В Китае запустили государственную платформу GalaxyVS для виртуального скрининга лекарств. Она работает на новом поколении суперкомпьютеров Tianhe, сокращает первичный отбор кандидатов в лекарства с месяцев или лет до десятков секунд и в миллион раз превосходит мировой рекорд по молекулярному докингу — компьютерному моделированию того, как молекула стыкуется с белком-мишенью. О запуске сообщила официальная китайская газета по науке и технологиям «Кэцзи жибао» со ссылкой на разработчиков.
Платформу совместно сделали Национальный суперкомпьютерный центр в Тяньцзине и научное подразделение университета Цинхуа по прикладному ИИ. Команда Цинхуа принесла в проект DrugCLIP — свой метод сверхбыстрого виртуального скрининга, опубликованный в Science в январе. Центр в Тяньцзине предоставил вычислительную инфраструктуру: суперкомпьютеры серии Tianhe (Тяньхэ), которые в 2010 году ненадолго становились самыми быстрыми в мире.
Логика DrugCLIP простая: не моделировать физическое взаимодействие молекул, как делает классический докинг, а превратить поиск лекарства в задачу типа поисковой выдачи. Две нейросети превращают активный участок белка-мишени (место, куда должна пристыковаться молекула) и саму молекулу-кандидата в вектора в общем пространстве — если вектора близки, молекула подходит. Вместо симуляции миллиардов вариантов система просто измеряет расстояния. В январской работе команда из Цинхуа за сутки на восьми GPU обработала 10 триллионов пар «белок — молекула» — классическому докингу на это потребовались бы столетия.
Теперь метод перенесли на государственную суперкомпьютерную инфраструктуру и упаковали в платформу. По словам разработчиков, GalaxyVS должна дать новый способ искать кандидатов в лекарства от опухолей, нейродегенеративных и редких заболеваний, а также новых инфекционных болезней, ускоряя поиск во время кризисов здравоохранения (вроде пандемии COVID-19). Узкое место известное: пока кандидаты найдены примерно для 10% белков человека, на которые в принципе можно создать лекарство, и просеять все возможные комбинации обычными методами физически невозможно.
Заявленный рекорд еще предстоит подтвердить независимыми измерениями — пока есть только сообщение «Кэцзи жибао» со ссылкой на сам тяньцзиньский центр. Но если GalaxyVS действительно держит обещанную скорость на постоянной нагрузке, это переводит виртуальный скрининг лекарств из режима академического эксперимента в инфраструктурный сервис — такой же, как погодный прогноз или сейсмический расчет.
P.S. Поддержать меня можно подпиской на канал «сбежавшая нейросеть«, где я рассказываю про ИИ с творческой стороны.
ссылка на оригинал статьи https://habr.com/ru/articles/1040242/