Когда стоит задуматься о выходе из «Сколково»: налоговые последствия, позиция ФНС и переход на IT-льготы

По информации РБК, налоговые претензии затронули более 50 компаний за налоговые периоды 2023–2025 годов. И сразу хочу развеять миф, что это произошло на ровном месте. Спор возник вокруг порядка перехода со льгот «Сколково» на льготы для аккредитованных IT-компаний. 

Под внимание ФНС попали компании, которые одновременно были резидентами «Сколково» и имели государственную IT-аккредитацию. После достижения установленных законом лимитов в 1 млрд. они переставали применять льготу по налогу на прибыль как резиденты «Сколково» и переходили на пониженную ставку для IT-компаний в рамках того же налогового периода. Как вы могли догадаться, так делать было нельзя))))

На связи Евгений Яковенко – ИТ-юрист и руководитель налогового направления AG-LEGAL, сегодня поговорим, когда стоит «выйти» из Сколково и за чем следить, чтобы вы «вышли» без дополнительной помощи.

Почему возник спор между ФНС и резидентами «Сколково»

Закон (пункт 5.1 статьи 284 НК РФ) устанавливает специальный порядок налогообложения после утраты льгот «Сколково». ФНС считает, что компания не вправе заменить этот порядок льготой для IT-компаний в пределах одного налогового периода. То есть применять IT-льготу по налогу на прибыль можно только с начала следующего года.

При этом часть консультантов придерживается другой позиции, указывая, что допускается (в той же статье 284 НК РФ ) применение иных ставок, которые предусматривает эта же статья, в том числе пониженной ставки для IT-компаний. Судебная практика по этому вопросу пока не сформирована, поэтому сложно сказать, чем этот спор может закончиться, но я буду за этим следить и обязательно поделюсь изменениями.

Когда резидент «Сколково» теряет право на налоговые льготы 

Компания лишается специального статуса после нарушения правил фонда. Для сохранения резиденства обязательно: 

• развивать проект и вести исследовательскую деятельность;

• сдавать квартальную отчетность и годовую отчетность;

• соблюдать правила коммерциализации и распределения дохода (70% — профильный, 30% — непрофильный);

• придерживаться лимита по выручке в 1 млрд р. 

О последнем правиле мы и поговорим сегодня. Это важно! 

Если компания достигает за год выручки более 1 миллиарда рублей, то начинает считаться совокупная прибыль. Когда эта совокупная прибыль превышает 300 миллионов рублей, резидент «Сколково» теряет право на применение льгот.

При этом налоговые последствия наступают не одновременно: для каждого налога действует свой порядок прекращения льгот и восстановления налоговых обязательств.

Налог на прибыль. Именно вокруг этого налога возник спор между ФНС и компаниями. По мнению ФНС и Минфина, после утраты льготы «Сколково» компания не может в этом же налоговом периоде перейти на пониженную ставку для IT-организаций. Эту возможность убрала налоговая реформа 2026, мой коллега писал об этом тут. Такой подход отражен в п. 5.1 ст. 284 НК РФ, а также в письмах Минфина от 28.09.2020 и ФНС от 29.10.2020. 

Страховые взносы. Льгота прекращает действовать с 1-го числа месяца, следующего за месяцем превышения лимита (п. 9 ст. 427 НК РФ). При этом с 2026 года участники проекта «Сколково» не вправе применять пониженные тарифы для IT-компаний, пока сохраняют статус резидента. Надо выбрать что-то одно.

