{"id":490152,"date":"2026-08-07T11:51:05","date_gmt":"2026-08-07T11:51:05","guid":{"rendered":"https:\/\/savepearlharbor.com\/?p=490152"},"modified":"-0001-11-30T00:00:00","modified_gmt":"-0001-11-29T21:00:00","slug":"","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/savepearlharbor.com\/?p=490152","title":{"rendered":"\u0422\u0438\u0445\u043e \u043d\u0435\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0445\u0443\u0436\u0435 \u0443\u043f\u0430\u0432\u0448\u0435\u0433\u043e \u0441\u043a\u0440\u0438\u043f\u0442\u0430"},"content":{"rendered":"
\n

\u0421\u043a\u0440\u0438\u043f\u0442, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0443\u043f\u0430\u043b, \u0432\u044b \u043f\u043e\u0447\u0438\u043d\u0438\u0442\u0435 \u0437\u0430\u00a0\u043f\u044f\u0442\u044c \u043c\u0438\u043d\u0443\u0442. \u0421\u043a\u0440\u0438\u043f\u0442, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043e\u0442\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u043b \u043c\u043e\u043b\u0447\u0430 \u0438 \u0432\u044b\u0434\u0430\u043b \u043d\u0435\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439 \u043e\u0442\u0432\u0435\u0442, \u0432\u044b \u043d\u0435\u00a0\u043f\u043e\u0447\u0438\u043d\u0438\u0442\u0435 \u043d\u0438\u043a\u043e\u0433\u0434\u0430, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u0443\u0437\u043d\u0430\u0435\u0442\u0435, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043e\u043d \u0441\u043b\u043e\u043c\u0430\u043d.<\/p>\n

\u0412\u00a0\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0435 \u0441\u00a0FASTA \u0438 FASTQ \u0442\u0430\u043a\u0438\u0445 \u043c\u0435\u0441\u0442 \u043d\u0435\u043f\u0440\u0438\u043b\u0438\u0447\u043d\u043e \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e. \u041f\u043e\u0447\u0442\u0438 \u0432\u0441\u0435 \u043e\u043d\u0438 \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430\u2011\u0442\u043e\u00a0\u0431\u044b\u043b\u0438 \u0437\u0430\u0434\u0443\u043c\u0430\u043d\u044b \u043a\u0430\u043a\u00a0\u0443\u0434\u043e\u0431\u0441\u0442\u0432\u043e.<\/p>\n

\u0412\u043e\u0442 \u0442\u0440\u0438, \u0441\u00a0\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c\u0438 \u044f \u0441\u0442\u0430\u043b\u043a\u0438\u0432\u0430\u043b\u0441\u044f \u0447\u0430\u0449\u0435 \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e.<\/p>\n

\u041f\u0435\u0440\u0432\u043e\u0435.<\/strong> \u0418\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442 \u043f\u0438\u0448\u0435\u0442 FASTQ, \u0430\u00a0\u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0443\u00a0\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438 \u043d\u0435\u0442. \u0412\u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u043e\u043d \u043f\u043e\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0443 \u0438\u0437 I<\/code>. \u0424\u0430\u0439\u043b \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u0430\u043b\u0438\u0434\u043d\u044b\u0439, \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u0434\u043e\u0432\u043e\u043b\u0435\u043d, \u0430\u00a0\u0444\u0438\u043b\u044c\u0442\u0440 \u043f\u043e\u00a0\u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443 \u0434\u0430\u043b\u044c\u0448\u0435 \u043f\u043e\u00a0\u043f\u0430\u0439\u043f\u043b\u0430\u0439\u043d\u0443 \u0432\u0438\u0434\u0438\u0442 \u0438\u0434\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0440\u0438\u0434\u044b \u0438 \u043f\u0440\u043e\u043f\u0443\u0441\u043a\u0430\u0435\u0442 \u0432\u0441\u0451 \u043f\u043e\u0434\u0440\u044f\u0434.<\/p>\n

\u0412\u0442\u043e\u0440\u043e\u0435.<\/strong> R1\u00a0\u0438 R2\u00a0\u0440\u0430\u0437\u044a\u0435\u0445\u0430\u043b\u0438\u0441\u044c: \u043e\u0434\u0438\u043d \u0444\u0430\u0439\u043b \u043e\u0442\u0444\u0438\u043b\u044c\u0442\u0440\u043e\u0432\u0430\u043b\u0438, \u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u0439 \u0437\u0430\u0431\u044b\u043b\u0438. \u041d\u0430\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435 \u0430\u0431\u0441\u043e\u043b\u044e\u0442\u043d\u043e \u043a\u043e\u0440\u0440\u0435\u043a\u0442\u043d\u044b\u0439 FASTQ, \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0440\u0438\u0434\u044b \u0441\u043f\u0430\u0440\u0435\u043d\u044b \u043d\u0435\u00a0\u0441\u00a0\u0442\u0435\u043c\u0438. \u0424\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442 \u043d\u0435\u00a0\u043d\u0430\u0440\u0443\u0448\u0435\u043d \u043d\u0438 \u0432\u00a0\u043e\u0434\u043d\u043e\u043c \u0431\u0430\u0439\u0442\u0435. \u041d\u0438 \u043e\u0434\u0438\u043d \u0432\u0430\u043b\u0438\u0434\u0430\u0442\u043e\u0440 \u043d\u0435\u00a0\u0432\u043e\u0437\u0440\u0430\u0437\u0438\u0442.<\/p>\n

\u0422\u0440\u0435\u0442\u044c\u0435.<\/strong> \u041e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 Phred\u2011\u043a\u043e\u0434\u0438\u0440\u043e\u0432\u043a\u0438 \u043f\u043e\u00a0\u043e\u0431\u0440\u0430\u0437\u0446\u0443, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043e\u0434\u0438\u043d\u0430\u043a\u043e\u0432\u043e \u0445\u043e\u0440\u043e\u0448\u043e \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u0438 \u043f\u043e\u0434\u00a0Phred+33, \u0438 \u043f\u043e\u0434\u00a0Phred+64. \u0418\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442 \u043c\u043e\u043b\u0447\u0430 \u0432\u044b\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u0442 \u0432\u0430\u0440\u0438\u0430\u043d\u0442. \u0418\u043d\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439.<\/p>\n

\u041e\u0431\u0449\u0435\u0435 \u0443\u00a0\u0432\u0441\u0435\u0445 \u0442\u0440\u0451\u0445 \u043e\u0434\u043d\u043e: \u0432\u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u0432\u044b \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0442\u0435 \u043f\u0440\u0430\u0432\u0434\u043e\u043f\u043e\u0434\u043e\u0431\u043d\u044b\u0439 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442. \u0418 \u044d\u0442\u043e \u0445\u0443\u0434\u0448\u0438\u0439 \u0438\u0437\u00a0\u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u044b\u0445 \u0438\u0441\u0445\u043e\u0434\u043e\u0432, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0443 \u0432\u044b\u00a0\u0431\u044b \u0437\u0430\u043c\u0435\u0442\u0438\u043b\u0438.<\/p>\n

\u041f\u043e\u043b\u0433\u043e\u0434\u0430 \u043d\u0430\u0437\u0430\u0434 \u044f \u043d\u0430\u0447\u0430\u043b \u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c fastx<\/code>, \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0443 \u0438 CLI \u0434\u043b\u044f\u00a0FASTA\/FASTQ \u043d\u0430\u00a0Rust. \u041e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u043e\u0435 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0432\u00a0\u043d\u0435\u0439 \u0441\u0444\u043e\u0440\u043c\u0443\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043e \u0442\u0430\u043a: \u0442\u0430\u043c, \u0433\u0434\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u00a0\u043b\u0438\u0431\u043e \u0443\u0433\u0430\u0434\u0430\u0442\u044c,\u00a0\u043b\u0438\u0431\u043e \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u0442\u044c \u043d\u0435\u043e\u0434\u043d\u043e\u0437\u043d\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c, \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u0432\u0430\u0442\u044c \u043d\u0435\u043e\u0434\u043d\u043e\u0437\u043d\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c.<\/p>\n

\u0427\u0442\u043e\u00a0\u044d\u0442\u043e<\/h3>\n

\u041f\u043e\u0442\u043e\u043a\u043e\u0432\u044b\u0439 \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u0438 \u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c FASTA\/FASTQ, \u043f\u043b\u044e\u0441 \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440 \u043e\u043f\u0435\u0440\u0430\u0446\u0438\u0439 \u0432\u043e\u043a\u0440\u0443\u0433 \u043d\u0438\u0445, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043e\u0431\u044b\u0447\u043d\u043e \u043d\u0443\u0436\u043d\u044b \u0432\u00a0\u043e\u0434\u0438\u043d \u0438 \u0442\u043e\u0442\u00a0\u0436\u0435 \u0434\u0435\u043d\u044c: \u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u043d\u044b\u0439 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442, \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043b\u044f\u0446\u0438\u044f, \u0442\u0440\u0438\u043c\u043c\u0438\u043d\u0433 \u043f\u043e\u00a0\u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443, N50, \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0439\u043d\u044b\u0439 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f \u043f\u043e .fai<\/code>, \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430 \u0441\u00a0\u043f\u0430\u0440\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0440\u0438\u0434\u0430\u043c\u0438. \u0415\u0449\u0451 CLI, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 \u0438\u0437\u0431\u044b\u0442\u043e\u0447\u043d\u0430.<\/p>\n

\u041f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 \u043e\u0434\u0438\u043d \u0440\u0430\u0441\u0442\u0443\u0449\u0438\u0439 \u0431\u0443\u0444\u0435\u0440 \u0438 \u043e\u0434\u043d\u0443 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 FASTQ \u043d\u0430 300\u00a0\u0433\u0438\u0433\u0430\u0431\u0430\u0439\u0442 \u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u0440\u043e\u0432\u043d\u043e \u0441\u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e\u00a0\u0436\u0435 \u043f\u0430\u043c\u044f\u0442\u0438, \u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e FASTQ \u043d\u0430 300\u00a0\u0431\u0430\u0439\u0442. read_into<\/code> \u043f\u0435\u0440\u0435\u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c, \u0438 \u0442\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0432\u00a0\u0433\u043e\u0440\u044f\u0447\u0435\u043c \u0446\u0438\u043a\u043b\u0435 \u043d\u0435\u00a0\u043f\u0440\u043e\u0438\u0441\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u043d\u0438 \u043e\u0434\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0430\u043c\u044f\u0442\u0438.<\/p>\n

use fastx::{FastxReader, Sequence};let mut reader = fastx::open(\"reads.fq.gz\")?;let mut record = Sequence::default();let mut bases = 0u64;while reader.read_into(&mut record)? {    bases += record.len() as u64;}<\/code>
<\/a><\/div><\/pre>\n
\u0424\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e\u00a0\u0440\u0430\u0441\u0448\u0438\u0440\u0435\u043d\u0438\u044e \u0438 \u043f\u043e\u00a0\u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u043c \u0431\u0430\u0439\u0442\u0430\u043c, \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e\u00a0gzip \u0441\u00a0\u043d\u0435\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u043c \u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043c \u0442\u043e\u0436\u0435 \u043e\u0442\u043a\u0440\u043e\u0435\u0442\u0441\u044f. \u0412\u043d\u0443\u0442\u0440\u0438 #![forbid(unsafe_code)]<\/code> \u0438 \u0434\u0432\u0435 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0441\u0442\u0438: memchr<\/code> \u0438 flate2<\/code> \u0434\u043b\u044f\u00a0\u0441\u0436\u0430\u0442\u0438\u044f. \u0421 default-features = false<\/code> \u043e\u0441\u0442\u0430\u0451\u0442\u0441\u044f \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e memchr<\/code>.<\/p>\n
