{"id":362378,"date":"2024-05-21T01:33:52","date_gmt":"2024-05-21T01:33:52","guid":{"rendered":"http:\/\/savepearlharbor.com\/?p=362378"},"modified":"-0001-11-30T00:00:00","modified_gmt":"-0001-11-29T21:00:00","slug":"","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/savepearlharbor.com\/?p=362378","title":{"rendered":"\u041d\u0435\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e \u0433\u0438\u0433\u0438\u0435\u043d\u0435 Java \u043a\u043e\u0434\u0430<\/span>"},"content":{"rendered":"
<\/div>\n
\n
\n
\n
\n

\u0412\u043e \u0432\u0440\u0435\u043c\u044f \u043a\u043e\u0434-\u0440\u0435\u0432\u044c\u044e \u0438\u043b\u0438 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b \u043d\u0430\u0434 \u043d\u043e\u0432\u044b\u043c \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442\u043e\u043c \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0440\u0430\u0437\u0434\u0440\u0430\u0436\u0430\u0442\u044c \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e\u0435: \u0441\u0442\u0438\u043b\u044c, \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u044b, \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e. \u041d\u043e \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0435 \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e \u0440\u0430\u0441\u0441\u0442\u0440\u0430\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442 \u0431\u0430\u043d\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439 \u043d\u0435\u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u043a \u0433\u0438\u0433\u0438\u0435\u043d\u044b \u043a\u043e\u0434\u0430. \u0412 \u0441\u0432\u044f\u0437\u0438 \u0441 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u043f\u0440\u043e\u0431\u043b\u0435\u043c\u044b \u0445\u043e\u0447\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430 \u043d\u0435\u0451 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u0438\u0442\u044c \u0432\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0438 \u043d\u0430\u043f\u043e\u043c\u043d\u0438\u0442\u044c, \u043a\u0430\u043a \u0433\u0438\u0433\u0438\u0435\u043d\u0443 \u043f\u043e\u0434\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c.<\/p>\n

\"1086_ngb_ru\/image1.png\"<\/figure>\n

\u0412\u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u0432\u0441\u0442\u0443\u043f\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f<\/h3>\n

\u0420\u0430\u0437\u0443\u043c\u0435\u0435\u0442\u0441\u044f, \u0432\u0441\u0435 \u043c\u044b \u043b\u044e\u0434\u0438, \u0436\u0438\u0432\u0443\u0449\u0438\u0435 \u0432 \u043d\u0435\u0441\u043e\u0432\u0435\u0440\u0448\u0435\u043d\u043d\u043e\u043c \u043c\u0438\u0440\u0435. \u041f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u0435\u0435, \u0447\u0442\u043e \u043c\u043d\u0435 \u0445\u043e\u0447\u0435\u0442\u0441\u044f, \u044d\u0442\u043e \u0436\u0443\u0440\u0438\u0442\u044c \u0438 \u0442\u0430\u043a \u0441\u0442\u0435\u0441\u043d\u0451\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043e\u0431\u0441\u0442\u043e\u044f\u0442\u0435\u043b\u044c\u0441\u0442\u0432\u0430\u043c\u0438 \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0438\u0441\u0442\u043e\u0432. \u0422\u0435\u043c \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u043d\u0435 \u0445\u043e\u0447\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e\u0447\u0451\u043c \u0437\u0440\u044f \u0440\u0443\u0433\u0430\u0442\u044c \u0440\u0430\u0437\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0447\u0438\u043a\u043e\u0432 Open Source \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442\u043e\u0432. \u041d\u043e \u0441\u0435\u0439\u0447\u0430\u0441 \u044f \u043f\u0440\u0435\u0434\u043b\u0430\u0433\u0430\u044e \u043f\u043e\u0431\u044b\u0442\u044c \u043f\u0435\u0440\u0444\u0435\u043a\u0446\u0438\u043e\u043d\u0438\u0441\u0442\u0430\u043c\u0438 \u0438 \u0432\u0441\u043f\u043e\u043c\u043d\u0438\u0442\u044c \u0432\u0441\u0435 \u0442\u0435 \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0438, \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0441 \u043f\u043e\u0434\u043e\u0431\u043d\u044b\u043c \u043a\u043e\u0434\u043e\u043c \u043f\u0440\u0438\u0445\u043e\u0434\u0438\u043b\u043e\u0441\u044c \u0438\u043c\u0435\u0442\u044c \u0434\u0435\u043b\u043e \u0432\u0430\u043c.<\/p>\n