НДС и налог на имущество. Для этих налогов действует другой принцип: льгота утрачивается за весь налоговый период, в котором произошло превышение лимитов. Это означает восстановление налога и начисление пеней. Для НДС налоговым периодом является квартал (ст. 163 НК РФ), для налога на имущество — календарный год (ст. 379 НК РФ). Придется их самостоятельно пересчитать и доплатить =(

Чтобы было проще сравнить последствия по каждому налогу, собрал их в таблице:

Что делать после утраты льгот: три сценария

После превышения лимитов компании придется пересмотреть стратегию работы. Универсального решения здесь нет: выбор зависит от налоговой нагрузки, структуры бизнеса, соответствия требованиям для применения IT-льгот и планов компании. Есть три основных варианта: 

Сценарий 1. Сохранить статус участника «Сколково». Этот вариант подходит компаниям, для которых важнее плюшки от участия в проекте: гранты, программы поддержки, доступ к экосистеме и другим преимуществам. В этом случае необходимо продолжить выполнять требования, предъявляемые к участникам проекта после изменений, но от налоговых льгот отказаться.

Сценарий 2. Добровольно выйти из проекта и перейти на льготы для IT. Если компания соответствует требованиям для применения IT-льгот, добровольный выход из проекта может оказаться более выгодным с точки зрения налоговой нагрузки. Только вот сам по себе выход из «Сколково» не означает автоматический переход на IT-льготы. Важно заранее оценить налоговые последствия, определить момент выхода, проверить соответствие всем требованиям законодательства и правильно оформить переход между режимами.

Этот сценарий чаще всего вызывает вопросы на практике, поэтому рассмотрим его подробнее в следующем разделе.

Сценарий 3. Работать без специальных налоговых режимов. Если компания не соответствует требованиям для применения IT-льгот или считает специальные режимы невыгодными, она может продолжить работу на общих основаниях. В этом случае нужно также заранее оценить будущую налоговую нагрузку и финансовую модель компании, чтобы понимать объем новых расходов после утраты льгот. Но если уже понимаете, что вам со «Сколково» больше не пути, то уж лучше самим подсуетиться.

Что будет, если выйти из «Сколково» добровольно?

Возвращаемся ко второму сценарию. Вы всегда можете выйти из «Сколково» самостоятельно по заявлению. Нахождение в фонде действие добровольное! Если компания выйдет из проекта до превышения лимитов, сможет ли она сразу перейти на налоговые льготы для IT-компаний и избежать претензий со стороны ФНС?

Короткий ответ — не всегда. 

Добровольный отказ от статуса участника проекта возможен, но налоговые последствия такого решения различаются в зависимости от конкретного налога. Главная особенность — момент прекращения льгот «Сколково» и момент возникновения права на IT-льготы не всегда совпадают. Например, по налогу на прибыль между ними может возникнуть временной разрыв: после добровольного выхода компания должна пересчитать налог с начала года, а применять пониженную ставку для IT-компаний сможет только с начала следующего года. 

В то же время по страховым взносам переход происходит быстрее. Если компания имеет государственную IT-аккредитацию и выполняет требования по доле профильных доходов, она может применять пониженные тарифы уже с месяца утраты статуса участника проекта (письмо Минфина от 18.02.2026).

По НДС и налогу на имущество действуют собственные правила прекращения льгот. При этом для многих разработчиков российского программного обеспечения добровольный выход из «Сколково» не означает полной потери налоговых преимуществ по НДС. Они могут продолжить применять освобождение, предусмотренное для российского ПО (если оно есть в реестре российского ПО, подробнее об этом тут).

Основные последствия добровольного выхода из проекта представлены в таблице:

Когда стоит задуматься о смене налогового режима

Хороший вопрос! Универсального ответа на вопрос, стоит ли добровольно выходить из проекта «Сколково», не существует, тут все индивидуально. Главное, не очнуться уже после достижения финансовых лимитов. Тогда денежек надо будет много, очень много. Наиболее безопасная дата выхода –  начало календарного года, когда не будет пересчета налога на прибыль за уже прошедшие месяцы. Но применить ИТ-льготу по налогу на прибыль в том же году не получится, даже если утратить статус резидента Сколково в начале года. 

Перед принятием решения стоит оценить несколько факторов:

• налоговую нагрузку при каждом из возможных сценариев;

• соответствие требованиям для применения льгот IT-компаний (аккредитация, структура доходов и другие критерии);

• стоимость сохранения статуса резидента с учетом грантов, мер поддержки и других преимуществ участия в проекте;

• момент перехода, чтобы минимизировать риск пересчета налогов и возникновения периода без права на льготы;

• финансовый эффект в долгосрочной перспективе, а не только налоговую экономию в текущем году.