\u0417\u0430\u0447\u0435\u043c \u0435\u0449\u0451 \u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440<\/h3>\n
\u0412\u043e\u043f\u0440\u043e\u0441 \u0441\u043f\u0440\u0430\u0432\u0435\u0434\u043b\u0438\u0432\u044b\u0439, \u0432\u00a0Rust \u0443\u0436\u0435 \u0435\u0441\u0442\u044c \u0445\u043e\u0440\u043e\u0448\u0438\u0435 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0438 \u0434\u043b\u044f\u00a0\u044d\u0442\u043e\u0433\u043e. \u041e\u0442\u0432\u0435\u0447\u0443 \u043f\u0440\u044f\u043c\u043e: \u044f \u043d\u0435\u00a0\u0443\u0442\u0432\u0435\u0440\u0436\u0434\u0430\u044e, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435. \u041f\u0430\u0440\u0441\u0438\u043d\u0433 \u0443\u00a0\u0432\u0441\u0435\u0445 \u0443\u043f\u0438\u0440\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u00a0\u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043e\u043a \u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0438\u043d, \u0438 \u043d\u0430\u00a0\u0440\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0430\u0437\u043d\u0438\u0446\u0430 \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 \u043f\u0440\u0438\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f\u043c\u0438 \u0442\u0435\u0440\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430\u00a0\u0444\u043e\u043d\u0435 \u0434\u0438\u0441\u043a\u0430 \u0438 \u0440\u0430\u0441\u043f\u0430\u043a\u043e\u0432\u043a\u0438. \u041c\u0435\u0440\u0438\u0442\u044c, \u043a\u0442\u043e \u043d\u0430\u00a0\u0434\u0435\u0441\u044f\u0442\u044c \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435 \u0442\u0430\u043c, \u0433\u0434\u0435 \u0443\u0437\u043a\u043e\u0435 \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u0432\u00a0\u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u043c \u043c\u0435\u0441\u0442\u0435, \u0437\u0430\u043d\u044f\u0442\u0438\u0435 \u0431\u0435\u0441\u0441\u043c\u044b\u0441\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435.<\/p>\n
\u0423\u043f\u043e\u0440 \u044f \u0434\u0435\u043b\u0430\u043b \u043d\u0430\u00a0\u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0435. \u041d\u0430\u00a0\u0442\u043e, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 \u043d\u0435\u00a0\u043f\u043e\u0440\u0442\u0438\u043b\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043c\u043e\u043b\u0447\u0430, \u0438 \u043d\u0430\u00a0\u0442\u043e, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0432\u043e\u043a\u0440\u0443\u0433 \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440\u0430 \u0441\u0440\u0430\u0437\u0443 \u043b\u0435\u0436\u0430\u043b\u043e \u0442\u043e, \u0437\u0430\u00a0\u0447\u0435\u043c \u043e\u0431\u044b\u0447\u043d\u043e \u0438\u0434\u0451\u0448\u044c \u0432\u00a0\u0441\u043e\u0441\u0435\u0434\u043d\u0438\u0439 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442: .fai<\/code>, \u0441\u043e\u0432\u043c\u0435\u0441\u0442\u0438\u043c\u044b\u0439 \u0441 samtools faidx<\/code> \u0432\u00a0\u043e\u0431\u0435 \u0441\u0442\u043e\u0440\u043e\u043d\u044b, \u043d\u0430\u0441\u0442\u043e\u044f\u0449\u0438\u0439 BGZF \u0441\u00a0seek, \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u043a\u0430 \u043f\u0430\u0440\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0440\u0438\u0434\u043e\u0432, \u0442\u0440\u0438\u043c\u043c\u0438\u043d\u0433, CLI \u043e\u0434\u043d\u0438\u043c \u0431\u0438\u043d\u0430\u0440\u043d\u0438\u043a\u043e\u043c.<\/p>\n
\u0415\u0441\u043b\u0438 \u0432\u0430\u043c \u043d\u0443\u0436\u0435\u043d \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u044b\u0439 \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u0438 \u043e\u0441\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0435 \u0432\u044b \u0434\u0435\u043b\u0430\u0435\u0442\u0435 \u0441\u0430\u043c\u0438, \u0431\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435 \u043b\u044e\u0431\u043e\u0439, \u0440\u0430\u0437\u043d\u0438\u0446\u0430 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043d\u0435\u0432\u0435\u043b\u0438\u043a\u0430.<\/p>\n
\u0420\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u044f, \u043e\u00a0\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0445 \u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u0437\u043d\u0430\u0442\u044c<\/h3>\n
FASTQ \u0440\u0430\u0437\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e\u00a0\u0434\u043b\u0438\u043d\u0435, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u043f\u043e\u00a0\u0441\u0447\u0451\u0442\u0443 \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a.<\/strong> \u041a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0447\u0438\u0442\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0434\u043e\u00a0\u0442\u0435\u0445 \u043f\u043e\u0440, \u043f\u043e\u043a\u0430 \u0435\u0433\u043e \u0434\u043b\u0438\u043d\u0430 \u043d\u0435\u00a0\u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u00a0\u0434\u043b\u0438\u043d\u043e\u0439 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438. \u0418\u0437\u00a0\u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0431\u0435\u0441\u043f\u043b\u0430\u0442\u043d\u043e \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u0435\u0442 \u043f\u043e\u0434\u0434\u0435\u0440\u0436\u043a\u0430 \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e FASTQ \u0438 \u043f\u043e\u043b\u043d\u043e\u0435 \u0431\u0435\u0437\u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u0438\u0435 \u043a\u00a0\u0441\u0438\u043c\u0432\u043e\u043b\u0443 @<\/code> \u0432\u00a0\u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u0435 \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0438 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430, \u043d\u0430\u00a0\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c \u043b\u043e\u043c\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430\u0438\u0432\u043d\u044b\u0439 \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0447\u043d\u044b\u0439 \u0440\u0430\u0437\u0431\u043e\u0440.<\/p>\n
\u041d\u0438\u0447\u0435\u0433\u043e \u043d\u0435\u00a0\u0432\u044b\u0434\u0443\u043c\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f.<\/strong> \u0417\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c FASTQ \u0431\u0435\u0437\u00a0\u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430 \u044d\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0430, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u0432\u044b\u0434\u0443\u043c\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 I<\/code>. \u0417\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c FASTQ\u2011\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438 \u0432\u00a0FASTA\u2011\u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c \u043e\u0442\u0431\u0440\u0430\u0441\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0438\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e \u044d\u0442\u043e \u0438 \u0434\u043e\u043b\u0436\u0435\u043d \u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c fq2fa<\/code>.<\/p>\n
\u041e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043a\u043e\u0434\u0438\u0440\u043e\u0432\u043a\u0438 \u0447\u0435\u0441\u0442\u043d\u043e \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u0451\u0442 \u043d\u0435\u043e\u0434\u043d\u043e\u0437\u043d\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c.<\/strong><\/p>\n
QualityEncoding::detect(sample) \/\/ None, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0437\u0435\u0446 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u0438 \u043f\u043e\u0434 Phred+33, \u0438 \u043f\u043e\u0434 Phred+64<\/code>
<\/a><\/div><\/pre>\n
\u0421\u043c\u0435\u0449\u0435\u043d\u0438\u0435 Phred \u0432\u00a0\u043c\u043e\u0434\u0443\u043b\u0435 qual<\/code> \u0432\u0441\u0435\u0433\u0434\u0430 \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u044f\u0432\u043d\u043e. \u041c\u043d\u0435 \u043a\u0430\u0436\u0435\u0442\u0441\u044f, \u043b\u044e\u0431\u043e\u0435 API, \u0433\u0434\u0435 \u043a\u043e\u0434\u0438\u0440\u043e\u0432\u043a\u0443 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0439\u043d\u043e \u043d\u0435\u00a0\u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c, \u0440\u0430\u043d\u043e \u0438\u043b\u0438\u00a0\u043f\u043e\u0437\u0434\u043d\u043e \u0434\u0430\u0441\u0442 \u043d\u0435\u0432\u0435\u0440\u043d\u044b\u0439 \u043e\u0442\u0432\u0435\u0442.<\/p>\n
\u041d\u0435\u043e\u043f\u043e\u0437\u043d\u0430\u043d\u043d\u044b\u0439 \u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442 \u044d\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0430.<\/strong> \u0415\u0441\u043b\u0438 \u043d\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0448\u0438\u0440\u0435\u043d\u0438\u0435, \u043d\u0438 \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u0431\u0430\u0439\u0442 \u043d\u0435\u00a0\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043b\u0438, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043f\u0435\u0440\u0435\u0434 \u043d\u0430\u043c\u0438, \u0432\u044b \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u0435 Error::UnknownFormat<\/code>, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u0434\u043e\u0433\u0430\u0434\u043a\u0443. \u0424\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442 \u0432\u0441\u0435\u0433\u0434\u0430 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0437\u0430\u0434\u0430\u0442\u044c \u0440\u0443\u043a\u0430\u043c\u0438 \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 ReaderBuilder::format<\/code>.<\/p>\n
\u041e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u043d\u0435\u0441\u0443\u0442 \u043d\u043e\u043c\u0435\u0440 \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0438 \u0438 id \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438.<\/strong> \u0411\u0438\u0442\u0430\u044f \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c \u043d\u0435\u00a0\u043f\u0440\u043e\u043f\u0443\u0441\u043a\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0442\u0438\u0445\u043e, \u043e\u043d\u0430 \u043f\u0440\u0435\u0432\u0440\u0430\u0449\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u00a0\u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0443 \u0441\u00a0\u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u0430\u043c\u0438, \u043f\u043e\u00a0\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u044c \u0438 \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u0433\u043b\u0430\u0437\u0430\u043c\u0438.<\/p>\n