\u0414\u043b\u044f \u0432\u043e\u0441\u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u0441\u0438\u0442\u0443\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0432\u043e\u0437\u044c\u043c\u0451\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0439\u043d\u044b\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442 \u0441 GitHub, \u0432 \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u2014 NGB<\/a>, \u0432\u0435\u0431-\u043f\u0440\u0438\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u043b\u044f \u043f\u0440\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0430 \u0433\u0435\u043d\u043e\u043c\u043e\u0432. \u0410 \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0443\u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u043f\u043e\u0438\u0441\u043a \u043f\u043e\u0434\u043e\u0437\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0441\u0442 \u0432 \u043a\u043e\u0434\u0435, \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c \u0441\u0442\u0430\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0439 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0442\u043e\u0440 PVS-Studio.<\/p>\n

\u041f\u043e\u0433\u0440\u0443\u0436\u0430\u0435\u043c\u0441\u044f<\/h3>\n

\u042d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0437\u0434\u0435\u0441\u044c \u043d\u0435 \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e<\/h4>\n

\u041d\u0443 \u0442\u0430\u043a \u0432\u043e\u0442, \u043d\u0440\u0430\u0432\u0438\u0442\u0441\u044f \u043b\u0438 \u0432\u0430\u043c \u0432\u0438\u0434\u0435\u0442\u044c \u043a\u043e\u0434, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043d\u0438\u0447\u0435\u0433\u043e \u043d\u0435 \u0434\u0435\u043b\u0430\u0435\u0442? \u041d\u0430\u0434\u0435\u044e\u0441\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0434\u0430, \u0438\u043d\u0430\u0447\u0435 \u0442\u0430\u043a\u043e\u0435 \u0437\u0440\u0435\u043b\u0438\u0449\u0435 \u0438\u0441\u043f\u043e\u0440\u0442\u0438\u0442 \u0432\u0430\u043c \u043d\u0430\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u0435:<\/p>\n

public NggbIntervalTreeMap<Gene> loadGenesIntervalMap(GeneFile geneFile,                                                       int startIndex,                                                       int endIndex,                                                       Chromosome chromosome) {     ....     List<Future<Boolean>> results;     try {         results = taskExecutorService.getExecutorService().invokeAll(callables);     } catch (InterruptedException | AssertionError e) {         throw new GeneReadingException(geneFile,                                         chromosome,                                         startIndex,                                         endIndex,                                         e);     }      results.stream().map(future -> {         try {             return future != null ? future.get() : null;         } catch (InterruptedException | ExecutionException e) {             log.error(getMessage(MessagesConstants.ERROR_GENE_BATCH_LOAD,                                  geneFile.getId(),                                   chromosome.getId(),                                   e));         }         return null;     });     ....     return genesRangeMap; } <\/code><\/pre>\n
V6010<\/a> The return value of function ‘map’ is required to be utilized. GffManager.java(477)<\/p>\n
\u041c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u043f\u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f, \u0431\u0443\u0434\u0442\u043e \u0437\u0434\u0435\u0441\u044c \u0432\u0441\u0451 \u043d\u043e\u0440\u043c\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e. \u041f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u0430\u044f results<\/em> \u043e\u0431\u044a\u044f\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f, \u043d\u0430\u043f\u043e\u043b\u043d\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f\u043c\u0438 \u0438 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u0430\u0442\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f. \u041f\u043e\u043a\u0430 \u0432\u044b \u043d\u0435 \u0443\u0432\u0438\u0434\u0438\u0442\u0435, \u0447\u0442\u043e \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442 \u0432\u044b\u0437\u043e\u0432\u0430 map()<\/em> \u043d\u0435 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f, \u0430 \u0438\u0437 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u0432\u043e\u0437\u0432\u0440\u0430\u0449\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u043e\u0432\u0441\u0435\u043c \u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0435 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 (\u0435\u0433\u043e \u043e\u0431\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u043a\u0443 \u044f \u043e\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u043b \u0434\u043b\u044f \u0443\u0434\u043e\u0431\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0447\u0442\u0435\u043d\u0438\u044f, \u043a\u0430\u044e\u0441\u044c). \u0412\u043b\u0438\u044f\u0435\u0442 \u043b\u0438 \u044d\u0442\u043e \u043d\u0435\u0433\u0430\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e \u043d\u0430 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0443 \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b \u043b\u0438\u0431\u043e \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u043e\u0441\u0442\u0430\u043b\u043e\u0441\u044c \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435 \u0440\u0435\u0444\u0430\u043a\u0442\u043e\u0440\u0438\u043d\u0433\u0430 \u2014 \u0433\u0430\u0434\u0430\u0442\u044c \u0432\u0430\u043c (\u043c\u044b \u0436\u0435 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u0438\u043b\u0438, \u0447\u0442\u043e \u044d\u0442\u043e \u043d\u0430\u0448 \u043d\u043e\u0432\u044b\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442).<\/p>\n
\u042d\u0442\u043e \u043a\u0440\u0438\u0442\u0438\u0447\u043d\u0430\u044f \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0430?<\/h4>\n
\u0418 \u0432\u043d\u043e\u0432\u044c \u0441\u0438\u0442\u0443\u0430\u0446\u0438\u044f, \u0433\u0434\u0435 \u044f\u0432\u043d\u043e \u0447\u0442\u043e-\u0442\u043e \u0438\u0434\u0451\u0442 \u043d\u0435 \u0442\u0430\u043a, \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0437\u0434\u0435\u0441\u044c \u043e\u043f\u0440\u0430\u0432\u0434\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u0440\u0438\u0434\u0443\u043c\u0430\u0442\u044c \u0435\u0449\u0451 \u0441\u043b\u043e\u0436\u043d\u0435\u0435:<\/p>\n
private static OrganismType determineHeterozygousGenotypeGA4GH(     VariantGA4GH ga4GHEntity, List<Allele> alleles, int[] genotypeArray) {      OrganismType organismType = null;     for (int i = 0; i < genotypeArray.length; i++) {         if (alleles.get(i).isReference()) {             genotypeArray[i] = 0;             organismType = OrganismType.HETEROZYGOUS;         } else {             if (organismType == null) {                 organismType = OrganismType.HETERO_VAR;             }             genotypeArray[i] = ga4GHEntity.getAlternateBases()                                           .indexOf(alleles.get(i)) + 1; \/\/ <=         }     }      return organismType; } <\/code><\/pre>\n
V6066<\/a> The type of object passed as argument is incompatible with the type of collection: String, Allele. VcfGa4ghReader.java(535)<\/p>\n
\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434* ga4GHEntity.getAlternateBases()* \u0432\u043e\u0437\u0432\u0440\u0430\u0449\u0430\u0435\u0442 List<String><\/em>, \u0432 \u0442\u043e \u0432\u0440\u0435\u043c\u044f \u043a\u0430\u043a \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u043c\u044b \u043f\u044b\u0442\u0430\u0435\u043c\u0441\u044f \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442 \u0442\u0438\u043f\u0430 Allele<\/em>. \u0422\u0430\u043a \u043a\u0430\u043a \u043e\u0431\u044a\u0435\u043a\u0442 \u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0433\u043e \u0442\u0438\u043f\u0430, \u043e\u0436\u0438\u0434\u0430\u0435\u043c\u043e, \u043d\u0430\u0439\u0434\u0435\u043d \u043d\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442, \u0432 \u043c\u0430\u0441\u0441\u0438\u0432 genotypeArray<\/em> \u0431\u0443\u0434\u0443\u0442 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u044b \u043d\u0443\u043b\u0438 (\u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442 \u0441\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u0438\u044f -1 \u0438 1). \u041f\u0440\u043e\u0439\u0434\u0451\u0442\u0435 \u043c\u0438\u043c\u043e, \u043f\u0440\u0438\u0442\u0432\u043e\u0440\u0438\u0432\u0448\u0438\u0441\u044c, \u0447\u0442\u043e \u043d\u0438\u0447\u0435\u0433\u043e \u043d\u0435 \u0437\u0430\u043c\u0435\u0442\u0438\u043b\u0438, \u0438\u043b\u0438 \u043f\u043e\u043f\u044b\u0442\u0430\u0435\u0442\u0435\u0441\u044c \u0438\u0441\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u0442\u044c? \u0414\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0441\u043e\u0432\u0435\u0441\u0442\u0438 \u0443\u0441\u0438\u043b\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u0443\u0447\u0435\u0441\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u044d\u0442\u0430 \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0448\u043b\u0430\u044f \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u043b\u043e\u0432\u044f\u0442\u0441\u044f \u0434\u0430\u0436\u0435 \u0441\u0430\u043c\u0438\u043c IntelliJ IDEA.<\/p>\n
