{"id":339324,"date":"2022-10-04T21:00:19","date_gmt":"2022-10-04T21:00:19","guid":{"rendered":"http:\/\/savepearlharbor.com\/?p=339324"},"modified":"-0001-11-30T00:00:00","modified_gmt":"-0001-11-29T21:00:00","slug":"","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/savepearlharbor.com\/?p=339324","title":{"rendered":"<span>\u0412\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f \u0431\u0438\u043e\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e nglview<\/span>"},"content":{"rendered":"<div><\/div>\n<div id=\"post-content-body\">\n<div>\n<div class=\"article-formatted-body article-formatted-body article-formatted-body_version-2\">\n<div xmlns=\"http:\/\/www.w3.org\/1999\/xhtml\">\n<p>\u041a\u043e\u043c\u043f\u044c\u044e\u0442\u0435\u0440\u043d\u043e\u0435 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0431\u0438\u043e\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b \u0443\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u043a\u043e\u0440\u043d\u044f\u043c\u0438 \u0432 \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043d\u0446\u0438\u043f\u043e\u0432 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0435 \u0438\u043c\u0435\u043b\u043e \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u0443\u0436\u0435 \u0432 1950-\u0445 \u0433\u043e\u0434\u0430\u0445. \u0412 1957 \u0433\u043e\u0434\u0443 \u0432\u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0435 \u0431\u044b\u043b \u043e\u043f\u0443\u0431\u043b\u0438\u043a\u043e\u0432\u0430\u043d \u043a\u043e\u043c\u043f\u044c\u044e\u0442\u0435\u0440\u043d\u044b\u0439 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438, \u0430 \u0441\u043f\u0443\u0441\u0442\u044f \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e 20 \u043b\u0435\u0442 \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438 \u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u043b\u043e\u0431\u0443\u043b\u044b.<\/p>\n<p>\u0418\u0437\u0432\u0435\u0441\u0442\u043d\u044b\u0439 \u0444\u0438\u0437\u0438\u043a \u0420\u0438\u0447\u0430\u0440\u0434 \u0424\u0435\u0439\u043d\u043c\u0430\u043d \u043e\u0434\u043d\u0430\u0436\u0434\u044b \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u043b,<\/p>\n<blockquote>\n<p>\u0447\u0442\u043e <em>\u0432\u0441\u0435 \u0441\u043e\u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u0438\u0437\u00a0\u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432<\/em>, \u0438\u00a0\u0447\u0442\u043e\u00a0\u0432\u0441\u0435, \u0447\u0442\u043e \u043f\u0440\u043e\u0438\u0441\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u0432\u00a0\u0436\u0438\u0432\u043e\u043c \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u0435, \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u0442\u044c \u0432\u00a0\u0442\u0435\u0440\u043c\u0438\u043d\u0430\u0445 \u043a\u043e\u043b\u0435\u0431\u0430\u043d\u0438\u0439 \u0438\u00a0\u0441\u043c\u0435\u0449\u0435\u043d\u0438\u0439 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>\u042d\u0442\u043e \u0437\u043d\u0430\u0447\u0438\u0442, \u0447\u0442\u043e \u0434\u043b\u044f \u0442\u043e\u0433\u043e, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u043f\u043e\u043d\u044f\u0442\u044c \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u044b, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043b\u0435\u0436\u0430\u0442 \u0432 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u043e\u043d\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0436\u0438\u0432\u043e\u0439 \u043c\u0430\u0442\u0435\u0440\u0438\u0438, \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0438\u0437\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0435 \u043f\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u044b. \u0418\u043b\u0438, \u0447\u0442\u043e \u0435\u0449\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0449\u0435, \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0441\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0431\u0438\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0439 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0438 \u043a \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u044e \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u043a\u0438. \u042d\u0442\u0430 \u0438\u0434\u0435\u044f \u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0438\u043b\u0430 \u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u043e \u0432 \u0440\u0430\u0437\u0432\u0438\u0442\u0438\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438 \u0431\u0438\u043e\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b.<\/p>\n<p>\u0421\u0435\u0433\u043e\u0434\u043d\u044f, \u043e\u0434\u043d\u043e\u0439 \u0438\u0437 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u044b\u0445 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447 \u043a\u043e\u043c\u043f\u044c\u044e\u0442\u0435\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432 \u0431\u0438\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u0431\u0438\u043e\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b \u0432 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0432\u043e\u0440\u0430\u0445: \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0430 \u0438\u0445 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u0432 \u0445\u043e\u0434\u0435 \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u0441\u0441\u0430 \u0438 \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u0435 \u0441 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u043c\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0430\u043c\u0438. \u042d\u0442\u0438 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0438 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u0432\u0430\u0436\u043d\u044b \u043d\u0435 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0432 \u0444\u0443\u043d\u0434\u0430\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043d\u0430\u0443\u043a\u0435, \u043d\u043e \u0438 \u0432 \u0444\u0430\u0440\u043c\u0430\u0446\u0435\u0432\u0442\u0438\u043a\u0435. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u043f\u0435\u0440\u0435\u0434 \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u0435\u043c \u043a\u043b\u0438\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0438\u0441\u043f\u044b\u0442\u0430\u043d\u0438\u0439 \u0440\u0430\u0437\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0435\u043f\u0430\u0440\u0430\u0442 \u0432 \u043f\u0435\u0440\u0432\u0443\u044e \u043e\u0447\u0435\u0440\u0435\u0434\u044c \u043f\u0440\u043e\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u044d\u0442\u0430\u043f \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u043d\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c \u0432\u044b\u0432\u043e\u0434 \u043e \u0442\u043e\u043c, \u043a\u0430\u043a \u043b\u0435\u043a\u0430\u0440\u0441\u0442\u0432\u043e \u043f\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u0442 \u0441\u0435\u0431\u044f \u0432 \u0436\u0438\u0432\u043e\u043c \u043e\u0440\u0433\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u0435. \u041a \u0442\u043e\u043c\u0443 \u0436\u0435, \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0431\u044b\u0442\u044c \u043d\u0435 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0441\u0435\u0440\u044c\u0435\u0437\u043d\u044b\u043c, \u043d\u043e \u0438 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u044b\u043c.<\/p>\n<p>\u041a\u043e\u0433\u0434\u0430-\u0442\u043e \u043a\u043e\u043c\u043f\u044c\u044e\u0442\u0435\u0440\u043d\u0430\u044f \u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u043a\u0430 \u0431\u044b\u043b\u0430 \u043c\u0430\u043b\u043e\u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u043d\u044b\u043c \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431\u043e\u043c \u043e\u0442\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b, \u043e\u0434\u043d\u0430\u043a\u043e \u0441\u0435\u0439\u0447\u0430\u0441 \u0432\u0441\u0435 \u0438\u043d\u0430\u0447\u0435. \u041e\u0434\u043d\u043e \u0434\u0435\u043b\u043e \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u043c\u0430\u0442\u0435\u043c\u0430\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0439 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u0438\u0439 \u0438 \u0442\u0440\u0430\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u0438\u0439 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0432 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u0442\u0432\u0435, \u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0435 \u0436\u0435 \u0434\u0435\u043b\u043e \u0438\u043c\u0435\u0442\u044c \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0443\u0432\u0438\u0434\u0435\u0442\u044c \u0432\u0441\u0435 \u0441\u0432\u043e\u0438\u043c\u0438 \u0433\u043b\u0430\u0437\u0430\u043c\u0438. \u0418\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e \u0434\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0440\u044f\u0434 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u044e\u0442 \u0431\u0438\u043e\u043b\u043e\u0433\u0430\u043c \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u044b \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438. \u041e\u0434\u043d\u0430\u043a\u043e, \u0432\u0430\u0436\u043d\u043e \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f &#8212; \u044d\u0442\u043e \u043b\u0438\u0448\u044c \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u0448\u0430\u0433 \u043d\u0430 \u043f\u0443\u0442\u0438 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u043e\u0432 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f.