\u0418\u043d\u0434\u0435\u043a\u0441 \u043e\u0442\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043e\u0442\u00a0\u0440\u0432\u0430\u043d\u044b\u0445 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0435\u0439<\/strong>, \u0440\u043e\u0432\u043d\u043e \u043a\u0430\u043a samtools faidx<\/code>: \u043a\u043e\u0440\u043e\u0447\u0435 \u043e\u0441\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442\u00a0\u0431\u044b\u0442\u044c \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u044f\u044f \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0430 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438, \u0434\u043b\u0438\u043d\u043d\u0435\u0435 \u043d\u0435\u00a0\u043c\u043e\u0436\u0435\u0442\u00a0\u0431\u044b\u0442\u044c \u043d\u0438 \u043e\u0434\u043d\u0430.<\/p>\n
\u041f\u0430\u0440\u043d\u044b\u0435 \u0440\u0438\u0434\u044b<\/h3>\n
\u042d\u0442\u043e \u0442\u043e\u0442 \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0439, \u0440\u0430\u0434\u0438 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u0441\u0442\u043e\u0438\u043b\u043e \u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c \u043e\u0442\u0434\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439 \u043c\u043e\u0434\u0443\u043b\u044c.<\/p>\n
R1\u00a0\u0438 R2\u00a0\u043e\u0431\u044f\u0437\u0430\u043d\u044b \u0438\u0434\u0442\u0438 \u0432\u00a0\u043d\u043e\u0433\u0443. \u041a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043e\u043d\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0445\u043e\u0434\u044f\u0442\u0441\u044f, \u0430\u00a0\u0440\u0430\u0441\u0445\u043e\u0434\u044f\u0442\u0441\u044f \u043e\u043d\u0438 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e (\u043e\u0434\u0438\u043d \u0444\u0430\u0439\u043b \u043f\u0440\u043e\u0433\u043d\u0430\u043b\u0438 \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 \u0444\u0438\u043b\u044c\u0442\u0440 \u0431\u0435\u0437\u00a0\u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e, \u0438\u043b\u0438\u00a0\u0444\u0430\u0439\u043b\u044b \u043e\u0442\u0441\u043e\u0440\u0442\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u044b \u043f\u043e\u2011\u0440\u0430\u0437\u043d\u043e\u043c\u0443), \u043d\u0430\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u043e\u0432\u0435\u0440\u0448\u0435\u043d\u043d\u043e \u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439 FASTQ. \u041f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u043f\u0430\u0440\u044b \u0432\u00a0\u043d\u0451\u043c \u043d\u0435\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435. \u0414\u0430\u043b\u044c\u0448\u0435 \u043f\u043e\u00a0\u043f\u0430\u0439\u043f\u043b\u0430\u0439\u043d\u0443 \u043e\u0431\u00a0\u044d\u0442\u043e\u043c \u043d\u0435\u00a0\u0443\u0437\u043d\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0438\u043a\u0442\u043e.<\/p>\n
PairedReader<\/code> \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u044f\u0435\u0442 \u0438\u043c\u0435\u043d\u0430 \u043c\u0435\u0439\u0442\u043e\u0432 \u043d\u0430\u00a0\u043a\u0430\u0436\u0434\u043e\u0439 \u043f\u0430\u0440\u0435, \u0438 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0438\u043d\u0445\u0440\u043e\u043d \u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u0438\u0442\u0441\u044f \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u043e\u0439 \u043d\u0430\u00a0\u043f\u0435\u0440\u0432\u043e\u0439\u00a0\u0436\u0435 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438 \u0432\u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u043d\u0435\u0432\u0435\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0430 \u0432\u00a0\u043a\u043e\u043d\u0446\u0435:<\/p>\n
use fastx::paired::PairedReader;let mut reader = PairedReader::open(\"reads_R1.fq.gz\", \"reads_R2.fq.gz\")?;reader.for_each_pair(|pair| {    assert!(pair.names_match());    Ok(())})?;<\/code>
<\/a><\/div><\/pre>\n
Interleaved\u2011\u0432\u0445\u043e\u0434 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0435\u0442 \u0442\u0430\u043a\u00a0\u0436\u0435, \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 PairedReader::open_interleaved<\/code>. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u0444\u0430\u0439\u043b \u043c\u0435\u0439\u0442\u0430 \u043a\u043e\u043d\u0447\u0438\u043b\u0441\u044f \u0440\u0430\u043d\u044c\u0448\u0435, \u044d\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0430, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u0442\u0438\u0445\u0430\u044f \u043e\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430.<\/p>\n
BGZF, \u0442\u043e \u0435\u0441\u0442\u044c \u0441\u0436\u0430\u0442\u0438\u0435 \u0438 seek \u043e\u0434\u043d\u043e\u0432\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e<\/h3>\n
\u041e\u0431\u044b\u0447\u043d\u044b\u0439 gzip \u044d\u0442\u043e \u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u043e\u0442\u043e\u043a deflate, \u0438 seek \u0432\u00a0\u043d\u0451\u043c \u043d\u0435\u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u0435\u043d \u0432\u00a0\u043f\u0440\u0438\u043d\u0446\u0438\u043f\u0435. BGZF, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u0438\u0448\u0435\u0442 bgzip<\/code>, \u044d\u0442\u043e \u0432\u0430\u043b\u0438\u0434\u043d\u044b\u0439 gzip, \u043d\u0430\u0440\u0435\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043d\u0430\u00a0\u043d\u0435\u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u044b\u0435 \u0431\u043b\u043e\u043a\u0438 \u043f\u043e 64\u00a0KiB, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0441\u00a0\u0438\u043d\u0434\u0435\u043a\u0441\u043e\u043c .gzi<\/code> \u043b\u044e\u0431\u043e\u0435 \u0441\u043c\u0435\u0449\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0451\u0442\u0441\u044f \u043e\u0434\u043d\u0438\u043c \u043f\u0435\u0440\u0435\u0445\u043e\u0434\u043e\u043c.<\/p>\n
\u0421\u0436\u0430\u0442\u044b\u0439 \u0432\u044b\u0432\u043e\u0434 \u0432 fastx<\/code> \u043f\u043e\u00a0\u0443\u043c\u043e\u043b\u0447\u0430\u043d\u0438\u044e BGZF \u0438\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443. BgzfReader<\/code> \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0443\u0435\u0442 Read + Seek<\/code> \u0432\u00a0\u043d\u0435\u0441\u0436\u0430\u0442\u044b\u0445 \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u0430\u0445, \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043f\u043e\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u00a0\u043b\u044e\u0431\u043e\u0439 \u043a\u043e\u0434, \u043e\u0431\u043e\u0431\u0449\u0451\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043f\u043e\u00a0\u044d\u0442\u0438\u043c \u0442\u0440\u0435\u0439\u0442\u0430\u043c. BgzfWriter<\/code> \u043e\u0442\u0434\u0430\u0451\u0442 \u0438\u043d\u0434\u0435\u043a\u0441, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0438\u043b, \u043f\u043e\u043a\u0430 \u043f\u0438\u0441\u0430\u043b:<\/p>\n
use fastx::bgzf::BgzfWriter;let mut writer = BgzfWriter::create(\"reads.fq.gz\")?;writer.write_all(b\"@r\\nACGT\\n+\\nIIII\\n\")?;let (_file, index) = writer.finish_with_index()?;index.write_to_path(\"reads.fq.gz\")?; \/\/ reads.fq.gz.gzi<\/code>
<\/a><\/div><\/pre>\n
\u041e\u0434\u0438\u043d \u0438 \u0442\u043e\u0442\u00a0\u0436\u0435 .fai<\/code> \u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u0444\u0430\u0439\u043b \u043d\u0435\u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e \u043e\u0442\u00a0\u0442\u043e\u0433\u043e, \u0441\u0436\u0430\u0442 \u043e\u043d \u0438\u043b\u0438\u00a0\u043d\u0435\u0442, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0441\u043c\u0435\u0449\u0435\u043d\u0438\u044f \u0432\u00a0\u043d\u0451\u043c \u043d\u0435\u0441\u0436\u0430\u0442\u044b\u0435.<\/p>\n
\u0413\u0440\u0430\u043d\u0438\u0446\u044b \u0431\u043b\u043e\u043a\u043e\u0432 \u0441\u0442\u043e\u044f\u0442 \u043d\u0435\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441\u0436\u0430\u0442\u0438\u044f: FASTQ \u043d\u0430 81\u00a0MiB \u0432\u044b\u0448\u0435\u043b \u043d\u0430 4.9% \u043a\u0440\u0443\u043f\u043d\u0435\u0435, \u0447\u0435\u043c \u043f\u0440\u0438\u00a0\u043e\u0431\u044b\u0447\u043d\u043e\u043c gzip \u043d\u0430\u00a0\u0442\u043e\u043c\u00a0\u0436\u0435 \u0443\u0440\u043e\u0432\u043d\u0435. \u0412\u0437\u0430\u043c\u0435\u043d \u0432\u044b \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0442\u0435 \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0439\u043d\u044b\u0439 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u044b\u0447\u043d\u044b\u0439 gzip \u043d\u0435\u00a0\u0434\u0430\u0441\u0442 \u043d\u0438 \u0437\u0430\u00a0\u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u0434\u0435\u043d\u044c\u0433\u0438. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u043e\u043d \u0432\u0441\u0451\u2011\u0442\u0430\u043a\u0438 \u043d\u0435\u00a0\u043d\u0443\u0436\u0435\u043d, \u0435\u0441\u0442\u044c Compression::Gzip<\/code>.<\/p>\n
\u041f\u0440\u043e\u00a0\u0441\u043a\u043e\u0440\u043e\u0441\u0442\u044c, \u0447\u0435\u0441\u0442\u043d\u043e<\/h3>\n
\u041c\u0438\u043a\u0440\u043e\u0431\u0435\u043d\u0447\u043c\u0430\u0440\u043a\u0438 \u043d\u0430\u00a0\u043d\u043e\u0443\u0442\u0431\u0443\u043a\u0435 (Windows 11, x86-64, release, \u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u043e\u0442\u043e\u043a, \u043c\u0435\u0434\u0438\u0430\u043d\u0430 \u0438\u0437 100\u00a0\u0437\u0430\u043c\u0435\u0440\u043e\u0432):<\/p>\n
\n
\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n
\n
\u0447\u0442\u043e\u00a0\u0438\u0437\u043c\u0435\u0440\u044f\u043b\u043e\u0441\u044c<\/p>\n<\/th>\n
\n
\u0441\u043a\u043e\u0440\u043e\u0441\u0442\u044c<\/p>\n<\/th>\n<\/tr>\n
\n
\u0447\u0442\u0435\u043d\u0438\u0435 FASTQ, \u0440\u0438\u0434\u044b 150\u00a0bp, read_into<\/code><\/p>\n<\/td>\n
\n
~1.0\u00a0GiB\/s<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u0447\u0442\u0435\u043d\u0438\u0435 FASTQ, \u0438\u0442\u0435\u0440\u0430\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c (\u0430\u043b\u043b\u043e\u043a\u0430\u0446\u0438\u044f \u043d\u0430\u00a0\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c)<\/p>\n<\/td>\n
\n
~620\u00a0MiB\/s<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u0447\u0442\u0435\u043d\u0438\u0435 FASTA, \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438 10\u00a0kb, \u043f\u0435\u0440\u0435\u043d\u043e\u0441 \u043f\u043e 60<\/p>\n<\/td>\n
\n
~1.8\u00a0GiB\/s<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c FASTQ<\/p>\n<\/td>\n
\n
~1.4\u00a0GiB\/s<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u043d\u044b\u0439 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442<\/p>\n<\/td>\n
\n
~1.3\u00a0GiB\/s<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043b\u044f\u0446\u0438\u044f<\/p>\n<\/td>\n
\n
~330\u00a0MiB\/s<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<\/div>\n<\/div>\n