\u041d\u0443 \u043a\u0430\u043a \u0442\u0430\u043a-\u0442\u043e?<\/h4>\n
\u041f\u0440\u043e\u0434\u043e\u043b\u0436\u0430\u0435\u043c \u0430\u043a\u0438 \u0434\u0435\u0442\u0435\u043a\u0442\u0438\u0432\u044b (\u043d\u0435\u0443\u0434\u0430\u0447\u043d\u043e) \u0432\u044b\u044f\u0441\u043d\u044f\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u0436\u0435 \u0445\u043e\u0442\u0435\u043b\u0438 \u0440\u0430\u0437\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0447\u0438\u043a\u0438. \u0412\u043e\u0442 \u0434\u0432\u0430 \u0437\u0430\u0431\u0430\u0432\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0441\u0442\u0430. \u041d\u043e\u043c\u0435\u0440 1:<\/p>\n
private VariantSet variationMetadata(final String path) {     final int index = path.indexOf('-');     VariantSet variantSet;     final String variantSetId;     if (index >= 0) {         variantSetId = path.substring(0, index - 1);     } else {         variantSetId = path;     }     ....     return variantSet; } <\/code><\/pre>\n
\u0418 \u043d\u043e\u043c\u0435\u0440 2:<\/p>\n
private TIntv getIntv(final String s) {     ....     int end = s.indexOf('\\t', beg);     while (end >= 0 || end == -1) {         if (col == mSc) {             ....         } else {             if ((mPreset & TYPE_FLAG) == 0) {                 if (col == mEc) {                     intv.end = Integer.parseInt(end != -1                                                  ? s.substring(beg, end)                                                  : s.substring(beg));                 }             } else if ((mPreset & TYPE_FLAG) == 1) {                 if (col == 6) {                     String cigar = s.substring(beg, end);                     ....                 }             } else if ((mPreset & TYPE_FLAG) == 2) {                 String alt;                 alt = end >= 0 ? s.substring(beg, end)                                 : s.substring(beg);                 ....             }         }         if (end == -1) {             break;         }         beg = end + 1;         end = s.indexOf('\\t', beg);     }     return intv; } <\/code><\/pre>\n
\u041e\u0437\u0430\u0433\u043b\u0430\u0432\u0438\u043b \u044d\u0442\u043e\u0442 \u0440\u0430\u0437\u0434\u0435\u043b \u0444\u0440\u0430\u0437\u043e\u0439, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0443\u044e \u044f \u0431\u044b \u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043b \u043d\u0430 \u043a\u043e\u0434-\u0440\u0435\u0432\u044c\u044e, \u0443\u0432\u0438\u0434\u0435\u0432 \u0442\u0430\u043a\u043e\u0435. \u041e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0443, \u043a\u0441\u0442\u0430\u0442\u0438, \u044f \u043d\u0435 \u043f\u0440\u0438\u0432\u0451\u043b \u0441\u0440\u0430\u0437\u0443 \u0441\u043f\u0435\u0446\u0438\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e \u2014 \u043f\u043e\u043f\u0440\u043e\u0431\u0443\u0439\u0442\u0435 \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0441\u0430\u043c\u0438 (\u044d\u0442\u043e \u043d\u0435 \u0442\u0440\u0443\u0434\u043d\u043e, \u044f \u0441\u043e\u043a\u0440\u0430\u0442\u0438\u043b \u043a\u043e\u0434 \ud83d\ude42 ). \u041f\u043e\u043a\u0430 \u0436\u0435 \u043e\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044e \u0441\u0432\u043e\u0438 \u043c\u044b\u0441\u043b\u0438 \u043d\u0430 \u044d\u0442\u043e\u0442 \u0441\u0447\u0451\u0442.<\/p>\n
\u041f\u043e\u0441\u043b\u0435 \u0442\u043e\u0433\u043e \u043a\u0430\u043a \u044f \u043f\u043e\u043a\u043e\u043f\u0430\u043b\u0441\u044f \u0432 \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442\u0435, \u0443 \u043c\u0435\u043d\u044f \u043d\u0435 \u043f\u043e\u044f\u0432\u0438\u043b\u043e\u0441\u044c \u0443\u0432\u0435\u0440\u0435\u043d\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438, \u0447\u0442\u043e \u043f\u0440\u0438\u043b\u043e\u0436\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043b\u0435\u0433\u043a\u043e \u0443\u0440\u043e\u043d\u0438\u0442\u044c. \u041d\u043e \u0432\u0441\u0451 \u0436\u0435 \u0441\u0430\u043c \u0444\u0430\u043a\u0442 \u0434\u043e\u043f\u0443\u0449\u0435\u043d\u0438\u044f \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u043e\u0442\u0440\u0438\u0446\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0438\u043d\u0434\u0435\u043a\u0441\u0430 (\u043d\u0430\u043f\u0440\u044f\u043c\u0443\u044e \u0432\u043e \u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u0438 \u0432\u0441\u043b\u0435\u0434\u0441\u0442\u0432\u0438\u0435 \u0432\u044b\u0447\u0438\u0442\u0430\u043d\u0438\u044f \u2014 \u0432 \u043f\u0435\u0440\u0432\u043e\u043c) \u0434\u043b\u044f \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u043e\u0434\u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0438 \u0432\u044b\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u0444\u0440\u0443\u0441\u0442\u0440\u0430\u0446\u0438\u044e. \u041e\u0441\u043e\u0431\u0435\u043d\u043d\u043e \u0432 \u043f\u0435\u0440\u0432\u043e\u043c \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u0435, \u0433\u0434\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u043a\u0430 \u0438\u043d\u0434\u0435\u043a\u0441\u0430 \u0441 \u0438\u0437\u0432\u043b\u0435\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435\u043c \u043f\u043e\u0434\u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0438 \u0431\u0443\u043a\u0432\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e \u0440\u044f\u0434\u043e\u043c. \u0410 \u0432\u043e \u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u0435\u0441\u0442\u044c \u043e\u0449\u0443\u0449\u0435\u043d\u0438\u0435, \u0447\u0442\u043e \u0431\u044b\u043b \u043f\u0440\u043e\u043f\u0443\u0449\u0435\u043d \u0442\u0435\u0440\u043d\u0430\u0440\u043d\u044b\u0439 \u043e\u043f\u0435\u0440\u0430\u0442\u043e\u0440, \u0438\u0431\u043e \u0432 \u0434\u0432\u0443\u0445 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0445 \u043c\u0435\u0441\u0442\u0430\u0445 \u043e\u043d \u0438\u043c\u0435\u0435\u0442\u0441\u044f.<\/p>\n
\u0410 \u0432\u043e\u0442 \u0438 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0443\u043f\u0440\u0435\u0436\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u043d\u0430 \u044d\u0442\u0438 \u0434\u0432\u0430 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0430 \u043a\u043e\u0434\u0430:<\/p>\n
V6009<\/a> The ‘substring’ function could receive the ‘-1’ value while non-negative value is expected. Inspect argument: 2. VcfGa4ghReader.java(212)<\/p>\n
V6009<\/a> The ‘substring’ function could receive the ‘-1’ value while non-negative value is expected. Inspect argument: 2. TabixReader.java(430)<\/p>\n
\u042d\u0442\u043e \u0442\u0430\u043a \u0438 \u0437\u0430\u0434\u0443\u043c\u0430\u043d\u043e, \u0438\u043b\u0438 \u0442\u0430\u043a \u0438 \u0437\u0430\u0434\u0443\u043c\u0430\u043d\u043e?<\/h4>\n
\u041d\u0443 \u0438\u043b\u0438 \u0432\u043e\u0442 \u0432\u0430\u043c \u043f\u043e\u043d\u0430\u0434\u043e\u0431\u0438\u043b\u043e\u0441\u044c \u043f\u043e\u0434\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u0442\u044c \u0438\u043d\u0444\u0440\u0430\u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u0443 DAO, \u0437\u0430\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442\u0435 \u0432\u044b \u0432 \u043d\u0443\u0436\u043d\u044b\u0439 \u043c\u043e\u0434\u0443\u043b\u044c, \u043a\u0430\u043a \u0432\u0438\u0434\u0438\u0442\u0435 \u044d\u0442\u043e\u0442 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434:<\/p>\n
private String getGroupByField(final List<VcfFile> files, final String groupBy){     final VcfIndexSortField sortField = VcfIndexSortField.getByName(groupBy);     if (sortField == null) {         ....         if (   infoItem.getType() == VCFHeaderLineType.Integer             || infoItem.getType() == VCFHeaderLineType.Float) {             return infoItem.getName().toLowerCase();         } else {             return infoItem.getName().toLowerCase();         }     } else {         if (   sortField.getType() == SortField.Type.INT             || sortField.getType() == SortField.Type.FLOAT) {             return sortField.getField().fieldName;         } else {             return sortField.getField().fieldName;         }     } } <\/code><\/pre>\n
V6004<\/a> The ‘then’ statement is equivalent to the ‘else’ statement. FeatureIndexDao.java(852), FeatureIndexDao.java(854)<\/p>\n