На практике решение о сохранении статуса резидента «Сколково» редко сводится только к сравнению налоговых ставок. Ниже — кейс компании, которой пришлось оценивать одновременно налоговые, финансовые и регуляторные риски.

Кейс из нашей практики: как IT-компания снизила потенциальную налоговую нагрузку на 18,7 млн рублей без Сколково

В этом кейсе ключевой задачей был не сам выход из «Сколково», а выбор оптимального момента перехода и минимизация налоговых рисков.

Клиент

Продуктовая IT-компания — разработчик SaaS-решения, включенного в Реестр российского ПО. Резидент «Сколково» с 2022 года, имеет государственную IT-аккредитацию. Прогнозируемая выручка по итогам 2026 года превышала 1,3 млрд рублей, что означало неизбежное превышение финансовых лимитов для применения сколковских льгот.

Задача

Компания понимала, что сохранение статуса резидента вскоре приведет к утрате налоговых льгот, однако руководство хотело оценить не только налоговые последствия превышения лимитов, но и возможные риски проверки со стороны Фонда «Сколково» и налоговых органов.

Что мы сделали

Провели комплексный аудит налоговой модели и соответствия деятельности требованиям проекта «Сколково». Проверка показала, что помимо налоговых последствий превышения лимитов существуют дополнительные риски: значительная доля непрофильных доходов формировалась за счет процентов по выданным займам, а результаты исследовательской деятельности не были системно отражены в документации и учете. Вместе это могло стать основанием для вывода о несоответствии деятельности требованиям проекта.

После оценки всех сценариев мы:

• привели в порядок документы по исследовательской деятельности;

• рассчитали налоговые последствия каждого варианта;

• определили оптимальный момент добровольного выхода из проекта;

• подготовили переход на налоговый режим IT-компании.

Результат

Компания добровольно прекратила участие в проекте по заранее разработанной дорожной карте. После выхода она перешла на пониженные тарифы страховых взносов для IT-компаний, сохранила освобождение по НДС при реализации российского программного обеспечения и исключила дальнейшее накопление налоговых рисков, связанных со статусом резидента.

По нашим расчетам, если бы компания сохранила статус, превысила финансовые лимиты и впоследствии прошла налоговую проверку, совокупный объем потенциальных доначислений, пеней и штрафов мог составить 24,8 млн рублей. Новый сценарий позволил ограничить налоговые последствия перерасчетом налога на прибыль в размере 6,1 млн рублей и снизил потенциальную налоговую нагрузку примерно на 18,7 млн рублей, одновременно устранив риск последующих претензий к соответствию деятельности требованиям фонда Сколково. Это еще хороший сценарий, здесь были запасные пути в виде ИТ-льгот и льгот Реестра Минцифры.

Что в итоге

Я хочу, чтобы вы вынесли из этой статьи несколько главных вещей:

• следите за лимитами, если вы резидент «Сколково», максимум 1 млрд по выручке и 300 млн совокупной прибыли;

• если приближаетесь к ним, выберите заранее одну из трех стратегий: сохранить статус резидента «Сколково», перейти на общий режим налогообложения или воспользоваться льготами для IT-компаний после добровольного выхода из проекта. При этом порядок и момент перехода зависят от конкретного налога (подробно рассмотрены в таблицах выше);

• лучшее время для выхода — начало года, чтобы не пришлось пересчитывать налоги за весь год;

• следите за тем, какой налоговый период у каждого налога, эта статья и таблицы в ней в помощь. Так точно не запутаетесь! 

И всегда помните, что лучше внимание налоговой лишний раз не привлекать. Если можно этого не делать и все организовать красиво – идите по этому пути! 

Как вы относитесь к Сколково и его правилам? Стоит или нет? Расскажите в комментариях! Буду рад обсудить и ответить на вопросы!