\u0410\u0431\u0441\u043e\u043b\u044e\u0442\u043d\u044b\u0435 \u0447\u0438\u0441\u043b\u0430 \u0443\u00a0\u0432\u0430\u0441 \u0431\u0443\u0434\u0443\u0442 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u043c\u0438, \u0432\u043e\u0441\u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 cargo bench<\/code>. \u0418\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u0430 \u0442\u0443\u0442 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0440\u0430\u0437\u043d\u0438\u0446\u0430 \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u043c\u0438 \u0434\u0432\u0443\u043c\u044f \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0430\u043c\u0438, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0435\u0434\u0438\u043d\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435, \u0447\u0435\u043c \u043e\u043d\u0438 \u043e\u0442\u043b\u0438\u0447\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f, \u044d\u0442\u043e \u043e\u0434\u043d\u0430 \u0430\u043b\u043b\u043e\u043a\u0430\u0446\u0438\u044f \u043d\u0430\u00a0\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c.<\/p>\n
\u0410\u00a0\u0442\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0442\u043e, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u0435\u0435 \u043b\u044e\u0431\u043e\u0433\u043e \u043c\u0438\u043a\u0440\u043e\u0431\u0435\u043d\u0447\u043c\u0430\u0440\u043a\u0430. \u0421\u043a\u0432\u043e\u0437\u043d\u043e\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0433\u043e\u043d \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 CLI \u043d\u0430\u00a0FASTQ \u0440\u0430\u0437\u043c\u0435\u0440\u043e\u043c 81\u00a0MiB (250 000\u00a0\u0440\u0438\u0434\u043e\u0432 \u043f\u043e 150\u00a0bp):<\/p>\n
\n
\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n
\n
\u044d\u0442\u0430\u043f<\/p>\n<\/th>\n
\n
\u0432\u0440\u0435\u043c\u044f<\/p>\n<\/th>\n
\n
\u043a\u043e\u043c\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0440\u0438\u0439<\/p>\n<\/th>\n<\/tr>\n
\n
\u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0440\u0430\u0437\u0431\u043e\u0440<\/p>\n<\/td>\n
\n
0.12\u20130.21\u00a0\u0441<\/p>\n<\/td>\n
\n
400\u2013700\u00a0MiB\/s<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u0440\u0430\u0437\u0431\u043e\u0440 \u0438 \u0441\u0442\u0430\u0442\u0438\u0441\u0442\u0438\u043a\u0430<\/p>\n<\/td>\n
\n
0.27\u20130.41\u00a0\u0441<\/p>\n<\/td>\n
\n
\u0441\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432 \u0438 \u0433\u0438\u0441\u0442\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u0440\u0430\u0437\u0431\u043e\u0440 \u0438 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c \u0431\u0435\u0437\u00a0\u0441\u0436\u0430\u0442\u0438\u044f<\/p>\n<\/td>\n
\n
~0.25\u00a0\u0441<\/p>\n<\/td>\n
\n
\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u0447\u0442\u0435\u043d\u0438\u0435 gzip<\/p>\n<\/td>\n
\n
+0.6\u20130.8\u00a0\u0441<\/p>\n<\/td>\n
\n
\u0440\u0430\u0441\u043f\u0430\u043a\u043e\u0432\u043a\u0430, \u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u043e\u0442\u043e\u043a<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c gzip, \u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c 6<\/strong><\/p>\n<\/td>\n
\n
10.7\u201318.6\u00a0\u0441<\/strong><\/p>\n<\/td>\n
\n
38.9\u00a0MB \u043d\u0430\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c gzip, \u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c 1<\/strong><\/p>\n<\/td>\n
\n
2.8\u00a0\u0441<\/strong><\/p>\n<\/td>\n
\n
42.2\u00a0MB \u043d\u0430\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<\/div>\n<\/div>\n
\u0420\u0430\u0437\u0431\u0440\u043e\u0441 \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 \u043f\u0440\u043e\u0433\u043e\u043d\u0430\u043c\u0438 \u043d\u0430\u00a0\u044d\u0442\u043e\u043c \u043d\u043e\u0443\u0442\u0431\u0443\u043a\u0435 \u0448\u0438\u0440\u043e\u043a\u0438\u0439, \u043d\u0430\u00a0\u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0430\u0445 \u0441\u00a0gzip \u0434\u043e 1.7\u00a0\u0440\u0430\u0437\u0430, \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0434\u0438\u0430\u043f\u0430\u0437\u043e\u043d\u044b \u044d\u0442\u043e \u0438\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e \u0434\u0438\u0430\u043f\u0430\u0437\u043e\u043d\u044b. \u041f\u0430\u0440\u0430 \u00ab\u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c 1\u00a0\u043f\u0440\u043e\u0442\u0438\u0432 \u0443\u0440\u043e\u0432\u043d\u044f 6\u00bb \u043c\u0435\u0440\u044f\u043b\u0430\u0441\u044c \u0432\u00a0\u043e\u0434\u043d\u043e\u043c \u043f\u0440\u043e\u0433\u043e\u043d\u0435, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0441\u043e\u043e\u0442\u043d\u043e\u0448\u0435\u043d\u0438\u0435 6.5x \u0437\u0434\u0435\u0441\u044c \u0435\u0434\u0438\u043d\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435 \u0447\u0438\u0441\u043b\u043e, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c\u0443 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u044c \u0431\u0435\u0437\u00a0\u043e\u0433\u043e\u0432\u043e\u0440\u043e\u043a.<\/p>\n
\u041e\u0442\u0441\u044e\u0434\u0430 \u0434\u0432\u0430 \u0432\u044b\u0432\u043e\u0434\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0438\u0442\u044c.<\/p>\n
\u041f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439: \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u043d\u0435\u00a0\u0432\u0430\u0448\u0435 \u0443\u0437\u043a\u043e\u0435 \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e.<\/strong> \u041d\u0430 700\u00a0MiB\/s \u043e\u043d\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435 \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0438\u043d\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0434\u0438\u0441\u043a\u043e\u0432 \u0438 \u043f\u043e\u0447\u0442\u0438 \u043b\u044e\u0431\u043e\u0439 \u0441\u0435\u0442\u0438. \u041e\u043f\u0442\u0438\u043c\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0435\u0433\u043e \u0434\u0430\u043b\u044c\u0448\u0435 \u0431\u0435\u0441\u0441\u043c\u044b\u0441\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e, \u0432\u044b \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442\u0435\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435 \u0436\u0434\u0430\u0442\u044c \u0434\u0438\u0441\u043a.<\/p>\n
\u0412\u0442\u043e\u0440\u043e\u0439: \u0443\u0437\u043a\u043e\u0435 \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u044d\u0442\u043e \u043a\u043e\u043c\u043f\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044f, \u0438 \u0440\u044b\u0447\u0430\u0433 \u0442\u0443\u0442 \u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c.<\/strong> \u0423\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c 1\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435 \u0448\u0435\u0441\u0442\u043e\u0433\u043e \u0432 6.5\u00a0\u0440\u0430\u0437\u0430 \u043f\u0440\u0438\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435 \u043d\u0430 8% \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0435. \u0414\u043b\u044f\u00a0\u043f\u0440\u043e\u043c\u0435\u0436\u0443\u0442\u043e\u0447\u043d\u044b\u0445 \u0444\u0430\u0439\u043b\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0442\u0443\u0442\u00a0\u0436\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0447\u0438\u0442\u0430\u0435\u0442 \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0430\u044f \u0441\u0442\u0430\u0434\u0438\u044f \u043f\u0430\u0439\u043f\u043b\u0430\u0439\u043d\u0430, \u0448\u0435\u0441\u0442\u043e\u0439 \u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c \u044d\u0442\u043e \u0447\u0438\u0441\u0442\u0430\u044f \u043f\u043e\u0442\u0435\u0440\u044f \u0432\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u0438.<\/p>\n
\u0427\u0435\u0433\u043e \u0442\u0443\u0442 \u043d\u0435\u0442<\/h3>\n
\u042d\u0442\u043e \u043d\u0435\u00a0\u0444\u0440\u0435\u0439\u043c\u0432\u043e\u0440\u043a \u0434\u043b\u044f\u00a0\u0431\u0438\u043e\u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0438. \u041d\u0435\u0442 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u043d\u0435\u0442 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b \u0441\u00a0SAM\/BAM\/VCF, \u043d\u0435\u0442 \u043d\u0438\u0447\u0435\u0433\u043e \u043f\u0440\u043e\u00a0\u0441\u0431\u043e\u0440\u043a\u0443. \u0422\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0438 \u0442\u043e, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0434\u0435\u043b\u0430\u044e\u0442 \u0441\u00a0\u043d\u0438\u043c\u0438 \u0432\u00a0\u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u0434\u0435\u043d\u044c.<\/p>\n
\u0411\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0433\u043e\u0434\u0430, \u0432\u00a0\u0440\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0431\u043e\u0435\u0432\u044b\u0445 \u043f\u0430\u0439\u043f\u043b\u0430\u0439\u043d\u0430\u0445 \u043e\u043d\u0430 \u043d\u0435\u00a0\u043e\u0431\u043a\u0430\u0442\u0430\u043d\u0430. \u0422\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432 164\u00a0\u0448\u0442\u0443\u043a\u0438 (\u044e\u043d\u0438\u0442, \u0438\u043d\u0442\u0435\u0433\u0440\u0430\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u044b\u0435, CLI \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 \u043d\u0430\u0441\u0442\u043e\u044f\u0449\u0438\u0439 \u0431\u0438\u043d\u0430\u0440\u043d\u0438\u043a, property, doc), CI \u043d\u0430\u00a0Linux, macOS \u0438 Windows, cargo deny<\/code> \u043d\u0430\u00a0\u043b\u0438\u0446\u0435\u043d\u0437\u0438\u0438 \u0438 RUSTSEC, \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u043a\u0430 MSRV \u0438 \u043a\u043e\u0440\u043e\u0442\u043a\u0438\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0433\u043e\u043d \u0444\u0430\u0437\u0437\u0438\u043d\u0433\u0430. \u0412 SECURITY.md<\/code> \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u043e, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0432\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0435 \u0444\u0430\u0439\u043b\u044b \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0432\u0440\u0430\u0436\u0434\u0435\u0431\u043d\u044b\u043c\u0438, \u0430\u00a0\u0442\u0438\u0445\u043e \u043d\u0435\u0432\u0435\u0440\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0443\u044f\u0437\u0432\u0438\u043c\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u043d\u0430\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435 \u0441\u00a0\u043f\u0430\u043d\u0438\u043a\u043e\u0439. \u041d\u043e\u00a0\u0442\u0435\u0441\u0442\u044b \u044d\u0442\u043e \u043d\u0435\u00a0\u0442\u043e\u00a0\u0436\u0435 \u0441\u0430\u043c\u043e\u0435, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0433\u043e\u0434\u044b \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u0438 \u044f \u044d\u0442\u043e \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u044e.<\/p>\n
\u0415\u0441\u043b\u0438 \u043d\u0430\u0439\u0434\u0451\u0442\u0435 \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e, \u0433\u0434\u0435 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 \u043c\u043e\u043b\u0447\u0430 \u0434\u0435\u043b\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0435\u00a0\u0442\u043e, \u044f \u0431\u0443\u0434\u0443 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0442\u044c \u044d\u0442\u043e \u0431\u0430\u0433\u043e\u043c, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u043c\u0435\u043b\u043e\u0447\u044c\u044e. \u041f\u0438\u0448\u0438\u0442\u0435 \u0432\u00a0issues.<\/p>\n