<\/p>\n<h2>\u0411\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 nglview<\/h2>\n<p>\u041e\u0434\u043d\u0438\u043c \u0438\u0437 \u043f\u043e\u043f\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u044b\u0445 \u0438 \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0438 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 <code>nglview<\/code>, \u043d\u0430\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u043d\u0430\u044f \u043d\u0430 Python. \u041e\u043d\u0430 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0441\u043e\u0431\u043e\u0439 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u0439 \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442 IPython\/Jupyter, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u0443\u044e \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443 \u0438 \u0442\u0440\u0430\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u0438\u0438 \u0434\u0432\u0438\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432.<\/p>\n<p>\u0414\u043b\u044f \u043e\u0442\u0440\u0438\u0441\u043e\u0432\u043a\u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u0435\u0440\u0432\u0438\u0441 <a href=\"https:\/\/nglviewer.org\/#page-top\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">NGL Viewer<\/a>, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 \u0432 \u0441\u0435\u0431\u0435 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u043a\u0438.<\/p>\n<p>\u0422\u0430\u043a\u0436\u0435, \u0432\u0430\u0436\u043d\u043e \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e <code>nglview<\/code> \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u043a\u0430\u043a \u0438\u0437 \u0444\u0430\u0439\u043b\u043e\u0432, <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">RCSB PDB<\/a>, <a href=\"https:\/\/github.com\/arose\/simpletraj\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">simpletraj<\/a>, \u0442\u0430\u043a \u0438 \u0438\u0437 \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u044f\u0432\u043b\u044f\u044e\u0442\u0441\u044f \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u043e\u043c \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0438\u0445 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a: <a href=\"https:\/\/www.mdtraj.org\/1.9.8.dev0\/index.html\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">mdtraj<\/a>, <a href=\"http:\/\/amber-md.github.io\/pytraj\/latest\/index.html\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">pytraj<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.mdanalysis.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">mdanalysis<\/a>, <a href=\"http:\/\/parmed.github.io\/ParmEd\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">ParmEd<\/a>, <a href=\"https:\/\/github.com\/rdkit\/rdkit\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">rdkit<\/a>, <a href=\"https:\/\/wiki.fysik.dtu.dk\/ase\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">ase<\/a>, <a href=\"https:\/\/www.htmd.org\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">HTMD<\/a>, <a href=\"https:\/\/github.com\/biopython\/biopython.github.io\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">biopython<\/a>, <a href=\"https:\/\/cci.lbl.gov\/cctbx_docs\/iotbx\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">cctbx<\/a>, <a href=\"http:\/\/pyrosetta.org\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">pyrosetta<\/a>, <a href=\"http:\/\/content.schrodinger.com\/Docs\/r2015-4\/python_api\/api\/schrodinger.structure.Structure-class.html\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">schrodinger\u2019s Structure<\/a>.<\/p>\n<h3>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430 nglview<\/h3>\n<p>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u0438\u0442\u044c <code>nglview<\/code> \u043d\u0435 \u0441\u043b\u043e\u0436\u043d\u043e:<\/p>\n<pre><code>pip install nglview jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix<\/code><\/pre>\n<p>\u0422\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u0435\u043d \u0438 \u0432 <code>conda-forge<\/code>:<\/p>\n<pre><code>conda install nglview -c conda-forge # might need: jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix  # if you already installed nglview, you can `upgrade` conda upgrade nglview --force # might need: jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix<\/code><\/pre>\n<p>\u0410\u0445, \u0434\u0430, \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u044e \u043a <code>nglview<\/code> \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0432\u043e\u0442 <a href=\"https:\/\/github.com\/nglviewer\/nglview\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u0437\u0434\u0435\u0441\u044c<\/a>. \u0422\u0443\u0442 \u0436\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0443\u0432\u0438\u0434\u0435\u0442\u044c \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439\u0448\u0438\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u043a\u043e\u0434\u0430 \u0434\u043b\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/structure\/3pqr\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">3pqr<\/a> (\u043a\u0440\u0438\u0441\u0442\u0430\u043b\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0430\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 \u043c\u0435\u0442\u0430\u0440\u043e\u0434\u043e\u043f\u0441\u0438\u043d\u0430 II \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u0421-\u043a\u043e\u043d\u0446\u0435\u0432\u044b\u043c \u043f\u0435\u043f\u0442\u0438\u0434\u043e\u043c, \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u043d\u044b\u043c \u0438\u0437 Galpha-\u0441\u0443\u0431\u044a\u0435\u0434\u0438\u043d\u0438\u0446\u044b \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u0434\u0443\u0446\u0438\u043d\u0430) \u0438\u0437 <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">RCSB PDB<\/a>. \u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044e <code>show_pdbid()<\/code> \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443, \u0438\u043c\u0435\u044f \u043b\u0438\u0448\u044c \u0438\u0434\u0435\u043d\u0442\u0438\u0444\u0438\u043a\u0430\u0442\u043e\u0440 PDB:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">import nglview as nv view = nv.show_pdbid(\"3pqr\")  # load \"3pqr\" from RCSB PDB and display viewer widget view<\/code><\/pre>\n<p>\u0410 \u0432\u043e\u0442 \u0438 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442:<\/p>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/549\/376\/66e\/54937666eda7a7348290f97f0acfc49a.gif\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 3pqr\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 3pqr\" width=\"320\" height=\"240\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/549\/376\/66e\/54937666eda7a7348290f97f0acfc49a.gif\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 3pqr<\/figcaption><\/figure>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 demo()<\/h3>\n<p>\u041f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u043e\u0439 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0435\u0439 \u0434\u043b\u044f \u043d\u043e\u0432\u0447\u0438\u043a\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f <code>demo()<\/code>, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0438\u043b\u043b\u044e\u0441\u0442\u0440\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442 \u0433\u043e\u0442\u043e\u0432\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0430 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043e\u0446\u0435\u043d\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0432\u0441\u0435 \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043b\u0435\u043d\u043e \u0438 \u043d\u0430\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u043e \u043a\u043e\u0440\u0440\u0435\u043a\u0442\u043d\u043e \u0434\u043b\u044f \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b \u0441 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u043e\u0439.<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view = nv.demo() view <\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/ab2\/44d\/32f\/ab244d32fb53820b288797aa6fd7ee6d.gif\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 1u19\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 1u19\" width=\"320\" height=\"240\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/ab2\/44d\/32f\/ab244d32fb53820b288797aa6fd7ee6d.gif\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 1u19<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u042d\u0442\u043e \u043a\u0440\u0438\u0441\u0442\u0430\u043b\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0430\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 \u0431\u044b\u0447\u044c\u0435\u0433\u043e \u0440\u043e\u0434\u043e\u043f\u0441\u0438\u043d\u0430 \u043f\u0440\u0438 \u0440\u0430\u0437\u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0438 2,2 \u0430\u043d\u0433\u0441\u0442\u0440\u0435\u043c. \u0414\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u043d\u0430\u044f pdb-\u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 \u043d\u0430\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/structure\/1u19\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u0437\u0434\u0435\u0441\u044c<\/a>. \u0422\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432\u0430\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 \u043b\u0435\u0436\u0438\u0442 \u0432\u043d\u0443\u0442\u0440\u0438 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0438; \u043f\u0443\u0442\u044c \u043a \u043d\u0435\u0439 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>nv.datafiles.PDB<\/code>, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u0432\u0435\u0440\u043d\u0435\u0442 <code>\/opt\/miniconda3\/envs\/moldyn\/lib\/python3.7\/site-packages\/nglview\/datafiles\/md_1u19.pdb<\/code>. \u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f <code>nv.datafiles<\/code> \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0438 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435 \u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u044b \u0442\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u0430: <code>nv.datafiles.ALA3<\/code>; <code>nv.datafiles.ASE_Traj<\/code>; <code>nv.datafiles.GRO<\/code>; <code>nv.datafiles.MODULE_DIR<\/code>; <code>nv.datafiles.TRR<\/code>; <code>nv.datafiles.XTC<\/code>.