{"id":346372,"date":"2023-03-06T21:00:17","date_gmt":"2023-03-06T21:00:17","guid":{"rendered":"http:\/\/savepearlharbor.com\/?p=346372"},"modified":"-0001-11-30T00:00:00","modified_gmt":"-0001-11-29T21:00:00","slug":"","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/savepearlharbor.com\/?p=346372","title":{"rendered":"<span>\u0422\u0430\u0439\u043d\u044b \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430. \u0410\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 MRI \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e FreeSurfer \u0438 Python<\/span>"},"content":{"rendered":"<div><\/div>\n<div id=\"post-content-body\">\n<div>\n<div class=\"article-formatted-body article-formatted-body article-formatted-body_version-2\">\n<div xmlns=\"http:\/\/www.w3.org\/1999\/xhtml\">\n<p>\u0412\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u044d\u0442\u043e \u0440\u0435\u0432\u043e\u043b\u044e\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u0435 \u043d\u0430\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0432 \u043d\u0435\u0432\u0440\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438, \u043e\u043d\u043e \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044f\u043c \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0442\u044c \u0431\u0435\u0441\u043f\u0440\u0435\u0446\u0435\u0434\u0435\u043d\u0442\u043d\u043e\u0435 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043e \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0435 \u0438 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044f\u0445 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430. \u041e\u0434\u043d\u043e\u0439 \u0438\u0437 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0439, \u0433\u0434\u0435 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f \u043f\u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u043b\u0430 \u043e\u0441\u043e\u0431\u044b\u0435 \u043f\u0435\u0440\u0441\u043f\u0435\u043a\u0442\u0438\u0432\u044b, \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u044b\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u0430\u0442\u0442\u0435\u0440\u043d\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u043c\u0438 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u044f\u043c\u0438, \u0442\u0430\u043a\u0438\u043c\u0438 \u043a\u0430\u043a \u0447\u0435\u0440\u0442\u044b \u043b\u0438\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u043a\u043e\u0433\u043d\u0438\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u0435 \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0438 \u043f\u0441\u0438\u0445\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430. \u0412 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u043c\u044b \u0440\u0430\u0441\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c, \u043a\u0430\u043a \u044d\u0442\u0443 \u0442\u0435\u0445\u043d\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0434\u043b\u044f \u0432\u044b\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u043a\u0430, \u0438 \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0438\u044f \u0431\u044b\u043b\u0438 \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u043d\u044b \u0432 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438, \u0443\u0432\u0438\u0434\u0438\u043c \u043a\u0430\u043a, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 MRI \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0441\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u043e \u0431\u0430\u0437\u043e\u0432\u044b\u0445 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430\u0445 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043d\u0430 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0435 \u0435\u0433\u043e \u043a\u043e\u0440\u044b.<\/p>\n<h2>\u041d\u0435\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0442\u0435\u043e\u0440\u0438\u0438<\/h2>\n<p>\u041f\u0440\u0435\u0436\u0434\u0435 \u0447\u0435\u043c \u043c\u044b \u0443\u0433\u043b\u0443\u0431\u0438\u043c\u0441\u044f \u0432 \u0434\u0435\u0442\u0430\u043b\u0438, \u0434\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u043d\u0430\u0447\u043d\u0435\u043c \u0441 \u043a\u0440\u0430\u0442\u043a\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u0437\u043e\u0440\u0430.<\/p>\n<p>\u0421\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0434\u043b\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0433\u043e\u043b\u043e\u0432\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u044d\u0442\u043e \u043c\u0430\u0433\u043d\u0438\u0442\u043d\u043e-\u0440\u0435\u0437\u043e\u043d\u0430\u043d\u0441\u043d\u0430\u044f \u0442\u043e\u043c\u043e\u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u044f (MRI), \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u043e\u043d\u0430\u043b\u044c\u043d\u0430\u044f \u043c\u0430\u0433\u043d\u0438\u0442\u043d\u043e-\u0440\u0435\u0437\u043e\u043d\u0430\u043d\u0441\u043d\u0430\u044f \u0442\u043e\u043c\u043e\u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u044f (fMRI), \u043f\u043e\u0437\u0438\u0442\u0440\u043e\u043d\u043d\u043e-\u044d\u043c\u0438\u0441\u0441\u0438\u043e\u043d\u043d\u0430\u044f \u0442\u043e\u043c\u043e\u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u044f (PET) \u0438 \u044d\u043b\u0435\u043a\u0442\u0440\u043e\u044d\u043d\u0446\u0435\u0444\u0430\u043b\u043e\u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u044f (EEG). MRI \u0434\u0430\u0435\u0442 \u043f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u044b\u0435 \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u0430 fMRI, PET \u0438 EEG \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044e\u0442\u0441\u044f \u0434\u043b\u044f \u0438\u0437\u043c\u0435\u0440\u0435\u043d\u0438\u044f \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438.<\/p>\n<p>\u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0440\u0430\u0441\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c, \u043a\u0430\u043a\u0438\u043c \u043f\u0443\u0442\u0435\u043c \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0435 \u0434\u043b\u044f \u0432\u044b\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u043a\u0430. <\/p>\n<p>\u041e\u0434\u0438\u043d \u0438\u0437 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u043e\u0432 \u0437\u0430\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432 \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439, \u043f\u0440\u043e\u044f\u0432\u043b\u044f\u044e\u0449\u0438\u0445 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u0443\u044e \u0441\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c, \u0438 \u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435\u043d\u0438\u0438 \u0435\u0435 \u0441 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u0442\u0435\u0445, \u0443 \u043a\u043e\u0433\u043e \u0442\u0430\u043a\u043e\u0439 \u0441\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043d\u0435\u0442. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0442\u044c \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u0443\u044e \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0432\u044b\u0441\u043e\u043a\u0438\u043c\u0438 \u0431\u0430\u043b\u043b\u0430\u043c\u0438 \u043f\u043e \u0442\u0430\u043a\u043e\u0439 \u0447\u0435\u0440\u0442\u0435 \u043b\u0438\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u043a\u0430\u043a \u044d\u043a\u0441\u0442\u0440\u0430\u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u044f, \u0441 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u0442\u0435\u0445, \u0443 \u043a\u043e\u0433\u043e \u043d\u0438\u0437\u043a\u0438\u0435 \u0431\u0430\u043b\u043b\u044b. \u0412\u044b\u044f\u0432\u0438\u0432 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u0438\u044f \u0432 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 \u0434\u0432\u0443\u043c\u044f \u0433\u0440\u0443\u043f\u043f\u0430\u043c\u0438, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043e \u043d\u0435\u0439\u0440\u043e\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u0430\u0445, \u043b\u0435\u0436\u0430\u0449\u0438\u0445 \u0432 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0441\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0442\u0438\u043f\u0430.