\u0421\u0441\u044b\u043b\u043a\u0438<\/h3>\n
\u041a\u043e\u0434: github.com\/ScioFuturum\/fastx<\/a> \u0414\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u044f: docs.rs\/fastx<\/a>\u00a0\u041b\u0438\u0446\u0435\u043d\u0437\u0438\u044f \u0434\u0432\u043e\u0439\u043d\u0430\u044f, MIT \u0438\u043b\u0438\u00a0Apache-2.0. MSRV 1.74.<\/p>\n
toml<\/p>\n
[dependencies]fastx-io = \"0.1\"<\/code>
<\/a><\/div><\/pre>\n
cargo install fastx-io<\/code>
<\/a><\/div><\/pre>\n<\/div>\n
\u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 https:\/\/habr.com\/ru\/articles\/1067930\/<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
\u0421\u043a\u0440\u0438\u043f\u0442, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u0443\u043f\u0430\u043b, \u0432\u044b \u043f\u043e\u0447\u0438\u043d\u0438\u0442\u0435 \u0437\u0430\u00a0\u043f\u044f\u0442\u044c \u043c\u0438\u043d\u0443\u0442. \u0421\u043a\u0440\u0438\u043f\u0442, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043e\u0442\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u043b \u043c\u043e\u043b\u0447\u0430 \u0438 \u0432\u044b\u0434\u0430\u043b \u043d\u0435\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439 \u043e\u0442\u0432\u0435\u0442, \u0432\u044b \u043d\u0435\u00a0\u043f\u043e\u0447\u0438\u043d\u0438\u0442\u0435 \u043d\u0438\u043a\u043e\u0433\u0434\u0430, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u0443\u0437\u043d\u0430\u0435\u0442\u0435, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043e\u043d \u0441\u043b\u043e\u043c\u0430\u043d.\u0412\u00a0\u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0435 \u0441\u00a0FASTA \u0438 FASTQ \u0442\u0430\u043a\u0438\u0445 \u043c\u0435\u0441\u0442 \u043d\u0435\u043f\u0440\u0438\u043b\u0438\u0447\u043d\u043e \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e. \u041f\u043e\u0447\u0442\u0438 \u0432\u0441\u0435 \u043e\u043d\u0438 \u043a\u043e\u0433\u0434\u0430\u2011\u0442\u043e\u00a0\u0431\u044b\u043b\u0438 \u0437\u0430\u0434\u0443\u043c\u0430\u043d\u044b \u043a\u0430\u043a\u00a0\u0443\u0434\u043e\u0431\u0441\u0442\u0432\u043e.\u0412\u043e\u0442 \u0442\u0440\u0438, \u0441\u00a0\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c\u0438 \u044f \u0441\u0442\u0430\u043b\u043a\u0438\u0432\u0430\u043b\u0441\u044f \u0447\u0430\u0449\u0435 \u0432\u0441\u0435\u0433\u043e.\u041f\u0435\u0440\u0432\u043e\u0435. \u0418\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442 \u043f\u0438\u0448\u0435\u0442 FASTQ, \u0430\u00a0\u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0443\u00a0\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438 \u043d\u0435\u0442. \u0412\u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u043e\u043d \u043f\u043e\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442 \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0443 \u0438\u0437 I. \u0424\u0430\u0439\u043b \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u0430\u043b\u0438\u0434\u043d\u044b\u0439, \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u0434\u043e\u0432\u043e\u043b\u0435\u043d, \u0430\u00a0\u0444\u0438\u043b\u044c\u0442\u0440 \u043f\u043e\u00a0\u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443 \u0434\u0430\u043b\u044c\u0448\u0435 \u043f\u043e\u00a0\u043f\u0430\u0439\u043f\u043b\u0430\u0439\u043d\u0443 \u0432\u0438\u0434\u0438\u0442 \u0438\u0434\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435 \u0440\u0438\u0434\u044b \u0438 \u043f\u0440\u043e\u043f\u0443\u0441\u043a\u0430\u0435\u0442 \u0432\u0441\u0451 \u043f\u043e\u0434\u0440\u044f\u0434.\u0412\u0442\u043e\u0440\u043e\u0435. R1\u00a0\u0438 R2\u00a0\u0440\u0430\u0437\u044a\u0435\u0445\u0430\u043b\u0438\u0441\u044c: \u043e\u0434\u0438\u043d \u0444\u0430\u0439\u043b \u043e\u0442\u0444\u0438\u043b\u044c\u0442\u0440\u043e\u0432\u0430\u043b\u0438, \u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u0439 \u0437\u0430\u0431\u044b\u043b\u0438. \u041d\u0430\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435 \u0430\u0431\u0441\u043e\u043b\u044e\u0442\u043d\u043e \u043a\u043e\u0440\u0440\u0435\u043a\u0442\u043d\u044b\u0439 FASTQ, \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0440\u0438\u0434\u044b \u0441\u043f\u0430\u0440\u0435\u043d\u044b \u043d\u0435\u00a0\u0441\u00a0\u0442\u0435\u043c\u0438. \u0424\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442 \u043d\u0435\u00a0\u043d\u0430\u0440\u0443\u0448\u0435\u043d \u043d\u0438 \u0432\u00a0\u043e\u0434\u043d\u043e\u043c \u0431\u0430\u0439\u0442\u0435. \u041d\u0438 \u043e\u0434\u0438\u043d \u0432\u0430\u043b\u0438\u0434\u0430\u0442\u043e\u0440 \u043d\u0435\u00a0\u0432\u043e\u0437\u0440\u0430\u0437\u0438\u0442.\u0422\u0440\u0435\u0442\u044c\u0435. \u041e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 Phred\u2011\u043a\u043e\u0434\u0438\u0440\u043e\u0432\u043a\u0438 \u043f\u043e\u00a0\u043e\u0431\u0440\u0430\u0437\u0446\u0443, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043e\u0434\u0438\u043d\u0430\u043a\u043e\u0432\u043e \u0445\u043e\u0440\u043e\u0448\u043e \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u0438 \u043f\u043e\u0434\u00a0Phred+33, \u0438 \u043f\u043e\u0434\u00a0Phred+64. \u0418\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442 \u043c\u043e\u043b\u0447\u0430 \u0432\u044b\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u0442 \u0432\u0430\u0440\u0438\u0430\u043d\u0442. \u0418\u043d\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439.\u041e\u0431\u0449\u0435\u0435 \u0443\u00a0\u0432\u0441\u0435\u0445 \u0442\u0440\u0451\u0445 \u043e\u0434\u043d\u043e: \u0432\u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u0432\u044b \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0442\u0435 \u043f\u0440\u0430\u0432\u0434\u043e\u043f\u043e\u0434\u043e\u0431\u043d\u044b\u0439 \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442. \u0418 \u044d\u0442\u043e \u0445\u0443\u0434\u0448\u0438\u0439 \u0438\u0437\u00a0\u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u044b\u0445 \u0438\u0441\u0445\u043e\u0434\u043e\u0432, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0443 \u0432\u044b\u00a0\u0431\u044b \u0437\u0430\u043c\u0435\u0442\u0438\u043b\u0438.\u041f\u043e\u043b\u0433\u043e\u0434\u0430 \u043d\u0430\u0437\u0430\u0434 \u044f \u043d\u0430\u0447\u0430\u043b \u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c fastx, \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0443 \u0438 CLI \u0434\u043b\u044f\u00a0FASTA\/FASTQ \u043d\u0430\u00a0Rust. \u041e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u043e\u0435 \u0440\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0432\u00a0\u043d\u0435\u0439 \u0441\u0444\u043e\u0440\u043c\u0443\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u043e \u0442\u0430\u043a: \u0442\u0430\u043c, \u0433\u0434\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u00a0\u043b\u0438\u0431\u043e \u0443\u0433\u0430\u0434\u0430\u0442\u044c,\u00a0\u043b\u0438\u0431\u043e \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u0442\u044c \u043d\u0435\u043e\u0434\u043d\u043e\u0437\u043d\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c, \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u0432\u0430\u0442\u044c \u043d\u0435\u043e\u0434\u043d\u043e\u0437\u043d\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c.\u0427\u0442\u043e\u00a0\u044d\u0442\u043e\u041f\u043e\u0442\u043e\u043a\u043e\u0432\u044b\u0439 \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u0438 \u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c FASTA\/FASTQ, \u043f\u043b\u044e\u0441 \u043d\u0430\u0431\u043e\u0440 \u043e\u043f\u0435\u0440\u0430\u0446\u0438\u0439 \u0432\u043e\u043a\u0440\u0443\u0433 \u043d\u0438\u0445, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u043e\u0431\u044b\u0447\u043d\u043e \u043d\u0443\u0436\u043d\u044b \u0432\u00a0\u043e\u0434\u0438\u043d \u0438 \u0442\u043e\u0442\u00a0\u0436\u0435 \u0434\u0435\u043d\u044c: \u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u043d\u044b\u0439 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442, \u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043b\u044f\u0446\u0438\u044f, \u0442\u0440\u0438\u043c\u043c\u0438\u043d\u0433 \u043f\u043e\u00a0\u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443, N50, \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0439\u043d\u044b\u0439 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f \u043f\u043e .fai, \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430 \u0441\u00a0\u043f\u0430\u0440\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0440\u0438\u0434\u0430\u043c\u0438. \u0415\u0449\u0451 CLI, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 \u0438\u0437\u0431\u044b\u0442\u043e\u0447\u043d\u0430.\u041f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 \u043e\u0434\u0438\u043d \u0440\u0430\u0441\u0442\u0443\u0449\u0438\u0439 \u0431\u0443\u0444\u0435\u0440 \u0438 \u043e\u0434\u043d\u0443 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 FASTQ \u043d\u0430 300\u00a0\u0433\u0438\u0433\u0430\u0431\u0430\u0439\u0442 \u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u0440\u043e\u0432\u043d\u043e \u0441\u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e\u00a0\u0436\u0435 \u043f\u0430\u043c\u044f\u0442\u0438, \u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e FASTQ \u043d\u0430 300\u00a0\u0431\u0430\u0439\u0442. read_into \u043f\u0435\u0440\u0435\u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c, \u0438 \u0442\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0432\u00a0\u0433\u043e\u0440\u044f\u0447\u0435\u043c \u0446\u0438\u043a\u043b\u0435 \u043d\u0435\u00a0\u043f\u0440\u043e\u0438\u0441\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u043d\u0438 \u043e\u0434\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f \u043f\u0430\u043c\u044f\u0442\u0438.use fastx::{FastxReader, Sequence};let mut reader = fastx::open(«reads.fq.gz»)?;let mut record = Sequence::default();let mut bases = 0u64;while reader.read_into(&mut record)? {    bases += record.len() as u64;}\u0424\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442 \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e\u00a0\u0440\u0430\u0441\u0448\u0438\u0440\u0435\u043d\u0438\u044e \u0438 \u043f\u043e\u00a0\u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u043c \u0431\u0430\u0439\u0442\u0430\u043c, \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e\u00a0gzip \u0441\u00a0\u043d\u0435\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u043c \u0438\u043c\u0435\u043d\u0435\u043c \u0442\u043e\u0436\u0435 \u043e\u0442\u043a\u0440\u043e\u0435\u0442\u0441\u044f. \u0412\u043d\u0443\u0442\u0440\u0438 #![forbid(unsafe_code)] \u0438 \u0434\u0432\u0435 \u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e\u0441\u0442\u0438: memchr \u0438 flate2 \u0434\u043b\u044f\u00a0\u0441\u0436\u0430\u0442\u0438\u044f. \u0421 default-features = false \u043e\u0441\u0442\u0430\u0451\u0442\u0441\u044f \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e memchr.