{"id":416829,"date":"2024-06-30T01:11:34","date_gmt":"2024-06-30T01:11:34","guid":{"rendered":"http:\/\/savepearlharbor.com\/?p=416829"},"modified":"-0001-11-30T00:00:00","modified_gmt":"-0001-11-29T21:00:00","slug":"","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/savepearlharbor.com\/?p=416829","title":{"rendered":"<span>\u0421\u043a\u0443\u0447\u043d\u043e, \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0438 \u043e\u0433\u0440\u0430\u043d\u0438\u0447\u0435\u043d\u043d\u043e \u2014 \u0432\u0441\u0435 \u044d\u0442\u043e \u0438\u0437\u043e\u0442\u043e\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0430\u044f \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044f<\/span>"},"content":{"rendered":"<div><!--[--><!--]--><\/div>\n<div id=\"post-content-body\">\n<div>\n<div class=\"article-formatted-body article-formatted-body article-formatted-body_version-2\">\n<div xmlns=\"http:\/\/www.w3.org\/1999\/xhtml\">\n<p>\u0412\u043a\u0440\u0430\u0442\u0446\u0435 \u043e \u043c\u0430\u043b\u0435\u043d\u044c\u043a\u043e\u043c \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0435 cir.<\/p>\n<h2>\u041c\u0438\u043d\u0443\u0442\u043a\u0430 \u0442\u0435\u043e\u0440\u0438\u0438<\/h2>\n<p>\u0418\u0437\u043e\u0442\u043e\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0430\u044f \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044f &#8212; \u044d\u0442\u043e \u043a\u0440\u0430\u0439\u043d\u0435 \u0441\u043f\u0435\u0446\u0438\u0444\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0439 \u0432\u0438\u0434 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u0440\u0438 \u0436\u0435\u0441\u0442\u043a\u043e\u043c \u0442\u0440\u0435\u0431\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u043d\u0435\u0443\u0431\u044b\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043f\u0440\u0438 \u0432\u043e\u0437\u0440\u0430\u0441\u0442\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u043d\u0435\u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439<\/p>\n<p>\u0415\u0441\u0442\u044c \u0434\u0432\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u044b\u0445 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u0438\u0434\u0430 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438 \u0432 \u0440\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0430\u0445:<\/p>\n<ol>\n<li>\n<p>\u0412 \u0444\u0430\u0440\u043c\u0430\u043a\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0430\u0445, \u0433\u0434\u0435 \u043d\u0443\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0441\u0432\u044f\u0437\u044c \u0442\u0438\u043f\u0430 &#171;\u043e\u0442\u043a\u043b\u0438\u043a &#8212; \u0434\u043e\u0437\u0430&#187; (\u043d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, &#171;\u043a\u043e\u043d\u0446\u0435\u043d\u0442\u0440\u0430\u0446\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u043f\u0430\u0440\u0430\u0442\u0430 &#8212; \u0434\u043e\u043b\u044f \u0443\u043c\u0435\u0440\u0448\u0438\u0445&#187;)<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p>\u041f\u0440\u0438 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0440\u0430\u0441\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0439, \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0432 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0432\u044b\u0441\u0442\u0443\u043f\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0432\u0430\u043d\u0442\u0438\u043b\u044c \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0438 \u0440\u0430\u0441\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<p>\u041a\u043b\u0430\u0441\u0441\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u043e\u0432 \u0434\u0430\u0435\u0442 \u0432 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u0435 \u043a\u0443\u0441\u043e\u0447\u043d\u043e-\u043f\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u043d\u043d\u0443\u044e \u043d\u0435\u0443\u0431\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0443\u044e \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044e (Pool-Adjacent-Violators Algorithm, \u0435\u0433\u043e \u0441\u0445\u0435\u043c\u0430 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0430 \u043d\u0438\u0436\u0435):<\/p>\n<figure class=\"full-width\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/d00\/751\/337\/d007513373f8f40edf735108c2fbfa2e.png\" alt=\"\u0426\u0438\u0442\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e: Assaf P. Oron, Nancy Flournoy. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256\" title=\"\u0426\u0438\u0442\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e: Assaf P. Oron, Nancy Flournoy. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256\" width=\"702\" height=\"427\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/d00\/751\/337\/d007513373f8f40edf735108c2fbfa2e.png\"\/><figcaption>\u0426\u0438\u0442\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e: Assaf P. Oron, Nancy Flournoy. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041d\u0435\u0434\u0430\u0432\u043d\u043e \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c \u0431\u044b\u043b \u043c\u043e\u0434\u0438\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d. \u0414\u0432\u0435 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u0438\u043b\u0438 \u043d\u0435\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0438\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c:<\/p>\n<ol>\n<li>\n<p>Oron A. P., Flournoy N. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. 2017. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256 &#8212; \u0431\u044b\u043b \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d \u043d\u043e\u0432\u044b\u0439, \u0441\u0433\u043b\u0430\u0436\u0438\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p>Oron A. P., Flournoy N. Bias induced by adaptive dose-finding designs \/\/ Journal of Applied Statistics. 2019. DOI: 10.1080\/02664763.2019.1649375 &#8212; \u0431\u044b\u043b\u0430 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0430 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0438\u043a\u0430 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u0430 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432 \u043f\u0440\u0438 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u0439 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u044b\u0445 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<p>\u041d\u043e\u0432\u044b\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d \u043d\u0430 \u0441\u0433\u043b\u0430\u0436\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u043a\u0443\u0441\u043e\u0447\u043d\u043e-\u043f\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438:<\/p>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/cbd\/70f\/fbe\/cbd70ffbe1cb53fc0f42fbff1d00d995.png\" alt=\"\u0426\u0438\u0442\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e: Assaf P. Oron, Nancy Flournoy. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256\" title=\"\u0426\u0438\u0442\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e: Assaf P. Oron, Nancy Flournoy. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256\" width=\"359\" height=\"300\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/cbd\/70f\/fbe\/cbd70ffbe1cb53fc0f42fbff1d00d995.png\"\/><figcaption>\u0426\u0438\u0442\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e: Assaf P. Oron, Nancy Flournoy. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0421\u043e\u0431\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e, \u043d\u0430 \u0432\u0441\u0435\u043c \u044d\u0442\u043e\u043c \u0438 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442 CIR, \u0441 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c \u043c\u044b \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u0437\u043d\u0430\u043a\u043e\u043c\u0438\u0442\u044c\u0441\u044f<\/p>\n<h2>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044f<\/h2>\n<p>\u041e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430 \u0434\u043b\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 &#8212; <a href=\"https:\/\/www.researchgate.net\/publication\/326751754_Advancing_risk_assessment_Mechanistic_dose-response_modelling_of_Listeria_monocytogenes_infection_in_human_populations\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u0431\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438\u0437 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f<\/a> (\u0447\u0442\u043e-\u0442\u043e \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043e \u0441 \u0438\u043d\u0444\u0435\u043a\u0446\u0438\u044f\u043c\u0438 \u0432 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0439 \u043f\u043e\u043f\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u0438), \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u043e\u0442\u0434\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e<a href=\"https:\/\/zenodo.org\/record\/4970865#.YTXqBKAmzIU\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\"> \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u043d\u0430 \u043f\u043e \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0435<\/a>.<\/p>\n<p>\u0412 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u043d\u0435\u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0432\u044b\u0441\u0442\u0443\u043f\u0430\u0435\u0442 \u043b\u043e\u0433\u0430\u0440\u0438\u0444\u043c \u0434\u043e\u0437\u044b \u043d\u043e\u0441\u0438\u0442\u0435\u043b\u0435\u0439 \u0438\u043d\u0444\u0435\u043a\u0446\u0438\u0438, \u0432 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 &#8212; \u0432\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0437\u0430\u0431\u043e\u043b\u0435\u0442\u044c.<\/p>\n<p>\u0411\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438 \u0432\u0441\u0435 \u0441\u043e\u043f\u0443\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043c\u0430\u0442\u0435\u0440\u0438\u0430\u043b\u044b \u0435\u0441\u0442\u044c \u043d\u0430 <a href=\"https:\/\/github.com\/acheremuhin\/Isotonic_regression\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">GitHub<\/a>.<\/p>\n<h2>\u0420\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u044b<\/h2>\n<pre><code class=\"r\">Data &lt;- read_csv(\"...