<\/p>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 show_structure_file()<\/h3>\n<p>\u0427\u0442\u043e\u0431\u044b \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443 \u0438\u0437 \u0442\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432\u043e\u0433\u043e \u0444\u0430\u0439\u043b\u0430, \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0438\u0442\u044c \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044e <code>show_structure_file()<\/code>:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view = nv.show_structure_file(nv.datafiles.PDB) view<\/code><\/pre>\n<p>\u042d\u0442\u043e\u0442 \u043a\u043e\u0434 \u0432\u0435\u0440\u043d\u0435\u0442 \u043d\u0430\u043c \u0442\u043e\u0442 \u0436\u0435 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442, \u0447\u0442\u043e \u0438 \u0432\u044b\u0448\u0435.<\/p>\n<p>\u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434 <code>show_structure_file()<\/code> \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0438\u0437 \u0441\u043e\u0431\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0444\u0430\u0439\u043b\u0430. \u0414\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e, \u0432 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0430, \u0441\u043a\u0430\u0447\u0430\u0435\u043c \u043a\u0440\u0438\u0441\u0442\u0430\u043b\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0443\u044e \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e B2-\u0430\u0434\u0440\u0435\u043d\u0435\u0440\u0433\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e \u0440\u0435\u0446\u0435\u043f\u0442\u043e\u0440\u0430, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441 G-\u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u043c, <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/structure\/2rh1\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u043e\u0442\u0441\u044e\u0434\u0430<\/a> \u0438 \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c \u043d\u0430 \u043d\u0435\u0435 \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u0443\u044e <code>nglview<\/code>:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">!wget https:\/\/files.rcsb.org\/view\/2rh1.pdb view = nv.show_structure_file('2rh1.pdb') view<\/code><\/pre>\n<p>\u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442:<\/p>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/146\/830\/8a5\/1468308a5f1f27150c0d6b2db8c76a8b.gif\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1\" width=\"320\" height=\"240\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/146\/830\/8a5\/1468308a5f1f27150c0d6b2db8c76a8b.gif\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1<\/figcaption><\/figure>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b add_cartoon() \u0438 remove_cartoon()<\/h3>\n<p>\u0412\u0441\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0434\u0435\u043c\u043e\u043d\u0441\u0442\u0440\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0440\u0430\u043d\u0435\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u044b \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0430\u0442 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u0432 \u043c\u0443\u043b\u044c\u0442\u0438\u043f\u043b\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u043c \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0438, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0435 \u0438\u043c\u0435\u043d\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f cartoon. \u0414\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u043f\u043e\u043f\u0440\u043e\u0431\u0443\u0435\u043c \u0443\u0431\u0440\u0430\u0442\u044c \u0438\u0437 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u0435\u0439 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u0432\u0441\u0435 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0435 \u0438\u043c\u0435\u044e \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 cartoon:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.remove_cartoon()<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/3cc\/551\/d69\/3cc551d690d26bb88663ce8f9f39287f.png\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0431\u0435\u0437 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043a\u0430\u043a cartoon\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0431\u0435\u0437 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043a\u0430\u043a cartoon\" width=\"458\" height=\"526\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/3cc\/551\/d69\/3cc551d690d26bb88663ce8f9f39287f.png\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0431\u0435\u0437 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043a\u0430\u043a cartoon<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0410 \u0442\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c, \u0432\u0435\u0440\u043d\u0435\u043c \u0438\u0445 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u043d\u043e:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.add_cartoon()<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/6bd\/de2\/74e\/6bdde274ef852d61d2b8fa21bf5a09ca.png\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1\" width=\"408\" height=\"734\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/6bd\/de2\/74e\/6bdde274ef852d61d2b8fa21bf5a09ca.png\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0438\u0437 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u043d\u0430 \u0441\u0430\u043c\u043e\u043c \u0434\u0435\u043b\u0435 \u043d\u0438\u0447\u0435\u0433\u043e \u043d\u0435 \u0443\u0434\u0430\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f, \u043c\u044b \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e \u043b\u0438\u0448\u044c \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0435\u043c \u0441 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u043c \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435\u043c.<\/p>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b add_ball_and_stick() \u0438 remove_ball_and_stick()<\/h3>\n<p>\u0410\u043d\u0430\u043b\u043e\u0433\u0438\u0447\u043d\u043e, \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b <code>add_ball_and_stick()<\/code> \u0438 <code>remove_ball_and_stick()<\/code> \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u044e\u0442 \u0443\u0434\u0430\u043b\u044f\u0442\u044c \u0438\u043b\u0438 \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u043b\u044f\u0442\u044c \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b, \u0438\u043c\u0435\u044e\u0449\u0438\u0435 \u0448\u0430\u0440\u043e-\u0441\u0442\u0435\u0440\u0436\u043d\u0435\u0432\u044b\u0439, \u0438\u043b\u0438 ball_and_stick, \u0432\u0438\u0434:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.remove_ball_and_stick()<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/c5c\/10d\/506\/c5c10d5060ad5a51286a60606470885f.png\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0431\u0435\u0437 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432, \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043a\u0430\u043a ball_and_stick\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0431\u0435\u0437 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432, \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043a\u0430\u043a ball_and_stick\" width=\"360\" height=\"713\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/c5c\/10d\/506\/c5c10d5060ad5a51286a60606470885f.png\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0431\u0435\u0437 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432, \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043a\u0430\u043a ball_and_stick<\/figcaption><\/figure>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 clear_representations()<\/h3>\n<p>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 <code>clear_representations()<\/code> \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043e\u0447\u0438\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442 \u043e\u0442 \u043e\u0442\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b. \u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u043e\u043c \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043f\u0443\u0441\u0442\u043e\u0439 \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442.<\/p>\n<h3>\u0418\u0437\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0446\u0432\u0435\u0442\u0430 \u0438 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0445 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432<\/h3>\n<p>\u0412 \u043f\u0440\u0435\u0434\u044b\u0434\u0443\u0449\u0438\u0445 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0430\u0445 \u043c\u044b \u0432\u0438\u0434\u0435\u043b\u0438, \u0447\u0442\u043e \u0446\u0432\u0435\u0442 \u043f\u043e\u043c\u0435\u043d\u044f\u043b\u0441\u044f, \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043c\u044b \u0432\u043d\u043e\u0432\u044c \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u0438\u043b\u0438 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b \u0432 \u043c\u0443\u043b\u044c\u0442\u0438\u043f\u043b\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u043c \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0438. \u0422\u0430\u043a \u043a\u0430\u043a \u0432 \u043f\u0440\u043e\u0448\u043b\u044b\u0439 \u0440\u0430\u0437 \u043c\u044b \u043d\u0435 \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u043b\u0438 \u044f\u0432\u043d\u043e \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u0443\u044e \u0433\u0430\u043c\u043c\u0443, \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043b \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440 \u043f\u043e \u0443\u043c\u043e\u043b\u0447\u0430\u043d\u0438\u044e. \u0421\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0446\u0435\u043b\u044b\u0439 \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438: atomindex, bfactor, chainid, chainindex, chainname, densityfit, electrostatic,  element, entityindex, entitytype, geoquality, hydrophobicity,  modelindex, moleculetype, occupancy, random, residueindex,  resname, sstruc, uniform, value, volume.