<\/p>\n<p>\u0414\u0440\u0443\u0433\u043e\u0439 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434 \u0437\u0430\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432 \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0432\u044b\u0441\u043e\u043a\u0438\u043c \u0440\u0438\u0441\u043a\u043e\u043c \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043d\u0430\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u043d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0443 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0441\u0435\u043c\u0435\u0439\u043d\u043e\u0439 \u0438\u0441\u0442\u043e\u0440\u0438\u0435\u0439 \u043f\u0441\u0438\u0445\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432. \u0421\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u044f \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u0443\u044e \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u044d\u0442\u0438\u0445 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u043a\u043e\u043d\u0442\u0440\u043e\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0433\u0440\u0443\u043f\u043f\u044b, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c \u0437\u0430\u043a\u043e\u043d\u043e\u043c\u0435\u0440\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0441 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c \u0442\u0438\u043f\u043e\u043c \u043d\u0430\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438. \u042d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0434\u043b\u044f \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0432\u043b\u0438\u044f\u043d\u0438\u044f \u0442\u0430\u043a\u0438\u0445 \u0432\u043d\u0435\u0448\u043d\u0438\u0445 \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432 \u043a\u0430\u043a \u0442\u0435\u0440\u0430\u043f\u0438\u044f \u0438\u043b\u0438 \u043b\u0435\u043a\u0430\u0440\u0441\u0442\u0432\u0430 \u043d\u0430 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u0433\u0440\u0443\u043f\u043f\u044b.<\/p>\n<h2>\u041d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u044b \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439<\/h2>\n<p>\u041e\u0434\u043d\u0438\u043c \u0438\u0437 \u0441\u0430\u043c\u044b\u0445 \u0437\u0430\u0445\u0432\u0430\u0442\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u0445 \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0438\u0439 \u0432 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u0441\u0442\u0430\u043b\u043e \u0432\u044b\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u043c\u0438 \u043a\u043e\u0433\u043d\u0438\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044f\u043c\u0438, \u0442\u0430\u043a\u0438\u043c\u0438 \u043a\u0430\u043a \u0432\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u0435, \u043f\u0430\u043c\u044f\u0442\u044c \u0438 \u043f\u0440\u0438\u043d\u044f\u0442\u0438\u0435 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0439. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0438\u043b\u0438 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u0438\u0440\u0443\u044e\u0442\u0441\u044f, \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0441\u044f\u0442 \u043f\u0440\u0438\u043d\u044f\u0442\u044c \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u044f, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0441 \u0440\u0438\u0441\u043a\u043e\u043c \u0438 \u043d\u0435\u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e. \u042d\u0442\u0438 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u0431\u044b\u043b\u0438 \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u044b \u00abdecision-making network\u00bb, \u0438 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f, \u0447\u0442\u043e \u043e\u043d\u0438 \u0438\u0433\u0440\u0430\u044e\u0442 \u043a\u043b\u044e\u0447\u0435\u0432\u0443\u044e \u0440\u043e\u043b\u044c \u0432 \u043d\u0430\u0448\u0435\u0439 \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043f\u0440\u0438\u043d\u0438\u043c\u0430\u0442\u044c \u0441\u043b\u043e\u0436\u043d\u044b\u0435 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u044f.<\/p>\n<p>\u0415\u0449\u0435 \u043e\u0434\u043d\u0438\u043c \u0437\u0430\u0445\u0432\u0430\u0442\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u043c \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0438\u0435\u043c \u0441\u0442\u0430\u043b\u0430 \u0438\u0434\u0435\u043d\u0442\u0438\u0444\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u044f \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0439 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441 \u043a\u043e\u043d\u043a\u0440\u0435\u0442\u043d\u044b\u043c\u0438 \u043f\u0441\u0438\u0445\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u043c\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430\u043c\u0438. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043e\u0431\u043d\u0430\u0440\u0443\u0436\u0438\u043b\u0438, \u0447\u0442\u043e \u0443 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0434\u0435\u043f\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0435\u0439, \u043a\u0430\u043a \u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u043e, \u0441\u043d\u0438\u0436\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043f\u0440\u0435\u0444\u0440\u043e\u043d\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043a\u043e\u0440\u044b \u2014 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0432 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u044d\u043c\u043e\u0446\u0438\u0439 \u0438 \u043f\u0440\u0438\u043d\u044f\u0442\u0438\u0438 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0439. \u0422\u043e\u0447\u043d\u043e \u0442\u0430\u043a \u0436\u0435 \u043b\u044e\u0434\u0438 \u0441 \u0442\u0440\u0435\u0432\u043e\u0436\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430\u043c\u0438, \u043a\u0430\u043a \u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u043e, \u0438\u043c\u0435\u044e\u0442 \u043f\u043e\u0432\u044b\u0448\u0435\u043d\u043d\u0443\u044e \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0432 \u043c\u0438\u043d\u0434\u0430\u043b\u0435\u0432\u0438\u0434\u043d\u043e\u043c \u0442\u0435\u043b\u0435, \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0432 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0435 \u0441\u0442\u0440\u0430\u0445\u0430 \u0438 \u0442\u0440\u0435\u0432\u043e\u0433\u0438.<\/p>\n<p>\u0412\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u043b\u0430 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044f\u043c \u043c\u043e\u0449\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u043a\u0430. \u0418\u0437\u0443\u0447\u0430\u044f \u043c\u043e\u0437\u0433 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043f\u0440\u043e\u044f\u0432\u043b\u044f\u044e\u0442 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u0443\u044e \u043d\u0430\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043b\u0438 \u043f\u043e\u0434\u0432\u0435\u0440\u0436\u0435\u043d\u044b \u0432\u044b\u0441\u043e\u043a\u043e\u043c\u0443 \u0440\u0438\u0441\u043a\u0443 \u0435\u0435 \u043f\u0440\u043e\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0432\u044b\u044f\u0432\u0438\u0442\u044c \u0437\u0430\u043a\u043e\u043d\u043e\u043c\u0435\u0440\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0441 \u044d\u0442\u0438\u043c \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c. \u042d\u0442\u0438 \u0438\u0434\u0435\u0438 \u0443\u0436\u0435 \u043f\u0440\u0438\u0432\u0435\u043b\u0438 \u043a \u043b\u0443\u0447\u0448\u0435\u043c\u0443 \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u044e \u043d\u0435\u0439\u0440\u043e\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432, \u043b\u0435\u0436\u0430\u0449\u0438\u0445 \u0432 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u043a\u043e\u0433\u043d\u0438\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u0445 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0439 \u0438 \u043f\u0441\u0438\u0445\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432. \u041f\u043e\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u0443 \u0442\u0435\u0445\u043d\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043f\u0440\u043e\u0434\u043e\u043b\u0436\u0430\u0435\u0442 \u0441\u043e\u0432\u0435\u0440\u0448\u0435\u043d\u0441\u0442\u0432\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f, \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u043e\u0436\u0438\u0434\u0430\u0442\u044c \u0435\u0449\u0435 \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0437\u0430\u0445\u0432\u0430\u0442\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0438\u044f \u0432 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438.<\/p>\n<p>\u0414\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u043f\u0435\u0440\u0435\u0439\u0434\u0435\u043c \u043a \u043f\u0440\u0430\u043a\u0442\u0438\u043a\u0435, \u043d\u0438\u0436\u0435 \u043c\u044b \u0443\u0437\u043d\u0430\u0435\u043c, \u043a\u0430\u043a \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0442\u044c \u0441 MRI \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c\u0438. \u041f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u043f\u043e\u043a\u0430\u0436\u0435\u0442 \u043a\u0430\u043a \u0443\u043b\u0443\u0447\u0448\u0430\u0442\u044c \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044e, \u0430 \u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u0439, \u043a\u0430\u043a \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u043a\u0430\u0442\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043e\u0431 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0430\u0445 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430.