\/Dataforfigure8.csv\",                             col_names = FALSE) nam&lt;-t(Data[,1]) Base&lt;-as.data.frame(t(Data[,2:24])) colnames(Base)&lt;-nam ggplot(data=Base, aes(x=Base$log_dose, y=Base$Probability_of_infection_1)) +   geom_point() + xlab(\"\u041b\u043e\u0433\u0430\u0440\u0438\u0444\u043c \u0434\u043e\u0437\u044b\") + ylab(\"\u0412\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043d\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f\")<\/code><\/pre>\n<p>\u0415\u0441\u043b\u0438 \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0442\u043e\u0447\u0435\u0447\u043d\u044b\u0439 \u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u043a, \u0442\u043e \u044d\u0442\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u0447\u0442\u043e-\u0442\u043e \u0442\u0438\u043f\u0430<\/p>\n<figure class=\"full-width\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/616\/733\/de1\/616733de1fd223e61f974479653a3fb3.png\" alt=\"\u041e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043f\u043e\u0445\u043e\u0436\u0435 \u043d\u0430 \u043b\u043e\u0433\u0438\u0441\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0443\u044e \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044e\" title=\"\u041e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043f\u043e\u0445\u043e\u0436\u0435 \u043d\u0430 \u043b\u043e\u0433\u0438\u0441\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0443\u044e \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044e\" width=\"826\" height=\"665\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/616\/733\/de1\/616733de1fd223e61f974479653a3fb3.png\"\/><figcaption>\u041e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043f\u043e\u0445\u043e\u0436\u0435 \u043d\u0430 \u043b\u043e\u0433\u0438\u0441\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0443\u044e \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044e<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0412 \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0435 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u044b \u0442\u0440\u0438 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u0430 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438 &#8212; \u0438\u0445 \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0443\u044e\u0442 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0438 cirPAVA() &#8212; \u044d\u0442\u043e \u043d\u043e\u0432\u044b\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c, oldPAVA &#8212; \u0441\u0442\u0430\u0440\u044b\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c \u0438 iterCIR() &#8212; \u0438\u0442\u0435\u0440\u0430\u0442\u0438\u0432\u043d\u0430\u044f \u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u044f \u043d\u043e\u0432\u043e\u0433\u043e \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u0430. \u041d\u043e \u043c\u044b \u0432\u043e\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u0441\u044f \u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0439 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0435\u0439 \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u044f \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438 \u0438 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432<\/p>\n<pre><code class=\"r\">x1&lt;-Base[,2] names(x1)&lt;-c() x2&lt;-Base[,1] names(x2)&lt;-c() dat&lt;-doseResponse(y=x1,x=x2)  quick1&lt;-quickIsotone(dat)  # \u0411\u044b\u0441\u0442\u0440\u0430\u044f \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044f - \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u0439 \u0443 ggplot(data=quick1, aes(x=x, y=y)) +   geom_point() + xlab(\"\u041b\u043e\u0433\u0430\u0440\u0438\u0444\u043c \u0434\u043e\u0437\u044b\") + ylab(\"\u0412\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043d\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f\") +    geom_line(data=quick1,aes(x=x, y=lower90conf))+   geom_line(data=quick1,aes(x=x, y=upper90conf))<\/code><\/pre>\n<figure class=\"full-width\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/e1f\/67f\/6a6\/e1f67f6a667f33618018e6e47441ea74.png\" alt=\"\u0412\u043e\u0442 \u0438 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u044b\" title=\"\u0412\u043e\u0442 \u0438 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u044b\" width=\"826\" height=\"665\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/e1f\/67f\/6a6\/e1f67f6a667f33618018e6e47441ea74.png\"\/><figcaption>\u0412\u043e\u0442 \u0438 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u044b<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041f\u0440\u0438 \u044d\u0442\u043e\u043c \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u043e\u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u043b\u044f\u0442\u044c\u0441\u044f \u0442\u0440\u0435\u043c\u044f \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431\u0430\u043c\u0438, \u0432\u044b\u0431\u0440\u0430\u0442\u044c \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u0440\u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0438 isotInterval. \u0412\u0441\u0435 \u0432\u043c\u0435\u0441\u0442\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u0432\u044b\u0433\u043b\u044f\u0434\u0435\u0442\u044c \u0442\u0430\u043a:<\/p>\n<pre><code class=\"r\">slow1&lt;-cirPAVA(dat,full=TRUE) # \u041f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438 \u043f\u043e \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u0443 CIR slow1$output # \u041f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f slow1$input # \u0418\u0441\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 slow1$shrinkage # \u0421\u043e\u043a\u0440\u0430\u0449\u0435\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u044f \u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u043a\u0430 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0441\u0442\u0438 int1_0&lt;-isotInterval(slow1,narrower=FALSE) # \u0420\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432 \u043f\u043e \u0433\u043e\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438 int1_0 ggplot(data=quick1, aes(x=x, y=y)) +   geom_point() + xlab(\"\u041b\u043e\u0433\u0430\u0440\u0438\u0444\u043c \u0434\u043e\u0437\u044b\") + ylab(\"\u0412\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043d\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f\") +   geom_line(data=slow1$shrinkage,aes(x=x, y=y), color = \"green\") +   geom_line(data=int1_0,aes(x=quick1$x, y=ciLow))+   geom_line(data=int1_0,aes(x=quick1$x, y=ciHigh))<\/code><\/pre>\n<figure class=\"full-width\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/702\/e8a\/b0a\/702e8ab0a6d7efeae43bfdc5f34de822.png\" alt=\"\u0414\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u044b \u0447\u0443\u0442\u044c-\u0447\u0443\u0442\u044c, \u043d\u043e \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435\" title=\"\u0414\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u044b \u0447\u0443\u0442\u044c-\u0447\u0443\u0442\u044c, \u043d\u043e \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435\" width=\"826\" height=\"665\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/702\/e8a\/b0a\/702e8ab0a6d7efeae43bfdc5f34de822.png\"\/><figcaption>\u0414\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u044b \u0447\u0443\u0442\u044c-\u0447\u0443\u0442\u044c, \u043d\u043e \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0424\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044f quickIsotone() \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043e\u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u043b\u044f\u0442\u044c \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0433\u043d\u043e\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435. \u0414\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0435\u0441\u0442\u044c \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440 outx<\/p>\n<pre><code class=\"r\">quickIsotone(dat, outx = c(2.15,7.75)) # \u041f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0441 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u0430\u043c\u0438 \u0434\u043b\u044f \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/habrastorage.org\/r\/w1560\/getpro\/habr\/upload_files\/c82\/a71\/139\/c82a71139280dfc10bb96a7ec8b8702b.png\" alt=\"\u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u0438\u044f\" title=\"\u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u0438\u044f\" width=\"346\" height=\"48\" data-src=\"https:\/\/habrastorage.org\/getpro\/habr\/upload_files\/c82\/a71\/139\/c82a71139280dfc10bb96a7ec8b8702b.png\"\/><figcaption>\u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u0438\u044f<\/figcaption><\/figure>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p><!----><!----><\/div>\n<p><!----><!----><br \/> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 <a href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/articles\/577942\/\"> https:\/\/habr.com\/ru\/articles\/577942\/<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<div><!--[--><!--]--><\/div>\n<div id=\"post-content-body\">\n<div>\n<div class=\"article-formatted-body article-formatted-body article-formatted-body_version-2\">\n<div xmlns=\"http:\/\/www.w3.org\/1999\/xhtml\">\n<p>\u0412\u043a\u0440\u0430\u0442\u0446\u0435 \u043e \u043c\u0430\u043b\u0435\u043d\u044c\u043a\u043e\u043c \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0435 cir.