\u0417\u0430\u0447\u0435\u043c \u0435\u0449\u0451 \u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440\u0412\u043e\u043f\u0440\u043e\u0441 \u0441\u043f\u0440\u0430\u0432\u0435\u0434\u043b\u0438\u0432\u044b\u0439, \u0432\u00a0Rust \u0443\u0436\u0435 \u0435\u0441\u0442\u044c \u0445\u043e\u0440\u043e\u0448\u0438\u0435 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0438 \u0434\u043b\u044f\u00a0\u044d\u0442\u043e\u0433\u043e. \u041e\u0442\u0432\u0435\u0447\u0443 \u043f\u0440\u044f\u043c\u043e: \u044f \u043d\u0435\u00a0\u0443\u0442\u0432\u0435\u0440\u0436\u0434\u0430\u044e, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435. \u041f\u0430\u0440\u0441\u0438\u043d\u0433 \u0443\u00a0\u0432\u0441\u0435\u0445 \u0443\u043f\u0438\u0440\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u00a0\u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u043e\u0440\u044f\u0434\u043e\u043a \u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0438\u043d, \u0438 \u043d\u0430\u00a0\u0440\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0430\u0437\u043d\u0438\u0446\u0430 \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 \u043f\u0440\u0438\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u043c\u0438 \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u044f\u043c\u0438 \u0442\u0435\u0440\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430\u00a0\u0444\u043e\u043d\u0435 \u0434\u0438\u0441\u043a\u0430 \u0438 \u0440\u0430\u0441\u043f\u0430\u043a\u043e\u0432\u043a\u0438. \u041c\u0435\u0440\u0438\u0442\u044c, \u043a\u0442\u043e \u043d\u0430\u00a0\u0434\u0435\u0441\u044f\u0442\u044c \u043f\u0440\u043e\u0446\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435 \u0442\u0430\u043c, \u0433\u0434\u0435 \u0443\u0437\u043a\u043e\u0435 \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u0432\u00a0\u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u043c \u043c\u0435\u0441\u0442\u0435, \u0437\u0430\u043d\u044f\u0442\u0438\u0435 \u0431\u0435\u0441\u0441\u043c\u044b\u0441\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435.\u0423\u043f\u043e\u0440 \u044f \u0434\u0435\u043b\u0430\u043b \u043d\u0430\u00a0\u0434\u0440\u0443\u0433\u043e\u0435. \u041d\u0430\u00a0\u0442\u043e, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 \u043d\u0435\u00a0\u043f\u043e\u0440\u0442\u0438\u043b\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u043c\u043e\u043b\u0447\u0430, \u0438 \u043d\u0430\u00a0\u0442\u043e, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0432\u043e\u043a\u0440\u0443\u0433 \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440\u0430 \u0441\u0440\u0430\u0437\u0443 \u043b\u0435\u0436\u0430\u043b\u043e \u0442\u043e, \u0437\u0430\u00a0\u0447\u0435\u043c \u043e\u0431\u044b\u0447\u043d\u043e \u0438\u0434\u0451\u0448\u044c \u0432\u00a0\u0441\u043e\u0441\u0435\u0434\u043d\u0438\u0439 \u0438\u043d\u0441\u0442\u0440\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442: .fai, \u0441\u043e\u0432\u043c\u0435\u0441\u0442\u0438\u043c\u044b\u0439 \u0441 samtools faidx \u0432\u00a0\u043e\u0431\u0435 \u0441\u0442\u043e\u0440\u043e\u043d\u044b, \u043d\u0430\u0441\u0442\u043e\u044f\u0449\u0438\u0439 BGZF \u0441\u00a0seek, \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u043a\u0430 \u043f\u0430\u0440\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0440\u0438\u0434\u043e\u0432, \u0442\u0440\u0438\u043c\u043c\u0438\u043d\u0433, CLI \u043e\u0434\u043d\u0438\u043c \u0431\u0438\u043d\u0430\u0440\u043d\u0438\u043a\u043e\u043c.\u0415\u0441\u043b\u0438 \u0432\u0430\u043c \u043d\u0443\u0436\u0435\u043d \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u044b\u0439 \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u0438 \u043e\u0441\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0435 \u0432\u044b \u0434\u0435\u043b\u0430\u0435\u0442\u0435 \u0441\u0430\u043c\u0438, \u0431\u0435\u0440\u0438\u0442\u0435 \u043b\u044e\u0431\u043e\u0439, \u0440\u0430\u0437\u043d\u0438\u0446\u0430 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043d\u0435\u0432\u0435\u043b\u0438\u043a\u0430.\u0420\u0435\u0448\u0435\u043d\u0438\u044f, \u043e\u00a0\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0445 \u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u0437\u043d\u0430\u0442\u044cFASTQ \u0440\u0430\u0437\u0431\u0438\u0440\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043f\u043e\u00a0\u0434\u043b\u0438\u043d\u0435, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u043f\u043e\u00a0\u0441\u0447\u0451\u0442\u0443 \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a. \u041a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0447\u0438\u0442\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0434\u043e\u00a0\u0442\u0435\u0445 \u043f\u043e\u0440, \u043f\u043e\u043a\u0430 \u0435\u0433\u043e \u0434\u043b\u0438\u043d\u0430 \u043d\u0435\u00a0\u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u00a0\u0434\u043b\u0438\u043d\u043e\u0439 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438. \u0418\u0437\u00a0\u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0431\u0435\u0441\u043f\u043b\u0430\u0442\u043d\u043e \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u0435\u0442 \u043f\u043e\u0434\u0434\u0435\u0440\u0436\u043a\u0430 \u043c\u043d\u043e\u0433\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0447\u043d\u043e\u0433\u043e FASTQ \u0438 \u043f\u043e\u043b\u043d\u043e\u0435 \u0431\u0435\u0437\u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u0438\u0435 \u043a\u00a0\u0441\u0438\u043c\u0432\u043e\u043b\u0443 @ \u0432\u00a0\u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u0435 \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0438 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430, \u043d\u0430\u00a0\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c \u043b\u043e\u043c\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043d\u0430\u0438\u0432\u043d\u044b\u0439 \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0447\u043d\u044b\u0439 \u0440\u0430\u0437\u0431\u043e\u0440.\u041d\u0438\u0447\u0435\u0433\u043e \u043d\u0435\u00a0\u0432\u044b\u0434\u0443\u043c\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f. \u0417\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c FASTQ \u0431\u0435\u0437\u00a0\u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430 \u044d\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0430, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u0432\u044b\u0434\u0443\u043c\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 I. \u0417\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c FASTQ\u2011\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438 \u0432\u00a0FASTA\u2011\u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c \u043e\u0442\u0431\u0440\u0430\u0441\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0438\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e \u044d\u0442\u043e \u0438 \u0434\u043e\u043b\u0436\u0435\u043d \u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c fq2fa.\u041e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u0435\u043d\u0438\u0435 \u043a\u043e\u0434\u0438\u0440\u043e\u0432\u043a\u0438 \u0447\u0435\u0441\u0442\u043d\u043e \u043f\u0440\u0438\u0437\u043d\u0430\u0451\u0442 \u043d\u0435\u043e\u0434\u043d\u043e\u0437\u043d\u0430\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c.QualityEncoding::detect(sample) \/\/ None, \u0435\u0441\u043b\u0438 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0437\u0435\u0446 \u043f\u043e\u0434\u0445\u043e\u0434\u0438\u0442 \u0438 \u043f\u043e\u0434 Phred+33, \u0438 \u043f\u043e\u0434 Phred+64\u0421\u043c\u0435\u0449\u0435\u043d\u0438\u0435 Phred \u0432\u00a0\u043c\u043e\u0434\u0443\u043b\u0435 qual \u0432\u0441\u0435\u0433\u0434\u0430 \u0443\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u044f\u0432\u043d\u043e. \u041c\u043d\u0435 \u043a\u0430\u0436\u0435\u0442\u0441\u044f, \u043b\u044e\u0431\u043e\u0435 API, \u0433\u0434\u0435 \u043a\u043e\u0434\u0438\u0440\u043e\u0432\u043a\u0443 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0439\u043d\u043e \u043d\u0435\u00a0\u0443\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c, \u0440\u0430\u043d\u043e \u0438\u043b\u0438\u00a0\u043f\u043e\u0437\u0434\u043d\u043e \u0434\u0430\u0441\u0442 \u043d\u0435\u0432\u0435\u0440\u043d\u044b\u0439 \u043e\u0442\u0432\u0435\u0442.\u041d\u0435\u043e\u043f\u043e\u0437\u043d\u0430\u043d\u043d\u044b\u0439 \u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442 \u044d\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0430. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u043d\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0448\u0438\u0440\u0435\u043d\u0438\u0435, \u043d\u0438 \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u0431\u0430\u0439\u0442 \u043d\u0435\u00a0\u0441\u043a\u0430\u0437\u0430\u043b\u0438, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043f\u0435\u0440\u0435\u0434 \u043d\u0430\u043c\u0438, \u0432\u044b \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0438\u0442\u0435 Error::UnknownFormat, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u0434\u043e\u0433\u0430\u0434\u043a\u0443. \u0424\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442 \u0432\u0441\u0435\u0433\u0434\u0430 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0437\u0430\u0434\u0430\u0442\u044c \u0440\u0443\u043a\u0430\u043c\u0438 \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 ReaderBuilder::format.\u041e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0438 \u043d\u0435\u0441\u0443\u0442 \u043d\u043e\u043c\u0435\u0440 \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0438 \u0438 id \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438. \u0411\u0438\u0442\u0430\u044f \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c \u043d\u0435\u00a0\u043f\u0440\u043e\u043f\u0443\u0441\u043a\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0442\u0438\u0445\u043e, \u043e\u043d\u0430 \u043f\u0440\u0435\u0432\u0440\u0430\u0449\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u00a0\u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0443 \u0441\u00a0\u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u0430\u043c\u0438, \u043f\u043e\u00a0\u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u043c \u0444\u0430\u0439\u043b \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043e\u0442\u043a\u0440\u044b\u0442\u044c \u0438 \u043f\u043e\u0441\u043c\u043e\u0442\u0440\u0435\u0442\u044c \u0433\u043b\u0430\u0437\u0430\u043c\u0438.