\u041d\u0435\u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u043d\u0438\u0435, \u0433\u0440\u0443\u0441\u0442\u044c, \u0440\u0430\u0437\u043e\u0447\u0430\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435. \u0421\u0443\u0434\u044f \u043f\u043e \u0431\u043b\u0435\u0439\u043c\u0443, \u0442\u0430\u043a\u0430\u044f \u0441\u0438\u0442\u0443\u0430\u0446\u0438\u044f \u0432\u043e\u0437\u043d\u0438\u043a\u043b\u0430 \u043f\u0440\u0438 \u043f\u0440\u0430\u0432\u043a\u0435 \u043e\u0434\u043d\u043e\u0439 \u0447\u0430\u0441\u0442\u0438 \u043a\u043e\u0434\u0430 \u0440\u0430\u0437\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0440\u0430\u0437\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0447\u0438\u043a\u0430\u043c\u0438. \u041d\u043e \u0434\u0430\u0436\u0435 \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043c\u044b \u043d\u0430\u0448\u043b\u0438 \u043d\u0430 \u043a\u043e\u0433\u043e \u0441\u0432\u0430\u043b\u0438\u0442\u044c \u0432\u0438\u043d\u0443, \u043e\u0448\u0435\u043b\u043e\u043c\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043d\u0435 \u043f\u0440\u043e\u043f\u0430\u0434\u0430\u0435\u0442: \u0437\u0430\u0447\u0435\u043c \u043a\u043e\u043c\u0443-\u0442\u043e \u043f\u043e\u043d\u0430\u0434\u043e\u0431\u0438\u043b\u043e\u0441\u044c \u0434\u0432\u0430 \u0443\u0441\u043b\u043e\u0432\u0438\u044f \u043f\u043e\u0434\u0440\u044f\u0434 \u0441 \u043e\u0434\u0438\u043d\u0430\u043a\u043e\u0432\u044b\u043c\u0438 \u0432\u0435\u0442\u0432\u044f\u043c\u0438? \u0418\u043b\u0438 \u044d\u0442\u043e \u044f \u0447\u0442\u043e-\u0442\u043e \u043d\u0435 \u043f\u043e\u043d\u044f\u043b?<\/p>\n
\"1086_ngb_ru\/image2.png\"<\/figure>\n
\u0415\u0441\u0442\u044c \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0430\u044f \u0432\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c, \u0447\u0442\u043e \u043d\u0435\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u043f\u043e\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u0442\u0443\u0442 \u043d\u0435\u0442. \u041d\u043e \u0430 \u0447\u0442\u043e, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u0435\u0441\u0442\u044c? \u041e\u0441\u0442\u0430\u0451\u0442\u0441\u044f \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0442\u044b\u043a\u0430\u0442\u044c \u044e\u043d\u0438\u0442-\u0442\u0435\u0441\u0442\u044b…<\/p>\n
\u041a\u0430\u043a \u0442\u0435\u0441\u0442\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u044e\u043d\u0438\u0442-\u0442\u0435\u0441\u0442\u044b<\/h4>\n
\u041a\u0441\u0442\u0430\u0442\u0438, \u043d\u0430\u0441\u0447\u0451\u0442 \u044e\u043d\u0438\u0442-\u0442\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432. \u0418 \u043a \u043d\u0438\u043c \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e \u043b\u0435\u0433\u043a\u043e \u043f\u043e\u0434\u043e\u0440\u0432\u0430\u0442\u044c \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0435. \u041d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, \u0434\u043e\u043f\u0443\u0441\u0442\u0438\u0442\u044c \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0443 \u0432 \u0438\u0445 \u0441\u0435\u0442\u0430\u043f\u0435:<\/p>\n
public void addFeatureIndexedFileRegistration(Long refId,                                               String path,                                               String indexPath,                                               String name,                                               Long fileId,                                               Long fileBioId,                                                BiologicalDataItemFormat format,                                               boolean doIndex,                                               String prettyName) {     String absolutePath = getNormalizeAndAbsolutePath(path);     onRequest().havingMethodEqualTo(HTTP_POST)                .havingPathEqualTo(....)                .havingBodyEqualTo(TestDataProvider                                      .getRegistrationJsonWithPrettyName(                                          refId,                                           absolutePath,                                           indexPath,                                          name,                                           doIndex,                                           prettyName))                .respond()                .withBody(....)                .withStatus(HTTP_STATUS_OK); } <\/code><\/pre>\n
\u0427\u0442\u043e\u0431\u044b \u0440\u0430\u0441\u043a\u0443\u0441\u0438\u0442\u044c \u043f\u043e\u0434\u0432\u043e\u0445, \u043d\u0430\u0434\u043e \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0441\u0438\u0433\u043d\u0430\u0442\u0443\u0440\u0443 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430: TestDataProvider.getRegistrationJsonWithPrettyName(….)<\/em>:<\/p>\n
public static String getRegistrationJsonWithPrettyName(     Long referenceID,     String path,     String name,     String indexPath,     boolean doIndex,     String prettyName) {     .... } <\/code><\/pre>\n