<\/p>\n<h2>\u041c\u0438\u043d\u0443\u0442\u043a\u0430 \u0442\u0435\u043e\u0440\u0438\u0438<\/h2>\n<p>\u0418\u0437\u043e\u0442\u043e\u043d\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0430\u044f \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044f &#8212; \u044d\u0442\u043e \u043a\u0440\u0430\u0439\u043d\u0435 \u0441\u043f\u0435\u0446\u0438\u0444\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0439 \u0432\u0438\u0434 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u0440\u0438 \u0436\u0435\u0441\u0442\u043a\u043e\u043c \u0442\u0440\u0435\u0431\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u043d\u0435\u0443\u0431\u044b\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 \u043f\u0440\u0438 \u0432\u043e\u0437\u0440\u0430\u0441\u0442\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u043d\u0435\u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439<\/p>\n<p>\u0415\u0441\u0442\u044c \u0434\u0432\u0430 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u044b\u0445 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u0438\u0434\u0430 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438 \u0432 \u0440\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0430\u0445:<\/p>\n<ol>\n<li>\n<p>\u0412 \u0444\u0430\u0440\u043c\u0430\u043a\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0445 \u0437\u0430\u0434\u0430\u0447\u0430\u0445, \u0433\u0434\u0435 \u043d\u0443\u0436\u043d\u043e \u043d\u0430\u0439\u0442\u0438 \u0432\u0437\u0430\u0438\u043c\u043e\u0441\u0432\u044f\u0437\u044c \u0442\u0438\u043f\u0430 &#171;\u043e\u0442\u043a\u043b\u0438\u043a &#8212; \u0434\u043e\u0437\u0430&#187; (\u043d\u0430\u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440, &#171;\u043a\u043e\u043d\u0446\u0435\u043d\u0442\u0440\u0430\u0446\u0438\u044f \u043f\u0440\u0435\u043f\u0430\u0440\u0430\u0442\u0430 &#8212; \u0434\u043e\u043b\u044f \u0443\u043c\u0435\u0440\u0448\u0438\u0445&#187;)<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p>\u041f\u0440\u0438 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0440\u0430\u0441\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0439, \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0432 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0432\u044b\u0441\u0442\u0443\u043f\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0432\u0430\u043d\u0442\u0438\u043b\u044c \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0438 \u0440\u0430\u0441\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<p>\u041a\u043b\u0430\u0441\u0441\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u043e\u0432 \u0434\u0430\u0435\u0442 \u0432 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u0435 \u043a\u0443\u0441\u043e\u0447\u043d\u043e-\u043f\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u043d\u043d\u0443\u044e \u043d\u0435\u0443\u0431\u044b\u0432\u0430\u044e\u0449\u0443\u044e \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044e (Pool-Adjacent-Violators Algorithm, \u0435\u0433\u043e \u0441\u0445\u0435\u043c\u0430 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0430 \u043d\u0438\u0436\u0435):<\/p>\n<figure class=\"full-width\"><figcaption>\u0426\u0438\u0442\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e: Assaf P. Oron, Nancy Flournoy. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041d\u0435\u0434\u0430\u0432\u043d\u043e \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c \u0431\u044b\u043b \u043c\u043e\u0434\u0438\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d. \u0414\u0432\u0435 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u0438\u043b\u0438 \u043d\u0435\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u043c\u043e\u0434\u0438\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c:<\/p>\n<ol>\n<li>\n<p>Oron A. P., Flournoy N. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. 2017. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256 &#8212; \u0431\u044b\u043b \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d \u043d\u043e\u0432\u044b\u0439, \u0441\u0433\u043b\u0430\u0436\u0438\u0432\u0430\u044e\u0449\u0438\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c<\/p>\n<\/li>\n<li>\n<p>Oron A. P., Flournoy N. Bias induced by adaptive dose-finding designs \/\/ Journal of Applied Statistics. 2019. DOI: 10.1080\/02664763.2019.1649375 &#8212; \u0431\u044b\u043b\u0430 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u0430 \u043c\u0435\u0442\u043e\u0434\u0438\u043a\u0430 \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u0430 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432 \u043f\u0440\u0438 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u0439 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u044b\u0445 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n<p>\u041d\u043e\u0432\u044b\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d \u043d\u0430 \u0441\u0433\u043b\u0430\u0436\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u043a\u0443\u0441\u043e\u0447\u043d\u043e-\u043f\u043e\u0441\u0442\u043e\u044f\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438:<\/p>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0426\u0438\u0442\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e: Assaf P. Oron, Nancy Flournoy. Centered Isotonic Regression: Point and Interval Estimation for Dose-Response Studies \/ Statistics in Biopharmaceutical Research. \u2116 3 (9) DOI:10.1080\/19466315.2017.1286256<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0421\u043e\u0431\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e, \u043d\u0430 \u0432\u0441\u0435\u043c \u044d\u0442\u043e\u043c \u0438 \u043e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430\u043d \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442 CIR, \u0441 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c \u043c\u044b \u0431\u0443\u0434\u0435\u043c \u0437\u043d\u0430\u043a\u043e\u043c\u0438\u0442\u044c\u0441\u044f<\/p>\n<h2>\u041c\u0435\u0442\u043e\u0434\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u044f<\/h2>\n<p>\u041e\u0441\u043d\u043e\u0432\u0430 \u0434\u043b\u044f \u0434\u0430\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 &#8212; <a href=\"https:\/\/www.researchgate.net\/publication\/326751754_Advancing_risk_assessment_Mechanistic_dose-response_modelling_of_Listeria_monocytogenes_infection_in_human_populations\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">\u0431\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438\u0437 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f<\/a> (\u0447\u0442\u043e-\u0442\u043e \u0441\u0432\u044f\u0437\u0430\u043d\u043e \u0441 \u0438\u043d\u0444\u0435\u043a\u0446\u0438\u044f\u043c\u0438 \u0432 \u0447\u0435\u043b\u043e\u0432\u0435\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0439 \u043f\u043e\u043f\u0443\u043b\u044f\u0446\u0438\u0438), \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0430\u044f \u043e\u0442\u0434\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e<a href=\"https:\/\/zenodo.org\/record\/4970865#.YTXqBKAmzIU\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\"> \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u043d\u0430 \u043f\u043e \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0435<\/a>.<\/p>\n<p>\u0412 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u043d\u0435\u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 \u0432\u044b\u0441\u0442\u0443\u043f\u0430\u0435\u0442 \u043b\u043e\u0433\u0430\u0440\u0438\u0444\u043c \u0434\u043e\u0437\u044b \u043d\u043e\u0441\u0438\u0442\u0435\u043b\u0435\u0439 \u0438\u043d\u0444\u0435\u043a\u0446\u0438\u0438, \u0432 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0439 \u043f\u0435\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u0439 &#8212; \u0432\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0437\u0430\u0431\u043e\u043b\u0435\u0442\u044c.<\/p>\n<p>\u0411\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0438 \u0432\u0441\u0435 \u0441\u043e\u043f\u0443\u0442\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043c\u0430\u0442\u0435\u0440\u0438\u0430\u043b\u044b \u0435\u0441\u0442\u044c \u043d\u0430 <a href=\"https:\/\/github.com\/acheremuhin\/Isotonic_regression\" rel=\"noopener noreferrer nofollow\">GitHub<\/a>.<\/p>\n<h2>\u0420\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442\u044b<\/h2>\n<pre><code class=\"r\">Data &lt;- read_csv(\"...\/Dataforfigure8.csv\",                             col_names = FALSE) nam&lt;-t(Data[,1]) Base&lt;-as.data.frame(t(Data[,2:24])) colnames(Base)&lt;-nam ggplot(data=Base, aes(x=Base$log_dose, y=Base$Probability_of_infection_1)) +   geom_point() + xlab(\"\u041b\u043e\u0433\u0430\u0440\u0438\u0444\u043c \u0434\u043e\u0437\u044b\") + ylab(\"\u0412\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043d\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f\")<\/code><\/pre>\n<p>\u0415\u0441\u043b\u0438 \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u043d\u0430 \u0442\u043e\u0447\u0435\u0447\u043d\u044b\u0439 \u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u043a, \u0442\u043e \u044d\u0442\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u0447\u0442\u043e-\u0442\u043e \u0442\u0438\u043f\u0430<\/p>\n<figure class=\"full-width\"><figcaption>\u041e\u0447\u0435\u043d\u044c \u043f\u043e\u0445\u043e\u0436\u0435 \u043d\u0430 \u043b\u043e\u0433\u0438\u0441\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0443\u044e \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044e<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0412 \u043f\u0430\u043a\u0435\u0442\u0435 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u0435\u043d\u044b \u0442\u0440\u0438 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u0430 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438 &#8212; \u0438\u0445 \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0443\u044e\u0442 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0438 cirPAVA() &#8212; \u044d\u0442\u043e \u043d\u043e\u0432\u044b\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c, oldPAVA &#8212; \u0441\u0442\u0430\u0440\u044b\u0439 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c \u0438 iterCIR() &#8212; \u0438\u0442\u0435\u0440\u0430\u0442\u0438\u0432\u043d\u0430\u044f \u0432\u0435\u0440\u0441\u0438\u044f \u043d\u043e\u0432\u043e\u0433\u043e \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u0430. \u041d\u043e \u043c\u044b \u0432\u043e\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u043c\u0441\u044f \u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0439 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0435\u0439 \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u044f \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438 \u0438 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432<\/p>\n<pre><code class=\"r\">x1&lt;-Base[,2] names(x1)&lt;-c() x2&lt;-Base[,1] names(x2)&lt;-c() dat&lt;-doseResponse(y=x1,x=x2)  