<\/p>\n<p>\u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0438\u0439 \u043a\u043e\u0434 \u043e\u043a\u0440\u0430\u0448\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0443 \u043d\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0448\u043a\u0430\u043b\u044b \u0433\u0438\u0434\u0440\u043e\u0444\u043e\u0431\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043e\u0442 \u043a\u0440\u0430\u0441\u043d\u043e\u0433\u043e \u043a \u0431\u0435\u043b\u043e\u043c\u0443 (<a href=\"https:\/\/www.sciencedirect.com\/science\/article\/abs\/pii\/0022283684903097?via%3Dihub\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">Eisenberg et al., 1984<\/a>):<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.add_cartoon(color='hydrophobicity')<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/a80\/d4a\/986\/a80d4a986730e0ab51da682e6b07b4be.png\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 hydrophobicity\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 hydrophobicity\" width=\"383\" height=\"753\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/a80\/d4a\/986\/a80d4a986730e0ab51da682e6b07b4be.png\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 hydrophobicity<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0412 \u0441\u0430\u043c\u043e\u043c \u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u0435, \u0432 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 <code>show_structure_file()<\/code>, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043b\u0430\u0441\u044c \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u0430\u044f \u0433\u0430\u043c\u043c\u0430 <code>atomindex<\/code>. \u041f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u043c \u0442\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0435\u0435 \u0441\u0430\u043c\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.clear_representations() view.add_cartoon(color='atomindex')<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/9c3\/1f1\/83b\/9c31f183b36046d2f09bdecc63357b62.png\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 atomindex\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 atomindex\" width=\"333\" height=\"658\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/9c3\/1f1\/83b\/9c31f183b36046d2f09bdecc63357b62.png\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 atomindex<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0422\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0438\u0437\u043c\u0435\u043d\u0438\u0442\u044c \u043f\u0440\u043e\u0437\u0440\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f. \u0414\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0432\u043e\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0435\u0439 <code>update_cartoon()<\/code>:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.update_cartoon(opacity=.6)<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/641\/c01\/7d0\/641c017d07c94ae07bd773805c7c8cde.png\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 atomindex \u0438 \u0441\u0442\u0435\u043f\u0435\u043d\u044c\u044e \u043f\u0440\u043e\u0437\u0440\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 0.6\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 atomindex \u0438 \u0441\u0442\u0435\u043f\u0435\u043d\u044c\u044e \u043f\u0440\u043e\u0437\u0440\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 0.6\" width=\"356\" height=\"665\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/641\/c01\/7d0\/641c017d07c94ae07bd773805c7c8cde.png\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 atomindex \u0438 \u0441\u0442\u0435\u043f\u0435\u043d\u044c\u044e \u043f\u0440\u043e\u0437\u0440\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 0.6<\/figcaption><\/figure>\n<h3>\u0412\u044b\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u0443\u044e\u0449\u0435\u0433\u043e \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u0430<\/h3>\n<p>\u0427\u0442\u043e\u0431\u044b \u0432\u044b\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u0443\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043d\u0430\u0441 \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u044b, \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c &#171;\u0438\u0433\u0440\u0443&#187; \u0441 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0432\u0430\u0440\u0438\u0430\u043d\u0442\u0430\u043c\u0438 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u043d\u0430\u0441 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0437\u0430\u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u043a\u043e\u043d\u043a\u0440\u0435\u0442\u043d\u044b\u0439 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434 <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/ligand\/CAU\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">CAU<\/a>. \u0422\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0432\u043e\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0442\u0435\u043c, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0432\u044b\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c \u0435\u0433\u043e \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e<br \/> \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f, \u043e\u0442\u043b\u0438\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0442 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u0431\u0435\u043b\u043a\u0430, \u043d\u0430\u043f\u0440\u043d\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0432\u043e\u0442 \u0442\u0430\u043a:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.clear_representations() view.add_cartoon(color='atomindex') view.add_ball_and_stick('CAU') view.remove_label() view.add_label('CAU', radius=1.5, color='black', label_type='atomname')<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/2f2\/7ce\/b7a\/2f27ceb7a7f9e9c68897e691212f9fd4.gif\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434\u043e\u043c CAU\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434\u043e\u043c CAU\" width=\"320\" height=\"240\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/2f2\/7ce\/b7a\/2f27ceb7a7f9e9c68897e691212f9fd4.gif\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434\u043e\u043c CAU<\/figcaption><\/figure>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/363\/786\/321\/363786321fd465b07ae33d1d78c86e1e.png\" alt=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434\u043e\u043c CAU\" title=\"\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434\u043e\u043c CAU\" width=\"477\" height=\"664\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/363\/786\/321\/363786321fd465b07ae33d1d78c86e1e.png\"\/><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434\u043e\u043c CAU<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041f\u043e \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043a\u0443. \u0421\u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u0430 \u043c\u044b \u043f\u043e\u0447\u0438\u0441\u0442\u0438\u043b\u0438 \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442 \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>clear_representations()<\/code>. \u0417\u0430\u0442\u0435\u043c \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u0438\u043b\u0438 \u0440\u0435\u0446\u0435\u043f\u0442\u043e\u0440 \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>add_cartoon()<\/code> \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 <code>atomindex<\/code>. \u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f <code>add_ball_and_stick()<\/code> \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u0438\u043b\u0438 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434 CAU. \u0423\u0434\u0430\u043b\u0438\u043b\u0438 (\u043d\u0430 \u0432\u0441\u044f\u043a\u0438\u0439) \u0432\u0441\u0435 \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u043a\u0438 \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>remove_label()<\/code> \u0438 \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u0438\u043b\u0438 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0442\u0435, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043d\u0430\u043c \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u044b, \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u0431\u044b\u043b\u0438 \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u044b \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0447\u0435\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u0446\u0432\u0435\u0442\u0430 \u0432 \u0440\u0430\u0437\u043c\u0435\u0440\u0435 1.5, \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>add_label()<\/code>.<\/p>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 _display_repr()<\/h3>\n<p>\u0418 \u0432 \u0437\u0430\u043a\u043b\u044e\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435, \u043e\u0442\u043c\u0435\u0447\u0443 \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0442\u0430\u043a\u043e\u0433\u043e \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u043a\u0430\u043a <code>_display_repr()<\/code>, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0435\u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043c\u0435\u043d\u044e \u0440\u0443\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e \u0443\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c\u0438 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430\u043c\u0438 \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442\u0430.