\u0417\u0430\u043c\u0435\u0442\u0438\u043b\u0438? \u0415\u0441\u043b\u0438 \u0434\u0430, \u0442\u043e \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442\u0435 \u043e\u0442\u0431\u043b\u0430\u0433\u043e\u0434\u0430\u0440\u0438\u0442\u044c \u0437\u0430 \u0442\u043e, \u0447\u0442\u043e \u044f \u043d\u0435\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0442\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043b \u043a\u043e\u0434. \u0412\u043e\u0442 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0443\u043f\u0440\u0435\u0436\u0434\u0435\u043d\u0438\u0435:<\/p>\n
V6029<\/a> Possible incorrect order of arguments passed to method: ‘indexPath’, ‘name’. TestHttpServer.java(139), TestHttpServer.java(140)<\/p>\n
\u0421\u0443\u0434\u044f \u043f\u043e \u0432\u0441\u0435\u043c\u0443, \u043f\u0440\u0438 \u0432\u044b\u0437\u043e\u0432\u0435 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0430 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043f\u0443\u0442\u0430\u043d \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043e\u043a \u0430\u0440\u0433\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432: \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043e\u043a \u043f\u0435\u0440\u0435\u0434\u0430\u0447\u0438 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 indexPath<\/em> \u0438 name<\/em> \u043d\u0435 \u0441\u043e\u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043a\u0443 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u043e\u0432 \u0441 \u0430\u043d\u0430\u043b\u043e\u0433\u0438\u0447\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0438\u043c\u0435\u043d\u0430\u043c\u0438 \u0432 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0435. \u041a\u043e\u043c\u043f\u0435\u043d\u0441\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d \u043b\u0438 \u044d\u0442\u043e\u0442 \u0431\u0430\u0433 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u043c, \u0438\u043b\u0438 \u043e\u043d \u0433\u0434\u0435-\u0442\u043e \u043d\u0435\u0433\u0430\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e \u0432\u043b\u0438\u044f\u0435\u0442 \u043d\u0430 \u0442\u0435\u0441\u0442\u044b, \u2014 \u043e\u0441\u0442\u0430\u0451\u0442\u0441\u044f \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0434\u043e\u0433\u0430\u0434\u044b\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f. \u0418 \u0440\u0430\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f, \u0447\u0442\u043e \u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u0442\u044c \u044d\u0442\u043e \u0432\u0441\u0451 \u0436\u0435 \u043d\u0435 \u043d\u0430\u043c.<\/p>\n
\u041a\u0430\u043a \u0441\u043b\u0435\u0434\u0438\u0442\u044c \u0437\u0430 \u043a\u043e\u0434\u043e\u043c<\/h3>\n
\u0418 \u0432\u043e\u0442 \u0442\u0430\u043a\u043e\u0435 \u043f\u043e\u043f\u0430\u0434\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u043d\u043d\u043e. \u0425\u043e\u0442\u044f \u0432\u0440\u043e\u0434\u0435 \u0432\u0441\u0451 \u043f\u043e\u043d\u044f\u0442\u043d\u043e: \u0445\u043e\u0440\u043e\u0448\u0438\u0439 \u043a\u043e\u0434 \u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c, \u043f\u043b\u043e\u0445\u043e\u0439 \u2014 \u043d\u0435 \u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c, \u043e\u0448\u0438\u0431\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u043d\u0435 \u043d\u0430\u0434\u043e. \u0412 \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0438\u0439 \u0440\u0430\u0437 \u041a\u0430\u043f\u0438\u0442\u0430\u043d \u041e\u0447\u0435\u0432\u0438\u0434\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0432\u0435\u0440\u043d\u0451\u0442\u0441\u044f \u043a \u0432\u0430\u043c \u0441 \u043d\u043e\u0432\u044b\u043c \u0443\u0434\u0438\u0432\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u043c \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u0438\u0435\u043c.<\/p>\n
