{"id":305900,"date":"2020-06-25T15:00:37","date_gmt":"2020-06-25T15:00:37","guid":{"rendered":"http:\/\/savepearlharbor.com\/?p=305900"},"modified":"-0001-11-30T00:00:00","modified_gmt":"-0001-11-29T21:00:00","slug":"","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/savepearlharbor.com\/?p=305900","title":{"rendered":"\u0411\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 ASE \u0434\u043b\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043d\u044b\u0445 \u0441\u0438\u043c\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u0439: \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u0435\u043c \u043d\u0430\u043d\u043e\u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"post__text post__text-html post__text_v1\" id=\"post-content-body\" data-io-article-url=\"https:\/\/habr.com\/ru\/post\/508202\/\">\n<h3>\u0411\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 ASE<\/h3>\n<p>  \u0411\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 <a href=\"https:\/\/wiki.fysik.dtu.dk\/ase\/dev\/index.html\" rel=\"nofollow\">ASE<\/a> \u2014 \u044d\u0442\u043e python-\u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 \u0434\u043b\u044f \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0430\u043d\u0438\u043f\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u0439 \u0438 \u0432\u044b\u0447\u0438\u0441\u043b\u0435\u043d\u0438\u0439. \u0412 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u043c\u044b \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u0432\u0430\u0442\u044c \u043d\u0430\u043d\u043e\u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e \u044d\u0442\u043e\u0439 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0438.<\/p>\n<h3>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430<\/h3>\n<p>  \u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u0430\u0432\u043b\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f ASE \u0441\u0442\u0430\u043d\u0434\u0430\u0440\u0442\u043d\u043e \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 pip: pip install ase.<br \/>  <a name=\"habracut\"><\/a>  <\/p>\n<h3>\u041e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442 Atoms<\/h3>\n<p>  \u041e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u043e\u0439 \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442, \u0441 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u0440\u043e\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u044c \u043c\u0430\u043d\u0438\u043f\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u0438 \u2014 \u044d\u0442\u043e \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442 Atoms. \u041e\u043d \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0445\u0440\u0430\u043d\u0438\u0442\u044c \u0432 \u0441\u0435\u0431\u0435 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0435 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b. \u0414\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u043f\u043e\u043f\u0440\u043e\u0431\u0443\u0435\u043c \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u0442\u044c \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0443 \u0443\u0433\u0430\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u0433\u0430\u0437\u0430:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">from ase import Atoms from ase.visualize import view d = 1.1 co = Atoms('CO', positions=[(0, 0, 0), (0, 0, d)]) view(co)<\/code><\/pre>\n<p>  \u0412 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u043c \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443 \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0435\u0433\u043e \u0432\u0438\u0434\u0430:<\/p>\n<p>  <img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/post_images\/c94\/3a2\/fac\/c943a2fac1e01117f330dbee0255665d.jpg\" alt=\"image\"><\/p>\n<h3>\u041a\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0440\u044b<\/h3>\n<p>  \u0421\u043e\u0437\u0434\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043a\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0440\u0430 \u2014 \u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b, \u0438\u043c\u0435\u044e\u0449\u0435\u0439 \u043a\u0440\u0438\u0441\u0442\u0430\u043b\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0443\u044e \u0440\u0435\u0448\u0435\u0442\u043a\u0443, \u2014 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e \u043c\u043e\u0434\u0443\u043b\u044f ase.cluster. \u0413\u0435\u043d\u0435\u0440\u0438\u0440\u0443\u044e\u0442\u0441\u044f \u043a\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0440\u044b \u043f\u043e\u0441\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0432\u043e\u043c \u043e\u0442\u0441\u0435\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u043e\u0442 \u0431\u0435\u0441\u043a\u043e\u043d\u0435\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e \u043a\u0440\u0438\u0441\u0442\u0430\u043b\u043b\u0430 \u043a\u0443\u0441\u043a\u043e\u0432 \u043f\u043b\u043e\u0441\u043a\u043e\u0441\u0442\u044f\u043c\u0438 \u043e\u0442\u0441\u0435\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f. \u0421\u043e\u0437\u0434\u0430\u0434\u0438\u043c \u043a\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0440 \u043c\u0435\u0434\u0438:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">from ase.cluster.cubic import FaceCenteredCubic surfaces = [(1, 0, 0), (1, 1, 0), (1, 1, 1)] layers = [6, 9, 5] lc = 3.61000 atoms = FaceCenteredCubic('Cu', surfaces, layers, latticeconstant=lc) view(atoms)<\/code><\/pre>\n<p>  \u0433\u0434\u0435 surfaces \u2014 \u043f\u043b\u043e\u0441\u043a\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043e\u0442\u0441\u0435\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f, layers \u2014 \u0447\u0438\u0441\u043b\u043e \u0441\u043b\u043e\u0435\u0432.