<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view._display_repr()<\/code><\/pre>\n<figure class=\"full-width\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/dc1\/97c\/c12\/dc197cc122c9fcee1ff8283e965abd4a.gif\" alt=\"\u0418\u043b\u043b\u044e\u0441\u0442\u0440\u0430\u0446\u0438\u044f \u0440\u0443\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e \u0443\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430\u043c\u0438 \u043d\u0430 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0435 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b 2rh1\" title=\"\u0418\u043b\u043b\u044e\u0441\u0442\u0440\u0430\u0446\u0438\u044f \u0440\u0443\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e \u0443\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430\u043c\u0438 \u043d\u0430 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0435 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b 2rh1\" width=\"960\" height=\"720\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/dc1\/97c\/c12\/dc197cc122c9fcee1ff8283e965abd4a.gif\"\/><figcaption>\u0418\u043b\u043b\u044e\u0441\u0442\u0440\u0430\u0446\u0438\u044f \u0440\u0443\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e \u0443\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430\u043c\u0438 \u043d\u0430 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0435 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b 2rh1<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041d\u0430 \u0441\u0430\u043c\u043e\u043c \u0434\u0435\u043b\u0435 \u043e \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u044f\u0445 <code>nglview<\/code> \u0440\u0430\u0441\u0441\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0442\u044c \u0435\u0449\u0435 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e, \u043d\u043e, \u044f \u0434\u0443\u043c\u0430\u044e, \u0447\u0442\u043e \u0432 \u0440\u0430\u043c\u043a\u0430\u0445 \u043e\u0434\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e. \u041f\u0438\u0448\u0438\u0442\u0435, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u0432\u0430\u0441 \u0447\u0442\u043e-\u0442\u043e \u0437\u0430\u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043e\u0432\u0430\u043b\u043e, \u043c\u043d\u0435 \u0432\u0441\u0435\u0433\u0434\u0430 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043f\u0440\u0438\u044f\u0442\u043d\u043e \u043f\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c\u0441\u044f \u0441\u0432\u043e\u0438\u043c\u0438 \u0437\u043d\u0430\u043d\u0438\u044f\u043c\u0438 \ud83d\ude42<\/p>\n<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"v-portal\" style=\"display:none;\"><\/div>\n<\/div>\n<p> <!----> <!----><br \/> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 <a href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/post\/691542\/\"> https:\/\/habr.com\/ru\/post\/691542\/<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<div><\/div>\n<div id=\"post-content-body\">\n<div>\n<div class=\"article-formatted-body article-formatted-body article-formatted-body_version-2\">\n<div xmlns=\"http:\/\/www.w3.org\/1999\/xhtml\">\n<p>\u041a\u043e\u043c\u043f\u044c\u044e\u0442\u0435\u0440\u043d\u043e\u0435 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0431\u0438\u043e\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b \u0443\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u043a\u043e\u0440\u043d\u044f\u043c\u0438 \u0432 \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043d\u0446\u0438\u043f\u043e\u0432 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0435 \u0438\u043c\u0435\u043b\u043e \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u0443\u0436\u0435 \u0432 1950-\u0445 \u0433\u043e\u0434\u0430\u0445. \u0412 1957 \u0433\u043e\u0434\u0443 \u0432\u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0435 \u0431\u044b\u043b \u043e\u043f\u0443\u0431\u043b\u0438\u043a\u043e\u0432\u0430\u043d \u043a\u043e\u043c\u043f\u044c\u044e\u0442\u0435\u0440\u043d\u044b\u0439 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438, \u0430 \u0441\u043f\u0443\u0441\u0442\u044f \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e 20 \u043b\u0435\u0442 \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438 \u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u043b\u043e\u0431\u0443\u043b\u044b.<\/p>\n<p>\u0418\u0437\u0432\u0435\u0441\u0442\u043d\u044b\u0439 \u0444\u0438\u0437\u0438\u043a \u0420\u0438\u0447\u0430\u0440\u0434 \u0424\u0435\u0439\u043d\u043c\u0430\u043d \u043e\u0434\u043d\u0430\u0436\u0434\u044b \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u043b,<\/p>\n<blockquote>\n<p>\u0447\u0442\u043e <em>\u0432\u0441\u0435 \u0441\u043e\u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u0438\u0437\u00a0\u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432<\/em>, \u0438\u00a0\u0447\u0442\u043e\u00a0\u0432\u0441\u0435, \u0447\u0442\u043e \u043f\u0440\u043e\u0438\u0441\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u0432\u00a0\u0436\u0438\u0432\u043e\u043c \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u0435, \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u0442\u044c \u0432\u00a0\u0442\u0435\u0440\u043c\u0438\u043d\u0430\u0445 \u043a\u043e\u043b\u0435\u0431\u0430\u043d\u0438\u0439 \u0438\u00a0\u0441\u043c\u0435\u0449\u0435\u043d\u0438\u0439 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>\u042d\u0442\u043e \u0437\u043d\u0430\u0447\u0438\u0442, \u0447\u0442\u043e \u0434\u043b\u044f \u0442\u043e\u0433\u043e, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u043f\u043e\u043d\u044f\u0442\u044c \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u044b, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043b\u0435\u0436\u0430\u0442 \u0432 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u043e\u043d\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0436\u0438\u0432\u043e\u0439 \u043c\u0430\u0442\u0435\u0440\u0438\u0438, \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0438\u0437\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0435 \u043f\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043c\u044b. \u0418\u043b\u0438, \u0447\u0442\u043e \u0435\u0449\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0449\u0435, \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0441\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0431\u0438\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0439 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0438 \u043a \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u044e \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u043a\u0438. \u042d\u0442\u0430 \u0438\u0434\u0435\u044f \u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0438\u043b\u0430 \u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u043e \u0432 \u0440\u0430\u0437\u0432\u0438\u0442\u0438\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438 \u0431\u0438\u043e\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b.<\/p>\n<p>\u0421\u0435\u0433\u043e\u0434\u043d\u044f, \u043e\u0434\u043d\u043e\u0439 \u0438\u0437 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u044b\u0445 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447 \u043a\u043e\u043c\u043f\u044c\u044e\u0442\u0435\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432 \u0431\u0438\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u0431\u0438\u043e\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b \u0432 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0442\u0432\u043e\u0440\u0430\u0445: \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0430 \u0438\u0445 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u0432 \u0445\u043e\u0434\u0435 \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u0441\u0441\u0430 \u0438 \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0434\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0438\u0435 \u0441 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u043c\u0438 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0430\u043c\u0438. \u042d\u0442\u0438 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0438 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u0432\u0430\u0436\u043d\u044b \u043d\u0435 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0432 \u0444\u0443\u043d\u0434\u0430\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043d\u0430\u0443\u043a\u0435, \u043d\u043e \u0438 \u0432 \u0444\u0430\u0440\u043c\u0430\u0446\u0435\u0432\u0442\u0438\u043a\u0435. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u043f\u0435\u0440\u0435\u0434 \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u0435\u043c \u043a\u043b\u0438\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0438\u0441\u043f\u044b\u0442\u0430\u043d\u0438\u0439 \u0440\u0430\u0437\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0435\u043f\u0430\u0440\u0430\u0442 \u0432 \u043f\u0435\u0440\u0432\u0443\u044e \u043e\u0447\u0435\u0440\u0435\u0434\u044c \u043f\u0440\u043e\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u044d\u0442\u0430\u043f \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u043d\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c \u0432\u044b\u0432\u043e\u0434 \u043e \u0442\u043e\u043c, \u043a\u0430\u043a \u043b\u0435\u043a\u0430\u0440\u0441\u0442\u0432\u043e \u043f\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u0442 \u0441\u0435\u0431\u044f \u0432 \u0436\u0438\u0432\u043e\u043c \u043e\u0440\u0433\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u0435. \u041a \u0442\u043e\u043c\u0443 \u0436\u0435, \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0431\u044b\u0442\u044c \u043d\u0435 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0441\u0435\u0440\u044c\u0435\u0437\u043d\u044b\u043c, \u043d\u043e \u0438 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u044b\u043c.