<\/p>\n<h2>\u0423\u043b\u0443\u0447\u0448\u0435\u043d\u0438\u0435 MRI \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u0439 <\/h2>\n<p>\u0417\u0430\u0447\u0430\u0441\u0442\u0443\u044e \u043d\u0430\u043c \u043d\u0443\u0436\u043d\u043e \u0443\u043b\u0443\u0447\u0448\u0438\u0442\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 MRI \u0434\u043b\u044f \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0447\u0435\u0442\u043a\u043e\u0439 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438, \u043d\u0438\u0436\u0435 \u043c\u044b \u0443\u0432\u0438\u0434\u0438\u043c \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u044b\u0445 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u043e\u0432.<\/p>\n<ol>\n<li>\n<p>Image denoising. MRI \u0437\u0430\u0447\u0430\u0441\u0442\u0443\u044e \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0448\u0443\u043c\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0441\u043d\u0438\u0436\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f. \u0421\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0438\u0439 \u043a\u043e\u0434 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0443 <code>NiftyNet<\/code> \u0434\u043b\u044f \u0435\u0433\u043e \u0443\u0434\u0430\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f :<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import numpy as np import nibabel as nib from niftynet.engine.application_factory import get_application from niftynet.io.image_reader import ImageReader  # Load MRI data reader = ImageReader().initialise({'image': 'path\/to\/mri.nii.gz'}) data = reader(idx=0)['image_data']  # Apply denoising app = get_application('denoiser') app.net_param.batch_size = 1 app.net_param.validation_every_n = np.inf app.action(data, 'infer') denoised_data = app.output['denoised_data'][0]  # Save denoised data nib.save(nib.Nifti1Image(denoised_data, reader.output_path), 'path\/to\/denoised_mri.nii.gz')<\/code><\/pre>\n<ol start=\"2\">\n<li>\n<p> Bias Field Correction. \u0418\u043d\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0443 \u043d\u0430\u0441 \u0432\u043e\u0437\u043d\u0438\u043a\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0435\u043e\u0434\u043d\u043e\u0440\u043e\u0434\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043d\u0442\u0435\u043d\u0441\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 MRI \u0441\u043a\u0430\u043d\u043e\u0432, \u0447\u0442\u043e \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0441\u043d\u0438\u0436\u0430\u0442\u044c \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438. \u0421\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0438\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0443 <code>SimpleITK<\/code> \u0434\u043b\u044f \u043a\u043e\u0440\u0440\u0435\u043a\u0446\u0438\u0438:<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import SimpleITK as sitk  # Load MRI data mri = sitk.ReadImage('path\/to\/mri.nii.gz')  # Apply bias field correction corrector = sitk.N4BiasFieldCorrectionImageFilter() corrected_mri = corrector.Execute(mri)  # Save corrected data sitk.WriteImage(corrected_mri, 'path\/to\/corrected_mri.nii.gz')<\/code><\/pre>\n<ol start=\"3\">\n<li>\n<p>Image Registration. \u041c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0434\u043b\u044f \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u0438\u0445 MRI \u0441\u043a\u0430\u043d\u043e\u0432, \u0447\u0442\u043e \u0432 \u0441\u0432\u043e\u044e \u043e\u0447\u0435\u0440\u0435\u0434\u044c \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u0443\u043b\u0443\u0447\u0448\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e. \u0417\u0434\u0435\u0441\u044c \u043d\u0430\u043c \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 <code>SimpleITK<\/code>:<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import SimpleITK as sitk  # Load MRI data fixed_mri = sitk.ReadImage('path\/to\/fixed_mri.nii.gz') moving_mri = sitk.ReadImage('path\/to\/moving_mri.nii.gz')  # Perform image registration registration = sitk.ImageRegistrationMethod() registration.SetMetricAsMeanSquares() registration.SetOptimizerAsRegularStepGradientDescent(learningRate=1.0, minStep=0.001, numberOfIterations=200) registration.SetInitialTransform(sitk.TranslationTransform(fixed_mri.GetDimension())) registration.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)  final_transform = registration.Execute(fixed_mri, moving_mri)  # Apply final transform to moving MRI data registered_mri = sitk.Resample(moving_mri, fixed_mri, final_transform, sitk.sitkLinear, 0.0)  # Save registered MRI data sitk.WriteImage(registered_mri, 'path\/to\/registered_mri.nii.gz')<\/code><\/pre>\n<p>\u0421\u043b\u0435\u0434\u0443\u0435\u0442 \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c \u0447\u0442\u043e \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u044b\u0435 \u0432 \u044d\u0442\u0438\u0445 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0430\u0445, \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u043d\u0443\u0436\u0434\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0432 \u043a\u043e\u0440\u0440\u0435\u043a\u0442\u0438\u0440\u043e\u0432\u043a\u0435 \u0432 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043e\u0442 \u043a\u043e\u043d\u043a\u0440\u0435\u0442\u043d\u044b\u0445 MRI \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438 \u0436\u0435\u043b\u0430\u0435\u043c\u043e\u0433\u043e \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u0430.<\/p>\n<h2>\u0418\u0437\u0432\u043b\u0435\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043e\u0431 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0430\u0445 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430<\/h2>\n<p>\u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0434\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u043f\u043e\u043f\u0440\u043e\u0431\u0443\u0435\u043c \u043f\u043e\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0442\u044c \u0441 MRI c \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e \u0442\u0430\u043a\u043e\u0433\u043e \u0437\u0430\u043c\u0435\u0447\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430 \u043a\u0430\u043a <a href=\"https:\/\/surfer.nmr.mgh.harvard.edu\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">FreeSurfer<\/a>. <\/p>\n<ol>\n<li>\n<p>\u041f\u0440\u0435\u0436\u0434\u0435 \u0447\u0435\u043c \u043c\u044b \u0441\u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c FreeSurfer, \u043d\u0430\u043c \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u0435\u0433\u043e \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u0438\u0442\u044c. <a href=\"https:\/\/surfer.nmr.mgh.harvard.edu\/fswiki\/DownloadAndInstall\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u0418\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0446\u0438\u044f<\/a> \u043a\u0430\u043a \u044d\u0442\u043e \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c. \u041d\u0430\u043c \u043d\u0443\u0436\u043d\u043e \u043f\u0440\u0438\u043d\u044f\u0442\u044c \u0443\u0441\u043b\u043e\u0432\u0438\u044f \u043b\u0438\u0446\u0435\u043d\u0437\u0438\u0438 \u0438 \u043f\u043e\u043c\u0435\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u0435\u0435 \u0432 <code>HOME<\/code> \u0434\u0438\u0440\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u0438\u044e FreeSurfer.