\u0418\u043d\u0434\u0435\u043a\u0441 \u043e\u0442\u043a\u0430\u0437\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043e\u0442\u00a0\u0440\u0432\u0430\u043d\u044b\u0445 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0435\u0439, \u0440\u043e\u0432\u043d\u043e \u043a\u0430\u043a samtools faidx: \u043a\u043e\u0440\u043e\u0447\u0435 \u043e\u0441\u0442\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u043c\u043e\u0436\u0435\u0442\u00a0\u0431\u044b\u0442\u044c \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043d\u044f\u044f \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0430 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438, \u0434\u043b\u0438\u043d\u043d\u0435\u0435 \u043d\u0435\u00a0\u043c\u043e\u0436\u0435\u0442\u00a0\u0431\u044b\u0442\u044c \u043d\u0438 \u043e\u0434\u043d\u0430.\u041f\u0430\u0440\u043d\u044b\u0435 \u0440\u0438\u0434\u044b\u042d\u0442\u043e \u0442\u043e\u0442 \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0439, \u0440\u0430\u0434\u0438 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u0441\u0442\u043e\u0438\u043b\u043e \u043f\u0438\u0441\u0430\u0442\u044c \u043e\u0442\u0434\u0435\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439 \u043c\u043e\u0434\u0443\u043b\u044c.R1\u00a0\u0438 R2\u00a0\u043e\u0431\u044f\u0437\u0430\u043d\u044b \u0438\u0434\u0442\u0438 \u0432\u00a0\u043d\u043e\u0433\u0443. \u041a\u043e\u0433\u0434\u0430 \u043e\u043d\u0438 \u0440\u0430\u0441\u0445\u043e\u0434\u044f\u0442\u0441\u044f, \u0430\u00a0\u0440\u0430\u0441\u0445\u043e\u0434\u044f\u0442\u0441\u044f \u043e\u043d\u0438 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u043e (\u043e\u0434\u0438\u043d \u0444\u0430\u0439\u043b \u043f\u0440\u043e\u0433\u043d\u0430\u043b\u0438 \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 \u0444\u0438\u043b\u044c\u0442\u0440 \u0431\u0435\u0437\u00a0\u0432\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e, \u0438\u043b\u0438\u00a0\u0444\u0430\u0439\u043b\u044b \u043e\u0442\u0441\u043e\u0440\u0442\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u043d\u044b \u043f\u043e\u2011\u0440\u0430\u0437\u043d\u043e\u043c\u0443), \u043d\u0430\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0441\u043e\u0432\u0435\u0440\u0448\u0435\u043d\u043d\u043e \u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u0439 FASTQ. \u041f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u043f\u0430\u0440\u044b \u0432\u00a0\u043d\u0451\u043c \u043d\u0435\u043f\u0440\u0430\u0432\u0438\u043b\u044c\u043d\u044b\u0435. \u0414\u0430\u043b\u044c\u0448\u0435 \u043f\u043e\u00a0\u043f\u0430\u0439\u043f\u043b\u0430\u0439\u043d\u0443 \u043e\u0431\u00a0\u044d\u0442\u043e\u043c \u043d\u0435\u00a0\u0443\u0437\u043d\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0438\u043a\u0442\u043e.PairedReader \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u044f\u0435\u0442 \u0438\u043c\u0435\u043d\u0430 \u043c\u0435\u0439\u0442\u043e\u0432 \u043d\u0430\u00a0\u043a\u0430\u0436\u0434\u043e\u0439 \u043f\u0430\u0440\u0435, \u0438 \u0440\u0430\u0441\u0441\u0438\u043d\u0445\u0440\u043e\u043d \u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u0438\u0442\u0441\u044f \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u043e\u0439 \u043d\u0430\u00a0\u043f\u0435\u0440\u0432\u043e\u0439\u00a0\u0436\u0435 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438 \u0432\u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u043d\u0435\u0432\u0435\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u043e\u0442\u0432\u0435\u0442\u0430 \u0432\u00a0\u043a\u043e\u043d\u0446\u0435:use fastx::paired::PairedReader;let mut reader = PairedReader::open(«reads_R1.fq.gz», «reads_R2.fq.gz»)?;reader.for_each_pair(|pair| {    assert!(pair.names_match());    Ok(())})?;Interleaved\u2011\u0432\u0445\u043e\u0434 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0430\u0435\u0442 \u0442\u0430\u043a\u00a0\u0436\u0435, \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 PairedReader::open_interleaved. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u0444\u0430\u0439\u043b \u043c\u0435\u0439\u0442\u0430 \u043a\u043e\u043d\u0447\u0438\u043b\u0441\u044f \u0440\u0430\u043d\u044c\u0448\u0435, \u044d\u0442\u043e \u043e\u0448\u0438\u0431\u043a\u0430, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u0442\u0438\u0445\u0430\u044f \u043e\u0441\u0442\u0430\u043d\u043e\u0432\u043a\u0430.BGZF, \u0442\u043e \u0435\u0441\u0442\u044c \u0441\u0436\u0430\u0442\u0438\u0435 \u0438 seek \u043e\u0434\u043d\u043e\u0432\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e\u041e\u0431\u044b\u0447\u043d\u044b\u0439 gzip \u044d\u0442\u043e \u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u043e\u0442\u043e\u043a deflate, \u0438 seek \u0432\u00a0\u043d\u0451\u043c \u043d\u0435\u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u0435\u043d \u0432\u00a0\u043f\u0440\u0438\u043d\u0446\u0438\u043f\u0435. BGZF, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u0438\u0448\u0435\u0442 bgzip, \u044d\u0442\u043e \u0432\u0430\u043b\u0438\u0434\u043d\u044b\u0439 gzip, \u043d\u0430\u0440\u0435\u0437\u0430\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043d\u0430\u00a0\u043d\u0435\u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u044b\u0435 \u0431\u043b\u043e\u043a\u0438 \u043f\u043e 64\u00a0KiB, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0441\u00a0\u0438\u043d\u0434\u0435\u043a\u0441\u043e\u043c .gzi \u043b\u044e\u0431\u043e\u0435 \u0441\u043c\u0435\u0449\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0430\u0451\u0442\u0441\u044f \u043e\u0434\u043d\u0438\u043c \u043f\u0435\u0440\u0435\u0445\u043e\u0434\u043e\u043c.\u0421\u0436\u0430\u0442\u044b\u0439 \u0432\u044b\u0432\u043e\u0434 \u0432 fastx \u043f\u043e\u00a0\u0443\u043c\u043e\u043b\u0447\u0430\u043d\u0438\u044e BGZF \u0438\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443. BgzfReader \u0440\u0435\u0430\u043b\u0438\u0437\u0443\u0435\u0442 Read + Seek \u0432\u00a0\u043d\u0435\u0441\u0436\u0430\u0442\u044b\u0445 \u043a\u043e\u043e\u0440\u0434\u0438\u043d\u0430\u0442\u0430\u0445, \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043f\u043e\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432\u00a0\u043b\u044e\u0431\u043e\u0439 \u043a\u043e\u0434, \u043e\u0431\u043e\u0431\u0449\u0451\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043f\u043e\u00a0\u044d\u0442\u0438\u043c \u0442\u0440\u0435\u0439\u0442\u0430\u043c. BgzfWriter \u043e\u0442\u0434\u0430\u0451\u0442 \u0438\u043d\u0434\u0435\u043a\u0441, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0439 \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0438\u043b, \u043f\u043e\u043a\u0430 \u043f\u0438\u0441\u0430\u043b:use fastx::bgzf::BgzfWriter;let mut writer = BgzfWriter::create(«reads.fq.gz»)?;writer.write_all(b»@r\\nACGT\\n+\\nIIII\\n»)?;let (_file, index) = writer.finish_with_index()?;index.write_to_path(«reads.fq.gz»)?; \/\/ reads.fq.gz.gzi\u041e\u0434\u0438\u043d \u0438 \u0442\u043e\u0442\u00a0\u0436\u0435 .fai \u043e\u043f\u0438\u0441\u044b\u0432\u0430\u0435\u0442 \u0444\u0430\u0439\u043b \u043d\u0435\u0437\u0430\u0432\u0438\u0441\u0438\u043c\u043e \u043e\u0442\u00a0\u0442\u043e\u0433\u043e, \u0441\u0436\u0430\u0442 \u043e\u043d \u0438\u043b\u0438\u00a0\u043d\u0435\u0442, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0441\u043c\u0435\u0449\u0435\u043d\u0438\u044f \u0432\u00a0\u043d\u0451\u043c \u043d\u0435\u0441\u0436\u0430\u0442\u044b\u0435.\u0413\u0440\u0430\u043d\u0438\u0446\u044b \u0431\u043b\u043e\u043a\u043e\u0432 \u0441\u0442\u043e\u044f\u0442 \u043d\u0435\u043c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441\u0436\u0430\u0442\u0438\u044f: FASTQ \u043d\u0430 81\u00a0MiB \u0432\u044b\u0448\u0435\u043b \u043d\u0430 4.9% \u043a\u0440\u0443\u043f\u043d\u0435\u0435, \u0447\u0435\u043c \u043f\u0440\u0438\u00a0\u043e\u0431\u044b\u0447\u043d\u043e\u043c gzip \u043d\u0430\u00a0\u0442\u043e\u043c\u00a0\u0436\u0435 \u0443\u0440\u043e\u0432\u043d\u0435. \u0412\u0437\u0430\u043c\u0435\u043d \u0432\u044b \u043f\u043e\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435\u0442\u0435 \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0439\u043d\u044b\u0439 \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u0433\u043e \u043e\u0431\u044b\u0447\u043d\u044b\u0439 gzip \u043d\u0435\u00a0\u0434\u0430\u0441\u0442 \u043d\u0438 \u0437\u0430\u00a0\u043a\u0430\u043a\u0438\u0435 \u0434\u0435\u043d\u044c\u0433\u0438. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u043e\u043d \u0432\u0441\u0451\u2011\u0442\u0430\u043a\u0438 \u043d\u0435\u00a0\u043d\u0443\u0436\u0435\u043d, \u0435\u0441\u0442\u044c Compression::Gzip.\u041f\u0440\u043e\u00a0\u0441\u043a\u043e\u0440\u043e\u0441\u0442\u044c, \u0447\u0435\u0441\u0442\u043d\u043e\u041c\u0438\u043a\u0440\u043e\u0431\u0435\u043d\u0447\u043c\u0430\u0440\u043a\u0438 \u043d\u0430\u00a0\u043d\u043e\u0443\u0442\u0431\u0443\u043a\u0435 (Windows 11, x86-64, release, \u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u043e\u0442\u043e\u043a, \u043c\u0435\u0434\u0438\u0430\u043d\u0430 \u0438\u0437 100\u00a0\u0437\u0430\u043c\u0435\u0440\u043e\u0432):\u0447\u0442\u043e\u00a0\u0438\u0437\u043c\u0435\u0440\u044f\u043b\u043e\u0441\u044c\u0441\u043a\u043e\u0440\u043e\u0441\u0442\u044c\u0447\u0442\u0435\u043d\u0438\u0435 FASTQ, \u0440\u0438\u0434\u044b 150\u00a0bp, read_into~1.0\u00a0GiB\/s\u0447\u0442\u0435\u043d\u0438\u0435 FASTQ, \u0438\u0442\u0435\u0440\u0430\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c (\u0430\u043b\u043b\u043e\u043a\u0430\u0446\u0438\u044f \u043d\u0430\u00a0\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c)~620\u00a0MiB\/s\u0447\u0442\u0435\u043d\u0438\u0435 FASTA, \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0438 10\u00a0kb, \u043f\u0435\u0440\u0435\u043d\u043e\u0441 \u043f\u043e 60~1.8\u00a0GiB\/s\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c FASTQ~1.4\u00a0GiB\/s\u043e\u0431\u0440\u0430\u0442\u043d\u044b\u0439 \u043a\u043e\u043c\u043f\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442~1.3\u00a0GiB\/s\u0442\u0440\u0430\u043d\u0441\u043b\u044f\u0446\u0438\u044f~330\u00a0MiB\/s\u0410\u0431\u0441\u043e\u043b\u044e\u0442\u043d\u044b\u0435 \u0447\u0438\u0441\u043b\u0430 \u0443\u00a0\u0432\u0430\u0441 \u0431\u0443\u0434\u0443\u0442 \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u043c\u0438, \u0432\u043e\u0441\u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u0441\u044f \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 cargo bench. \u0418\u043d\u0442\u0435\u0440\u0435\u0441\u043d\u0430 \u0442\u0443\u0442 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0440\u0430\u0437\u043d\u0438\u0446\u0430 \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 \u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u043c\u0438 \u0434\u0432\u0443\u043c\u044f \u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0430\u043c\u0438, \u043f\u043e\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0435\u0434\u0438\u043d\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435, \u0447\u0435\u043c \u043e\u043d\u0438 \u043e\u0442\u043b\u0438\u0447\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f, \u044d\u0442\u043e \u043e\u0434\u043d\u0430 \u0430\u043b\u043b\u043e\u043a\u0430\u0446\u0438\u044f \u043d\u0430\u00a0\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c.