<\/p>\n<p>\u041a\u043e\u0433\u0434\u0430-\u0442\u043e \u043a\u043e\u043c\u043f\u044c\u044e\u0442\u0435\u0440\u043d\u0430\u044f \u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u043a\u0430 \u0431\u044b\u043b\u0430 \u043c\u0430\u043b\u043e\u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u043d\u044b\u043c \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431\u043e\u043c \u043e\u0442\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b, \u043e\u0434\u043d\u0430\u043a\u043e \u0441\u0435\u0439\u0447\u0430\u0441 \u0432\u0441\u0435 \u0438\u043d\u0430\u0447\u0435. \u041e\u0434\u043d\u043e \u0434\u0435\u043b\u043e \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u043c\u0430\u0442\u0435\u043c\u0430\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0439 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u0438\u0439 \u0438 \u0442\u0440\u0430\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u0438\u0439 \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0432 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u0442\u0432\u0435, \u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0435 \u0436\u0435 \u0434\u0435\u043b\u043e \u0438\u043c\u0435\u0442\u044c \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0443\u0432\u0438\u0434\u0435\u0442\u044c \u0432\u0441\u0435 \u0441\u0432\u043e\u0438\u043c\u0438 \u0433\u043b\u0430\u0437\u0430\u043c\u0438. \u0418\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e \u0434\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0440\u044f\u0434 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u044e\u0442 \u0431\u0438\u043e\u043b\u043e\u0433\u0430\u043c \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u044b \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0434\u0438\u043d\u0430\u043c\u0438\u043a\u0438. \u041e\u0434\u043d\u0430\u043a\u043e, \u0432\u0430\u0436\u043d\u043e \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f &#8212; \u044d\u0442\u043e \u043b\u0438\u0448\u044c \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u0448\u0430\u0433 \u043d\u0430 \u043f\u0443\u0442\u0438 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u043e\u0432 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f.<\/p>\n<h2>\u0411\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 nglview<\/h2>\n<p>\u041e\u0434\u043d\u0438\u043c \u0438\u0437 \u043f\u043e\u043f\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u044b\u0445 \u0438 \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0438 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 <code>nglview<\/code>, \u043d\u0430\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u043d\u0430\u044f \u043d\u0430 Python. \u041e\u043d\u0430 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0441\u043e\u0431\u043e\u0439 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u0439 \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442 IPython\/Jupyter, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u0443\u044e \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443 \u0438 \u0442\u0440\u0430\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u0438\u0438 \u0434\u0432\u0438\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432.<\/p>\n<p>\u0414\u043b\u044f \u043e\u0442\u0440\u0438\u0441\u043e\u0432\u043a\u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u0435\u0440\u0432\u0438\u0441 <a href=\"https:\/\/nglviewer.org\/#page-top\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">NGL Viewer<\/a>, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 \u0432 \u0441\u0435\u0431\u0435 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0439 \u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u043a\u0438.<\/p>\n<p>\u0422\u0430\u043a\u0436\u0435, \u0432\u0430\u0436\u043d\u043e \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e <code>nglview<\/code> \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u043a\u0430\u043a \u0438\u0437 \u0444\u0430\u0439\u043b\u043e\u0432, <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">RCSB PDB<\/a>, <a href=\"https:\/\/github.com\/arose\/simpletraj\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">simpletraj<\/a>, \u0442\u0430\u043a \u0438 \u0438\u0437 \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u044f\u0432\u043b\u044f\u044e\u0442\u0441\u044f \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u043e\u043c \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0438\u0445 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a: <a href=\"https:\/\/www.mdtraj.org\/1.9.8.dev0\/index.html\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">mdtraj<\/a>, <a href=\"http:\/\/amber-md.github.io\/pytraj\/latest\/index.html\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">pytraj<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.mdanalysis.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">mdanalysis<\/a>, <a href=\"http:\/\/parmed.github.io\/ParmEd\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">ParmEd<\/a>, <a href=\"https:\/\/github.com\/rdkit\/rdkit\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">rdkit<\/a>, <a href=\"https:\/\/wiki.fysik.dtu.dk\/ase\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">ase<\/a>, <a href=\"https:\/\/www.htmd.org\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">HTMD<\/a>, <a href=\"https:\/\/github.com\/biopython\/biopython.github.io\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">biopython<\/a>, <a href=\"https:\/\/cci.lbl.gov\/cctbx_docs\/iotbx\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">cctbx<\/a>, <a href=\"http:\/\/pyrosetta.org\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">pyrosetta<\/a>, <a href=\"http:\/\/content.schrodinger.com\/Docs\/r2015-4\/python_api\/api\/schrodinger.structure.Structure-class.html\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">schrodinger\u2019s Structure<\/a>.<\/p>\n<h3>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430 nglview<\/h3>\n<p>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u0438\u0442\u044c <code>nglview<\/code> \u043d\u0435 \u0441\u043b\u043e\u0436\u043d\u043e:<\/p>\n<pre><code>pip install nglview jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix<\/code><\/pre>\n<p>\u0422\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u0435\u043d \u0438 \u0432 <code>conda-forge<\/code>:<\/p>\n<pre><code>conda install nglview -c conda-forge # might need: jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix  # if you already installed nglview, you can `upgrade` conda upgrade nglview --force # might need: jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix<\/code><\/pre>\n<p>\u0410\u0445, \u0434\u0430, \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u044e \u043a <code>nglview<\/code> \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0432\u043e\u0442 <a href=\"https:\/\/github.com\/nglviewer\/nglview\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u0437\u0434\u0435\u0441\u044c<\/a>. \u0422\u0443\u0442 \u0436\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0443\u0432\u0438\u0434\u0435\u0442\u044c \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439\u0448\u0438\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u043a\u043e\u0434\u0430 \u0434\u043b\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/structure\/3pqr\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">3pqr<\/a> (\u043a\u0440\u0438\u0441\u0442\u0430\u043b\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0430\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 \u043c\u0435\u0442\u0430\u0440\u043e\u0434\u043e\u043f\u0441\u0438\u043d\u0430 II \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u0421-\u043a\u043e\u043d\u0446\u0435\u0432\u044b\u043c \u043f\u0435\u043f\u0442\u0438\u0434\u043e\u043c, \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u043d\u044b\u043c \u0438\u0437 Galpha-\u0441\u0443\u0431\u044a\u0435\u0434\u0438\u043d\u0438\u0446\u044b \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u0434\u0443\u0446\u0438\u043d\u0430) \u0438\u0437 <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">RCSB PDB<\/a>. \u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044e <code>show_pdbid()<\/code> \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443, \u0438\u043c\u0435\u044f \u043b\u0438\u0448\u044c \u0438\u0434\u0435\u043d\u0442\u0438\u0444\u0438\u043a\u0430\u0442\u043e\u0440 PDB:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">import nglview as nv view = nv.show_pdbid(\"3pqr\")  # load \"3pqr\" from RCSB PDB and display viewer widget view<\/code><\/pre>\n<p>\u0410 \u0432\u043e\u0442 \u0438 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442:<\/p>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 3pqr<\/figcaption><\/figure>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 demo()<\/h3>\n<p>\u041f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u043e\u0439 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0435\u0439 \u0434\u043b\u044f \u043d\u043e\u0432\u0447\u0438\u043a\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f <code>demo()<\/code>, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0438\u043b\u043b\u044e\u0441\u0442\u0440\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442 \u0433\u043e\u0442\u043e\u0432\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0430 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043e\u0446\u0435\u043d\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0432\u0441\u0435 \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043b\u0435\u043d\u043e \u0438 \u043d\u0430\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u043e \u043a\u043e\u0440\u0440\u0435\u043a\u0442\u043d\u043e \u0434\u043b\u044f \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b \u0441 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u043e\u0439.