<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<ol start=\"2\">\n<li>\n<p>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u0438\u0432 FreeSurfer, \u043c\u044b \u0441\u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0435\u0433\u043e \u0434\u043b\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u0432\u0430\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0438 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445. \u0412\u043e\u0442 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0438 <code>T1-weighted<\/code> MRI \u0441\u043a\u0430\u043d\u0430:<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import os from nipype.interfaces.freesurfer import ReconAll  subject_id = 'sub-01' t1w_file = '\/path\/to\/sub-01_T1w.nii.gz' output_dir = '\/path\/to\/freesurfer_output'  reconall = ReconAll(subject_id=subject_id, directive='all', T1_files=t1w_file, subjects_dir=output_dir) reconall.run()<\/code><\/pre>\n<p>\u041e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>directive='all'<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 FreeSurfer \u0432\u044b\u043f\u043e\u043b\u043d\u0438\u0442\u044c \u0432\u0441\u0435 \u0448\u0430\u0433\u0438 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0432\u0430\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0438, \u0430 \u043e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>T1_files=t1w_file<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043f\u0443\u0442\u044c \u043a <code>\u04221-weighted<\/code> MRI \u0441\u043a\u0430\u043d\u0443. \u041e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>subject_dir=output_dir<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0443\u0434\u0430 \u043f\u043e\u043c\u0435\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442. <\/p>\n<ol start=\"3\">\n<li>\n<p>\u041f\u043e\u0441\u043b\u0435 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0432\u0430\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0438  \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u043f\u0440\u0438\u0441\u0442\u0443\u043f\u0438\u043c \u043a \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0443. \u0412\u043e\u0442 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u0442\u043e\u0433\u043e, \u043a\u0430\u043a \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u0447\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0442\u043e\u043b\u0449\u0438\u043d\u044b \u043a\u043e\u0440\u044b \u0433\u043e\u043b\u043e\u0432\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430:<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import os import numpy as np from nibabel import load from nipype.interfaces.freesurfer import SurfaceMetrics  subject_id = 'sub-01' hemi = 'lh' output_dir = '\/path\/to\/freesurfer_output'  # Load the cortical surface surf_file = os.path.join(output_dir, subject_id, 'surf', f'{hemi}.pial') surf = load(surf_file)  # Extract cortical thickness data surface_metrics = SurfaceMetrics(subjects_dir=output_dir) surface_metrics.inputs.hemi = hemi surface_metrics.inputs.subject_id = subject_id surface_metrics.inputs.surface = 'pial' surface_metrics.inputs.curv_measure = 'thickness' thickness_data = np.array(surface_metrics.run().outputs.curv)<\/code><\/pre>\n<p>\u0417\u0434\u0435\u0441\u044c \u043c\u044b \u0437\u0430\u0433\u0440\u0443\u0436\u0430\u0435\u043c \u043f\u043e\u0432\u0435\u0440\u0445\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043a\u043e\u0440\u044b \u0434\u043b\u044f \u043b\u0435\u0432\u043e\u0433\u043e \u043f\u043e\u043b\u0443\u0448\u0430\u0440\u0438\u044f <code>sub-01<\/code> \u0438 \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u043a\u0430\u0435\u043c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043e \u0442\u043e\u043b\u0449\u0438\u043d\u0435 \u043a\u043e\u0440\u044b \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>SurfaceMetrics<\/code>. \u041e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>hemi='lh'<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0430 \u043b\u0435\u0432\u043e\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0448\u0430\u0440\u0438\u0435, \u0430 \u043e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>curv_measure='thickness'<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442, \u0447\u0442\u043e \u043c\u044b \u0445\u043e\u0442\u0438\u043c \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u0447\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043e \u0442\u043e\u043b\u0449\u0438\u043d\u0435. \u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442 \u0441\u043e\u0445\u0440\u0430\u043d\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 <code>thickness_data<\/code>.<\/p>\n<h2>\u0413\u0434\u0435 \u0438\u0441\u043a\u0430\u0442\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u043b\u044f \u0441\u043e\u0431\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439<\/h2>\n<p>\u0415\u0441\u0442\u044c \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0438\u0441\u0442\u043e\u0447\u043d\u0438\u043a\u043e\u0432, \u0433\u0434\u0435 \u0432\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442\u0435 \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438  \u043d\u0443\u0436\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u043b\u044f \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439 \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u044d\u043a\u0441\u043f\u0435\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432:<\/p>\n<ul>\n<li>\n<p><a href=\"https:\/\/openneuro.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">OpenNeuro<\/a> \u2014 \u044d\u0442\u043e \u0431\u0435\u0441\u043f\u043b\u0430\u0442\u043d\u0430\u044f \u0438 \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0430\u044f \u043f\u043b\u0430\u0442\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430 \u0434\u043b\u044f \u043e\u0431\u043c\u0435\u043d\u0430 MRI \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0438 \u0438\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u043c\u0438.<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p><a href=\"https:\/\/www.humanconnectome.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">Human Connectome Project<\/a> &#8212; \u044d\u0442\u043e \u043a\u0440\u0443\u043f\u043d\u043e\u043c\u0430\u0441\u0448\u0442\u0430\u0431\u043d\u044b\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442, \u0446\u0435\u043b\u044c\u044e \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043a\u0430\u0440\u0442\u044b \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u0441 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435\u043c \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438.<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p><a href=\"https:\/\/brainminds.jp\/en\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">Brain\/MINDS<\/a> &#8212; \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0444\u043e\u043a\u0443\u0441\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430 \u043c\u0430\u043f\u043f\u0438\u043d\u0433\u0435 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u0441 \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u0435\u043c \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0439 \u0435\u0433\u043e \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0439.<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p><a href=\"https:\/\/www.cancerimagingarchive.net\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">The Cancer Imaging Archive<\/a> &#8212; \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0445\u0440\u0430\u043d\u0438\u043b\u0438\u0449\u0435\u043c \u043c\u0435\u0434\u0438\u0446\u0438\u043d\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u0439, \u0432 \u0442\u043e\u043c \u0447\u0438\u0441\u043b\u0435 MRI \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445.<\/p>\n<\/li>\n<\/ul>\n<h2>\u0417\u0430\u043a\u043b\u044e\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435<\/h2>\n<p>\u042d\u0442\u043e \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e \u043b\u0438\u0448\u044c \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u043e\u0432 \u0442\u043e\u0433\u043e, \u043a\u0430\u043a \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c Python \u0438 FreeSurfer \u0434\u043b\u044f \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 MRI. FreeSurfer \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0445 \u043a\u043e\u043c\u0430\u043d\u0434 \u0438 \u043e\u043f\u0446\u0438\u0439, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u043e\u0431\u044f\u0437\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e \u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u0438\u0442\u0435\u0441\u044c \u043a \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0434\u043e\u043f\u043e\u043b\u043d\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u0441\u0430\u043c\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439. <\/p>\n<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p> <!----> <!----><\/div>\n<p> <!----> <!