Как многие помнят, я работаю в лаборатории, где мы работаем с живыми и не очень организмами. Науку двигаем, короче. Обычно вперед. Иногда в качестве образцов нам достаются мертвые обезьяны, ткани которых потом идут на экспериментальные задачи. Выглядит обычно это крайне жизнерадостно. Раздается звонок в 11 часов вечера, и тебе сообщают, что в питомнике обезьянка убилась. Почти не поврежденная, соседи только сердце съели. Вздыхаем, лезем в расписание рейсов и едешь в аэропорт. На месте тебе выдают нужные запчасти убиенной и складывают в прозрачный контейнер с консервационным раствором. В аэропорт с этим тащиться уже нельзя, так как ограничен провоз жидкостей. Идем на ж/д вокзал на экспресс до Краснодара. Милые девушки на контроле как правило приобретают восхитительный салатовый оттенок при виде медленно кружащихся органов в нежно-розовом растворе.
В-общем, привезли, нарезали все, что нужно ломтиками, покрасили… Но тут оказывается, что полученные исходники нужно обработать и посчитать в автоматическом режиме… Сразу хочу уточнить, что я врач-исследователь, а не профессиональный программист или математик. Поэтому, если что-то покажется ошибочным — буду рад правкам.
Формулируем задачу
Итак, в наличии есть серия срезов окрашенных двумя красителями. Голубоватый — гематоксилин Майера, коричневый — DAB хромаген. На этой иллюстрации пищевод обезьяны, а коричневым окрашены маркеры на панкератин. В принципе, это неважно. Главное, что у нас есть два красителя, которые могут одновременно окрашивать одни и те же структуры. Красить нужно одновременно обоими, иначе непонятно строение среза. Беда в том, что часто для подсчета объектов или определения площади структур с положительной реакцией на антитело нам нужно иметь изображение, где присутствует только один из пигментов. То есть задача может быть сформулирована примерно как "разделить обратно смесь кетчупа с майонезом". И здесь в игру вступает алгоритм цветовой деконволюции.
Цветовая деконволюция
Я постараюсь не влезать в глубокие дебри математики, так как сам с трудом ее понимаю. Цвет пикселя на изображении микропрепарата определяется спектром поглощения света в этой точке. Спектр поглощения соответственно зависит от того, какой пигмент поглощает свет. Однако, у нас неприятная ситуация, когда в одной точке одновременно присутствуют условный синий и коричневый краситель. То есть их спектры накладываются друг на друга.
I — значение интенсивности для данной длины волны. с — концентрация красителя, бета — коэффициент пропорциональности, который зависит от физических свойств данного вещества. То есть, по факту, нам нужно оценить тот вклад который вносит каждый из красителей в красный, зеленый и синий каналы пикселя. Для нашей задачи мы использовали алгоритм A.C. Ruifrok в модификации G. Landini, который написал плагин для открытого ПО ImageJ. ImageJ — софт для пакетной обработки изображения, написанный на Java. Крайне гибкий, позволяет обмазывать его самыми различными плагинами и писать под него скрипты. Сами мы ленивые, пусть за нас машина тонны изображений перемалывает. Но для начала нужно дать ей образцы, относительно которых нужно производить разделение.
Образцы получаем с помощью моноокрашивания срезов. Получаем таким образом RGB цвет опорного эталона. Естественно, что все манипуляции производятся при одинаковой экспозиции и балансе белого. Скармливаем плагину и получаем нужные нам значения:
if (myStain.equals("Custom DAB")){ // This is the Custom DAB MODx[0]=0.66504073; MODy[0]=0.61772484; MODz[0]=0.41968665; MODx[1]=0.4100872; MODy[1]=0.5751321; MODz[1]=0.70785; MODx[2]=0.6241389; MODy[2]=0.53632; MODz[2]=0.56816506; Теоретически можно взять готовые предустановленные лабораторные образцы. На практике получается, что в каждой лаборатории красители немного отличаются по оттенку, что делает крайне желательной калибровку на каждой партии. Для того, чтобы этот профиль появлялся в списке вариантов, придется засунуть это в исходный java-файл. Инструкция на странице разработчика. Чем лучше определены векторы красителей, тем ближе комплементарное изображение к белому — то, что остается после выковыривания наших пигментов. Итак, барабанная дробь и результат темной магии:
Пакетная обработка
Теперь нам нужно, чтобы все это безобразие работало в пакетном варианте. Мы же не хотим тыкать вручную в каждый файл? ImageJ позволяет писать пользовательские скрипты, что удобно для подобных задач. Собственно, создается обычный файл в формате txt, в котором описаны манипуляции с вашим исходником. У меня получилось примерно так:
dir1 = getDirectory("Choose Source Directory "); dir2 = getDirectory("Choose Destination Directory "); list = getFileList(dir1); setBatchMode(true); for (i=0; i<list.length; i++) { showProgress(i+1, list.length); open(dir1+list[i]); imgName=getTitle(); run("Colour Deconvolution", "vectors=[Custom DAB]"); //close windows we don't need selectWindow(imgName + "-(Colour_3)"); close(); selectWindow(imgName +"-(Colour_1)"); title = getTitle(); saveAs("JPG", dir2 + title); close(); selectWindow(imgName + "-(Colour_2)"); title = getTitle(); saveAs("JPG", dir2 + title); close(); } Теперь можно скармливать полученные изображения софту, заточенному для распознавания объектов в биологических препаратах. Но это уже в следующей статье)
ссылка на оригинал статьи http://habrahabr.ru/post/265961/
Добавить комментарий