<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view = nv.demo() view <\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 1u19<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u042d\u0442\u043e \u043a\u0440\u0438\u0441\u0442\u0430\u043b\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0430\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 \u0431\u044b\u0447\u044c\u0435\u0433\u043e \u0440\u043e\u0434\u043e\u043f\u0441\u0438\u043d\u0430 \u043f\u0440\u0438 \u0440\u0430\u0437\u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0438 2,2 \u0430\u043d\u0433\u0441\u0442\u0440\u0435\u043c. \u0414\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u043d\u0430\u044f pdb-\u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 \u043d\u0430\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/structure\/1u19\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u0437\u0434\u0435\u0441\u044c<\/a>. \u0422\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432\u0430\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 \u043b\u0435\u0436\u0438\u0442 \u0432\u043d\u0443\u0442\u0440\u0438 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0438; \u043f\u0443\u0442\u044c \u043a \u043d\u0435\u0439 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>nv.datafiles.PDB<\/code>, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u0432\u0435\u0440\u043d\u0435\u0442 <code>\/opt\/miniconda3\/envs\/moldyn\/lib\/python3.7\/site-packages\/nglview\/datafiles\/md_1u19.pdb<\/code>. \u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f <code>nv.datafiles<\/code> \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0438 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435 \u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u044b \u0442\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u0430: <code>nv.datafiles.ALA3<\/code>; <code>nv.datafiles.ASE_Traj<\/code>; <code>nv.datafiles.GRO<\/code>; <code>nv.datafiles.MODULE_DIR<\/code>; <code>nv.datafiles.TRR<\/code>; <code>nv.datafiles.XTC<\/code>.<\/p>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 show_structure_file()<\/h3>\n<p>\u0427\u0442\u043e\u0431\u044b \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443 \u0438\u0437 \u0442\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432\u043e\u0433\u043e \u0444\u0430\u0439\u043b\u0430, \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0438\u0442\u044c \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044e <code>show_structure_file()<\/code>:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view = nv.show_structure_file(nv.datafiles.PDB) view<\/code><\/pre>\n<p>\u042d\u0442\u043e\u0442 \u043a\u043e\u0434 \u0432\u0435\u0440\u043d\u0435\u0442 \u043d\u0430\u043c \u0442\u043e\u0442 \u0436\u0435 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442, \u0447\u0442\u043e \u0438 \u0432\u044b\u0448\u0435.<\/p>\n<p>\u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434 <code>show_structure_file()<\/code> \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0438\u0437 \u0441\u043e\u0431\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0444\u0430\u0439\u043b\u0430. \u0414\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e, \u0432 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0430, \u0441\u043a\u0430\u0447\u0430\u0435\u043c \u043a\u0440\u0438\u0441\u0442\u0430\u043b\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0443\u044e \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e B2-\u0430\u0434\u0440\u0435\u043d\u0435\u0440\u0433\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e \u0440\u0435\u0446\u0435\u043f\u0442\u043e\u0440\u0430, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441 G-\u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u043c, <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/structure\/2rh1\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u043e\u0442\u0441\u044e\u0434\u0430<\/a> \u0438 \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c \u043d\u0430 \u043d\u0435\u0435 \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u0443\u044e <code>nglview<\/code>:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">!wget https:\/\/files.rcsb.org\/view\/2rh1.pdb view = nv.show_structure_file('2rh1.pdb') view<\/code><\/pre>\n<p>\u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442:<\/p>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1<\/figcaption><\/figure>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b add_cartoon() \u0438 remove_cartoon()<\/h3>\n<p>\u0412\u0441\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0434\u0435\u043c\u043e\u043d\u0441\u0442\u0440\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0440\u0430\u043d\u0435\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u044b \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0430\u0442 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u0432 \u043c\u0443\u043b\u044c\u0442\u0438\u043f\u043b\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u043c \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0438, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0435 \u0438\u043c\u0435\u043d\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f cartoon. \u0414\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u043f\u043e\u043f\u0440\u043e\u0431\u0443\u0435\u043c \u0443\u0431\u0440\u0430\u0442\u044c \u0438\u0437 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u0435\u0439 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u0432\u0441\u0435 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0435 \u0438\u043c\u0435\u044e \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 cartoon:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.remove_cartoon()<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0431\u0435\u0437 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043a\u0430\u043a cartoon<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0410 \u0442\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c, \u0432\u0435\u0440\u043d\u0435\u043c \u0438\u0445 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u043d\u043e:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.add_cartoon()<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0438\u0437 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u043d\u0430 \u0441\u0430\u043c\u043e\u043c \u0434\u0435\u043b\u0435 \u043d\u0438\u0447\u0435\u0433\u043e \u043d\u0435 \u0443\u0434\u0430\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f, \u043c\u044b \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e \u043b\u0438\u0448\u044c \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0435\u043c \u0441 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u043c \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435\u043c.<\/p>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b add_ball_and_stick() \u0438 remove_ball_and_stick()<\/h3>\n<p>\u0410\u043d\u0430\u043b\u043e\u0433\u0438\u0447\u043d\u043e, \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u044b <code>add_ball_and_stick()<\/code> \u0438 <code>remove_ball_and_stick()<\/code> \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u044e\u0442 \u0443\u0434\u0430\u043b\u044f\u0442\u044c \u0438\u043b\u0438 \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u043b\u044f\u0442\u044c \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b, \u0438\u043c\u0435\u044e\u0449\u0438\u0435 \u0448\u0430\u0440\u043e-\u0441\u0442\u0435\u0440\u0436\u043d\u0435\u0432\u044b\u0439, \u0438\u043b\u0438 ball_and_stick, \u0432\u0438\u0434:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.remove_ball_and_stick()<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0431\u0435\u0437 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432, \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043a\u0430\u043a ball_and_stick<\/figcaption><\/figure>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 clear_representations()<\/h3>\n<p>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 <code>clear_representations()<\/code> \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043e\u0447\u0438\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442 \u043e\u0442 \u043e\u0442\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b. \u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u043e\u043c \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043f\u0443\u0441\u0442\u043e\u0439 \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442.<\/p>\n<h3>\u0418\u0437\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0446\u0432\u0435\u0442\u0430 \u0438 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0445 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432<\/h3>\n<p>\u0412 \u043f\u0440\u0435\u0434\u044b\u0434\u0443\u0449\u0438\u0445 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0430\u0445 \u043c\u044b \u0432\u0438\u0434\u0435\u043b\u0438, \u0447\u0442\u043e \u0446\u0432\u0435\u0442 \u043f\u043e\u043c\u0435\u043d\u044f\u043b\u0441\u044f, \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043c\u044b \u0432\u043d\u043e\u0432\u044c \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u0438\u043b\u0438 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b \u0432 \u043c\u0443\u043b\u044c\u0442\u0438\u043f\u043b\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u043c \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0438. \u0422\u0430\u043a \u043a\u0430\u043a \u0432 \u043f\u0440\u043e\u0448\u043b\u044b\u0439 \u0440\u0430\u0437 \u043c\u044b \u043d\u0435 \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u043b\u0438 \u044f\u0432\u043d\u043e \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u0443\u044e \u0433\u0430\u043c\u043c\u0443, \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043b \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440 \u043f\u043e \u0443\u043c\u043e\u043b\u0447\u0430\u043d\u0438\u044e. \u0421\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0446\u0435\u043b\u044b\u0439 \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438: atomindex, bfactor, chainid, chainindex, chainname, densityfit, electrostatic,  element, entityindex, entitytype, geoquality, hydrophobicity,  modelindex, moleculetype, occupancy, random, residueindex,  resname, sstruc, uniform, value, volume.