----><br \/> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 <a href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/post\/720848\/\"> https:\/\/habr.com\/ru\/post\/720848\/<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<div><\/div>\n<div id=\"post-content-body\">\n<div>\n<div class=\"article-formatted-body article-formatted-body article-formatted-body_version-2\">\n<div xmlns=\"http:\/\/www.w3.org\/1999\/xhtml\">\n<p>\u0412\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u044d\u0442\u043e \u0440\u0435\u0432\u043e\u043b\u044e\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u043e\u0435 \u043d\u0430\u043f\u0440\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0432 \u043d\u0435\u0432\u0440\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438, \u043e\u043d\u043e \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044f\u043c \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0442\u044c \u0431\u0435\u0441\u043f\u0440\u0435\u0446\u0435\u0434\u0435\u043d\u0442\u043d\u043e\u0435 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043e \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0435 \u0438 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044f\u0445 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430. \u041e\u0434\u043d\u043e\u0439 \u0438\u0437 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0439, \u0433\u0434\u0435 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f \u043f\u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u043b\u0430 \u043e\u0441\u043e\u0431\u044b\u0435 \u043f\u0435\u0440\u0441\u043f\u0435\u043a\u0442\u0438\u0432\u044b, \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u044b\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043f\u0430\u0442\u0442\u0435\u0440\u043d\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u043c\u0438 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u044f\u043c\u0438, \u0442\u0430\u043a\u0438\u043c\u0438 \u043a\u0430\u043a \u0447\u0435\u0440\u0442\u044b \u043b\u0438\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u043a\u043e\u0433\u043d\u0438\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u0435 \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0438 \u043f\u0441\u0438\u0445\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0435 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430. \u0412 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u043c\u044b \u0440\u0430\u0441\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c, \u043a\u0430\u043a \u044d\u0442\u0443 \u0442\u0435\u0445\u043d\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0434\u043b\u044f \u0432\u044b\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u043a\u0430, \u0438 \u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0438\u044f \u0431\u044b\u043b\u0438 \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u043d\u044b \u0432 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438, \u0443\u0432\u0438\u0434\u0438\u043c \u043a\u0430\u043a, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 MRI \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0441\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u043e \u0431\u0430\u0437\u043e\u0432\u044b\u0445 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0430\u0445 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043d\u0430 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0435 \u0435\u0433\u043e \u043a\u043e\u0440\u044b.<\/p>\n<h2>\u041d\u0435\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0442\u0435\u043e\u0440\u0438\u0438<\/h2>\n<p>\u041f\u0440\u0435\u0436\u0434\u0435 \u0447\u0435\u043c \u043c\u044b \u0443\u0433\u043b\u0443\u0431\u0438\u043c\u0441\u044f \u0432 \u0434\u0435\u0442\u0430\u043b\u0438, \u0434\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u043d\u0430\u0447\u043d\u0435\u043c \u0441 \u043a\u0440\u0430\u0442\u043a\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u0437\u043e\u0440\u0430.<\/p>\n<p>\u0421\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0434\u043b\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0433\u043e\u043b\u043e\u0432\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u044d\u0442\u043e \u043c\u0430\u0433\u043d\u0438\u0442\u043d\u043e-\u0440\u0435\u0437\u043e\u043d\u0430\u043d\u0441\u043d\u0430\u044f \u0442\u043e\u043c\u043e\u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u044f (MRI), \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u043e\u043d\u0430\u043b\u044c\u043d\u0430\u044f \u043c\u0430\u0433\u043d\u0438\u0442\u043d\u043e-\u0440\u0435\u0437\u043e\u043d\u0430\u043d\u0441\u043d\u0430\u044f \u0442\u043e\u043c\u043e\u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u044f (fMRI), \u043f\u043e\u0437\u0438\u0442\u0440\u043e\u043d\u043d\u043e-\u044d\u043c\u0438\u0441\u0441\u0438\u043e\u043d\u043d\u0430\u044f \u0442\u043e\u043c\u043e\u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u044f (PET) \u0438 \u044d\u043b\u0435\u043a\u0442\u0440\u043e\u044d\u043d\u0446\u0435\u0444\u0430\u043b\u043e\u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u044f (EEG). MRI \u0434\u0430\u0435\u0442 \u043f\u043e\u0434\u0440\u043e\u0431\u043d\u044b\u0435 \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u0430 fMRI, PET \u0438 EEG \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044e\u0442\u0441\u044f \u0434\u043b\u044f \u0438\u0437\u043c\u0435\u0440\u0435\u043d\u0438\u044f \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438.<\/p>\n<p>\u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0440\u0430\u0441\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0438\u043c, \u043a\u0430\u043a\u0438\u043c \u043f\u0443\u0442\u0435\u043c \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0435 \u0434\u043b\u044f \u0432\u044b\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u043a\u0430. <\/p>\n<p>\u041e\u0434\u0438\u043d \u0438\u0437 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u043e\u0432 \u0437\u0430\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432 \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439, \u043f\u0440\u043e\u044f\u0432\u043b\u044f\u044e\u0449\u0438\u0445 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u0443\u044e \u0441\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c, \u0438 \u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435\u043d\u0438\u0438 \u0435\u0435 \u0441 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u0442\u0435\u0445, \u0443 \u043a\u043e\u0433\u043e \u0442\u0430\u043a\u043e\u0439 \u0441\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043d\u0435\u0442. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0442\u044c \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u0443\u044e \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0432\u044b\u0441\u043e\u043a\u0438\u043c\u0438 \u0431\u0430\u043b\u043b\u0430\u043c\u0438 \u043f\u043e \u0442\u0430\u043a\u043e\u0439 \u0447\u0435\u0440\u0442\u0435 \u043b\u0438\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u043a\u0430\u043a \u044d\u043a\u0441\u0442\u0440\u0430\u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u044f, \u0441 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u0442\u0435\u0445, \u0443 \u043a\u043e\u0433\u043e \u043d\u0438\u0437\u043a\u0438\u0435 \u0431\u0430\u043b\u043b\u044b. \u0412\u044b\u044f\u0432\u0438\u0432 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u0438\u044f \u0432 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 \u0434\u0432\u0443\u043c\u044f \u0433\u0440\u0443\u043f\u043f\u0430\u043c\u0438, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043e \u043d\u0435\u0439\u0440\u043e\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u0430\u0445, \u043b\u0435\u0436\u0430\u0449\u0438\u0445 \u0432 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0441\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0442\u0438\u043f\u0430.<\/p>\n<p>\u0414\u0440\u0443\u0433\u043e\u0439 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434 \u0437\u0430\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432 \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0432\u044b\u0441\u043e\u043a\u0438\u043c \u0440\u0438\u0441\u043a\u043e\u043c \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043d\u0430\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u043d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0443 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0441\u0435\u043c\u0435\u0439\u043d\u043e\u0439 \u0438\u0441\u0442\u043e\u0440\u0438\u0435\u0439 \u043f\u0441\u0438\u0445\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432. \u0421\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u044f \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u0443\u044e \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u044d\u0442\u0438\u0445 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u043a\u043e\u043d\u0442\u0440\u043e\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0433\u0440\u0443\u043f\u043f\u044b, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c \u0437\u0430\u043a\u043e\u043d\u043e\u043c\u0435\u0440\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0441 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c \u0442\u0438\u043f\u043e\u043c \u043d\u0430\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438. \u042d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0434\u043b\u044f \u0438\u0437\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0432\u043b\u0438\u044f\u043d\u0438\u044f \u0442\u0430\u043a\u0438\u0445 \u0432\u043d\u0435\u0448\u043d\u0438\u0445 \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u0432 \u043a\u0430\u043a \u0442\u0435\u0440\u0430\u043f\u0438\u044f \u0438\u043b\u0438 \u043b\u0435\u043a\u0430\u0440\u0441\u0442\u0432\u0430 \u043d\u0430 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u0433\u0440\u0443\u043f\u043f\u044b.