В первой части:
- визуализация сетей: зачем? каким образом?
- параметры визуализации
- best practices — эстетика и производительность
- форматы данных и подготовка
- описание наборов данных, которые используются в примерах
- начало работы с igraph
В этой части: цвета и шрифты в графиках R.
Краткое введение I: цвета в графиках R
Цвета — это красиво, но куда важнее то, что они помогают различать типы объектов, градации свойства. В большинстве функций R можно использовать названия цветов, RGB или шестнадцатеричные значения. В простом базовом графике R ниже x и y — координаты точек, pch — символ для обозначения точек, cex — размер точки и col — цвет. Чтобы узнать, какие бывают параметры для построения графиков в R, выполните команду ?par.
plot(x=1:10, y=rep(5,10), pch=19, cex=3, col="dark red") points(x=1:10, y=rep(6, 10), pch=19, cex=3, col="557799") points(x=1:10, y=rep(4, 10), pch=19, cex=3, col=rgb(.25, .5, .3)) 
Как видно, RGB здесь варьируется от 0 до 1. Это настройка по умолчанию для R, но можно установить и диапазон от 0 до 255, используя команду rgb(10, 100, 100, maxColorValue=255).
Можно установить прозрачность элемента, используя параметр alpha (от 0 до 1):
plot(x=1:5, y=rep(5,5), pch=19, cex=12, col=rgb(.25, .5, .3, alpha=.5), xlim=c(0,6)) 
Если используется шестнадцатеричное представление цвета, можно установить коэффициент прозрачности, используя adjustcolor из пакета grDevices. Ради интереса также покрасим фон графика в серый с помощью функции par() для установки настроек графики.
par(bg="gray40") col.tr <- grDevices::adjustcolor("557799", alpha=0.7) plot(x=1:5, y=rep(5,5), pch=19, cex=12, col=col.tr, xlim=c(0,6)) 
Если вы планируете использовать встроенные названия цветов, вот как можно получить их все:
colors() # List all named colors grep("blue", colors(), value=T) # Colors that have "blue" in the name В большинстве случаев нам нужно или несколько контрастных цветов, или оттенки одного цвета. В R есть встроенная функция палитры, которая может это сгенерировать. Например:
pal1 <- heat.colors(5, alpha=1) # 5 colors from the heat palette, opaque pal2 <- rainbow(5, alpha=.5) # 5 colors from the heat palette, transparent plot(x=1:10, y=1:10, pch=19, cex=5, col=pal1) 
plot(x=1:10, y=1:10, pch=19, cex=5, col=pal2) 
Мы также можем создавать свои собственные градиенты с помощью colorRampPalette. Обратите внимание, что colorRampPalette возвращает функцию, которую можно использовать для генерации стольких цветов из этой палитры, сколько нужно.
palf <- colorRampPalette(c("gray80", "dark red")) plot(x=10:1, y=1:10, pch=19, cex=5, col=palf(10)) 
Чтобы добавить прозрачность в colorRampPalette, нужно использовать параметр alpha=TRUE:
palf <- colorRampPalette(c(rgb(1,1,1, .2),rgb(.8,0,0, .7)), alpha=TRUE) plot(x=10:1, y=1:10, pch=19, cex=5, col=palf(10)) 
Нахождение хорошей комбинации цветов — непростая задача, при этом встроенные палитры R довольно ограничены. К счастью, эту проблему решают и другие пакеты:
# If you don't have R ColorBrewer already, you will need to install it: install.packages("RColorBrewer") library(RColorBrewer) display.brewer.all() В этом пакете одна главная функция — brewer.pal. Для того, чтобы ей воспользоваться, нужно только выбрать необходимую палитру и количество цветов. Давайте взглянем на некоторые палитры RColorBrewer:
display.brewer.pal(8, "Set3") 
display.brewer.pal(8, "Spectral") 
display.brewer.pal(8, "Blues") 
Использование палитр RColorBrewer в графах:
pal3 <- brewer.pal(10, "Set3") plot(x=10:1, y=10:1, pch=19, cex=4, col=pal3) 
Краткое введение II: шрифты в графиках R
Использование разных шрифтов в графиках R может потребовать определенных усилий. Это особенно актуально для пользователей Windows, пользователи Mac и Linux, скорее всего, могут благополучно пропустить этот раздел.
Для того, чтобы импортировать шрифты из ОС в R, воспользуемся пакетом extrafont:
install.packages("extrafont") library(extrafont) # Import system fonts - may take a while. font_import() fonts() # See what font families are available to you now. loadfonts(device = "win") # use device = "pdf" for pdf plot output. Теперь шрифты доступны, и можно делать что-то такое:
library(extrafont) plot(net, vertex.size=30) plot(net, vertex.size=30, vertex.label.family="Arial Black" ) 
Когда вы сохраняете графики как PDF-файлы, тоже можно установить шрифты:
# First you may have to let R know where to find ghostscript on your machine: Sys.setenv(R_GSCMD = "C:/Program Files/gs/gs9.10/bin/gswin64c.exe") # pdf() will send all the plots we output before dev.off() to a pdf file: pdf(file="ArialBlack.pdf") plot(net, vertex.size=30, vertex.label.family="Arial Black" ) dev.off() embed_fonts("ArialBlack.pdf", outfile="ArialBlack_embed.pdf") ссылка на оригинал статьи http://habrahabr.ru/post/263947/
Добавить комментарий