<\/p>\n<p>\u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0438\u0439 \u043a\u043e\u0434 \u043e\u043a\u0440\u0430\u0448\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b\u0443 \u043d\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0448\u043a\u0430\u043b\u044b \u0433\u0438\u0434\u0440\u043e\u0444\u043e\u0431\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043e\u0442 \u043a\u0440\u0430\u0441\u043d\u043e\u0433\u043e \u043a \u0431\u0435\u043b\u043e\u043c\u0443 (<a href=\"https:\/\/www.sciencedirect.com\/science\/article\/abs\/pii\/0022283684903097?via%3Dihub\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">Eisenberg et al., 1984<\/a>):<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.add_cartoon(color='hydrophobicity')<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 hydrophobicity<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0412 \u0441\u0430\u043c\u043e\u043c \u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u0435, \u0432 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u0435 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 <code>show_structure_file()<\/code>, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043b\u0430\u0441\u044c \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u0430\u044f \u0433\u0430\u043c\u043c\u0430 <code>atomindex<\/code>. \u041f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u043c \u0442\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0435\u0435 \u0441\u0430\u043c\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.clear_representations() view.add_cartoon(color='atomindex')<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 atomindex<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0422\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0438\u0437\u043c\u0435\u043d\u0438\u0442\u044c \u043f\u0440\u043e\u0437\u0440\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f. \u0414\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0432\u043e\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0435\u0439 <code>update_cartoon()<\/code>:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.update_cartoon(opacity=.6)<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 atomindex \u0438 \u0441\u0442\u0435\u043f\u0435\u043d\u044c\u044e \u043f\u0440\u043e\u0437\u0440\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 0.6<\/figcaption><\/figure>\n<h3>\u0412\u044b\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u0443\u044e\u0449\u0435\u0433\u043e \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u0430<\/h3>\n<p>\u0427\u0442\u043e\u0431\u044b \u0432\u044b\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u0443\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043d\u0430\u0441 \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442\u044b, \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c &#171;\u0438\u0433\u0440\u0443&#187; \u0441 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0432\u0430\u0440\u0438\u0430\u043d\u0442\u0430\u043c\u0438 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u043d\u0430\u0441 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0437\u0430\u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u043a\u043e\u043d\u043a\u0440\u0435\u0442\u043d\u044b\u0439 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434 <a href=\"https:\/\/www.rcsb.org\/ligand\/CAU\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">CAU<\/a>. \u0422\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0432\u043e\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0442\u0435\u043c, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0432\u044b\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c \u0435\u0433\u043e \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e<br \/> \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f, \u043e\u0442\u043b\u0438\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0442 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u0431\u0435\u043b\u043a\u0430, \u043d\u0430\u043f\u0440\u043d\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0432\u043e\u0442 \u0442\u0430\u043a:<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view.clear_representations() view.add_cartoon(color='atomindex') view.add_ball_and_stick('CAU') view.remove_label() view.add_label('CAU', radius=1.5, color='black', label_type='atomname')<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434\u043e\u043c CAU<\/figcaption><\/figure>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0421\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430 2rh1 \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043a\u0441\u0435 \u0441 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434\u043e\u043c CAU<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041f\u043e \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043a\u0443. \u0421\u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u0430 \u043c\u044b \u043f\u043e\u0447\u0438\u0441\u0442\u0438\u043b\u0438 \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442 \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>clear_representations()<\/code>. \u0417\u0430\u0442\u0435\u043c \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u0438\u043b\u0438 \u0440\u0435\u0446\u0435\u043f\u0442\u043e\u0440 \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>add_cartoon()<\/code> \u0432 \u0446\u0432\u0435\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0433\u0430\u043c\u043c\u0435 <code>atomindex<\/code>. \u0418\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f <code>add_ball_and_stick()<\/code> \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u0438\u043b\u0438 \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434 CAU. \u0423\u0434\u0430\u043b\u0438\u043b\u0438 (\u043d\u0430 \u0432\u0441\u044f\u043a\u0438\u0439) \u0432\u0441\u0435 \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u043a\u0438 \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>remove_label()<\/code> \u0438 \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u0438\u043b\u0438 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0442\u0435, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043d\u0430\u043c \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u044b, \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u0431\u044b\u043b\u0438 \u0434\u043e\u0431\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u044b \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0430\u0442\u043e\u043c\u043e\u0432 \u0447\u0435\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u0446\u0432\u0435\u0442\u0430 \u0432 \u0440\u0430\u0437\u043c\u0435\u0440\u0435 1.5, \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>add_label()<\/code>.<\/p>\n<h3>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434 _display_repr()<\/h3>\n<p>\u0418 \u0432 \u0437\u0430\u043a\u043b\u044e\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435, \u043e\u0442\u043c\u0435\u0447\u0443 \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0442\u0430\u043a\u043e\u0433\u043e \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u043a\u0430\u043a <code>_display_repr()<\/code>, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0435\u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043c\u0435\u043d\u044e \u0440\u0443\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e \u0443\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c\u0438 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430\u043c\u0438 \u0432\u0438\u0434\u0436\u0435\u0442\u0430.<\/p>\n<pre><code class=\"python\">view._display_repr()<\/code><\/pre>\n<figure class=\"full-width\"><figcaption>\u0418\u043b\u043b\u044e\u0441\u0442\u0440\u0430\u0446\u0438\u044f \u0440\u0443\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e \u0443\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430\u043c\u0438 \u043d\u0430 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0435 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b 2rh1<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041d\u0430 \u0441\u0430\u043c\u043e\u043c \u0434\u0435\u043b\u0435 \u043e \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u044f\u0445 <code>nglview<\/code> \u0440\u0430\u0441\u0441\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0442\u044c \u0435\u0449\u0435 \u043e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e, \u043d\u043e, \u044f \u0434\u0443\u043c\u0430\u044e, \u0447\u0442\u043e \u0432 \u0440\u0430\u043c\u043a\u0430\u0445 \u043e\u0434\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e. \u041f\u0438\u0448\u0438\u0442\u0435, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u0432\u0430\u0441 \u0447\u0442\u043e-\u0442\u043e \u0437\u0430\u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043e\u0432\u0430\u043b\u043e, \u043c\u043d\u0435 \u0432\u0441\u0435\u0433\u0434\u0430 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043f\u0440\u0438\u044f\u0442\u043d\u043e \u043f\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c\u0441\u044f \u0441\u0432\u043e\u0438\u043c\u0438 \u0437\u043d\u0430\u043d\u0438\u044f\u043c\u0438 \ud83d\ude42<\/p>\n<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"v-portal\" style=\"display:none;\"><\/div>\n<\/div>\n<p> <!----> <!----><br \/> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 <a href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/post\/691542\/\"> https:\/\/habr.com\/ru\/post\/691542\/<\/a><br \/><\/br><\/br><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-339324","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/339324","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=339324"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/339324\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=339324"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=339324"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=339324"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}