b\u043a\u0438\u0432\u0430\u043b\u0441\u044f \u0431\u0435\u0433\u043b\u043e \u0441 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u043c \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438 \u0432 gromacs, \u044d\u0442\u043e \u0445\u043e\u0442\u044c \u0438 \u043d\u0435 \u0441\u043e\u0432\u0441\u0435\u043c \u0442\u043e, \u043d\u043e \u0443\u0436\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0431\u044b\u043b\u043e \u043f\u0440\u0438\u0442\u044f\u043d\u0443\u0442\u044c \u0437\u0430 \u0443\u0448\u0438 \u043a \u043c\u043e\u0435\u0439 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0435. \u0420\u0443\u0441\u0441\u043a\u043e\u044f\u0437\u044b\u0447\u043d\u043e\u0439 \u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043f\u043e \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a\u0443 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432 gromacs \u0443\u0434\u0430\u043b\u043e\u0441\u044c \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u043a\u0440\u0430\u0439\u043d\u0435 \u043c\u0430\u043b\u043e, \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u043d\u043e \u0441\u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0436\u0435 \u0438 \u0432 \u0433\u043b\u043e\u0431\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u043c \u043c\u0430\u0441\u0448\u0442\u0430\u0431\u0435, \u0432\u0441\u0435 \u0432 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u043e\u043c \u043e\u0431\u0441\u0443\u0436\u0434\u0430\u044e\u0442 \u0443\u0436 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u0433\u043b\u0443\u0431\u043e\u043a\u0438\u0435\/\u0442\u043e\u043d\u043a\u0438\u0435 \u043c\u043e\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b. \u0412 \u0438\u0442\u043e\u0433\u0435 \u0440\u0435\u0448\u0438\u043b \u0440\u0430\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0432 \u043d\u0435\u043c, \u0430 \u0437\u0430\u043e\u0434\u043d\u043e \u0438 \u043d\u0430\u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c \u043a\u0440\u0430\u0442\u043a\u043e\u0435 \u0440\u0443\u043a\u043e\u0432\u043e\u0434\u0441\u0442\u0432\u043e, \u043f\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044e gromacs. <\/p>\n<p>  \u041f\u0440\u0435\u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u0435\u043c\u0430\u044f \u0446\u0435\u043b\u044c \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 \u2014 \u043f\u043e\u043f\u0443\u043b\u044f\u0440\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c <a href=\"http:\/\/gromacs.org\">Gromacs<\/a> \u0432 \u0448\u0438\u0440\u043e\u043a\u0438\u0445 \u043a\u0440\u0443\u0433\u0430\u0445. \u0426\u0435\u043b\u0438 \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c \u043f\u043e\u043b\u043d\u044b\u0439 \u043e\u0445\u0432\u0430\u0442 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u0438 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0430 \u043d\u0435\u0442\u0443, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u044d\u0442\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043a\u0440\u0430\u0442\u043a\u0438\u0439 \u044d\u043a\u0441\u043a\u0443\u0440\u0441 <s>\u043f\u043b\u043e\u0445\u0430\u044f \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0438\u0447\u043a\u0430<\/s>, \u0441 \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430\u043c\u0438 \u0438 \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a\u043e\u043c.  <\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-253915","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/253915","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=253915"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/253915\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=253915"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=253915"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=253915"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}