\u0410\u00a0\u0442\u0435\u043f\u0435\u0440\u044c \u0442\u043e, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u0435\u0435 \u043b\u044e\u0431\u043e\u0433\u043e \u043c\u0438\u043a\u0440\u043e\u0431\u0435\u043d\u0447\u043c\u0430\u0440\u043a\u0430. \u0421\u043a\u0432\u043e\u0437\u043d\u043e\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0433\u043e\u043d \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 CLI \u043d\u0430\u00a0FASTQ \u0440\u0430\u0437\u043c\u0435\u0440\u043e\u043c 81\u00a0MiB (250 000\u00a0\u0440\u0438\u0434\u043e\u0432 \u043f\u043e 150\u00a0bp):\u044d\u0442\u0430\u043f\u0432\u0440\u0435\u043c\u044f\u043a\u043e\u043c\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0440\u0438\u0439\u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0440\u0430\u0437\u0431\u043e\u04400.12\u20130.21\u00a0\u0441400\u2013700\u00a0MiB\/s\u0440\u0430\u0437\u0431\u043e\u0440 \u0438 \u0441\u0442\u0430\u0442\u0438\u0441\u0442\u0438\u043a\u04300.27\u20130.41\u00a0\u0441\u0441\u043e\u0441\u0442\u0430\u0432 \u0438 \u0433\u0438\u0441\u0442\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0430\u0440\u0430\u0437\u0431\u043e\u0440 \u0438 \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c \u0431\u0435\u0437\u00a0\u0441\u0436\u0430\u0442\u0438\u044f~0.25\u00a0\u0441\u0447\u0442\u0435\u043d\u0438\u0435 gzip+0.6\u20130.8\u00a0\u0441\u0440\u0430\u0441\u043f\u0430\u043a\u043e\u0432\u043a\u0430, \u043e\u0434\u0438\u043d \u043f\u043e\u0442\u043e\u043a\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c gzip, \u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c 610.7\u201318.6\u00a0\u044138.9\u00a0MB \u043d\u0430\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435\u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u044c gzip, \u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c 12.8\u00a0\u044142.2\u00a0MB \u043d\u0430\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435\u0420\u0430\u0437\u0431\u0440\u043e\u0441 \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 \u043f\u0440\u043e\u0433\u043e\u043d\u0430\u043c\u0438 \u043d\u0430\u00a0\u044d\u0442\u043e\u043c \u043d\u043e\u0443\u0442\u0431\u0443\u043a\u0435 \u0448\u0438\u0440\u043e\u043a\u0438\u0439, \u043d\u0430\u00a0\u0441\u0442\u0440\u043e\u043a\u0430\u0445 \u0441\u00a0gzip \u0434\u043e 1.7\u00a0\u0440\u0430\u0437\u0430, \u0442\u0430\u043a \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0434\u0438\u0430\u043f\u0430\u0437\u043e\u043d\u044b \u044d\u0442\u043e \u0438\u043c\u0435\u043d\u043d\u043e \u0434\u0438\u0430\u043f\u0430\u0437\u043e\u043d\u044b. \u041f\u0430\u0440\u0430 \u00ab\u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c 1\u00a0\u043f\u0440\u043e\u0442\u0438\u0432 \u0443\u0440\u043e\u0432\u043d\u044f 6\u00bb \u043c\u0435\u0440\u044f\u043b\u0430\u0441\u044c \u0432\u00a0\u043e\u0434\u043d\u043e\u043c \u043f\u0440\u043e\u0433\u043e\u043d\u0435, \u043f\u043e\u044d\u0442\u043e\u043c\u0443 \u0441\u043e\u043e\u0442\u043d\u043e\u0448\u0435\u043d\u0438\u0435 6.5x \u0437\u0434\u0435\u0441\u044c \u0435\u0434\u0438\u043d\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435 \u0447\u0438\u0441\u043b\u043e, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u043e\u043c\u0443 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u0432\u0435\u0440\u0438\u0442\u044c \u0431\u0435\u0437\u00a0\u043e\u0433\u043e\u0432\u043e\u0440\u043e\u043a.\u041e\u0442\u0441\u044e\u0434\u0430 \u0434\u0432\u0430 \u0432\u044b\u0432\u043e\u0434\u0430, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0441\u0442\u043e\u0438\u0442 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0435\u043d\u0438\u0442\u044c.\u041f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439: \u043f\u0430\u0440\u0441\u0435\u0440 \u043d\u0435\u00a0\u0432\u0430\u0448\u0435 \u0443\u0437\u043a\u043e\u0435 \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e. \u041d\u0430 700\u00a0MiB\/s \u043e\u043d\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435 \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0438\u043d\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0434\u0438\u0441\u043a\u043e\u0432 \u0438 \u043f\u043e\u0447\u0442\u0438 \u043b\u044e\u0431\u043e\u0439 \u0441\u0435\u0442\u0438. \u041e\u043f\u0442\u0438\u043c\u0438\u0437\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0435\u0433\u043e \u0434\u0430\u043b\u044c\u0448\u0435 \u0431\u0435\u0441\u0441\u043c\u044b\u0441\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e, \u0432\u044b \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442\u0435\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435 \u0436\u0434\u0430\u0442\u044c \u0434\u0438\u0441\u043a.\u0412\u0442\u043e\u0440\u043e\u0439: \u0443\u0437\u043a\u043e\u0435 \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e \u044d\u0442\u043e \u043a\u043e\u043c\u043f\u0440\u0435\u0441\u0441\u0438\u044f, \u0438 \u0440\u044b\u0447\u0430\u0433 \u0442\u0443\u0442 \u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c. \u0423\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c 1\u00a0\u0431\u044b\u0441\u0442\u0440\u0435\u0435 \u0448\u0435\u0441\u0442\u043e\u0433\u043e \u0432 6.5\u00a0\u0440\u0430\u0437\u0430 \u043f\u0440\u0438\u00a0\u0432\u044b\u0445\u043e\u0434\u0435 \u043d\u0430 8% \u0431\u043e\u043b\u044c\u0448\u0435. \u0414\u043b\u044f\u00a0\u043f\u0440\u043e\u043c\u0435\u0436\u0443\u0442\u043e\u0447\u043d\u044b\u0445 \u0444\u0430\u0439\u043b\u043e\u0432, \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u044b\u0435 \u0442\u0443\u0442\u00a0\u0436\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0447\u0438\u0442\u0430\u0435\u0442 \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0430\u044f \u0441\u0442\u0430\u0434\u0438\u044f \u043f\u0430\u0439\u043f\u043b\u0430\u0439\u043d\u0430, \u0448\u0435\u0441\u0442\u043e\u0439 \u0443\u0440\u043e\u0432\u0435\u043d\u044c \u044d\u0442\u043e \u0447\u0438\u0441\u0442\u0430\u044f \u043f\u043e\u0442\u0435\u0440\u044f \u0432\u0440\u0435\u043c\u0435\u043d\u0438.\u0427\u0435\u0433\u043e \u0442\u0443\u0442 \u043d\u0435\u0442\u042d\u0442\u043e \u043d\u0435\u00a0\u0444\u0440\u0435\u0439\u043c\u0432\u043e\u0440\u043a \u0434\u043b\u044f\u00a0\u0431\u0438\u043e\u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0438. \u041d\u0435\u0442 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u043d\u0435\u0442 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u044b \u0441\u00a0SAM\/BAM\/VCF, \u043d\u0435\u0442 \u043d\u0438\u0447\u0435\u0433\u043e \u043f\u0440\u043e\u00a0\u0441\u0431\u043e\u0440\u043a\u0443. \u0422\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0438 \u0442\u043e, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0434\u0435\u043b\u0430\u044e\u0442 \u0441\u00a0\u043d\u0438\u043c\u0438 \u0432\u00a0\u043f\u0435\u0440\u0432\u044b\u0439 \u0434\u0435\u043d\u044c.\u0411\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0435 \u043f\u043e\u043b\u0433\u043e\u0434\u0430, \u0432\u00a0\u0440\u0435\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u0445 \u0431\u043e\u0435\u0432\u044b\u0445 \u043f\u0430\u0439\u043f\u043b\u0430\u0439\u043d\u0430\u0445 \u043e\u043d\u0430 \u043d\u0435\u00a0\u043e\u0431\u043a\u0430\u0442\u0430\u043d\u0430. \u0422\u0435\u0441\u0442\u043e\u0432 164\u00a0\u0448\u0442\u0443\u043a\u0438 (\u044e\u043d\u0438\u0442, \u0438\u043d\u0442\u0435\u0433\u0440\u0430\u0446\u0438\u043e\u043d\u043d\u044b\u0435, CLI \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 \u043d\u0430\u0441\u0442\u043e\u044f\u0449\u0438\u0439 \u0431\u0438\u043d\u0430\u0440\u043d\u0438\u043a, property, doc), CI \u043d\u0430\u00a0Linux, macOS \u0438 Windows, cargo deny \u043d\u0430\u00a0\u043b\u0438\u0446\u0435\u043d\u0437\u0438\u0438 \u0438 RUSTSEC, \u043f\u0440\u043e\u0432\u0435\u0440\u043a\u0430 MSRV \u0438 \u043a\u043e\u0440\u043e\u0442\u043a\u0438\u0439 \u043f\u0440\u043e\u0433\u043e\u043d \u0444\u0430\u0437\u0437\u0438\u043d\u0433\u0430. \u0412 SECURITY.md \u0437\u0430\u043f\u0438\u0441\u0430\u043d\u043e, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0432\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0435 \u0444\u0430\u0439\u043b\u044b \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0432\u0440\u0430\u0436\u0434\u0435\u0431\u043d\u044b\u043c\u0438, \u0430\u00a0\u0442\u0438\u0445\u043e \u043d\u0435\u0432\u0435\u0440\u043d\u044b\u0435 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0443\u044f\u0437\u0432\u0438\u043c\u043e\u0441\u0442\u044c\u044e \u043d\u0430\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435 \u0441\u00a0\u043f\u0430\u043d\u0438\u043a\u043e\u0439. \u041d\u043e\u00a0\u0442\u0435\u0441\u0442\u044b \u044d\u0442\u043e \u043d\u0435\u00a0\u0442\u043e\u00a0\u0436\u0435 \u0441\u0430\u043c\u043e\u0435, \u0447\u0442\u043e\u00a0\u0433\u043e\u0434\u044b \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f, \u0438 \u044f \u044d\u0442\u043e \u043f\u043e\u043d\u0438\u043c\u0430\u044e.\u0415\u0441\u043b\u0438 \u043d\u0430\u0439\u0434\u0451\u0442\u0435 \u043c\u0435\u0441\u0442\u043e, \u0433\u0434\u0435 \u0431\u0438\u0431\u043b\u0438\u043e\u0442\u0435\u043a\u0430 \u043c\u043e\u043b\u0447\u0430 \u0434\u0435\u043b\u0430\u0435\u0442 \u043d\u0435\u00a0\u0442\u043e, \u044f \u0431\u0443\u0434\u0443 \u0441\u0447\u0438\u0442\u0430\u0442\u044c \u044d\u0442\u043e \u0431\u0430\u0433\u043e\u043c, \u0430\u00a0\u043d\u0435\u00a0\u043c\u0435\u043b\u043e\u0447\u044c\u044e. \u041f\u0438\u0448\u0438\u0442\u0435 \u0432\u00a0issues.\u0421\u0441\u044b\u043b\u043a\u0438\u041a\u043e\u0434: github.com\/ScioFuturum\/fastx \u0414\u043e\u043a\u0443\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u0446\u0438\u044f: docs.rs\/fastx\u00a0\u041b\u0438\u0446\u0435\u043d\u0437\u0438\u044f \u0434\u0432\u043e\u0439\u043d\u0430\u044f, MIT \u0438\u043b\u0438\u00a0Apache-2.0. MSRV 1.74.toml[dependencies]fastx-io = «0.1»cargo install fastx-io\u0441\u0441\u044b\u043b\u043a\u0430 \u043d\u0430 \u043e\u0440\u0438\u0433\u0438\u043d\u0430\u043b \u0441\u0442\u0430\u0442\u044c\u0438 https:\/\/habr.com\/ru\/articles\/1067930\/<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-490152","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/490152","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=490152"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/490152\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=490152"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=490152"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/savepearlharbor.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=490152"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}