<\/p>\n<h2>\u041d\u0435\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u044b \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439<\/h2>\n<p>\u041e\u0434\u043d\u0438\u043c \u0438\u0437 \u0441\u0430\u043c\u044b\u0445 \u0437\u0430\u0445\u0432\u0430\u0442\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u0445 \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0438\u0439 \u0432 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u0441\u0442\u0430\u043b\u043e \u0432\u044b\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u043c\u0438 \u043a\u043e\u0433\u043d\u0438\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044f\u043c\u0438, \u0442\u0430\u043a\u0438\u043c\u0438 \u043a\u0430\u043a \u0432\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u0435, \u043f\u0430\u043c\u044f\u0442\u044c \u0438 \u043f\u0440\u0438\u043d\u044f\u0442\u0438\u0435 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0439. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0438\u043b\u0438 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u0438\u0440\u0443\u044e\u0442\u0441\u044f, \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0441\u044f\u0442 \u043f\u0440\u0438\u043d\u044f\u0442\u044c \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u044f, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0441 \u0440\u0438\u0441\u043a\u043e\u043c \u0438 \u043d\u0435\u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e. \u042d\u0442\u0438 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u0431\u044b\u043b\u0438 \u043d\u0430\u0437\u0432\u0430\u043d\u044b \u00abdecision-making network\u00bb, \u0438 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f, \u0447\u0442\u043e \u043e\u043d\u0438 \u0438\u0433\u0440\u0430\u044e\u0442 \u043a\u043b\u044e\u0447\u0435\u0432\u0443\u044e \u0440\u043e\u043b\u044c \u0432 \u043d\u0430\u0448\u0435\u0439 \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043f\u0440\u0438\u043d\u0438\u043c\u0430\u0442\u044c \u0441\u043b\u043e\u0436\u043d\u044b\u0435 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u044f.<\/p>\n<p>\u0415\u0449\u0435 \u043e\u0434\u043d\u0438\u043c \u0437\u0430\u0445\u0432\u0430\u0442\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u043c \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0438\u0435\u043c \u0441\u0442\u0430\u043b\u0430 \u0438\u0434\u0435\u043d\u0442\u0438\u0444\u0438\u043a\u0430\u0446\u0438\u044f \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0439 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441 \u043a\u043e\u043d\u043a\u0440\u0435\u0442\u043d\u044b\u043c\u0438 \u043f\u0441\u0438\u0445\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u043c\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430\u043c\u0438. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043e\u0431\u043d\u0430\u0440\u0443\u0436\u0438\u043b\u0438, \u0447\u0442\u043e \u0443 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439 \u0441 \u0434\u0435\u043f\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0435\u0439, \u043a\u0430\u043a \u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u043e, \u0441\u043d\u0438\u0436\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043f\u0440\u0435\u0444\u0440\u043e\u043d\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043a\u043e\u0440\u044b \u2014 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0432 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u044d\u043c\u043e\u0446\u0438\u0439 \u0438 \u043f\u0440\u0438\u043d\u044f\u0442\u0438\u0438 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0439. \u0422\u043e\u0447\u043d\u043e \u0442\u0430\u043a \u0436\u0435 \u043b\u044e\u0434\u0438 \u0441 \u0442\u0440\u0435\u0432\u043e\u0436\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430\u043c\u0438, \u043a\u0430\u043a \u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u043e, \u0438\u043c\u0435\u044e\u0442 \u043f\u043e\u0432\u044b\u0448\u0435\u043d\u043d\u0443\u044e \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0432 \u043c\u0438\u043d\u0434\u0430\u043b\u0435\u0432\u0438\u0434\u043d\u043e\u043c \u0442\u0435\u043b\u0435, \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u0432 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0435 \u0441\u0442\u0440\u0430\u0445\u0430 \u0438 \u0442\u0440\u0435\u0432\u043e\u0433\u0438.<\/p>\n<p>\u0412\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u043b\u0430 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044f\u043c \u043c\u043e\u0449\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u0440\u0430\u0441\u043f\u043e\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u043a\u0430. \u0418\u0437\u0443\u0447\u0430\u044f \u043c\u043e\u0437\u0433 \u043b\u044e\u0434\u0435\u0439, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043f\u0440\u043e\u044f\u0432\u043b\u044f\u044e\u0442 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u043d\u0443\u044e \u043d\u0430\u043a\u043b\u043e\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043b\u0438 \u043f\u043e\u0434\u0432\u0435\u0440\u0436\u0435\u043d\u044b \u0432\u044b\u0441\u043e\u043a\u043e\u043c\u0443 \u0440\u0438\u0441\u043a\u0443 \u0435\u0435 \u043f\u0440\u043e\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f, \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u0432\u044b\u044f\u0432\u0438\u0442\u044c \u0437\u0430\u043a\u043e\u043d\u043e\u043c\u0435\u0440\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u043e\u0432\u043e\u0439 \u0430\u043a\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0441 \u044d\u0442\u0438\u043c \u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c. \u042d\u0442\u0438 \u0438\u0434\u0435\u0438 \u0443\u0436\u0435 \u043f\u0440\u0438\u0432\u0435\u043b\u0438 \u043a \u043b\u0443\u0447\u0448\u0435\u043c\u0443 \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u044e \u043d\u0435\u0439\u0440\u043e\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0445\u0430\u043d\u0438\u0437\u043c\u043e\u0432, \u043b\u0435\u0436\u0430\u0449\u0438\u0445 \u0432 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0435 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u043a\u043e\u0433\u043d\u0438\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u0445 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0439 \u0438 \u043f\u0441\u0438\u0445\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u043e\u0439\u0441\u0442\u0432. \u041f\u043e\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u0443 \u0442\u0435\u0445\u043d\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u043f\u0440\u043e\u0434\u043e\u043b\u0436\u0430\u0435\u0442 \u0441\u043e\u0432\u0435\u0440\u0448\u0435\u043d\u0441\u0442\u0432\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f, \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u043e\u0436\u0438\u0434\u0430\u0442\u044c \u0435\u0449\u0435 \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0437\u0430\u0445\u0432\u0430\u0442\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0438\u044f \u0432 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0438.<\/p>\n<p>\u0414\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u043f\u0435\u0440\u0435\u0439\u0434\u0435\u043c \u043a \u043f\u0440\u0430\u043a\u0442\u0438\u043a\u0435, \u043d\u0438\u0436\u0435 \u043c\u044b \u0443\u0437\u043d\u0430\u0435\u043c, \u043a\u0430\u043a \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0442\u044c \u0441 MRI \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c\u0438. \u041f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u043f\u043e\u043a\u0430\u0436\u0435\u0442 \u043a\u0430\u043a \u0443\u043b\u0443\u0447\u0448\u0430\u0442\u044c \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044e, \u0430 \u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u0439, \u043a\u0430\u043a \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u043a\u0430\u0442\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043e\u0431 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0430\u0445 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430.