\u041d\u043e \u0435\u0441\u043b\u0438 \u0441\u0435\u0440\u044c\u0451\u0437\u043d\u043e, \u0442\u043e \u0432\u0441\u0435 \u0432\u0441\u0451 \u0437\u043d\u0430\u044e\u0442. \u041a\u0430\u043a \u044f \u0438 \u0433\u043e\u0432\u043e\u0440\u0438\u043b, \u043c\u043e\u0451 \u0434\u0435\u043b\u043e \u043b\u0438\u0448\u044c \u043d\u0430\u043f\u043e\u043c\u043d\u0438\u0442\u044c. \u041f\u043e\u043c\u0438\u043c\u043e \u0431\u0430\u043d\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0433\u043e\u043b\u043e\u0432\u044b \u043d\u0430 \u043f\u043b\u0435\u0447\u0430\u0445 \u043d\u0435 \u043d\u0430\u0434\u043e \u0438\u0433\u043d\u043e\u0440\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u043f\u0440\u0435\u0434\u0443\u043f\u0440\u0435\u0436\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f IDE. \u0414\u0430\u043b\u0435\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u043e\u0434\u0443\u043c\u0430\u0442\u044c \u043e \u043b\u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0430\u0445 \u0434\u043b\u044f \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u044b\u0445 \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0432 \u0438 \u043e \u0441\u043f\u0435\u0446\u0438\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0445 \u0434\u043b\u044f \u043d\u0430\u0445\u043e\u0436\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0435\u0433\u043e \u043a\u043e\u043b\u0438\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430 \u043f\u043e\u0434\u043e\u0437\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u043c\u0435\u0441\u0442. \u0422\u0430\u043a, \u0432 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0435 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043b\u0441\u044f \u0441\u0442\u0430\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0439 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0442\u043e\u0440 PVS-Studio. \u041d\u043e \u0438 \u0430\u0432\u0442\u043e\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0430, \u043a \u0441\u043e\u0436\u0430\u043b\u0435\u043d\u0438\u044e, \u043d\u0435 \u043f\u0430\u043d\u0430\u0446\u0435\u044f \u2014 \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e\u0435 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0435 \u043a\u043e\u0434-\u0440\u0435\u0432\u044c\u044e \u043d\u0438\u043a\u0442\u043e \u043d\u0435 \u043e\u0442\u043c\u0435\u043d\u044f\u043b. \u0422\u0443\u0442 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u043a\u0430 \u043c\u0430\u0448\u0438\u043d\u0430 \u043f\u043e\u043a\u0430 \u043d\u0435 \u0437\u0430\u043c\u0435\u043d\u0438\u0442.<\/p>\n
\u041f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0441\u043b\u043e\u0432\u0438\u0435<\/h3>\n
\u0415\u0441\u043b\u0438 \u0447\u0442\u043e, \u043a \u0440\u0430\u0437\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0447\u0438\u043a\u0430\u043c NGB \u0443 \u043c\u0435\u043d\u044f \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0438\u0445 \u043f\u0440\u0435\u0442\u0435\u043d\u0437\u0438\u0439 \u043f\u043e \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443 \u043a\u043e\u0434\u0430 \u043d\u0435\u0442, \u044f \u043b\u0438\u0448\u044c \u043f\u043e\u0434\u0451\u0440\u0433\u0430\u043b \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440\u044b \u043a\u043e\u0434\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c\u0438 \u043b\u0435\u0433\u043a\u043e \u0441\u0431\u0438\u0442\u044c \u0441 \u0442\u043e\u043b\u043a\u0443. \u0418 \u043d\u0430 \u044d\u0442\u043e\u043c \u0441\u043e \u0441\u0432\u043e\u0438\u043c \u043d\u0435\u0433\u043e\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435\u043c \u044f \u0437\u0430\u043a\u0430\u043d\u0447\u0438\u0432\u0430\u044e, \u0430 \u0432\u044b \u0441\u0432\u043e\u0438\u043c \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442\u0435 \u043f\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0442\u044c\u0441\u044f \u0432 \u043a\u043e\u043c\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0440\u0438\u044f\u0445.<\/p>\n
\u0415\u0441\u043b\u0438 \u0445\u043e\u0447\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u0430\u043c\u0438\u043c \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u044c \u043f\u0440\u043e\u0435\u043a\u0442 \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e PVS-Studio, \u0442\u043e \u043f\u043e\u043f\u0440\u043e\u0431\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0435\u0433\u043e \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e, \u043f\u0435\u0440\u0435\u0439\u0434\u044f \u043f\u043e \u044d\u0442\u043e\u0439<\/a> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0435.<\/p>\n
\u0410 \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0441\u043b\u0435\u0434\u0438\u0442\u044c \u0437\u0430 \u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u043e\u043c \u043d\u043e\u0432\u044b\u0445 \u0441\u0442\u0430\u0442\u0435\u0439 \u043d\u0430 \u0442\u0435\u043c\u0443 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430 \u043a\u043e\u0434\u0430, \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442\u0435 \u043f\u043e\u0434\u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c\u0441\u044f \u043d\u0430:<\/p>\n