quick1&lt;-quickIsotone(dat)  # \u0411\u044b\u0441\u0442\u0440\u0430\u044f \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044f - \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432 \u0434\u043b\u044f \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u0439 \u0443 ggplot(data=quick1, aes(x=x, y=y)) +   geom_point() + xlab(\"\u041b\u043e\u0433\u0430\u0440\u0438\u0444\u043c \u0434\u043e\u0437\u044b\") + ylab(\"\u0412\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043d\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f\") +    geom_line(data=quick1,aes(x=x, y=lower90conf))+   geom_line(data=quick1,aes(x=x, y=upper90conf))<\/code><\/pre>\n<figure class=\"full-width\"><figcaption>\u0412\u043e\u0442 \u0438 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u044b<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u041f\u0440\u0438 \u044d\u0442\u043e\u043c \u0440\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u043e\u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u043b\u044f\u0442\u044c\u0441\u044f \u0442\u0440\u0435\u043c\u044f \u0441\u043f\u043e\u0441\u043e\u0431\u0430\u043c\u0438, \u0432\u044b\u0431\u0440\u0430\u0442\u044c \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043f\u0440\u0438 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u0438 isotInterval. \u0412\u0441\u0435 \u0432\u043c\u0435\u0441\u0442\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u0432\u044b\u0433\u043b\u044f\u0434\u0435\u0442\u044c \u0442\u0430\u043a:<\/p>\n<pre><code class=\"r\">slow1&lt;-cirPAVA(dat,full=TRUE) # \u041f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0440\u0435\u0433\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u0438 \u043f\u043e \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u0443 CIR slow1$output # \u041f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f slow1$input # \u0418\u0441\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 slow1$shrinkage # \u0421\u043e\u043a\u0440\u0430\u0449\u0435\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u044f \u0433\u0440\u0430\u0444\u0438\u043a\u0430 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0441\u0442\u0438 int1_0&lt;-isotInterval(slow1,narrower=FALSE) # \u0420\u0430\u0441\u0447\u0435\u0442 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u043e\u0432 \u043f\u043e \u0433\u043e\u0442\u043e\u0432\u043e\u0439 \u043c\u043e\u0434\u0435\u043b\u0438 int1_0 ggplot(data=quick1, aes(x=x, y=y)) +   geom_point() + xlab(\"\u041b\u043e\u0433\u0430\u0440\u0438\u0444\u043c \u0434\u043e\u0437\u044b\") + ylab(\"\u0412\u0435\u0440\u043e\u044f\u0442\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0438\u043d\u0444\u0438\u0446\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f\") +   geom_line(data=slow1$shrinkage,aes(x=x, y=y), color = \"green\") +   geom_line(data=int1_0,aes(x=quick1$x, y=ciLow))+   geom_line(data=int1_0,aes(x=quick1$x, y=ciHigh))<\/code><\/pre>\n<figure class=\"full-width\"><figcaption>\u0414\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u044b \u0447\u0443\u0442\u044c-\u0447\u0443\u0442\u044c, \u043d\u043e \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u0435<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u0424\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u044f quickIsotone() \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442 \u0442\u0430\u043a\u0436\u0435 \u043e\u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u043b\u044f\u0442\u044c \u0438 \u043f\u0440\u043e\u0433\u043d\u043e\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435. \u0414\u043b\u044f \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0435\u0441\u0442\u044c \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440 outx<\/p>\n<pre><code class=\"r\">quickIsotone(dat, outx = c(2.15,7.75)) # \u041f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0441 \u0434\u043e\u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0438\u043d\u0442\u0435\u0440\u0432\u0430\u043b\u0430\u043c\u0438 \u0434\u043b\u044f \u0437\u043d\u0430\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f<\/code><\/pre>\n<figure class=\"\"><figcaption>\u0420\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043d\u0438\u044f<\/figcaption><\/figure>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p><!----><!----><\/div>\n<p><!----><!----><br \/> \u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 <a href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/articles\/577942\/\"> https:\/\/habr.com\/ru\/articles\/577942\/<\/a><br \/><\/br><\/br><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-416829","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/416829","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=416829"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/416829\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=416829"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=416829"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=416829"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}