<\/p>\n<h2>\u0423\u043b\u0443\u0447\u0448\u0435\u043d\u0438\u0435 MRI \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u0439 <\/h2>\n<p>\u0417\u0430\u0447\u0430\u0441\u0442\u0443\u044e \u043d\u0430\u043c \u043d\u0443\u0436\u043d\u043e \u0443\u043b\u0443\u0447\u0448\u0438\u0442\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 MRI \u0434\u043b\u044f \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0447\u0435\u0442\u043a\u043e\u0439 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438, \u043d\u0438\u0436\u0435 \u043c\u044b \u0443\u0432\u0438\u0434\u0438\u043c \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u044b\u0445 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u043e\u0432.<\/p>\n<ol>\n<li>\n<p>Image denoising. MRI \u0437\u0430\u0447\u0430\u0441\u0442\u0443\u044e \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0448\u0443\u043c\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0441\u043d\u0438\u0436\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f. \u0421\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0438\u0439 \u043a\u043e\u0434 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0443 <code>NiftyNet<\/code> \u0434\u043b\u044f \u0435\u0433\u043e \u0443\u0434\u0430\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f :<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import numpy as np import nibabel as nib from niftynet.engine.application_factory import get_application from niftynet.io.image_reader import ImageReader  # Load MRI data reader = ImageReader().initialise({'image': 'path\/to\/mri.nii.gz'}) data = reader(idx=0)['image_data']  # Apply denoising app = get_application('denoiser') app.net_param.batch_size = 1 app.net_param.validation_every_n = np.inf app.action(data, 'infer') denoised_data = app.output['denoised_data'][0]  # Save denoised data nib.save(nib.Nifti1Image(denoised_data, reader.output_path), 'path\/to\/denoised_mri.nii.gz')<\/code><\/pre>\n<ol start=\"2\">\n<li>\n<p> Bias Field Correction. \u0418\u043d\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0443 \u043d\u0430\u0441 \u0432\u043e\u0437\u043d\u0438\u043a\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0435\u043e\u0434\u043d\u043e\u0440\u043e\u0434\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043d\u0442\u0435\u043d\u0441\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 MRI \u0441\u043a\u0430\u043d\u043e\u0432, \u0447\u0442\u043e \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0441\u043d\u0438\u0436\u0430\u0442\u044c \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438. \u0421\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0438\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0443 <code>SimpleITK<\/code> \u0434\u043b\u044f \u043a\u043e\u0440\u0440\u0435\u043a\u0446\u0438\u0438:<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import SimpleITK as sitk  # Load MRI data mri = sitk.ReadImage('path\/to\/mri.nii.gz')  # Apply bias field correction corrector = sitk.N4BiasFieldCorrectionImageFilter() corrected_mri = corrector.Execute(mri)  # Save corrected data sitk.WriteImage(corrected_mri, 'path\/to\/corrected_mri.nii.gz')<\/code><\/pre>\n<ol start=\"3\">\n<li>\n<p>Image Registration. \u041c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0434\u043b\u044f \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u0438\u0445 MRI \u0441\u043a\u0430\u043d\u043e\u0432, \u0447\u0442\u043e \u0432 \u0441\u0432\u043e\u044e \u043e\u0447\u0435\u0440\u0435\u0434\u044c \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u0443\u043b\u0443\u0447\u0448\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e. \u0417\u0434\u0435\u0441\u044c \u043d\u0430\u043c \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 <code>SimpleITK<\/code>:<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import SimpleITK as sitk  # Load MRI data fixed_mri = sitk.ReadImage('path\/to\/fixed_mri.nii.gz') moving_mri = sitk.ReadImage('path\/to\/moving_mri.nii.gz')  # Perform image registration registration = sitk.ImageRegistrationMethod() registration.SetMetricAsMeanSquares() registration.SetOptimizerAsRegularStepGradientDescent(learningRate=1.0, minStep=0.001, numberOfIterations=200) registration.SetInitialTransform(sitk.TranslationTransform(fixed_mri.GetDimension())) registration.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)  final_transform = registration.Execute(fixed_mri, moving_mri)  # Apply final transform to moving MRI data registered_mri = sitk.Resample(moving_mri, fixed_mri, final_transform, sitk.sitkLinear, 0.0)  # Save registered MRI data sitk.WriteImage(registered_mri, 'path\/to\/registered_mri.nii.gz')<\/code><\/pre>\n<p>\u0421\u043b\u0435\u0434\u0443\u0435\u0442 \u043e\u0442\u043c\u0435\u0442\u0438\u0442\u044c \u0447\u0442\u043e \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u044b\u0435 \u0432 \u044d\u0442\u0438\u0445 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0430\u0445, \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u043d\u0443\u0436\u0434\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u0432 \u043a\u043e\u0440\u0440\u0435\u043a\u0442\u0438\u0440\u043e\u0432\u043a\u0435 \u0432 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0441\u0442\u0438 \u043e\u0442 \u043a\u043e\u043d\u043a\u0440\u0435\u0442\u043d\u044b\u0445 MRI \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438 \u0436\u0435\u043b\u0430\u0435\u043c\u043e\u0433\u043e \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u0430.<\/p>\n<h2>\u0418\u0437\u0432\u043b\u0435\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043e\u0431 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0430\u0445 \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430<\/h2>\n<p>\u0422\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0434\u0430\u0432\u0430\u0439\u0442\u0435 \u043f\u043e\u043f\u0440\u043e\u0431\u0443\u0435\u043c \u043f\u043e\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0442\u044c \u0441 MRI c \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e \u0442\u0430\u043a\u043e\u0433\u043e \u0437\u0430\u043c\u0435\u0447\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430 \u043a\u0430\u043a <a href=\"https:\/\/surfer.nmr.mgh.harvard.edu\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">FreeSurfer<\/a>. <\/p>\n<ol>\n<li>\n<p>\u041f\u0440\u0435\u0436\u0434\u0435 \u0447\u0435\u043c \u043c\u044b \u0441\u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c FreeSurfer, \u043d\u0430\u043c \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u0435\u0433\u043e \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u0438\u0442\u044c. <a href=\"https:\/\/surfer.nmr.mgh.harvard.edu\/fswiki\/DownloadAndInstall\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u0418\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0446\u0438\u044f<\/a> \u043a\u0430\u043a \u044d\u0442\u043e \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c. \u041d\u0430\u043c \u043d\u0443\u0436\u043d\u043e \u043f\u0440\u0438\u043d\u044f\u0442\u044c \u0443\u0441\u043b\u043e\u0432\u0438\u044f \u043b\u0438\u0446\u0435\u043d\u0437\u0438\u0438 \u0438 \u043f\u043e\u043c\u0435\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u0435\u0435 \u0432 <code>HOME<\/code> \u0434\u0438\u0440\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440\u0438\u044e FreeSurfer.<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<ol start=\"2\">\n<li>\n<p>\u0423\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u0438\u0432 FreeSurfer, \u043c\u044b \u0441\u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0435\u0433\u043e \u0434\u043b\u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u0432\u0430\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0438 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445. \u0412\u043e\u0442 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0438 <code>T1-weighted<\/code> MRI \u0441\u043a\u0430\u043d\u0430:<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import os from nipype.interfaces.freesurfer import ReconAll  subject_id = 'sub-01' t1w_file = '\/path\/to\/sub-01_T1w.nii.gz' output_dir = '\/path\/to\/freesurfer_output'  reconall = ReconAll(subject_id=subject_id, directive='all', T1_files=t1w_file, subjects_dir=output_dir) reconall.run()<\/code><\/pre>\n<p>\u041e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>directive='all'<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 FreeSurfer \u0432\u044b\u043f\u043e\u043b\u043d\u0438\u0442\u044c \u0432\u0441\u0435 \u0448\u0430\u0433\u0438 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0432\u0430\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0438, \u0430 \u043e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>T1_files=t1w_file<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043f\u0443\u0442\u044c \u043a <code>\u04221-weighted<\/code> MRI \u0441\u043a\u0430\u043d\u0443. \u041e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>subject_dir=output_dir<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0443\u0434\u0430 \u043f\u043e\u043c\u0435\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442. <\/p>\n<ol start=\"3\">\n<li>\n<p>\u041f\u043e\u0441\u043b\u0435 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0432\u0430\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0438  \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u043f\u0440\u0438\u0441\u0442\u0443\u043f\u0438\u043c \u043a \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0443. \u0412\u043e\u0442 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u0442\u043e\u0433\u043e, \u043a\u0430\u043a \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u0447\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0442\u043e\u043b\u0449\u0438\u043d\u044b \u043a\u043e\u0440\u044b \u0433\u043e\u043b\u043e\u0432\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430:<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<pre><code class=\"python\">import os import numpy as np from nibabel import load from nipype.interfaces.freesurfer import SurfaceMetrics  subject_id = 'sub-01' hemi = 'lh' output_dir = '\/path\/to\/freesurfer_output'  # Load the cortical surface surf_file = os.path.join(output_dir, subject_id, 'surf', f'{hemi}.pial') surf = load(surf_file)  # Extract cortical thickness data surface_metrics = SurfaceMetrics(subjects_dir=output_dir) surface_metrics.inputs.hemi = hemi surface_metrics.inputs.subject_id = subject_id surface_metrics.inputs.surface = 'pial' surface_metrics.inputs.curv_measure = 'thickness' thickness_data = np.array(surface_metrics.run().outputs.curv)<\/code><\/pre>\n<p>\u0417\u0434\u0435\u0441\u044c \u043c\u044b \u0437\u0430\u0433\u0440\u0443\u0436\u0430\u0435\u043c \u043f\u043e\u0432\u0435\u0440\u0445\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u043a\u043e\u0440\u044b \u0434\u043b\u044f \u043b\u0435\u0432\u043e\u0433\u043e \u043f\u043e\u043b\u0443\u0448\u0430\u0440\u0438\u044f <code>sub-01<\/code> \u0438 \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u043a\u0430\u0435\u043c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043e \u0442\u043e\u043b\u0449\u0438\u043d\u0435 \u043a\u043e\u0440\u044b \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e <code>SurfaceMetrics<\/code>. \u041e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>hemi='lh'<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0430 \u043b\u0435\u0432\u043e\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0448\u0430\u0440\u0438\u0435, \u0430 \u043e\u043f\u0446\u0438\u044f <code>curv_measure='thickness'<\/code> \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442, \u0447\u0442\u043e \u043c\u044b \u0445\u043e\u0442\u0438\u043c \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u0447\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043e \u0442\u043e\u043b\u0449\u0438\u043d\u0435. \u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442 \u0441\u043e\u0445\u0440\u0430\u043d\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 <code>thickness_data<\/code>.<\/p>\n<h2>\u0413\u0434\u0435 \u0438\u0441\u043a\u0430\u0442\u044c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u043b\u044f \u0441\u043e\u0431\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439<\/h2>\n<p>\u0415\u0441\u0442\u044c \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0438\u0441\u0442\u043e\u0447\u043d\u0438\u043a\u043e\u0432, \u0433\u0434\u0435 \u0432\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442\u0435 \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438  \u043d\u0443\u0436\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u043b\u044f \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439 \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u044d\u043a\u0441\u043f\u0435\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432:<\/p>\n<ul>\n<li>\n<p><a href=\"https:\/\/openneuro.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">OpenNeuro<\/a> \u2014 \u044d\u0442\u043e \u0431\u0435\u0441\u043f\u043b\u0430\u0442\u043d\u0430\u044f \u0438 \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0430\u044f \u043f\u043b\u0430\u0442\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430 \u0434\u043b\u044f \u043e\u0431\u043c\u0435\u043d\u0430 MRI \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0438 \u0438\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u043c\u0438.<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p><a href=\"https:\/\/www.humanconnectome.org\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">Human Connectome Project<\/a> &#8212; \u044d\u0442\u043e \u043a\u0440\u0443\u043f\u043d\u043e\u043c\u0430\u0441\u0448\u0442\u0430\u0431\u043d\u044b\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442, \u0446\u0435\u043b\u044c\u044e \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u043e\u0437\u0434\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043a\u0430\u0440\u0442\u044b \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u0441 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435\u043c \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u0432 \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438.<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p><a href=\"https:\/\/brainminds.jp\/en\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">Brain\/MINDS<\/a> &#8212; \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0444\u043e\u043a\u0443\u0441\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430 \u043c\u0430\u043f\u043f\u0438\u043d\u0433\u0435 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0437\u0433\u0430 \u0441 \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u0435\u043c \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0439 \u0435\u0433\u043e \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u0435\u0439.<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p><a href=\"https:\/\/www.cancerimagingarchive.net\/\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">The Cancer Imaging Archive<\/a> &#8212; \u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0445\u0440\u0430\u043d\u0438\u043b\u0438\u0449\u0435\u043c \u043c\u0435\u0434\u0438\u0446\u0438\u043d\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0438\u0437\u043e\u0431\u0440\u0430\u0436\u0435\u043d\u0438\u0439, \u0432 \u0442\u043e\u043c \u0447\u0438\u0441\u043b\u0435 MRI \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445.<\/p>\n<\/li>\n<\/ul>\n<h2>\u0417\u0430\u043a\u043b\u044e\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435<\/h2>\n<p>\u042d\u0442\u043e \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e \u043b\u0438\u0448\u044c \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u043e\u0432 \u0442\u043e\u0433\u043e, \u043a\u0430\u043a \u043c\u044b \u043c\u043e\u0436\u0435\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c Python \u0438 FreeSurfer \u0434\u043b\u044f \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 MRI. FreeSurfer \u0441\u043e\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0445 \u043a\u043e\u043c\u0430\u043d\u0434 \u0438 \u043e\u043f\u0446\u0438\u0439, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u043e\u0431\u044f\u0437\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e \u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u0438\u0442\u0435\u0441\u044c \u043a \u0434\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0434\u043e\u043f\u043e\u043b\u043d\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0446\u0438\u0438 \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u0441\u0430\u043c\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439. <\/p>\n<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p> <!----> <!----><\/div>\n<p> <!----> <!----><br \/> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 <a href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/post\/720848\/\"> https:\/\/habr.com\/ru\/post\/720848\/<\/a><br \/><\/br><\/br><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-346372","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/346372","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=346372"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/346372\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=346372"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=346372"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=346372"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}