<\/p>\n<p>  \u041f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u043c \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443:<\/p>\n<p>  <img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/post_images\/c5b\/a9a\/c6f\/c5ba9ac6f8524c194cc232cc0af9534a.jpg\" alt=\"image\"><\/p>\n<h3>\u041d\u0430\u043d\u043e\u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b<\/h3>\n<p>  \u0418 \u0432\u043e\u0442 \u043c\u044b \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c \u043a \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u043e\u0439 \u0442\u0435\u043c\u0435 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438. \u041d\u0430\u043d\u043e\u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b \u2014 \u044d\u0442\u043e \u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043a\u0430 \u043d\u0430\u043d\u043e\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432\u044b\u0445 \u0440\u0430\u0437\u043c\u0435\u0440\u043e\u0432 \u0432 \u0434\u0438\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0435 (\u0434\u043e \u0441\u043e\u0442\u0435\u043d \u043d\u0430\u043d\u043e\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432). \u041d\u0430\u0438\u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0440\u0430\u0441\u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u0440\u0430\u043d\u0435\u043d\u044b \u0441\u0444\u0435\u0440\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u043d\u0430\u043d\u043e\u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b \u2014 \u0438\u0445 \u043c\u044b \u0438 \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u0433\u0435\u043d\u0435\u0440\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c. \u041a\u0430\u043a \u044d\u0442\u043e \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c? \u0414\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u0432\u0430\u0442\u044c \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u043e\u0439 \u043a\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0440, \u0430 \u0437\u0430\u0442\u0435\u043c \u0432\u044b\u0440\u0435\u0437\u0430\u0442\u044c \u0438\u0437 \u043d\u0435\u0433\u043e \u0441\u0444\u0435\u0440\u0443 \u2014 \u043f\u043e \u0443\u0434\u0430\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u044b \u0430\u0442\u043e\u043c\u0430 \u043e\u0442 \u0446\u0435\u043d\u0442\u0440\u0430. \u0414\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0441\u043f\u0435\u0440\u0432\u0430 \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u0446\u0435\u043d\u0442\u0440\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0432\u0441\u0435 \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u044b:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">surfaces = [(1, 0, 0), (1, 1, 0), (1, 1, 1)] layers = [50, 50, 50] lc = 3.61000 atomsCu = FaceCenteredCubic('Cu', surfaces, layers, latticeconstant=lc)  possCu = atomsCu.get_positions() cCu = atomsCu.get_center_of_mass()  new_possCu = [] for el in possCu:     new_possCu.append(el - cCu) new_possCu = np.array(new_possCu)<\/code><\/pre>\n<p>  \u0423\u0434\u0430\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0446\u0435\u043d\u0442\u0440\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0430\u0442\u043e\u043c\u0430 \u043e\u0442 \u0446\u0435\u043d\u0442\u0440\u0430 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0447\u0438\u0442\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">def get_radius_centered(pos):     return (pos[0]**2 + pos[1]**2 + pos[2]**2)**0.5<\/code><\/pre>\n<p>  \u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u043f\u0438\u0448\u0435\u043c \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044e \u0434\u043b\u044f \u0432\u044b\u0440\u0435\u0437\u0430\u043d\u0438\u044f \u0438\u0437 \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u043e\u0433\u043e \u043a\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0440\u0430 \u043d\u0430\u0448\u0435\u0439 \u0441\u0444\u0435\u0440\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0439 \u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b (\u0442\u043e\u0447\u043d\u0435\u0435, \u0438\u0445 \u043f\u043e\u0437\u0438\u0446\u0438\u0438):<\/p>\n<pre><code class=\"python\">def cut_atoms(poss, r):     poss_cut = []     for pos in poss:         if get_radius_centered(pos) &lt; r:             poss_cut.append(pos)     poss_cut = np.array(poss_cut)     return poss_cut<\/code><\/pre>\n<p>  \u041e\u0441\u0442\u0430\u043b\u043e\u0441\u044c \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0438\u0442\u044c \u044d\u0442\u043e \u043d\u0430 \u043f\u0440\u0430\u043a\u0442\u0438\u043a\u0435:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">r = 5 possCu = utils.cut_atoms(new_possCu, r) atoms = Atoms('Cu'+str(len(possCu)), positions=possCu) view(atoms)<\/code><\/pre>\n<p>  \u041f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u043c \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0435\u0435 \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043d\u0430\u043d\u043e\u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b \u043c\u0435\u0434\u0438 \u0441 \u0440\u0430\u0434\u0438\u0443\u0441\u043e\u043c 5 \u0430\u043d\u0433\u0441\u0442\u0440\u0435\u043c (0.5 \u043d\u043c):<\/p>\n<p>  <img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/post_images\/38e\/ff0\/72e\/38eff072e353199b426f1b77596d7cb8.jpg\" alt=\"image\"><\/p>\n<h3>Core-shell \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b<\/h3>\n<p>  \u041d\u0430 \u043f\u0440\u0430\u043a\u0442\u0438\u043a\u0435 \u0437\u0430\u0447\u0430\u0441\u0442\u0443\u044e \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u044b core-shell \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u2014 \u0441 \u044f\u0434\u0440\u043e\u043c \u043e\u0434\u043d\u043e\u0433\u043e \u0442\u0438\u043f\u0430 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0438 \u043e\u0431\u043e\u043b\u043e\u0447\u043a\u043e\u0439 \u2014 \u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0433\u043e. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0432 \u0440\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0436\u0438\u0437\u043d\u0438 core-shell \u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b CuAg (\u0441 \u044f\u0434\u0440\u043e\u043c Cu) \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0434\u0430\u0442\u044c \u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u043c\u043e\u0439 \u0441 Ag \u043a\u0430\u0442\u0430\u043b\u0438\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e, \u043d\u043e \u0431\u044b\u0442\u044c \u043f\u0440\u0438 \u044d\u0442\u043e\u043c \u0434\u0435\u0448\u0435\u0432\u043b\u0435. \u041d\u0430\u0443\u0447\u0438\u043c\u0441\u044f \u0433\u0435\u043d\u0435\u0440\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0442\u0430\u043a\u0438\u0435 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b.<\/p>\n<p>  \u0411\u0443\u0434\u0435\u043c \u043f\u0440\u0438\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0435\u0439 \u0441\u0442\u0440\u0430\u0442\u0435\u0433\u0438\u0438: \u0432\u044b\u0440\u0435\u0436\u0435\u043c \u0438\u0437 \u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b \u0434\u044b\u0440\u043a\u0443 \u0438 \u0437\u0430\u043f\u043e\u043b\u043d\u0438\u043c \u044d\u0442\u0443 \u0434\u044b\u0440\u043a\u0443 \u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u0435\u0439 \u0441 \u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0433\u043e \u0442\u0438\u043f\u0430 \u0430\u0442\u043e\u043c\u0430\u043c\u0438. \u0414\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u043d\u0443\u0436\u043d\u0430 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044f, \u0432\u044b\u0440\u0435\u0437\u0430\u044e\u0449\u0430\u044f \u0434\u044b\u0440\u043a\u0443:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">def cut_atoms_inside(poss, r):     poss_cut = []     for pos in poss:         if get_radius_centered(pos) &gt; r:             poss_cut.append(pos)     poss_cut = np.array(poss_cut)     return poss_cut<\/code><\/pre>\n<p>  \u0421\u043e\u0437\u0434\u0430\u0434\u0438\u043c \u043a\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0440 \u0441\u0435\u0440\u0435\u0431\u0440\u0430 \u0441 \u0446\u0435\u043d\u0442\u0440\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c\u0438 \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u0430\u043c\u0438 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">lc_ag = 4.09 atomsAg = FaceCenteredCubic('Ag', surfaces, layers, latticeconstant=lc_ag)  possAg = atomsAg.get_positions() cAg = atomsAg.get_center_of_mass()  new_possAg = [] for el in possAg:     new_possAg.append(el - cAg) new_possAg = np.array(new_possAg)<\/code><\/pre>\n<p>  \u0438 \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u0434\u0438\u043c core-shell \u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u0443:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">r1 = 7 r2 = 5 possAg = utils.cut_atoms(new_possAg, r1) atoms = Atoms('Ag'+str(len(possAg)), positions=possAg)  possAg = utils.cut_atoms_inside(possAg, r2) possCu = utils.cut_atoms(new_possCu, r2) poss = np.vstack([possCu, possAg])  atoms = Atoms('Cu'+str(len(possCu))+'Ag'+str(len(possAg)), positions=poss) view(atoms)<\/code><\/pre>\n<p>  \u0412\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f \u043f\u043e\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442, \u0447\u0442\u043e \u043c\u044b \u0434\u043e\u0431\u0438\u043b\u0438\u0441\u044c \u0442\u043e\u0433\u043e, \u0447\u0435\u0433\u043e \u0445\u043e\u0442\u0435\u043b\u0438:<\/p>\n<p>  <img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/post_images\/7b1\/656\/d49\/7b1656d4980f782b22703aef124f5c3e.jpg\" alt=\"image\"><br \/>  \u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u044b \u0432 \u0444\u0430\u0439\u043b:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">atoms.write('Cu'+str(r1)+'Ag'+str(r1-r2)+'.xyz')<\/code><\/pre>\n<h3>\u0420\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0430\u0446\u0438\u044f<\/h3>\n<p>  \u0418, \u043d\u0430\u043a\u043e\u043d\u0435\u0446, \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u043c\u0430\u043d\u0438\u043f\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u0439, \u0440\u0430\u0434\u0438 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0445 \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u0432\u0430\u043b\u0430\u0441\u044c \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430. \u041e\u0442\u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c core-shell \u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u0443, \u0442.\u0435. \u043f\u0440\u0438\u0432\u0435\u0434\u0435\u043c \u043a \u0441\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u043d\u0438\u044e \u0441 \u043c\u0438\u043d\u0438\u043c\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043f\u043e\u0442\u0435\u043d\u0446\u0438\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u044d\u043d\u0435\u0440\u0433\u0438\u0435\u0439. \u0417\u0430\u0434\u0430\u0435\u043c \u043a\u0430\u043b\u044c\u043a\u0443\u043b\u044f\u0442\u043e\u0440:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">from ase.calculators.emt import EMT atoms = Atoms(atoms, calculator=EMT())<\/code><\/pre>\n<p>  \u0438 \u0437\u0430\u043f\u0443\u0441\u043a\u0430\u0435\u043c \u0440\u0435\u043b\u0430\u043a\u0441\u0430\u0446\u0438\u044e:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">dyn = BFGS(atoms, trajectory='atoms.traj') dyn.run(fmax=0.05)<\/code><\/pre>\n<p>  \u041a\u043e\u043d\u0435\u0447\u043d\u043e\u0435 \u0441\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u043d\u0438\u0435, \u043a\u0430\u043a \u0432\u0438\u0434\u0438\u043c, \u043e\u0442\u043b\u0438\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043e\u0442 \u0438\u0434\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u0432\u044b\u0448\u0435:<\/p>\n<p>  <img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/post_images\/ff2\/c98\/469\/ff2c98469b5a62566b298648793c9c7d.jpg\" alt=\"image\"><\/p>\n<p>  \u041a\u043e\u0434 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u0435\u043d \u043d\u0430 <a href=\"https:\/\/github.com\/ashaginyan\/ase_utils\" rel=\"nofollow\">\u0433\u0438\u0442\u0445\u0430\u0431\u0435<\/a>.<\/div>\n<p> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 <a href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/post\/508202\/\"> https:\/\/habr.com\/ru\/post\/508202\/<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"\n<div class=\"post__text post__text-html post__text_v1\" id=\"post-content-body\" data-io-article-url=\"https:\/\/habr.com\/ru\/post\/508202\/\">\n<h3>\u0411\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 ASE<\/h3>\n<p>  \u0411\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 <a href=\"https:\/\/wiki.fysik.dtu.dk\/ase\/dev\/index.html\" rel=\"nofollow\">ASE<\/a> \u2014 \u044d\u0442\u043e python-\u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 \u0434\u043b\u044f \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0430\u043d\u0438\u043f\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u0439 \u0438 \u0432\u044b\u0447\u0438\u0441\u043b\u0435\u043d\u0438\u0439. \u0412 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u043c\u044b \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u0432\u0430\u0442\u044c \u043d\u0430\u043d\u043e\u0447\u0430\u0441\u0442\u0438\u0446\u044b \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e \u044d\u0442\u043e\u0439 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0438.<\/p>\n<h3>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430<\/h3>\n<p>  \u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u0430\u0432\u043b\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f ASE \u0441\u0442\u0430\u043d\u0434\u0430\u0440\u0442\u043d\u043e \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 pip: pip install ase.  <\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-305900","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/305900","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=305900"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/305900\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=305900"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=305900"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=305900"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}